지방세법 제292조의 ‘과세면제를 받고자 하는 자는 관할관청에 이를 신청하여야 한다‘는 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없다. 따라서 소는 부적법하다.

1. 기초사실

가. 원고(변경전 상호 : 주식회사

디알진공)는 1999. 4. 14. 반도체 장비 등의 제조업을 목적으로, 본점소재지를 군포시

당정동 500-1로 하여 설립된 회사로서, 2003. 8월경

두산그룹과의 합작으로 사업을 확장함에 있어 본점 소재지를 이전하고자, 2003. 9. 24. 주식회사

배명금속으로부터 안산시

단원구 목내동 397-2공장용지 9,858.4㎡와 연면적 6,572.32㎡의 그 지상건물 (이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 45억 5,000만 원에 매수하였다.

나. 원고는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 경료하기에 앞서, ‘대도시 안에 등기된 법인인 원고가 이 사건 부동산을 취득하여 대도시 외의 지역인 안산시로 본점을 이전하였으니

지방세법 제274조 제2항에 따라 등록세를 면제하여 달라’는 취지로, 같은 해 11. 3. 피고에 대하여 지방세감면신청서를 제출한 다음, 등록세 자진신고납부의 해태에 따른 부가세의 부담을 면하고자 같은 달 4. 등록세와 지방교육세로 합계 163,800,000원을 신고납부하고 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 이에 대하여 피고는, ‘원고의 경우는

지방세법 제274조 제2항에서 정하고 있는 등록세 면제사안에 해당하지 않고, 위

법 제275조 제1항의 대도시 외 공장을 취득하여 지방으로 이전하면서 공장용 건축물을 취득하는 경우에 해당한다’는 이유로, 같은 달 8. 위 신청서를 반려(이하 ‘이 사건 반려행위’라고 한다)하였다.

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 2호증, 갑 제3호증의 1, 2, 갑 제4, 5호증, 갑 제9호증의 1, 2, 을 제1, 5호증, 을 제8호증의 1의 각 기재

2. 당사자 주장의 요지

가. 원고

원고는

지방세법 제274조 제2항 소정의 대도시인 군포시 안에 등기되어 있던 법인으로서, 이 사건 부동산을 취득하여 본점을 대도시 외 지역인 안산시로 이전하였으므로, 피고는 위 규정에 따라 등록세를 면제하여야 함에도 원고의 감면신청을 거부하였으니 이는 위법하다.

나. 피고

첫째, 등록세는 과세관청의 면제처분에 의하여 비로소 면제되는 것이 아니라 법률상의 면제요건에 해당하면 당연히 면제되는 것이므로, 피고가 원고의 등록세 감면신청에 대하여 이를 거부하는 취지의 반려통지를 하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없다.

둘째, 신고납세방식의 조세인 등록세는 신고납부일에 조세채권이 성립하는 것인데, 원고는 신고납부일인 2003. 11. 4.로부터 90일이 지난 2004. 2. 4. 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소는 제소기간을 도과한 소로서 부적법하다.

셋째, 원고의 본점 사무실의 규모, 이 사건 부동산에서 사무실이 차지하는 면적 등에 비추어보면, 원고의 경우는 법인의 본점을 이전하는 것이 아니라 공장을 이전하는 경우에 해당하므로,

지방세법 제275조 제1항이 적용될 수 있을 뿐 위

법 제274조 제2항은 적용될 수 없다.

3. 이 사건 반려행위가 행정처분에 해당하는지 여부

가. 관계법령

지방세법 제274조 제2항에서는 ‘대도시 안에 등기되어 있는 법인이 2005년 12월 31일까지 대도시 외로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에는 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대하여 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고,

같은 법 제292조에서는 ‘이 장(제5장 과세면제 및 경감)의 규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 지방세감면신청을 하여야 하고, 다만, 시장ㆍ군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다’고 규정하고 있다.

또한

지방세법시행령 제231조에서는 ‘법 제292조의 규정에 의하여 지방세의 감면신청을 하고자 하는 자는 다음 각호에 정하는 기간 내에 행정자치부령이 정하는 지방세감면신청서를 관할 시장ㆍ군수에게 제출하여야 한다’고 하면서, 제1호로 ‘취득세ㆍ등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내’라고 규정하고 있고,

지방세법시행규칙 제117조에서는

시행령 제231조의 규정에 의한 지방세 감면신청은 별지 제51호 서식에 의하고(

제1항),

제1항 및

제2항의 신청에 대한 지방세 감면 여부에 대한 통지는 별지 제52호 서식에 의한다(

제3항)‘고 규정하고 있다.

나. 판단

위 관계법령에 의하면, 원고는

지방세법 제274조 제2항에 의거 등록세를 면제받기 위하여 지방세법시행규칙에서 정한 일정한 신청서에 그 사유를 기재하여 관할 관청인 피고에 대하여 면제 신청을 하여야 하고, 그 경우 피고는 면제대상인지 여부를 검토한 후 그 결과를 원고에게 통지해야 하는 것인바, 이 사건에서도 피고는 위 규정에 따라 원고가 등록세 감면신청을 하자, 이 사건 반려행위를 통하여 위 신청에 대한 피고의 행정처리결과를 통지한 것이라고 할 것이다.

그러나, 위와 같이

지방세법 제292조에서 ‘과세면제를 받고자 하는 자는 관할관청에 이를 신청하여야 한다‘는 취지로 규정하고 있더라도, 그 단서에서 관할 관청의 직권 면제처리규정을 둔 점 등에 비추어보면, 위의 면제신청에 관한 규정은 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없는 것이고(

대법원 2003. 6. 27. 2001두10639 판결,

대법원 1995. 2. 28. 선고 94다31419 판결 등 참조), 이 사건에서 문제되는 등록세는 당해 사안이

지방세법 제274조 제2항에서 정한 요건에 해당하는 경우 법률상 당연히 면제되는 것이지 과세관청의 조세면제처분에 의하여 비로소 면제되는 것은 아니라고 할 것이므로, 피고가 원고의 등록세 면제 신청에 대하여 이를 거부하는 취지로 면제신청서를 반려하는 회신을 보냈다 하여 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 보아 신고납부한 세액의 환급청구의 전제로서 반려행위의 취소를 구할 수는 없는 것이니, 결국 이 사건 소는 항고소송의 대상이 되지 아니하는 것을 대상으로 삼은 것으로서 부적법하다고 하겠다(지방세법에서 정한 등록세의 면제요건에 해당함에도 납세의무자가 자진신고납부의 해태에 따른 부가세의 부담을 회피하기 위하여 부득이 자진신고납부를 한 경우에는 그 신고행위에 조세채무의 확정력을 인정할 수 없는 하자가 있는 것이므로 납세의무자는 이를 이유로 과세관청에 대하여 신고납부한 세액 상당을 민법상의 부당이득반환청구로 환급을 구할 수 있다).

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여, 주문과 같이 판결한다.