성당 신축을 위한 토지와 그 지상의 공장 등을 취득일로부터 3년 이내에 종교적 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없으므로, 구 지방세법 제107조 제1호에 따른 취득세 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 천주교 대구 대교구에 속한 모든 교회 및 선교에 필요한 전도, 교육, 문화, 기타 선도사업을 위하여 필요한 토지, 건물, 설비품을 소유보관하며 필요한 재산의 공급과 관리를 목적으로 하는 비영리법인이다.

나. 원고는

대천동성당을 신축하기 위하여 2004. 12. 20.

소외 박종인으로부터

대구 달서구 대천동 913공장용지 2,010㎡ 및 그 지상의 공장 496㎡, 수위실 93.59㎡, 공장 369.35㎡, 기숙사 18㎡, 화장실 3.6㎡(이하 토지를 ‘이 사건 토지’라고 하고, 이 사건 토지와 그 지상의 공장 등을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매수하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2005. 12. 7. 잔금을 지급함으로써 이 사건 부동산을 취득하였고, 2005. 12. 9. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 경료하면서, 같은 날 피고에게 이 사건 부동산을 종교용 재산으로 취득신고하여 이에 대한 취득세 및 등록세 등(농어촌특별세 및 지방교육세 포함, 이하 같다)의 부과를 면제받았다.

다. 피고는 당초 이 사건 부동산을 종교용 재산으로 보아 비과세하였으나 원고가 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서 규정에 따라 취득세 및 등록세 등의 부과대상에 해당한다고 판단하고, 원고에게 2008. 12. 16. 취득세 52,800,000원, 농어촌특별세 5,280,000원, 등록세 52,800,000원, 지방교육세 10,560,000원을 신고납부할 것을 안내하였고, 원고는 2009. 1. 7. 취득세 52,800,000원, 농어촌특별세 5,280,000원, 등록세 52,800,000원, 지방교육세 10,560,000원을 각 신고한 후 납부고지서를 교부받아 취득세와 농어촌특별세는 2009. 1. 7.에, 등록세와 지방교육세는 2009. 1. 9.에 각 납부하였다(이하 원고가 납부고지서를 교부받은 2009. 1. 7.자 취득세 등 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 13, 15호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고의 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

⑴ 원고는 이 사건 부동산 취득일로부터 3년이 경과되기 전에

대천동성당 증축공사 설계계약 등을 체결하고, 착공신고를 한 뒤 지상건축물 철거공사를 시작하였으므로, 취득일로부터 3년 이내에 용도에 직접 사용한 경우에 해당한다.

⑵ 가사 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 용도에 직접 사용하지 아니한 경우로 본다고 하더라도, 원고는 이 사건 부동산을 매도인의 사정으로 다소 늦게 인도받았고, 이 사건 부동산에 건립될 대천성당에 대한 인사발령이 2008. 8. 27.경에서야 이루어졌으며, 신자들이 구성되어야 하고, 신자들의 헌금으로 성당을 건축해야 하는 원고의 내부사정이 있다는 점, 이 사건 부동산은 그 일대가 택지로 개발되어 아파트가 건립되기로 예정되어 있었기에 성당 부지로 취득한 것인데 개발이 늦어짐에 따라 아파트 등 주택의 건축이 늦어져 주민이 전혀 없는 상태에서 성당만 신축할 수 없는 상황이었던 점, 원고는 위와 같은 사정으로 2008. 11. 14.경에 이르러 건축허가를 받고 철거작업을 하는 등 공사를 진행하여 현재 성당건물로서 사용하고 있다는 점 등에 비추어 보아 원고가 이 사건 부동산을 투기목적으로 보유하는 것이 아니라는 객관적인 사정 등이 발견된다면 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 용도에 사용하지 못한 ‘정당한 사유’가 있는 경우로 보아야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 원고는 2008. 10. 20. 이공 건축사사무소와

대천동성당 증축공사 설계계약을 체결하고, 같은 해 11. 14. 피고로부터 이 사건 토지상의 공장 496㎡ 및 369.35㎡, 기숙사 18㎡, 화장실 3.6㎡를 철거하여

대천동성당건물을 증축하고, 수위실 93.59㎡를 종교시설(사제관)으로 용도변경하는 내용의 건축대수선용도변경허가를 받았다.

⑵ 원고는 2008. 11. 20. 이공 건축사사무소와

대천동성당 증축공사 공사감리계약을 체결하고, 피고에게 같은 달 21. 착공신고를 한 후, 같은 달 25. 건축물 철거멸실신고를 하면서 폐기물처리계획서를 제출하였다.

⑶ 원고는 2008. 11. 28.

주식회사 상원엔텍과 철거공사 도급계약을 체결하고, 같은 해 12. 1.부터 공장의 지붕칼라강판 해체작업을 시작하는 등 철거공사를 시작하였고, 같은 달 2.

한국전력공사에 전기사용신청을 하였다.

⑷ 피고는 2008. 9. 23. 원고에게 이 사건 부동산에 관하여 비과세한 취득세 및 등록세 등의 유예기간이 2008. 12. 9.로 임박하였으므로 유예기간이 경과할 때까지 비과세 목적사업에 사용하지 못할 경우 당초 감면받은 세액을 신고납부하여야 한다는 안내문을 통지하고, 같은 해 11. 26. 이 사건 부동산에 관하여 비과세목적사업 사용여부를 확인하기 위한 출장조사를 한 결과 공가상태로 방치중이었고, 같은 해 12. 2.경에는 이 사건 부동산에 울타리를 설치하는 등 철거공사를 준비중이었으며, 같은 해 12. 9.경에는 이 사건 토지상의 기존 공장건축물 등의 철거공사가 진행중이었고, 같은 해 12. 10.경부터 같은 해 12. 17.경까지 사이에는 철거공사 및 폐기물처리작업, 사제관 리모델링작업중이었다는 것을 확인하였다.

⑸ 원고는 이 사건 부동산에

대천동성당을 증축하고 2009. 3. 27. 피고로부터 사용승인을 받았다.

[인정근거] 앞서 든 증거, 갑 제2 내지 12, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 직접 사용 주장에 관한 판단

구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에서 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득하는 경우 그 취득 부동산을 취득세와 등록세 비과세 대상으로 정하면서도 그 단서에서 비과세된 취득세와 등록세의 부과규정을 둔 취지, 건축물의 건축공사는 원칙적으로 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과한 점,

지방세법 시행령 제230조에는 직접사용의 범위에 관하여 ‘법 제5장중 토지에 대한 재산세의 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축중인 경우를 포함한다’라고 규정하고 있을 뿐 비과세된 취득세와 등록세를 부과함에 있어 직접사용의 범위를 정하는 아무런 규정이 없는 점 등을 종합해 볼 때, 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 토지를 취득하는 경우 특별한 사정이 없는 한 그 신축한 건축물에 대하여 사용승인을 받은 시점에 그 토지를 고유의 목적사업에 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하다(

대법원 2009. 3. 12. 선고 2006두11781 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산 취득일로부터 3년이 경과하기 전인 2008. 10. 20.경

대천동성당 증축공사 설계계약을 체결하고, 같은 해 11. 21. 착공신고를 한 다음 같은 해 12. 1.부터 지상 건축물의 철거공사를 시작한 사실은 인정되나, 이와 같은 행위는 이 사건 부동산을 비과세목적 용도인 종교적 용도에 직접 사용하기 위한 준비행위에 불과하고, 이 사건 부동산 위에 증축된

대천동성당의 사용승인일인 2009. 3. 27.에야 비로소 종교적 용도로 직접 사용하는 것으로 봄이 상당하므로, 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 종교적 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 없고, 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 이유가 없다.

⑵ 정당한 사유 주장에 관한 판단

지방세법 제107조,

제127조의 각 비과세규정의 취지는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여, 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 과세하지 아니하는 혜택을 주되, 취득 및 등기일로부터 3년 이내에 이를 정당한 사유 없이 고유의 목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 및 등록세를 부과함으로써 부동산의 효용가치를 증대시키고 부동산투기 등을 근절하는 데 있다고 할 것이고, 위 각 규정에서 정한 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 부동산 인근에 월배 제1종지구단위계획에 따라 주거지역이 형성될 것을 예상하여 성당 신축을 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였으나 월배지구 내 아파트 사업시행이 부진하여 주거형성이 원만하게 이루어지지 않고 있다는 사정, 이 사건 부동산에 건립될 대천성당에 대한 인사발령이 2008. 8. 27.경에서야 이루어진 사정 등은 인정할 수 있으나, 위와 같은 사정 및 원고 주장의 사정만으로 원고가 이 사건 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 종교적 용도에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.