제1토지에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기신청을 하였고 등기가 접수된 이상 등기의 효력에는 영향이 없는 점 등을 종합하면, 제1토지에 관한 등록세 등의 신고 및 납부의무를 불이행하였다고 볼 수 없으므로 제1토지에 관한 등록세 등의 신고 및 납부의무를 불이행하였다는 사실을 전제로 한 부과처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 12. 16.

김길학으로부터 부산 강서구

명지동 3077-2 답 622㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)를 매매대금 300,145,675원에, 같은 동 3077-10 답 37㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다)를 매매대금 17,854,325원에 각 매수하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

나. 원고는 2008. 12. 30. 피고에게 이 사건 제1, 2토지에 관하여 일괄하여 부동산거래계약신고(

일련번호 26440-2008-4-0003158)를 하고, 위 각 토지의 등록세 3,180,000원, 지방교육세 636,000원을 납부하고 같은 날 위 각 토지에 대한 소유권이전등기를 신청하였다. 그러나 이 사건 제2토지가 농지여서 법인인 원고가 이 사건 제2토지를 취득할 수 없게 되자 위 토지에 대한 소유권이전등기신청을 취하하였다.

다. 원고는 2009. 1. 5. 이 사건 제1, 2토지에 대한 매매계약을 해제한다는 내용의 부동산매매계약해제신고서를 작성하였고, 2009. 1. 6. 이 사건 제1토지는 원고가, 이 사건 제2토지는 원고의 대표이사인

안병호가 매수하는 내용의 매매계약서를 작성한 후 이 사건 제1, 2토지에 대하여 각각 부동산거래신고(이 사건 제1토지:

일련번호 26440-2009-4-0000017, 이 사건 제2토지:

일련번호 26440-2009-4-0000018)를 하였고 같은 날 이 사건 제1토지에 대한 등록세 3,001,450원, 지방교육세 600,290원, 이 사건 제2토지에 대한 등록세 178,540원, 지방교육세 35,700원을 피고에게 납부하고 위 새로운 매매계약서를 첨부하여 같은 날 위 각 토지에 대한 소유권이전등기를 다시 신청하였다.

라. 이 사건 제1토지에 대하여는 2008. 12. 30. 접수 제255510호로 원고 명의의 소유권이전등기가 경료되었다.

마. 피고는 2009. 1. 중순경 원고에게 원고가 2008. 12. 30. 납부한 이 사건 제1, 2토지에 관한 등록세 및 지방교육세의 합계액 3,816,000원 및 환부이자 8,800원을 지급하였다.

바. 피고는 부산지방법원 강서등기소로부터 등록세 영수필통지서를 송부받고 등록세의 과오납 및 누락 여부를 확인하는 과정에서 이 사건 제1토지에 대한 등기접수일자가 2008. 12. 30.인 사실을 확인하고, 2009. 3. 12. 원고에게 이 사건 제1토지에 대한 소유권이전등기 이전까지 위 토지에 관한 등록세, 지방교육세(이하 등록세와 지방교육세를통틀어 ‘등록세 등’이라고 한다)를 납부하지 아니하였다는 이유로

지방세법 제151조에 따라 신고 및 납부불성실 가산세 합계 667,870원을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 1 내지 7호증, 을 1호증의 1, 2, 을 6 내지 8호증의 각 기재

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 2008. 12. 30. 이 사건 제1, 2토지의 부동산거래계약신고를 일괄하여 한 후 위 각 토지에 대한 등록세 등을 납부한 상태에서 농지자격취득증명 문제로 이 사건 제2토지에 대한 등기신청을 취하하고 위 각 토지에 대한 부동산거래계약의 해제신고를 하였다. 다만, 제1토지에 관한 등기신청은 취하하지 않고 있다가 부동산거래계약신고의 부동산의 표시 및 등록세 등의 세액을 일치시키기 위하여 2009. 1. 6. 다시 이 사건 제1토지에 대한 등기신청을 한 것인데 형식적으로 등기접수일 이후에 등록세 등을 납부한 것으로 처리되었다고 하더라도 등기 이전에 두 차례에 걸쳐 등록세 등을 납부하였다가 그 중 일부를 환급받은 것에 불과하므로 등록세 등의 신고 및 납부의무의 불이행이 있었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

지방세법 제151조와 제260조의5는 등록세 등의 납세의무자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때 산출한 세액 또는 그 부족세액에 신고불성실 가산세, 납부불성실 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 이 사건 제1토지에 관한 등록세 등의 납부 이후에 위 토지에 관한 매매계약을 해제한다는 신고서 및 새로운 매매계약서를 작성하였으나 이는 최초 부동산거래계약신고시 이 사건 제1, 2토지를 일괄하여 신고하여서 이 사건 제2토지에 관한 부동산거래계약신고만을 해제할 수가 없었기 때문인 것으로 보이는 점, ② 이 사건 제1토지에 관하여 매매계약 해제신고를 하고 이후 새롭게 작성한 매매계약서는 매매목적물, 당사자가 모두 동일하고 이미 매매대금도 지급된 상태에서 계약서만 새로 작성한 것으로 보여 별개의 계약이 있었다고 보기 어려운 점, ③ 지방세법상 가산세는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 같은 법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액으로서, 그 목적은 납세의무자에게 일정한 신고 · 납부 등의 의무를 부과하고 정당한 이유 없이 위반하는 경우에 행정상의 제재를 가함으로써 과세권 행사의 적정과 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위함에 있으므로(

대법원 1995. 6. 16. 선고 94누11019 판결 참조) 등록세 등의 신고 및 납부의무 이행 여부의 판단은 접수된 등기 날짜와 등록세 등의 납부 날짜의 선후만을 기준으로 형식적으로만 판단할 수는 없는 점, ④ 원고는 등기신청일인 2008. 12. 30.과 2009. 1. 6. 두 차례에 걸쳐 이 사건 제1토지에 관한 등록세 등의 신고 및 납부를 하였고 특히 이 사건 제1토지에 관한 매매계약해제신고서 작성 이후에도 이미 납부한 등록세 등의 환급을 받지 않은 채 다시 등록세 등의 신고 및 납부를 하였던 점에 비추어 소유권이전등기 전에 등록세 등의 신고 및 납부의무를 이행할 의사에 따라 등록세 등을 신고, 납부하였던 것으로 보이는 점, ⑤ 원고가 2008. 12. 30. 이 사건 제1토지에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기신청을 하였고 위 날짜에 등기가 접수된 이상 등기의 효력에는 영향이 없고 2008. 12. 30.과 2009. 1. 6. 사이에 이 사건 제1토지에 관한 기타 권리자의 보호 여부는 등록세 등의 신고, 납부와는 무관한 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 제1토지에 관한 등록세 등의 신고 및 납부의무를 불이행하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 제1토지에 관한 등록세 등의 신고 및 납부의무를 불이행하였다는 사실을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.