1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 8. 7. 피고에 대하여 대전 서구 가수원동 655-12 임야 5,638㎡, 같은 동 산 16-115 임야 826㎡, 같은 동 655-4 대 820㎡(이하 위 토지를 통틀어 "당초 취득 토지"라고 한다) 및 그 지상의 건물을 취득하면서 이는 종교목적 시설인 교회본관 및 교육관 등으로 이용할 목적으로 취득하였다는 이유로 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 규정 등에 의한 지방세 비과세신청을 하였고, 이에 피고는 2003. 8. 8. 원고에 대하여 취득세, 등록세 등을 비과세하였다.

나. 피고는 2008. 6.경 현지 확인 조사과정에서 원고가 위와 같은 당초 취득 토지 중 아래 토지내역에 해당하는 분할된 토지 또는 해당 토지의 일부분(이하 “이 사건 토지”라고 한다)을 도로로 사용하거나 임야상태로 방치하였다는 이유로 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서 소정의 “취득한 날부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우”에 해당하는 것으로 보아, 2008. 9. 10. 원고에 대하여 앞서 비과세한 지방세 중 위와 같이 고유목적에 사용하지 아니한 부분에 해당하는 취득세 13,588,490원, 등록세 20,382,760원, 농어촌특별세 1,245,530원, 지방교육세 3,736,780원 합계 38,953,560원을 부과하였다(이하 "이 사건 처분"이라고 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2008. 10. 16. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2009. 8. 21. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 을 제1호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 다음과 같은 사정을 감안하지 않았는바, 이는 법리를 오해한 것이거나 재량권을 일탈ㆍ남용한 것으로서 위법하다고 주장한다.

(1) 원고는 피고가 이 사건 토지 일대의 위 가수원동 655-11, 같은 동 656-46 토지에 대한 진입도로의 개설을 요구함에 따라 도로로 사용될 부분을 특정하여 당초 취득 토지를 분할하였고, 위 가수원동 655-11, 같은 동 656-46 토지를 취득하는 과정에서 도시계획시설사업 실시계획변경(기간연장)인가를 받았으나, 위 가수원동 656-46 토지의 소유자 설경미와 사이에 보상협의가 진행되지 않자 이에 대한 토지수용재결을 거치는 등 도로개설을 위하여 시일이 지체되었던바, 위와 같은 사정에 비추어 원고에게는 토지취득 후 3년 이내에 이 사건 토지를 종교목적에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다.

(2) 원고는 현재 위 가수원동 655-12 외 1필지 지상에 교회본관 및 교육관을 신축하고 위 가수원동 655-23 외 1필지 지상에 창고시설을 신축하여 본래 목적인 종교목적에 사용하고 있는바, 향후 도로가 개설되면 이 사건 토지 모두 종교목적으로 사용될 예정이고, 본래 상호 연관된 부지들 중 일부를 구분하여 현재 종교용 부지가 아니라는 이유로 과세함은 부당하며, 또한 이 사건 토지 중 앞으로 개설될 도로부분은 피고 측에 무상귀속될 예정임에도 원고에 대하여 취득세 등을 부과하는 것은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고가 2003. 8. 8.경 취득한 위 가수원동 655-12 임야 5,638㎡는 2004. 11. 6.과 2004. 12. 24. 등 2회의 토지분할로 가수원동 655-12 1,400㎡, 같은 동 655-19 1,035㎡, 같은 동 655-20 1,412㎡, 같은 동 655-21 179㎡, 같은 동 655-23 1,588㎡, 같은 동 655-24 24㎡가 되었고, 위 가수원동 655-4 대지 820㎡는 2004. 12. 24. 분할로 가수원동 655-4 815㎡, 같은 동 655-22 5㎡가 되었다. 그 후 2005. 2. 11. 위 가수원동 655-12 1,400㎡와 같은 동 655-4 815m(위 두 토지는 2007. 6. 5. 가수원동 655-4 2,215㎡로 합병되었다) 지상에는 교회본관 건물(종교시설이 아닌 제2종 근린생활시설로 사용승인되었다)이 완공되었고, 위 가수원동 655-23 1,588㎡와 원고가 취득한 가수원동 산 6-115 826㎡ 중 150㎡ 지상에는 2007. 2. 16. 건축허가를 얻어 2007. 4. 15. 창고시설이 완공되었으나 원고는 사용승인을 신청하지 않았는바, 위와 같이 건물이 신축되지 아니한 채 도로로 사용되거나 아무런 용도로도 사용되지 않은 토지 부분(가수원동 655-19 1035㎡, 같은 동 655-20 1,412㎡, 같은 동 655-21 179㎡, 같은 동 655-24 24㎡, 같은 동 산 16-115 중 270㎡, 같은 동 산 16-115 중 406㎡, 같은 동 655-4 5㎡)이 피고가 과세대상으로 보아 취득세 등을 부과한 이 사건 토지이다. 결국 이 사건 토지의 현황을 정리하면 다음과 같다.

(2) 1997. 2. 26.과 1986. 1. 13. 대전 서구 가수원동 655-19 1,035㎡, 같은 동 655-11 67㎡, 같은 동 656-46 151㎡ 일대는 도시계획상 일반도로로 고시되어 있었기 때문에, 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 2006. 10. 18.과 2007. 1. 17. 피고 측에 소로1 가수원1호선, 소로2 가수원5호선 도로개설사업에 대한 사업시행자지정 및 실시계획인가를 신청하여 2007. 1. 25. 사업시행계획(사업기간 2007. 1. 26. ~ 2007. 12. 31.)인가를 받았고, 이후 사업시행기간 연장을 신청하여 사업기간을 2007. 1. 26. ~ 2008. 12. 31.로 변경하였다. 한편 원고는 2008. 3. 28. 위와 같이 도로로 편입될 가수원동 655-11 토지의 소유권을 취득하였으나, 가수원동 656-46 토지는 그 소유자 설경미와의 매수협의가 진행되지 않자 위 사업시행기간을 2009. 12. 31.까지로 재차 연장신청하여 인가를 받은 다음, 2009. 11. 17. 대전광역시 토지수용위원회로부터 가수원동 656-46 토지를 수용하는 수용재결을 받아 2009. 12. 17. 그 소유권을 취득하였다.

(3) 원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 도로개설사업시행과 관련하여 피고와 사이에 도로부지로 사용될 가수원동 655-19, 같은 동 655-24, 같은 동 655-22, 같은 동 655-11, 같은 동 655-46, 같은 동 산 16-115 각 토지를 피고 측에게 무상귀속하겠다는 내용의 약정(을 제5호증, 갑 제13호증의 2, 3)을 하였는데, 피고는 2008. 12. 18. 원고가 도로부지로서 2008. 3. 28. 취득한 위 가수원동 656-46 토지는 이 사건 토지 중 도로부분과는 달리 본래 국가 등에 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다는 이유로 지방세법 제106조 제2항에 기하여 취득세 등을 감면한 반면, 나머지 토지에 대하여는 원고가 기부채납을 조건으로 취득한 토지가 아니라 본래 종교목적으로 취득하였던 토지를 개발행위 허가과정에서 무상귀속하기로 한 것이라는 이유로 비과세 처분을 하지 아니하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 본 각 증거, 갑 제4호증 내지 갑 제9호증, 갑 제13호증의 1 내지 4, 을 제3호증 내지 을 제7호증, 을 제9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판 단

(1) 이 사건 토지를 종교목적에 사용하지 아니함에 정당한 사유가 있는지 여부

(가) 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서는 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 취득ㆍ등기에 대하여는 비과세하되 취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고 있다. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 및 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조). 한편 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 재단법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 1년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 1년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 지방세법상 취득세 중과를 면할 수 있는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 참조).

(나) 그런데 이 사건에서 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 토지 중 도로로 사용되는 부분은 이미 종교목적과 무관하게 도시계획상 도로가 건설되어야 하는 것으로 정해져 있었고, 원고도 위 토지부분에 도로개설사업을 신청한 바 있으므로 원고가 최초에 취득세 등을 감면받았다고 하더라도 이 부분은 결국 종교목적으로 사용될 것이 아니었으며, 이를 제외한 아무런 용도로도 사용되지 않고 있는 나머지 토지부분은 이미 2005. 2.경에 교회본관이 완공된 사정에 비추어 보면 도로개설이 3년 내에 원활하게 진행되었는지 여부가 종교목적 사용에 지장을 초래하는 사정으로는 보이지 아니하는 점, ② 가사 이 사건 토지의 종교목적 사용을 위해서는 도로개설사업의 완공이 선행되어야 한다고 하더라도, 특정 목적을 달성하기 위하여 토지를 취득하는 경우 매수자는 도시계획 등을 확인하여 그 목적 달성에 장애가 없는지 여부를 확인한 후 토지를 취득하는 것이 경험칙에 부합하는바, 원고는 당초 취득 토지를 취득하면서 도시계획상 일부 토지에 대하여 도로를 건설하여야 함을 알고 있었다고 보이는데, 원고는 토지를 취득한 후 3년이 경과하도록 도로개설을 위한 사업신청조차 하지 않다가 2006. 10. 18.에야 최초로 사업신청을 하였고, 사업신청 시점으로부터 1년 5개월이 지난 2008. 3. 28. 비로소 위 가수원동 655-11 토지의 소유권을 취득하였으며 원고의 연장신청에 따라 도로개설사업의 사업기간이 2번이나 연장되었는바, 원고는 도로개설사업을 게을리하였다고 보이는 점, ③ 또한 원고는 토지매수협의가 진행되지 않자 결국 2009. 11. 17. 위 가수원동 656-46 토지를 수용하였던바, 원고가 도로개설사업을 적기에 개시하였더라면 토지 소유자가 협의매수에 불응하였다고 하더라도 도로개설사업을 제때에 완료할 수 있었다고 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 취득 후 3년 동안 이 사건 토지를 종교목적으로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 그밖에 주장에 관한 판단

(가) 일부 토지가 종교목적에 사용됨에도 그로부터 분할된 이 사건 토지에 대하여 과세함이 정당한 것인지 여부에 관하여 보건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것인데(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결), 구 지방세법 제107조, 제127조는 제사, 종교, 자선, 학술 등 공익사업을 목적으로 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 경우에 한하여 취득세 등을 과세하지 않는 비과세 특례를 규정한 것인바, 당초 원고가 취득한 토지 중 종교목적으로 사용되지 않고 도로로 사용되거나 전혀 사용되지 않은 이 사건 토지에 대해서도 취득세 등을 감면한다면 이는 조세공평의 원칙에 어긋나게 되는 점, 원고의 주장과 같이 당초 일련의 토지였다거나 1필지 토지의 일부이고 향후에는 종국적으로 종교목적에 사용될 것이라는 사정은 앞서 본 법리 및 원고가 3년간이나 종교목적에 사용하지 않았다는 점에 비추어 고려할 만한 사정으로 볼 수는 없다고 판단되며, 비록 이 사건 이후이기는 하지만 원고와 피고 사이에는 이 사건 처분을 함에 있어 당초 비과세 대상으로 분류된 교회본관 및 창고시설이 설치된 토지마저도 종교목적으로 사용되었는지 여부가 다투어지고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(나) 향후 개설될 도로부분이 피고 측에 무상귀속될 것임에도 원고에게 취득세 등을 과세함이 적법한 것인지 여부에 관하여 보건대, 지방세법 제106조 제2항은 국가ㆍ지방자치단체 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 경우 취득세를 부과하지 않는 것으로 규정하고 있으나, 앞서 본 사실관계에 비추어 보면 원고는 이 사건 토지를 취득하면서 피고 측과 사이에 도로가 개설될 부분에 대하여 무상귀속 또는 기부채납을 조건으로 이 사건 토지를 취득한 것이 아니라 원고는 무상귀속 또는 기부채납에 대한 합의 없이 도시계획상 도로개설의 부담을 감내하기로 하고 이 사건 토지를 취득하였고 개발행위 허가과정에서 비로소 피고 측에 무상귀속하기로 약정하였다고 봄이 상당하고, 취득세 등이 면제된 위 가수원동 656-46 토지는 이 사건 토지와는 별개의 것이므로 위 토지의 사례를 근거로 이 사건 토지 중 도로부분에 대하여도 위 비과세 규정을 동일하게 적용할 것은 아니라 할 것이다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

(3) 소결론

따라서 피고가 원고가 취득 후 3년 이내의 종교목적 사용이라는 취득세 등 비과세 요건을 준수하지 아니하였다는 이유로 이 사건 토지에 대하여 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 적법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.