상고이유를 본다.

1. 구 ‘00시 감면 조례’(2006. 12. 27. 조례 제4138호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘이 사건 조례’라고 한다) 제31조는 ‘중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률’(이하 ‘중소기업진흥법’이라고 한다)의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지 안에서 같은 법의 규정에 의한 협동화사업실천계획 승인을 얻어 지방세법 시행규칙 별표 3에서 정하는 업종의 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체에 대하여는 취득세를 면제하고 그 취득일로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제하는 한편(제1항 제2호), 위와 같이 취득세 등을 면제받은 이가 부동산을 취득한 후 정당한 사유 없이 그 부동산을 취득일로부터 1년 이내에 지정한 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우에는 면제된 취득세 등을 추징하도록 정하고 있다(제2항 제3호).

한편 구 지방세법(2009. 5. 21. 법률 제9685호로 개정되기 전의 것) 제280조 제1항 본문은 중소기업진흥법에 의하여 협동화실천계획의 승인을 얻은 이가 중소기업자에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등의 100분의 50을 경감하도록 하고 있다.

기록에 의하면, 선박 관련 기자재 생산업체인 주식회사 동화00산업(이하 ‘동화00산업’이라고만 한다)은 한국토지공사 소유인 00 00구 00동 330-64 공장용지 9,237㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하려고 하면서 앞서 본 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호에 따라 취득세 등을 면제받을 목적으로 2004. 8. 2. 원고를 설립한 사실, 원고는 같은 달 4. 한국토지공사로부터 이 사건 토지를 59억 1,200만 원에 매수하는 한편 자신을 협동화실천계획의 추진주체로 하고 동화00산업, 00엔지니어링 주식회사(이하 ‘호성엔지니어링’이라고만 한다) 및 00공업사의 세 회사를 참가업체로 하는 협동화사업 내부규약을 작성하여 같은 해 9. 15. 중소기업진흥공단으로부터 00조선기자재협동화사업(이하 ‘이 사건 협동화사업’이라고 한다)에 대한 사업계획승인을 받고, 2005. 6. 9. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 경료함에 있어서 같은 날 피고로부터 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호에 따라 취득세 등을 면제받은 사실, 그런데 피고는 2007. 1. 16. 원고에 대하여 위와 같이 면제한 지방세를 추징하면서 다만 원고에게 구 지방세법 제280조 제1항 본문에 의한 경감사유가 있는 것으로 보아 면제받은 취득세 등 중 50%만을 추징하는 이 사건 1 처분을 하였다가, 2007. 9. 12.에는 원고에게 구 지방세법 제280조 제1항 본문에 의한 경감사유도 인정되지 아니한다는 이유로, 이 사건 1 처분에서 추징하지 아니하였던 나머지 50% 부분에 대하여도 추가로 추징하는 이 사건 2 처분을 한 사실을 알 수 있다.

이에 대하여 원심은, 그 판시와 같은 사정을 들어 원고의 이 사건 토지의 취득은 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호의 취득세 등 면제요건에 해당한다는 이유로 이 사건 1, 2 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)이 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍할 수 없다.

이 사건 조례 제31조 제1항, 제2항에서 정하는 바와 같이 조세를 감면하였다가 일정한 요건 아래 추징을 하는 것은, 일단 감면요건에 해당하여 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 부과처분이라고 할 것이다(대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두516 판결 참조).

앞에서 본 사실에 의하더라도, 피고는 이 사건 토지에 대하여 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호에 따라 취득세 등을 면제하였다가 이후 면제된 취득세 등을 추징한 것이고 당초부터 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호에 의한 취득세 등 면제를 거부하고 부과처분을 한 것이 아님을 알 수 있다. 또한 이 사건 각 처분에는 ‘취득세·등록세 추징세액 산출내역서’(기록 41면, 45면)가 첨부되어 있어서 이 사건 각 처분이 추징처분임을 뚜렷이 확인하여 주며, 나아가 피고는 이 사건 처분사유로 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후 협동화사업에 직접 사용하지 아니하였다는 취지의 주장, 즉 이 사건 조례 제31조 제2항 제3호의 추징사유에 해당하는 주장을 하고 있다(기록 311면, 312면).

그렇다면 이 사건 각 처분은 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호의 취득세 등 면제요건의 결여를 사유로 하는 취득세 등 부과처분이 아니라 취득세 등의 면제 후에 이 사건 조례 제31조 제2항 제3호를 사유로 행하여진 추징처분이고, 다만 이 사건 2 처분은 구 지방세법 제280조 제1항 본문의 경감사유 부재를 특유의 처분사유로 추가하고 있는 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 각 처분의 적법성 여부는 먼저 이 사건 각 처분에 공통된 처분사유인 이 사건 조례 제31조 제2항 제3호의 추징사유의 존부를 심리하고, 그 추징사유가 인정된다면 나아가 이 사건 2 처분에 특유한 처분사유인 구 지방세법 제280조 제1항 본문의 경감사유의 존부를 심리하여 판단하여야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은 이 사건 각 처분의 처분사유를 이 사건 조례 제31조 제1항 제2호의 취득세 등 면제요건의 결여로 파악하여 앞에서 본 바와 같은 추징사유의 존부 등을 심리하지 아니하였다. 그렇다면 원심판결에는 위 각 처분사유에 관하여 심리를 다하지 아니하거나 판단을 누락한 위법이 있고, 이러한 위법은 판결 결과에 영향을 미쳤음이 분명하다. 이 점을 지적하는 취지가 포함된 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산지방법원 2008. 11. 5. 선고 2007구합4156 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 원고에 대하여 한 2007. 1. 16.자 취득세 60,368,390원, 농어촌특별세 18,110,510원 및 12,073,680원, 등록세 60,368,390원, 지방교육세 12,073,670원의 각 부과처분, 2007. 9. 12.자 취득세 108,910,600원, 등록세 110,069,680원, 지방교육세 19,599,190원의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1 내지 8호증, 을1호증의 1 내지 7, 을2호증의 1 내지 5, 을3호증, 을5호증, 을8호증, 을9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고(변경 전 상호 주식회사 해건)는 주식회사 동화진세산업, 호성엔지니어링 주식회사, 청학공업사(이하 ‘참가업체’라 한다)가 안정적인 생산기반 구축 및 초기 투자비 절감 등을 목적으로 공동사업장을 매입하여 활용하는 내용의 영도조선기자재협동화사업(이하 ‘이 사건 협동화사업’이라 한다)을 추진하기 위하여 2004. 8. 2. 공동으로 설립한 회사이다.

나. 원고는 2004. 8. 4. 한국토지공사로부터 부산 영도구 청학동 330-64공장용지 9,237㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매매대금 5,912,000,000원에 매수하는 계약을 체결하였고, 2004. 9. 15. 중소기업진흥공단으로부터 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 따라 이 사건 협동화사업 실천계획 승인을 받았다.

나. 원고는 2005. 6. 9. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료한 다음 같은 날 피고로부터 구 부산광역시세 감면조례(2006. 12. 27. 조례 제4138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 감면조례’라 한다) 제31조 제1항 제2호에 따라 이 사건 협동화사업용 부동산취득에 대하여 지방세를 면제받았다.

다. 그런데 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 이 사건 토지가 협동화사업 단지 내 토지가 아니고 지방세법 제280조 제1항에 의한 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서 취득세 등의 100분의 50의 경감대상에는 해당하나, 이 사건 토지를 취득하기 전인 2004. 8. 2.부터 이 사건 토지를 임차하여 사업용으로 사용하고 있었으므로 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하여 이 사건 감면조례의 지방세 면제대상에는 해당하지 아니한다는 이유로 당초 면제하였던 지방세 중 100분의 50을 추징하기로 하여 2007. 1. 16. 취득세 60,368,390원, 농어촌특별세 30,184,170원(= 18,110,510원 + 12,073,680원), 등록세 60,368,390원, 지방교육세 12,073,670원 합계 162,994,620원을 부과고지(이하 ‘이 사건 1처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 1처분에 불복하여 2007. 4. 12. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나 2007. 6. 25. 기각되었고 한편, 피고는 중부산세무서장으로부터 원고의 부동산 임대수입금액 신고가 없다는 통보를 받고 이 사건 토지가 임대할 목적으로 취득한 부동산에도 해당하지 않는다는 이유로 2007. 9. 12. 당초 감면세액에서 이 사건 1처분의 추징세액을 제외한 나머지 취득세 108,910,600원(= 60,368,400원 + 가산세 48,542,200원), 등록세 110,069,680원(= 60,368,400원 + 가산세 49,701,280원), 지방교육세 19,599,190원(= 12,073,680원 + 가산세 7,525,510원) 합계 238,579,470원을 부과고지(이하 ‘이 사건 2처분’이라 한다)하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

이 사건의 쟁점은 이 사건 토지가 이 사건 감면조례에서 정하고 있는 지방세 면제요건에 해당하는지 여부이다.

살피건대, 이 사건 감면조례 제31조 제1항 제2호는 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지 안에서 동법의 규정에 의한 협동화사업 실천계획 승인을 얻어 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 이 사건 협동화사업을 추진하기 위하여 설립된 회사로서 그 참가업체가 이 사건 토지를 공동으로 활용하기 위하여 이 사건 토지를 한국토지공사로부터 매입하고 중소기업진흥공단으로부터 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 따라 이 사건 협동화사업 실천계획의 승인을 받은 다음 이 사건 토지를 취득하였으므로, 이 사건 토지는 협동화사업 실천계획 승인을 얻어 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다.

이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전에 임차하여 사용하였으므로 이 사건 감면조례에 규정된 바와 같이 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하여 지방세 면제에서 제외된다고 주장하나, 이 사건 감면조례의 규정의 취지가 협동화사업을 위하여 토지를 최초로 취득한 주체에 한하여 그 토지의 취득에 따른 지방세를 감면해 주고 이후 그로부터 다시 토지를 승계취득한 자에 대하여는 취득세를 면제하지 않는다는 것이므로, 설령 피고 주장대로 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전에 이를 임차하여 사용하였다 하더라도 원고의 취득 이전에 어떤 업체가 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 감면조례에 따라 지방세 등을 감면받은 사정이 없는 이상 원고의 이 사건 토지 취득은 협동화사업을 위하여 이를 최초로 취득한 것에 해당하고 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하지 아니하므로, 이 사건 토지의 취득이 이 사건 감면조례의 취득세 등 면제요건에 해당하지 아니함을 전제로 피고가 한 이 사건 1처분 및 이 사건 2처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-부산고등법원 2009. 10. 7. 선고 2008누6240 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 아래와 같이 제1심 판결문 해당 부분의 기재를 변경하거나 추가하고, 관계 법령을 별지로 첨부하는 이외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항,민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 변경 또는 추가 부분

① 제4면 제5행의 "2월 이내에"를 "2년 이내에"로 고침.

② 제4면 제12행의 "해당한다."를 다음과 같이 변경함 :

"해당한다(피고는 이 사건 토지가 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률 제19조 내지 제21조의 규정에 의하여 시ㆍ도지사의 승인을 얻어 조성된 협동화사업단지‘안’의 부동산이 아니어서 이 사건 감면조례 제31조 제1항 제2호 소정의 취득세ㆍ등록세 면제대상 부동산에 해당하지 않는다고 주장하므로 살피건대, 갑 5, 6, 9, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 중소기업진흥공단은 수년 동안 각종 안내서 등에서 협동화사업 실천계획승인을 받으면 단지조성이 수반되지 않은 협동화사업용 부동산이더라도 취득세ㆍ등록세 감면대상에 해당된다고 안내해 온 사실, 지방자치단체들도 협동화사업 실천계획승인을 받은 자가 취득하는 부동산에 대하여는 협동화사업단지내의 부동산 여부를 가리지 아니하고 계속해서 등록세 감면확인서를 발급해 온 사실, 이 사건 각 처분 당시까지 위 법률에 따라 시ㆍ도지사가 협동화사업을 위한 단지조성사업을 승인하는 구체적인 절차 등이 마련되어 있지 않은 사실, 위와 같은 사정을 고려하여 행정자치부장관(현재 행정안전부장관으로 명칭 변경됨)은 2004. 3. 25. "자치단체에서는 그간 단지조성이 수반되지 않은 협동화사업용 부동산에 대하여도 감면혜택을 부여하는 것으로 운영해 왔고, 중소기업의 활성화를 위하여 전국의 협동화사업의 대부분을 차지하고 있는 단지조성이 수반되지 않은 소규모 협동화 사업자들도 세제혜택을 받을 수 있도록 감면조례를 개정하고자 하니, 자치단체에서는 「지방세법」제9조의 규정에 의한 행정자치부장관의 허가를 받은 것으로 갈음하여 지방의회 의결 등을 거쳐 시행하기 바란다"는 내용의 감면조례 개정안을 각 지방자치단체에 통보한 사실, 원고는 중소기업진흥공단 등으로부터 협동화사업용 부동산 취득이 지방세 감면대상이라는 설명을 듣고 이를 신뢰하여 협동화사업을 추진하면서 이 사건 토지를 취득한 후 피고에게 이 사건 토지 취득에 따른 지방세 감면신청을 하였고, 피고는 원고의 신청을 받아들여 원고에게 등록세 감면확인서를 작성ㆍ교부한 사실 등이 인정된다. 그렇다면, 단지조성사업이 수반되지 않은 협동화사업용 부동산에 대하여 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청인 지방자치단체가 그러한 부동산에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 중소기업 활성화를 위하여 과세하지 않는다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 볼 것이므로 위와 같은 부동산에 관하여 국세기본법 제18조 제3항소정의 비과세관행이 성립하였고( 대법원 2001. 10. 30. 선고 2000두840 판결 참조), 원고는 그와 같은 비과세관행을 신뢰하여 협동화사업을 추진하였던바, 피고가 이 사건 토지에 대하여 취득세 및 등록세를 감면하였다가 이를 추징하는 이 사건 각 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다. 그렇다면, 원고의 신뢰를 보호하기 위해서라도 이 사건 토지는 취득세ㆍ등록세 면제대상 부동산에 해당한다고 볼 것이므로, 피고의 위 주장은 받아들이지 않는다)."

③ 제4면 아래에서 넷째 줄의 "설령 피고 주장대로"를 "비록"으로 고침.

④ 제5면 제3행 아래에 다음 설시를 추가함.

"한편, 피고는 당심에 이르러, ① 이 사건 협동화사업 실천계획승인 이후 승인 당시의 참가업체인 주식회사 동화진세산업, 호성엔지니어링 주식회사는 사업장을 이 사건 토지에서 다른 곳으로 이전하고 나머지 참가업체인 청학공업사는 사업을 이미 폐지함으로써 이 사건 협동화사업 실천계획승인에 따른 협동화사업이 실제 이루어지지 않고 있고, ② 위 부산광역시세 감면조례 제31조는 법에서 위임을 받지도 않고 법에서 정하고 있는 범위 이상의 특혜를 베풀고 있어 조세법률주의에 위배되는 무효의 조례이므로, 이 사건 각 처분은 적법하다는 취지로 주장한다.

살피건대, 가사 이 사건 협동화사업 실천계획승인에 따른 협동화사업이 실제 이루어지지 않고 있다 하더라도, 그와 같은 사유로 인하여 이 사건 협동화사업 실천계획승인이 취소될 수 있는지 여부는 별론으로 하고 이미 행하여진 이 사건 협동화사업 실천계획승인이 당연 무효가 된다고 볼 수 없으므로, 피고의 위 ①번 주장은 이유 없다.

한편, 위 부산광역시세 감면조례는 「지방세법」제7조 내지 제9조의 규정에 따라 부산광역시세의 과세면제 등에 관한 사항을 규정함으써 법령기능을 보완하고 과세의 공평을 기하기 위하여 제정된 것인데, 「지방세법」제7조 제1, 2항은 ‘지방자체단체는 공익상 기타의 사유로 인하여 과세를 부적당하다고 인정할 때에는 과세하지 아니할 수 있고, 공익상 기타의 사유로 인하여 필요한 때에는 불균일과세를 할 수 있다’고 규정함으로써 지방자치단체에 과세면제 권한을 위임하고 있는바, 그와 같은 위임에 따른 위 부산광역시세 감면조례 제31조 규정이 법에서 위임을 받지도 않고 법에서 정하고 있는 범위 이상의 특혜를 베풀고 있어 무효라고 볼 아무런 근거가 없으므로, 피고의 위 ②번 주장도 이유 없다."

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.