토지를 취득하여 주택건설사업을 추진하던 중 약 10개월 만에 합병으로 더 이상 사업 추진이 불가능하게 되었으므로, 소외 회사가 토지를 주택건설사업에 사용하지 못한 데에는 지방세법 시행령 제101조 제2항이 정한 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고 회사(2007. 9. 7. 변경전 상호는 ‘주식회사

강호엔지니어링건축사사무소’)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2000. 3. 17.

(2) 목적 사업 : 건축설계업, 주택건설업 및 분양업 등

나. (주)

파크에이엠씨(이하 ‘소외 회사)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2006. 10. 10.

(2) 본점 : 서울 서초구

서초동 1444-1 브릿지웰빙빌딩 402호

(3) 목적 사업 : 주택건설업 등

(4) 2006. 12. 15. 주택법 제9조가 정한 주택건설사업자로 등록

다. 원고 회사의 (주)신일과 공사도급계약 체결

(1) 일자 : 2006. 4. 20.

(2) 내용 : 장교구역 제6지구 도시환경정비구역(이하 ‘이 사건 정비구역’) 내에 있는 서울 중구

장교동 88-1, 2 일원 지상에 사업부지면적 8,768.46㎡, 건축연면적 102,080,73㎡, 지하 6층, 지상 2층의 주상복합건물(공동주택 276세대, 근린생활시설, 운동시설)의 건축

(3) 공사 여부 : 시공사인

(주)신일은 2007. 6. 13. 부도처리되어 위 건설공사에 착수하지 못하였다.

라. 주택건설 부지의 취득 및 등록세 신고ㆍ납부

(1) 소외 회사

(가) 일자 : 2007. 2. 28.

(나) 대상 토지 : 이 사건 정비구역 내에 있는 서울 중구

장교동 22-22 외 3필지 토지 합계 1,123.85㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)

(다) 등록세 등 : 661,313,280원

○ 취득가액(과세표준) : 25,304,720,000원

○ 등록세 일반세율을 적용

(2) 원고 회사 : 2007. 2. 28. 이 사건 정비구역(토지 68필지) 중 45필지 토지 5,553.05㎡를 취득

마. 원고 회사의 소외 회사 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)

(1) 합병일 : 2007. 12. 5.

(2) 본점 : 소외 회사의 소재지인 서울 서초구

서초동 1444-1 브릿지웰빙빌딩 402호로 이전

바. 원고 회사의 정비사업 추진

(1) 사업시행인가

(가) 일자 : 2007. 12. 20.

(나) 사업의 내용(주된 용도) : 업무시설인 건축물 신축

(2) 2007. 12. 1. 착공신고(건축물 용도 : 업무시설, 근린생활시설, 문화집회시설)

사. 피고의 등록세 중과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

(1) 처분일 : 2008. 8. 11.

(2) 처분사유 : 이 사건 토지는 등록세 중과대상이다.

(가) 원고는 2007. 12. 5. 소외 회사를 흡수합병하면서 이 사건 토지의 소유권을 승계 취득하였는데, 그 후 이 사건 토지를 주택건설용이 아닌 업무시설인 건축물 용지로 사용하였다.

(나) 결국 소외 회사는 이 사건 토지 최초 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 않은 것에 해당하므로

지방세법 시행령 제101조 제2항에 의하여 소급하여 등록세 중과세율이 적용된다.

(3) 고지 세액 : 이 사건 토지 취득가액에 중과세율 적용 후 기납부세액을 차감

(가) 등록세 1,281,127,650원(가산세 포함) 및 지방교육세 235,981,670원

(나) 각 부동산별 상세 내역은 아래와 같다.

아. 기타 사항

(1) 이 사건 정비구역의 연혁

(가) 1973. 9. 6.(건설부 고시 제1973-368호) 재개발구역으로 지정

(나) 1976. 7. 14.(건설부 고시 제1976-104호) 도시환경정비구역으로 지정

(다) 건축계획상 주용도 변경 지정

○ 2007. 4. 12.(서울특별시장 고시 제2007-94호) 주거 및 근린생활시설

○ 2007. 5. 17.(서울특별시장 고시 제2007-132호) 주거

○ 2007. 8. 16.(서울특별시장 고시 제2007-274호) 업무시설

(2) 원고의 불복 : 심판청구 2009. 6. 18. 기각

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 토지는 등록세 중과대상에 해당하지 않는다.

(가) 원고는 이 사건 합병으로 이 사건 토지를 취득하여

조세특례제한법 제119조 제1항 제2호에 따라 이 사건 토지에 관한 등록세를 면제받았는데, 면제받은 토지에 관한 등록세 추징을 위한 근거법규가 없다.

(나) 소외 회사가 이 사건 합병으로 인해 이 사건 토지를 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못한 것은

지방세법 시행령 제101조 제2항이 정한 정당한 사유에 해당된다.

(2) 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

(가) 피고는 이 사건 토지가 소급하여 등록세 중과대상이 되지 않는다는 내용의 질의회신을 하는 등으로 비과세를 하겠다는 공적 견해를 표명하였다.

(나) 행정안전부장관은 합병의 경우 등록세 중과 면제의 정당한 이유가 있다는 사례가 기재된 공무원교육교재로 일선 세무담당공무원에게 교육을 실시하는 등의 비과세관행이 있다.

(다) 원고는 위 질의 회신 및 교육관행에 근거하여 이 사건 합병을 하였다.

(라) 원고의 신뢰에 반한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소외 회사의 이 사건 토지 취득시 등록세 납부 의무

(가) 원칙 : 소외 회사는 대도시 내에서 설립(2006. 10. 10.)된지 5년 이내인 2007. 2. 28. 이 사건 토지를 취득하였으므로

지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

(나) 주택건설업자로서 예외적 일반세율에 의한 등록세 의무 부담

○ 요건(

지방세법 제138조 제1항 단서,

같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호)

- 업종 :

주택법 제9조에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업

- 토지 : 주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산으로서 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다. 만약 3년 이내에 정당한 사유 없이 주택건설사업에 사용하지 않는 경우에는

지방세법 시행령 제101조 제2항에 의하여 지방세법 제138조 제1항 본문에 따라 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

○ 소외 회사 : 주택건설사업자로서 주택건설용으로 이 사건 토지를 취득하였으므로

지방세법 제131조가 정한 부동산등기 일반세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

(2) 이 사건 합병으로 인한 이 사건 토지에 관한 등록세 납부 의무

○ 원고 : 원칙적으로는 합병을 원인으로 이 사건 토지를 양수하였으므로 그 부동산등기에 관하여

지방세법 제131조가 정한 일반세율에 의한 등록세 납부의무를 부담하나(설립 후 5년이 경과한 법인),

조세특례제한법 제119조 제1항 제2호 및

같은 법 시행령 제116조 제1항에 의하여 등록세 납부의무가 면제된다.

- 원고는 이 사건 합병으로 등록세를 면제받은 이 사건 토지에 관하여 등록세 추징을 위한 근거법규가 없으므로 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 주장하나, 원고가 합병으로 인해 면제받은 등록세는 합병을 원인으로 이 사건 토지를 취득하는데 부담해야 할 일반세율에 의한 등록세일 뿐, 소외 회사가 이 사건 토지 취득 후 등록세 중과 제외 요건을 충족하지 못하여 부과되는 중과세율에 의한 등록세까지 위 각 규정에 의하여 당연히 면제되는 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

○ 소외 회사 : 이 사건 토지를 취득한 2007. 2. 28. 이후 주택건설사업을 추진하던 중 시공사인 (주)신일의 부도 등으로 사업을 진행하지 못하고 있다가 2007. 12. 5. 원고와 합병하는 바람에 이 사건 토지를 더 이상 주택건설사업에 사용하지 못하게 된 사실, 원고가 이 사건 합병 후 이 사건 토지가 포함된 이 사건 정비구역에서 업무시설물의 신축에 관한 사업시행인가를 받고 2007. 12. 1. 용도가 업무시설ㆍ근린생활시설ㆍ문화집회시설인 건축공사에 착공함으로써 결국 소외 회사가 이 사건 토지를 최초로 등기한 때로부터 3년 이내에 주택건설공사에 사용하는 것이 불가능하게 된 사실은 앞서 인정사실에서 본 바와 같다.

위 인정사실에 의하면, 소외 회사는 이 사건 토지를 취득하여 주택건설사업을 추진하던 중 약 10개월 만에 이 사건 합병으로 더 이상 사업 추진이 불가능하게 되었으므로 소외 회사가 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 못한 데에는

지방세법 시행령 제101조 제2항이 정한 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

나아가 소외 회사를 합병한 원고는 대도시 내에서 설립한지 이미 5년이 경과된 법인인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 합병으로 소외 회사의 3년 이내에 주택건설사업을 추진할 의무까지 그대로 승계한다거나 대도시 내에서 설립된지 5년 이내인 법인이 토지를 취득하는 경우에 적용되는

지방세법 제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다고 할 수도 없다.

(3) 소결론

원고가 이 사건 토지 취득과 관련하여 지방세법이 정한 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 나머지 원고 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용한다.