토지에 대하여 납세의무자 앞으로 소유권이전등기를 경료하고 대도시내로 본점을 이전함으로써 ‘대도시 내에서의 부동산등기’와 ‘대도시 내로의 본점의 전입’이라는 등록세 중과의 과세요건이 충족되었다고 할 것이다. 따라서 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1988. 1. 28. 주식회사

호남엔지니어링 주식회사라는 상호로 본점 소재지를 서울 서초구

방배동 980-54로 하여, 방사선 동위원소 사용업․방사선 발생장치 사용업 등을 목적으로 설립된 회사로서 2002. 4. 15. 상호를 주식회사

아거스로 변경하였다. 나. 원고는 1993. 4. 1. 위 본점 소재지를 서울

서초구 서초동 1339-1로, 1994. 5. 30. 서울

서초구 서초동 1338-5, 6으로, 1997. 9. 23. 성남시

분당구 수내동 6-4로, 2001. 11. 20. 용인시

수지읍 동천리 853-1 한국물류빌딩으로 각 이전하였다.

다. 한편 원고는 2001. 9. 14. 성남시

분당구 이매동 106-2 대 810.9㎡(이하, 이 사건 토지라 한다.)를 매수하고, 2001. 12. 21. 원고 앞으로 소유권이전등기(이하, 이 사건 소유권이전등기라 한다.)를 경료하면서 일반세율(1,000분의 30)에 따른 등록세 32,378,320원(과세표준 1,079,277,580원×30/1,000), 지방교육세 6,475,660원을 신고 납부하였다.

라. 그 후 원고는 2002년 8월경부터 이 사건 토지 지상에 지하 2층, 지상 5층 건물의 신축공사를 하여 2003. 9. 1. 위 건물을 완공한 후(이하, 이 사건 건물이라 한다.), 2003 9. 27. 본점 소재지를 위 ‘용인시

수지읍 동천리 853-1 한국물류빌딩’에서 이 사건 건물 소재지 ‘성남시

분당구 이매동 106-2’로 이전한 다음 2003. 10. 2. 성남세무서장에게 위 본점 소재지를 사업장 소재지로 하는 내용의 사업자등록을 마쳤다.

마. 피고는 2003. 10. 20. 원고에 대하여, 이 사건 소유권이전등기는

지방세법 제138조 제1항 제3호 소정의 ‘대도시 내로의 법인 본점의 전입’에 해당하여 등록세 중과세 대상에 해당하므로 그 등록세액이 97,134,970원(과세표준 1,079,277,580원×9%)인데도, 원고가 32,378,320원만을 자진 납부하였다는 이유로, 그 차액에 해당하는 등록세 64,756,650원( 97,134,970원－32,378,320원), 지방교육세 12,951,330원을 추가로 납부할 것을 고지하였고, 이에 대하여 원고는 2004. 1. 19. 등록세 64,756,650원, 지방교육세 12,951,330원을 신고 납부하였다. 그 후 피고는 2004. 4. 13. 원고에게, 원고가 대도시내로의 본점 전입일로부터 30일이 경과한 후에 비로소 등록세 등을 자진 납부하였다는 이유로 가산세 14,246,460원을 부과하였다(이하,

지방세법 제72조 제1항에 의하여 원고의 2004. 1. 19.자 신고납부와 피고의 2004. 4. 13.자 가산세부과처분을 통틀어 이 사건 처분이라고만 한다.).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 5, 갑 제16호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

피고가 이 사건 처분이 처분사유와 관계법령에 따른 적법한 것이라고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같이 주장하면서 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(1)

지방세법 제138조 제1항 제3호에서 대도시 내로의 법인 본점의 전입에 대하여 등록세를 중과하는 입법취지는 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 주민들의 생활환경을 보전․개선하며 지역 간의 균형발전을 도모하는데 있다.

(2) 원고는 이 사건 건물로의 본점 이전이 이미 예정되어 있는 상태에서 그 건물의 신축공사 기간 동안 일시적으로 생활환경이 거의 같고 거리도 가까운 용인시 동천동 853-1로 본점을 이전하였다가 이 사건 건물이 완공되자 그 즉시 본점을 이 사건 건물로 이전한 것이다.

(3) 따라서 이와 같이 대도시 내에 있던 법인이 대도시 내의 다른 장소로 이전할 것이 예정되어 있는 상태에서 일시적으로 대도시 외로 옮겼다가 곧바로 대도시 내로 전입하는 경우까지 등록세를 중과하는 것은 등록세중과제도의 입법취지는 물론 실질과세원칙에도 반하는 것이다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증, 갑 제3호증의 1 내지 4, 갑 제4호증, 갑 제5호증의 1, 2, 갑 제6호증의 1 내지 5, 갑 제7호증의 1, 2, 3, 갑 제8호증의 1 내지 4, 갑 제9, 10호증의 각 1, 2, 갑 제11 내지 15호증의 각 기재, 증인 이명찬의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 방사선동이원소를 사용한 비파괴검사업무를 수행하는 전문기술용역업체로서 원자력법에 의하여 엄격한 설치기준에 따른 저장시설을 갖추어 사용허가를 받아야 하며, 사용허가를 받은 후에도 과학기술부장관의 검사를 받아야 하고 저장시설 등을 이동사용하는 경우에도 사전허가를 받아야 한다.

(2) 원고는 1997. 9. 10.

한국주택은행으로부터 성남시

분당구 수내동 6-4 지상 빌딩 중 4층 전체를 임대차기간 1999. 9. 10.부터 2001. 9. 9.까지로 정하여 임차한 후 1997. 9. 23.경부터 이를 본점으로 사용하고 있었는데,

한국주택은행은 2001. 7. 7. 원고에게, 원고가 임대차계약 내용과 다르게 4층 사무실에 방사성물질저장소를 설치하여 사용하고 있다는 이유로 위 임대차계약을 해지하였다.

(3) 원고는 2001. 9. 14. 이 사건 토지를 매수하고 그 지상에 안전한 저장시설을 갖춘 건물이 완공되면 위 건물로 본점을 이전할 예정이었으나,

한국주택은행이 위와 같이 위 임대차계약을 해지하고 명도를 요구하자, 2001. 10. 18. 주식회사

한국물류로부터 용인시

수지읍 동천리 853-1 한국물류빌딩 4층 406호를 임차한 후 2001. 11. 20. 위 건물로 본점을 이전하였다.

(4) 그 후 원고는 앞서 본 바와 같이 2002년 8월경부터 이 사건 건물의 신축공사를 하여 2003. 9. 1. 이를 완공한 다음 2003 9. 27. 본점 소재지를 위 ‘용인시

수지읍 동천리 853-1 한국물류빌딩’에서 이 사건 건물로 이전하였다. 그런데 용인시

수지읍 동천리 853-1에 소재한 한국물류빌딩 건물은 성남시와 길 하나를 사이에 둔 건너 쪽에 위치하고 있다.

라. 판단

먼저 위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지에 대하여 2001. 12. 21. 원고 앞으로 소유권이전등기를 경료하고 2003. 10. 2. 대도시인 성남시 내로 본점을 이전함으로써 ‘대도시 내에서의 부동산등기’와 이후 ‘대도시 내로의 본점의 전입’이라는 등록세 중과의 과세요건이 충족되었다고 할 것이다.

또한

지방세법 제138조 제1항 제3호 규정의 취지가 대도시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구소산을 기하는 데에 그 목적이 있고, 위 인정사실에 의하면, 원고의 경우는 이 사건 건물로의 본점이전이 이미 예정되어 있는 상태에서 임시로 이 사건 건물의 완공 시까지 인근에 위치한 용인시

수지읍 동천리 853-1 한국물류빌딩으로 본점을 이전한 것으로 보이기는 하나, 일단 법령에 정한 요건사실이 충족되면 일률적으로 그 법령을 적용하여야 하는 것이 원칙이고, 구체적인 사안에서 그 입법목적과의 배치 여부를 따져 그 적용 여부를 결정할 수는 없을 뿐만 아니라(대법원 1999. 3. 26. 선고 98두1673 판결 참조), 원고가 이 사건 토지를 취득하고 본점을 성남시 내로 이전함으로 인하여 성남시 내로의 인구유입에 따른 인구팽창의 효과가 새로이 발생하지 아니하였다고 단정할 수도 없으므로, 원고 주장과 같은 경위로 본점을 이전하였다 하더라도 이는

지방세법 제138조 제1항 제3호에 해당한다 할 것이어서 원고의 주장은 이를 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.