구 지방세법시행령 제102조 제2항 전문 후단은 중과대상인 구지방세법 제138조 제1항 제3호 후단의 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’를 받아 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다’고 규정하는 것이라 ‘실질적인 본점의 설치’는 위 법 또는 시행령 조항이 예정하고 있는 것은 아니라고 보아야 할 것이다. 따라서 등록세 부과처분은 부당하다.

1. 처분의 경위

가. 법인설립 등

⑴ 1997. 8. 5. 설립등기

본점 : 안양시 만안구

석수동 776

목적사업 : 각종 농, 공산품 도, 소매업, 경영 및 재무관리 컨설팅 등

⑵ 2002. 12. 4. 해산등기 :

상법 제520조의 2 제1항

⑶ 2004. 1. 26. 회사계속등기

⑷ 2004. 2. 20. 변경등기

본점 : 안양시 만안구

안양동 693-9 삼강빌딩 2층

목적사업 : 부동산 신축, 매매 및 임대업, 부동산 분양대행 및 마케팅업 등

나. 부동산취득 및 등록세등 신고ㆍ납부

⑴ 2004. 5. 25. 서울 영등포구

양평동 3가 23-4 토지 685.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’)취득, 등록세 74,520,000원, 지방교육세 14,904,000원 신고ㆍ납부

⑵ 2005. 3. 31. 이 사건 토지상에 근린생활시설 3,236.79㎡(이하 ‘이 사건 건물’) 신축취득, 2005. 4. 22. 등록세 18,328,800원, 지방교육세 3,665,760원 신고ㆍ납부

다. 피고의 과세처분

2004. 1. 26. 회사계속등기한 때를

구지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호, 같은법

시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제2항에서 정한 법인의 설립에 해당한다고 판단하고, 이 사건 등기를 법인설립후 5년 이내에 취득하는 부동산등기로 보아, 2007. 11. 10. 원고에게

구지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 신고ㆍ납부한 세액을 차감한 등록세 295,241,230원, 지방교육세 55,238,400원 합계 350,479,630원(가산세 포함)을 부과(‘이 사건 부과처분’)

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고는,

구지방세법 제138조 제1항 제1호,

제3호 및 동법

시행령 제102조 제2항에서 정하고 있는 법인의 설립은 상법의 규정에 따라 엄격 해석하여야 함에도 피고가 실질과세 원칙을 근거로 ‘설립’의 의미를 확대해석하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋나고, 종래 이러한 경우 중과세 대상에 해당하지 않는다는 조세관행이 이미 성립되어 있음에도 이에 어긋나게 과세하는 것은 신뢰보호원칙에 위반되는 것이므로 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는 2004. 1. 26. 회사계속 등기를 하고 2004. 2. 17. 그 목적사업을 변경하고, 대표이사 및 본점소재지를 변경하였는바, 본점의 설치는

구지방세법 제138조 제1항 제3호, 같은법

시행령 제102조 제2항 소정의 ‘지점 등 설치’에 포함되므로, 회사계속등기를 한 2004. 1. 26.부터 5년 이내에 이루어진 이 사건 부동산등기는

구지방세법 제138조 제1항 제1호,

제3호 소정의 등록세 중과대상에 해당하므로, 이 사건 각 부과처분은 적법하다고 주장한다(피고는 이와 같이 그 처분사유를 변경하였다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

피고는

구지방세법시행령 제102조 제2항 전문 후단은 중과대상인

구지방세법 제138조 제1항 제3호 후단의 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’를 받아 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기라 함은 법인 또는 지점 등이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 … 일체의 부동산등기를 말한다’고 규정하고 있는바, 본점도

시행령 제102조 제2항후문 후단의 위임을 받아 ‘지점 등’의 의미에 관하여 규정하고 있는

구 지방세법 시행규칙(2005. 2. 1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것) 제55조의2소정의 사무소 등에 포함되지 않는다 할 수 없으므로, 결국 ‘본점의 설치’도

시행령 제102조 제2항 전문 후단의 ‘지점 등 설치’에 포함되고, 이 사건에서 2001. 6.경 실질적인 본점의 설치가 있었으므로, 그때부터 5년 이내에 있은 이 사건 부동산등기는 중과대상에 해당한다고 주장한다.

살피건대,

구지방세법 제138조 제1항 제3호 전단이 ‘대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라고 규정하면서 이어서 그 후단이 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기’라고 규정하고 있는 점으로 보아 그 후단의 ‘그 설립ㆍ설치ㆍ전입’에 있어서 ‘설립’은 ‘법인의 설립’을, ‘설치’는 ‘지점 또는 분사무소의 설치’를, ‘전입’은 ‘법인의 본점ㆍ주사무소ㆍ지점 또는 분사무소의 전입’을 각기 의미한다고 봄이 문리에 따른 자연스러운 해석이 되고,

법 제138조 제1항 제3호를 이어받은

구지방세법시행령 제102조 제2항전문의 ‘법인 또는 지점 등의 설립ㆍ설치ㆍ전입’도 이와 동일한 의미로 해석하여야 할 것이어서 위 시행령 조항의 ‘지점 등의 설치’도 결국 ‘지점 또는 분사무소의 설치’라고 보아야 하는 점, 위 법 또는 시행령 조항에서의 ‘본점’ 또는 ‘주사무소’라는 것도 법인의 설립에 관한 민법 또는 상법의 각 규정에서 말하는 그것을 의미한다 할 것인데, ‘본점’은 ‘지점 또는 분사무소’와 달리 그 설립시 반드시 정하여 설립등기를 하면서 등기하여야 하는 사항으로서, 그 이전은 할 수 있지만 그 소재지에서 실제 영업활동을 하지 아니한다 하여 그 곳이 본점이 아니라고 할 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 결국 ‘본점의 설치’라는 것은 ‘법인의 설립’이나 ‘본점의 전입’에 포섭될 수 있을 뿐이고, 이와 구별되는 ‘지점 또는 분사무소의 설치’ 내지 ‘지점 등의 설치’에 포함될 수 있는 피고들 주장과 같은 ‘실질적인 본점의 설치’는 위 법 또는 시행령 조항이 예정하고 있는 것은 아니라고 보아야 할 것이다.

이와 전제를 달리하는 피고의 주장은 이유 없다.

따라서 결국 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 부과처분은 적법한 근거 없이 행해진 것이어서 위법하므로 원고의 나머지 주장에 대하여는 판단할 필요없이 모두 취소되어야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.