토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 종교용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

피고는, 원고가

지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 1999. 12. 15. 교회신축을 목적으로 하여 용인시

역북동 504-3 외 4필지 5,849㎡(이하, 이 사건 토지라 한다)를 취득하고 2000. 6. 7. 피고로부터 그에 따른 취득세, 등록세 등의 비과세대상으로 결정되었으나, 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 2003. 4. 24. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액인 963,470,000원을 과세표준으로 한 취득세 23,123,280원, 농어촌특별세 2,119,630원, 등록세 34,684,920원, 지방교육세 6,358,900원(각 가산세 포함)을 각 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[증 거] 을제1, 2, 3호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고가, 처분의 경위 및 관련 법령의 규정에 비추어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 이 사건 토지의 취득 목적과 경위, 종교사업에 직접 사용하기 위한 취득 후의 노력 및 이 사건 토지의 사용에 관한 법률상, 사실상의 장애 등을 종합하여 볼 때, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 3년 이내에 이 사건 토지를 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다고 주장한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 용인지역에 거주하는 교인들을 위한 교회건물을 신축하고자

소외 정인조의 소유이던 이 사건 토지에 대하여 1999. 10. 30. 피고로부터 토지형질변경허가를 받고, 1999. 11. 2.

정인조와 이 사건 토지에 대한 매매계약을 체결한 다음(잔금지급일 : 1999. 12. 15.), 1999. 12. 13. 주식회사

창조건설과 교회부지조성공사계약을 체결하였다.

(2) 원고는 교회부지의 면적 변경에 따른 피고의 변경허가를 거쳐 2000. 6. 30. 교회부지조성공사를 완료한 후, 2000. 8. 17. 피고로부터 개발행위준공검사필증을 교부받고, 당초 전 및 임야이던 이 사건 토지를 종교용지로 등록전환하는 한편, 2000. 10. 25. 이 사건 토지 중

정인조와 공유로 된 부분에 대하여는 공유물분할을 통하여 원고 단독명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

(3) 이후 원고는 여러 설계사무소로부터 설계도면 및 비용견적을 받아 보고 2000. 12월경 주식회사

정원종합건축사사무소와 이 사건 토지에 본당 지상 2층, 교육관 지상 4층 외 2동 연면적 1,827.88㎡ 규모의 교회신축을 내용으로 하는 설계계약을 체결한 다음 동절기가 지난 2001. 3. 23. 피고에게 건축허가신청을 하였다.

(4) 이에 대하여 피고는, 2001. 3. 28.과 2001. 4. 30. 두 차례에 걸쳐 원고가 기존의 오ㆍ우수관로에 연결하여 오수를 유입하게 할 경우 하수종말처리장의 용량을 초과하는 문제가 발생하므로 원고가 자체적으로 오수를 처리한 후 하천으로 직접 방류하는 오ㆍ우수처리계획도를 제출할 것을 요구하였고, 이에 원고는 인근 하천인 금학천까지 매설되어 있는 관로는 없고, 금학천에 이르는 길이 1.5km의 하수관로를 새로이 매설하는 것은 지나치게 비용이 많이 든다는 이유로 자체 오수정화처리시설을 설치하고 최종 방류수의 수질농도를 낮추어 기존 오ㆍ우수관로에 연결하되, 하수종말처리시설 증설시까지는 이 사건 토지에 오수저장탱크를 설치한 다음 이를 특수차량으로 금학천에 방류하겠다는 취지의 보완서를 제출하였으나, 피고는 2001. 5. 21. 위 오ㆍ우수처리계획이 미흡하다는 이유로 위 건축허가신청서를 반려하였다.

(5) 이후 원고는 2003년말로 예정된 용인시 하수종말처리시설의 증설완공시기를 기다리던 중, 2002. 4월경 피고로부터 교회의 입주시점이 2003년말경인 경우에는 건축허가가 가능하다는 확인을 받고 2002. 4. 24. 다시 피고에게 건축허가를 신청하였는데, 피고는 향후 교회집회로 인하여 발생하는 소음문제와 관련하여 인근의 용인시립도서관측과 사전협의를 거칠 것을 요구하였으며, 원고는 수개월간의 협의 끝에 하수종말처리시설의 완공시기까지는 교회를 사용할 수 없고, 공사착공 전에 방음벽 및 방음림을 먼저 설치하여야 한다는 조건하에 2002. 8. 12. 피고로부터 본관 4층, 교육관 4층 외 2동 연면적 1,918.11㎡ 규모의 건축허가를 받게 되었다.

(6) 원고는 위 방음벽 설치공사를 진행하는 한편, 2002. 11. 6. 주식회사

정원종합건축사사무소로부터 건축공사 및 설비시방서 등 설계도서를 납품받고, 2003. 2. 28.

지산종합건설 주식회사와 도급금액을 22억원(부가가치세 포함)으로 하는 교회신축공사계약을 체결한 다음 피고에게 착공신고를 하여 2003. 3. 15. 위 신고가 수리되었는데, 공사계약 체결후 설계변경과 관련하여

지산종합건설 주식회사는 건축공사의 어려움을 이유로 공사비 증액을 요구하였고, 원고와 합의가 이루어지지 아니하자 2003. 5. 13. 위 건축공사를 포기하였다.

(7) 원고는 다시 2003. 5. 14.

에이스종합건설 주식회사와 도급금액을 26억 5,000만원(부가가치세 포함)으로 하는 교회신축공사계약을 체결하고, 피고에게 시공자변경신고를 마친 다음 현재 위 공사를 진행 중에 있으며, 2004. 7. 25.경 준공을 예정하고 있다. 한편, 피고 소속 공무원은 2003. 6. 17. 이 사건 토지에 대한 현황조사를 통하여 터파기 공사외에 실제 건축공사가 이루어지지 않고 있다는 취지로 보고한 바 있다.

[증 거] 다툼없는 사실, 갑제2, 6, 8, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 18, 20, 22호증, 갑제3, 4, 19, 21호증의 각 1 내지 5, 갑제5, 11호증의 각 1, 2, 3, 갑제16, 17호증의 각 1, 을제5, 6호증의 각 기재, 증인 김재훈의 증언, 변론의 전취지

라. 판단

위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 이후 교회건축공사에 이르기까지 상당한 시일이 경과하였고, 이 사건 변론 종결일 당시까지 교회를 완공하지 못하여 이 사건 토지를 종교용도로 직접 사용하지 못하고 있는 점은 인정되나, 이는 이 사건 토지가 교회건축에 앞서 형질변경, 농지전용 등을 통한 종교용지로의 전환, 부지조성 및 공유물분할 등의 절차가 필요하였고, 건축허가 및 착공에 이르는 과정에서 피고의 요구에 따라 오ㆍ우수처리계획을 보완하고, 인근의 시립도서관측과 소음방지대책에 관한 협의를 비교적 성실히 이행하기 위하여 상당한 시일이 소요되었으며, 착공후에도 수급회사가 공사를 포기하는(수급회사의 공사대금 증액요구를 들어주지 아니하였다고 해서 원고가 그 의무를 다하지 못하였다고 단정할 수는 없다) 등의 사유에 기인한 것이고, 원고가 종교사업을 목적으로 한 비영리단체로서, 교회건축을 위하여 이 사건 토지를 취득하였으며, 취득 후에도 교회건축을 위한 일련의 필요한 절차를 꾸준히 밟아 온 점 및

지방세법 제107조 단서의 주된 입법취지는 당초 공익사업에 사용할 목적 없이 이를 표방하여 토지를 취득하고 그에 관한 취득세를 비과세받은 후 곧바로 타에 매각하거나 다른 목적에 사용하는 행위를 방지하는 데에 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 원고로서는 이 사건 토지를 종교용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 한 것으로 보이므로 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 종교용도로 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.