토지를 취득하여 감면조례에 따라 지방세 등을 감면받은 사정이 없는 이상 원고의 토지 취득은 협동화사업을 위하여 이를 최초로 취득한 것에 해당하고 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하지 아니하므로, 토지의 취득이 감면조례의 취득세 등 면제요건에 해당한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1 내지 8호증, 을1호증의 1 내지 7, 을2호증의 1 내지 5, 을3호증, 을5호증, 을8호증, 을9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고(변경 전 상호 주식회사

해건)는 주식회사

동화진세산업,

호성엔지니어링 주식회사,

청학공업사(이하 ‘참가업체’라 한다)가 안정적인 생산기반 구축 및 초기 투자비 절감 등을 목적으로 공동사업장을 매입하여 활용하는 내용의 영도조선기자재협동화사업(이하 ‘이 사건 협동화사업’이라 한다)을 추진하기 위하여 2004. 8. 2. 공동으로 설립한 회사이다.

나. 원고는 2004. 8. 4. 한국토지공사로부터

부산 영도구 청학동 330-64공장용지 9,237㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매매대금 5,912,000,000원에 매수하는 계약을 체결하였고, 2004. 9. 15. 중소기업진흥공단으로부터 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 따라 이 사건 협동화사업 실천계획 승인을 받았다.

나. 원고는 2005. 6. 9. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 경료한 다음 같은 날 피고로부터 구 부산광역시세 감면조례(2006. 12. 27. 조례 제4138호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘이 사건 감면조례’라 한다) 제31조 제1항 제2호에 따라 이 사건 협동화사업용 부동산취득에 대하여 지방세를 면제받았다.

다. 그런데 피고는 원고에 대한 세무조사 결과 이 사건 토지가 협동화사업 단지 내 토지가 아니고

지방세법 제280조 제1항에 의한 임대할 목적으로 취득한 부동산으로서 취득세 등의 100분의 50의 경감대상에는 해당하나, 이 사건 토지를 취득하기 전인 2004. 8. 2.부터 이 사건 토지를 임차하여 사업용으로 사용하고 있었으므로 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하여 이 사건 감면조례의 지방세 면제대상에는 해당하지 아니한다는 이유로 당초 면제하였던 지방세 중 100분의 50을 추징하기로 하여 2007. 1. 16. 취득세 60,368,390원, 농어촌특별세 30,184,170원(= 18,110,510원 + 12,073,680원), 등록세 60,368,390원, 지방교육세 12,073,670원 합계 162,994,620원을 부과고지(이하 ‘이 사건 1처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이 사건 1처분에 불복하여 2007. 4. 12. 행정자치부장관에게 심사청구를 하였으나 2007. 6. 25. 기각되었고 한편, 피고는 중부산세무서장으로부터 원고의 부동산 임대수입금액 신고가 없다는 통보를 받고 이 사건 토지가 임대할 목적으로 취득한 부동산에도 해당하지 않는다는 이유로 2007. 9. 12. 당초 감면세액에서 이 사건 1처분의 추징세액을 제외한 나머지 취득세 108,910,600원(= 60,368,400원 + 가산세 48,542,200원), 등록세 110,069,680원(= 60,368,400원 + 가산세 49,701,280원), 지방교육세 19,599,190원(= 12,073,680원 + 가산세 7,525,510원) 합계 238,579,470원을 부과고지(이하 ‘이 사건 2처분’이라 한다)하였다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

이 사건의 쟁점은 이 사건 토지가 이 사건 감면조례에서 정하고 있는 지방세 면제요건에 해당하는지 여부이다.

살피건대, 이 사건 감면조례 제31조 제1항 제2호는 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률의 규정에 의하여 조성된 협동화사업단지 안에서 동법의 규정에 의한 협동화사업 실천계획 승인을 얻어 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고 그 취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 규정하고 있는바, 위 인정사실에 의하면 원고는 이 사건 협동화사업을 추진하기 위하여 설립된 회사로서 그 참가업체가 이 사건 토지를 공동으로 활용하기 위하여 이 사건 토지를 한국토지공사로부터 매입하고 중소기업진흥공단으로부터 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 따라 이 사건 협동화사업 실천계획의 승인을 받은 다음 이 사건 토지를 취득하였으므로, 이 사건 토지는 협동화사업 실천계획 승인을 얻어 협동화사업을 영위하기 위하여 최초로 부동산을 취득하는 추진주체 및 참가업체가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당한다.

이에 대하여 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전에 임차하여 사용하였으므로 이 사건 감면조례에 규정된 바와 같이 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하여 지방세 면제에서 제외된다고 주장하나, 이 사건 감면조례의 규정의 취지가 협동화사업을 위하여 토지를 최초로 취득한 주체에 한하여 그 토지의 취득에 따른 지방세를 감면해 주고 이후 그로부터 다시 토지를 승계취득한 자에 대하여는 취득세를 면제하지 않는다는 것이므로, 설령 피고 주장대로 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전에 이를 임차하여 사용하였다 하더라도 원고의 취득 이전에 어떤 업체가 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 감면조례에 따라 지방세 등을 감면받은 사정이 없는 이상 원고의 이 사건 토지 취득은 협동화사업을 위하여 이를 최초로 취득한 것에 해당하고 이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득한 경우에 해당하지 아니하므로, 이 사건 토지의 취득이 이 사건 감면조례의 취득세 등 면제요건에 해당하지 아니함을 전제로 피고가 한 이 사건 1처분 및 이 사건 2처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 각 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.