투자목적회사가 공정거래법 제2조의 요건을 충족한 경우 공정거래법상의 지주회사라고 봄이 타당하다고 할 것인바, 앞에서 인정한 바와 같이 원고가 영화엔지니어링의 발행주식 전부를 취득함으로써 원고의 설립연도 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인 00000000의 주식이 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 94.3%를 차지하고 있으므로, 원고는 공정거래법상의 지주회사에 해당한다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

1. 처분의 경위

다음의 각 사실들은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제7호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)상 투자목적회사로서 관련 법령에 따라 허용되는 다른 회사의 주식, 지분, 증권 파생상품 등에의 투자, 관련 법령에 따라 허용되는 부동산, 금전채권, 부실채권 등 기타 자산에 대한 투자 등을 목적으로 사모투자전문회사가 출자하여 설립한 법인이다.

나.

엠비케이파트너스이호 사모투자전문회사는 2009. 9. 8.

소외 김인호,

김인성로부터 주식회사

영화엔지니어링(이하 ‘영화엔지니어링’이라 한다)의 발행주식 전체인 의결권 있는 보통주식 8,241,600주를 1,323억 원에 매수하여 위 회사의 경영권을 인수하는 계약을 체결하였고, 원고는 2009. 9. 14. 위사모투자전문회사로부터 위 주식 전부에 대한 매매계약상의 매수인 지위를 인수하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 2009. 10. 27.

김인호,

김인성 등에게 위 매매대금을 모두 지급하여

영화엔지니어링의 주식 100%를 취득함으로써 2009. 10. 27. 기준 자산총액이 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인

영화엔지니어링의 주식이 원고 회사 자산총액의 94.3%를 차지하게 되었다.

다. 원고는 2009. 11. 24. 피고에게

지방세법 제105조 제6항에 따른 과점주주로서

영화엔지니어링 소유의 충남 홍성군 결성면

교향리 139-9 외 26필지에 대하여 취득세 및 등록세 신고를 하면서

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 "공정거래법"이라고 한다)에 의한 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에는 과점주주가 되더라도 취득세의 납부의무가 면제된다는 규정에 따라 취득세 면제를 신청하여 피고로부터 이를 면제받았다.

라. 그 후 행정안전부는 2009. 12. 16. 피고에게 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 의한 지주회사로 볼 수 없다는 이유로

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호 소정의 과점주주의 취득세 면제대상에 해당하지 않는다는 취지의 세정 운영기준을 통보하였고, 피고는 위 통보에 따라서 2010. 2. 10. 원고에게 면제하였던 취득세 75,773,400원, 농어촌특별세 7,577,340원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자들의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

(가)

자본시장법 제276조 제1항은 투자목적회사에 대하여 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 일정기간 적용하지 않는다고 규정하고 있으나 이는 공정거래법상 지주회사에 관한 규정을 적용하지 않겠다는 취지이지 공정거래법상 지주회사에 해당하지 않는다는 의미는 아니므로, 원고는 공정거래법상의 지주회사 요건을 갖춘 이상 지주회사에 해당한다.

(나)

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 의한 지주회사가 되는 사유로 또는 공정거래법에 의한 지주회사가 자회사 주식을 취득하는 경우 과점주주의 취득세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 않으므로 문리적 해석 및 조세법규의 엄격해석의 원칙에 비추어 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하는 원고에 대하여는 위 감면조항이 적용되어야 할 것이다.

(2) 피고의 주장

이에 대하여 피고는 조세특례제한법에서 공정거래법에 의한 지주회사에 대하여 과점주주 취득세를 면제하는 취지는, 단순한 출자구조를 갖는 지주회사로 전환하는 경우 연쇄도산 감소 등 기업소유구조 개선에 도움이 되므로 이를 지방세 차원에서 지원하기 위한 것이나, 투자목적회사의 경우는 기업의 경영권을 한시적으로 확보하여 기업가치를 높여 수익을 창출하려는 투자활동의 과정에서 발생한 것으로서 항구적 지배목적을 지닌 일반지주회사와는 그 성격이 상이하고, 이러한 취지에서 자본시장법에서도 10년간 공정거래법상 지주회사 적용을 배제한 것이므로, 공정거래법 적용이 배제되는 투자목적회사는 조세특례제한법상 취득세 감면대상인 지주회사에 해당하지 아니하므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 원고가 공정거래법상 지주회사에 해당하는지 여부에 대한 판단

(가) 관련규정의 내용

1)

공정거래법 제2조 1의2호,

공정거래법 시행령 제2조 제1항,

제2항에 의하면, “지주회사”라 함은 주식(지분을 포함)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상이고, 그 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50이상 이상인 경우를 말한다. 또한 공정거래법 제8조에서는 지주회사를 설립한 경우 공정거래위원회에 신고하도록 하고 있고,

같은 법 제8조의2 제2항 내지

제5항에서는 부채비율, 자회사 주식의 보유비율, 계열회사의 주식취득 제한 등 지주회사의 일정한 행위를 제한하고 있으며,

같은 법 제66조,

제68조에서는 신고의무를 위반하거나 행위제한규정을 위반한 자에 대하여 벌칙을 부과하고 있다.

2) 한편,

자본시장법 제276조(지주회사 규제의 특례) 제3항에 의하면,

자본시장법 제270조 제1항 제1호 및

제2호의 요건, 즉 사모투자전문회사나 투자목적회사가 다른 회사의 의결권 있는 발행주식 총수의 100분의 10 이상 되도록 투자하거나 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 투자하는 경우에는 그 요건을 충족한 날부터 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 적용하지 아니한다고 규정하고 있고,

제276조 제2항에서는 투자목적회사가 위 요건을 충족하는 경우에 금융위원회에 보고하도록 하고 있으며, 금융위원회는 그 사항을 공정거래위원회에 통보하도록 규정하고 있다. 또한

자본시장법 제270조 제1항 제1호,

제271조 제3항,

제5항에서는 채무보증한도, 계열회사 주식취득 제한 등 일정한 행위를 제한하고 있고,

같은 법 제278조에서는 투자목적회사의 주주인 사모투자전문회사 및 그 업무집행사원의 각 항에서 규정한 위반행위에 대하여 등록취소, 시정명령, 업무정지, 해임요구 등의 제재를 규정하고 있다.

(나) 판 단

1) 앞에서 본 관련 법령들의 내용 및 입법경위, 변론 전체의 취지를 종합하여 살피건대, 종전 공정거래법은 경제력집중 억제를 위하여 주식소유를 통한 다른 회사의 지배를 주된 사업으로 하는 지주회사의 설립을 금지하였으나, 1990년대 후반의 경제위기를 극복하기 위하여 기업의 구조조정의 필요성이 제기됨에 따라 종래 금지되어 오던 지주회사를 허용함으로써 외국인과의 합작지주회사의 설립 등을 통한 외자유치, 비주력 사업부문의 분리·매각 등 기업의 원활한 구조조정을 지원할 목적으로 1999. 2. 5.

법률 제5813호로 개정된 공정거래법이 지주회사의 설립을 허용한 이래 현재에 이르고 있고, 자본시장법의 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 관련된 규정은

2004. 10. 5. 법률 제7221호로 개정된 구 간접투자자산운영업법에 의해 도입된 제도로서, 사모투자전문회사는 회사의 재산을 주식 또는 지분에 투자하고 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 것을 목적으로 하는 간접투자기구인 사모투자전문회사의 설립을 허용하고 관련 규제를 대폭 완화함으로써 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하고, 금융기관 및 기업의 구조조정 등의 과정에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급할 목적으로 도입되었으며, 투자목적회사는 사모투자전문회사와 법률적으로 다른 실체인 명목회사로 투자위험을 지게 함으로써 사모투자전문회사의 투자위험을 유한책임화하기 위하여 도입된 제도인데, 위 관련규정들은

2007. 8. 3. 법률 제8635호로 자본시장법의 제정으로 구 간접투자자산운영업법이 폐지되면서 자본시장법에 흡수되었다. 이와 같이 지주회사와 투자목적회사의 도입시기, 도입목적은 양자가 동일하지는 않지만 기업의 구조조정을 원활히 한다는 측면에서 양자의 성격은 크게 다르지 않은바, 이러한 점에 비추어 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사의 요건을 갖추었다면 이를 지주회사로 보는 것이 타당하다고 할 것이다.

2) 한편, 피고가 원고를 공정거래법상의 지주회사가 아니라고 본 근거규정인

자본시장법 제276조 제1항의 도입취지는 사모투자전문회사 및 투자목적회사가 그 본질상 투자를 수행하는 과정에서 지주회사가 될 가능성이 큰 점을 고려하여 위 회사들이 운영과정에서

공정거래법 제2조에 의한 지주회사의 요건을 충족하여 지주회사가 되더라도 자본을 원활히 조달할 수 있도록 공정거래법에 의한 지주회사 규제의 적용을 일정기간 배제하기 위한 것으로 보인다. 그리고

자본시장법 제276조 제1항의 문언에 의하더라도 “공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다”로 되어 있을 뿐이고, 공정거래법상의 지주회사로 보지 않는다거나 지주회사에서 제외한다는 취지로 규정되어 있는 것은 아니므로, 결국 위 조항은 투자목적회사가

공정거래법 제2조의 요건에 해당할 경우에 지주회사에 해당하지만,

자본시장법 제270조 제1항 제1호 또는

제2호의 요건을 충족하는 경우에는 공정거래법 제8조 이하에 규정된 지주회사에 대한 행위제한 규정을 그 요건이 충족된 날로부터 10년간 적용하지 아니한다는 특례 규정으로 해석함이 상당하다고 할 것이다.

3) 나아가 자본시장법은 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여

제270조,

제276조 등의 별도의 제한규정을 두고 있고, 위 회사들이 지주회사의 요건을 갖춘 경우에 금융위원회를 통하여 공정거래위원회에 통보하도록 되어 있어, 공정거래법의 지주회사 관련규정과 유사한 방법 및 내용으로 규율하고 있는데, 이는 공정거래법이 지주회사의 경제적 집중으로 인한 폐해를 방지할 목적으로 일정한 행위를 제한하고 이를 위반한 경우 형사처벌까지 부과하도록 한 것과 마찬가지로 투자목적회사가 지주회사에 해당하는 경우 사모투자전문회사 및 그 업무집행사원에 대한 감독을 통하여 간접적으로 투자목적회사에 대한 일정한 행위를 제한하면서도 이러한 회사들을 도입한 취지에 따라 지주회사 규정을 일부 완화하여 자본시장법의 각 규정에 따라 규율하겠다는 의도로 봄이 상당하다.

(다) 소결론

따라서 원고와 같은 투자목적회사가

공정거래법 제2조의 요건을 충족한 경우 공정거래법상의 지주회사라고 봄이 타당하다고 할 것인바, 앞에서 인정한 바와 같이 원고가

영화엔지니어링의 발행주식 전부를 취득함으로써 원고의 설립연도 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 자회사인

영화엔지니어링의 주식이 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 94.3%를 차지하고 있으므로, 원고는 공정거래법상의 지주회사에 해당한다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(2) 원고에게 조세특례제한법 취득세 면제규정이 적용되는 여부에 대한 판단

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다고 할 것이다(

대법원2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(나)

지방세법 제22조 제2호,

제105조 제6항은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다고 규정하여 과점주주에게 취득세 납부의무를 부과하고 있고,

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호는 공정거래법에 따른 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득하는 경우에는 그 과점주주에 대하여

지방세법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다고 규정하여 공정거래법에 의한 지주회사의 경우에 취득세 감면 혜택을 주고 있다.

(다) 이 사건에서 살피건대, 위와 같이 조세특례제한법은 공정거래법상 지주회사가 된 경우

지방세법 제105조 제6항을 적용하지 아니한다고 규정하고 있을 뿐이고, 원고와 같은 투자목적회사를 감면대상에서 제외한다거나 공정거래법의 지주회사로서 행위제한규정의 적용을 받는 지주회사에 대하여 취득세를 면제한다고 규정하고 있지 아니한 점,

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 규정은

1999. 12. 31. 법률 제6073호로 개정된 조세특례제한법에 신설된 규정으로 그 무렵 지주회사가 허용됨에 따라 지주회사의 설립을 지원하기 위한 목적으로 도입되었는데, 이와 같은 입법취지에 비추어 볼 때 기업의 원활한 구조조정을 위하여 도입된 투자목적회사의 경우에도 취득세를 감면하여 줌으로서 그 설립을 장려할 필요가 있는 점 등을 종합하면, 공정거래법상 지주회사인 원고에게도

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 규정이 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 원고에 대하여는 자회사인

영화엔지니어링 소유의 토지에 대하여 취득세가 면제되고, 취득세의 납부의무를 전제로 하는 농어촌특별세를 부담하지 않는다고 할 것임에도 불구하고 피고가 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은

자본시장법 제276조 제1항의 규정을 지나치게 확장해석하거나 유추해석한 것으로써 조세법률주의에 반하는 위법한 처분이라고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.