공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였다면 그러한 법령상의 장애사유는 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 것에 대한 정당한 사유가 될 수 없다. 따라서 취득세 및 등록세 등의 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 1. 30.

이재여로부터

서울 마포구 성산동 13-15 대 655.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 지하 1층, 지상 3층 교육연구시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다. 또한, 위 토지와 건물을 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 증여(이하 ‘이 사건 증여계약’이라 한다)받아 같은 해 2. 5. 자신의 명의로 소유권이전등기를 경료하였는데, 같은 해 1. 31. 원고가 비영리법인인 사회복지법인이라는 이유로

지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호의 규정 등에 의한 지방세 비과세신청을 하여 같은 해 2. 2. 취득세, 등록세 등을 비과세받았다.

나. 원고는 이 사건 부동산을 취득한 후인 2007. 2. 14.경 위 교육연구시설 1층(339.33㎡에서 347.13㎡로 증축) 및 2층(283.15㎡에서 329.24㎡로 증축)을 증축하고 같은 해 2. 22. 증축된 부분에 대하여 영유아보육시설을 설치운영하기 위하여 취득하는 부동산이라는 이유로

지방세법 제272조 제5항에 의한 지방세 면제신청을 하여 같은 해 2. 26. 취득세, 등록세 등을 면제받았다.

다. 2007. 3. 29. 이 사건 부동산에 관한 위 증여계약이 해제되어 위 소유권이전등기가 말소되자, 피고는 2009. 9. 10. 원고에 대하여

지방세법 제107조 단서,

제127조 제1항 단서,

제272조 제5항 단서가 규정한 ‘취득한 후 3년 또는 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에 해당한다’라는 이유로 증여 및 증축을 원인으로 한 이 사건 부동산에 관한 취득세 63,760,220원, 농어촌특별세 6,376,000원, 등록세 76,512,280원, 지방교육세 14,253,750원을 각 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 2009. 10. 27. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2010. 8. 19. 기각결정을 받았다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1, 3, 5, 6, 9, 10호증, 갑 제2, 4호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2, 8, 9호증의 각 기재, 증인

박준소의 증언, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 이 사건 부동산에서 어린이집을 운영하기 위하여 보육시설설치인가신청을 하였으나 반려되어 행정심판청구를 한 상태에서

이재여로부터 위 부동산을 증여받았다.

2) 그런데 원고가 이 사건 부동산을 증여받아 증축까지 하였으나 위 행정심판청구가 기각되는 바람에 위 부동산을 보육시설로 사용할 수 없게 되었고, 이에 따라

이재여 명의로 보육시설을 운영하기 위하여 이 사건 증여계약을 해제하였다.

3) 위와 같이 원고는 보육시설 설치인가를 받아 이 사건 부동산을 보육시설로 사용하기 위하여 노력하였으나 결국 실패하는 바람에 이 사건 증여계약을 해제할 수밖에 없었으므로, 증축된 부분을 포함한 이 사건 부동산을 그 취득일로부터 3년 또는 1년 이내에 보육시설로 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 이유가 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 종단대순진리회수색방면은 2005. 12. 8. 이 사건 토지를 매수하면서 어린이집을 설치할 목적으로 취득한다는 이유로 취득세, 등록세 등을 면제받았으나 피고로부터 어린이집 설치인가를 받을 수 없게 되자 그 대표자인

이재여 명의로 유치원을 운영하기 위하여 같은 해 12. 28.

이재여에게 위 토지를 매도하고 2006. 2. 21. 면제받은 취득세 37,026,000원, 등록세 31,977,000원을 신고 납부하였다.

2)

이재여는 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 어린이집을 운영하기 위하여 2006. 1. 13. 피고에게 ‘교육연구 및 복지시설(아동보육시설)’ 건축허가신청을 하였으나 같은 해 1. 18. 피고로부터 ‘교육연구 및 복지시설(아동보육시설)’로의 건축허가는 불가하다는 회신을 받고 ‘교육연구시설(학원)’로 건축허가를 받아 같은 해 3.경 이 사건 건물 신축공사를 시작하여 같은 해 9.경 위 건물을 완공하고 같은 해 12. 20. 자신의 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.

3)

이재여는 2006. 2. 21. 유치원을 건립할 목적으로 이 사건 토지를 취득한다는 이유로 취득세, 등록세 등을 면제받고 같은 해 12. 12. 이 사건 건물이 영유아보육시설(어린이집)이라는 이유로 취득세, 등록세를 면제받았으나, 원고에게 이 사건 부동산을 증여한 후인 2007. 2. 20. 위와 같이 면제받은 이 사건 토지 등에 대한 취득세 29,452,500원, 등록세 23,562,000원, 이 사건 건물에 대한 취득세 24,404,100원, 등록세 10,649,060원을 각 신고 납부하였다.

4) 한편, 원고는 2006. 7. 24. 설립된 사회복지법인으로서 법인등기부상 목적사업이 독거노인과 소년, 소녀 가장의 생활비 및 생필품 지원사업, 저소득층 자녀의 학자금 지원사업, 불우이웃과

이재민, 지체장애우를 돕기 위한 성금 및 생필품 지원사업, 유치원, 보육시설 지원사업 등인데, 같은 해 10. 30. 피고에게 이 사건 부동산에서 ‘

대진어린이집’이라는 명칭으로 어린이집을 운영하기 위하여 보육시설 설치인가신청을 하였다. 그러나 피고는 같은 해 11. 1. 원고에 대하여 건축물대장상 이 사건 건물의 용도가 ‘학원’으로 되어 있다는 등의 이유로 위 신청을 반려하였다.

5) 이에 원고는 2006. 11. 17. 서울특별시장에게 행정심판을 청구하였으나 2007. 2. 22. ‘이 사건 건물의 건축물대장상 용도가 아동관련시설이 아니어서

영유아보육법 제13조 등 관계법령이 규정한 보육시설 설치인가의 요건을 갖추지 못하였다’라는 이유로 기각결정을 받았다.

6) 그 후 원고는 이 사건 부동산에서 유치원을 운영하기 위하여 2007. 3. 5. 이 사건 건물의 용도를 교육연구시설(학원)에서 노유자시설(유치원)로 변경하고 유치원 설치인가신청을 하였으나 설립목적상 원고가 유치원의 운영을 지원할 수는 있으나 직접 유치원을 운영할 수 없다는 이유로 거부되자,

이재여 명의로 유치원을 운영하기 위하여 이 사건 증여계약을 합의해제하였다.

7)

이재여는 2007. 4. 25. ‘

대진 유치원’ 설립인가를 받아 이를 운영하였으나 2010. 10. 6.

학교법인 수색대진학원이 설립된 이후에는 위 학교법인이 ‘

대진 유치원’을 운영하고 있다.

[인정근거 : 다툼이 없거나, 갑 제1, 3, 5, 6, 9, 10, 12 내지 15호증, 갑 제2, 4, 7, 8호증의 각 1, 2, 갑 제11호증의 1 내지 3, 을 제1, 10호증의 각 1, 2, 을 제2 내지 9호증의 각 기재, 증인

박준소의 증언, 변론 전체의 취지]

라. 판단

1) 살피건대,

지방세법 제107조 단서 및

제127조 제1항 단서는 종교 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위한 취득ㆍ등기에 대하여는 비과세하되 취득ㆍ등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득ㆍ등록세를 부과한다고 규정하고 있고,

동법 제272조 제5항 단서는 영유아보육법에 의한 영유아보육시설 및 유아교육법에 의한 유치원을 설치 운영하기 위하여 취득한 부동산을 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지 및 제한 등 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세 등을 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 비영리사업자가 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다(

대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조). 한편, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리 법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득하였고, 취득 후 3년 이내에 당해 토지를 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용하지 못한 것이 동일한 사유 때문이라면, 취득 전에 존재한 법령상의 장애사유가 충분히 해소될 가능성이 있었고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 그 사업에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 법령상의 장애사유는 지방세법상 취득세 등 부과를 면할 수 있는 당해 토지를 그 업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 될 수 없다(

대법원 1998. 7. 10. 선고 98두7626 판결 참조).

2) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 종단대순진리회수색방면은 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 어린이집을 운영할 수 없다는 것을 알고

이재여에게 이 사건 토지를 매도한 점, ② 그럼에도

이재여는 이 사건 토지에서 어린이집을 운영하기 위하여 피고에게 ‘교육연구 및 복지시설(아동보육시설)’의 건축허가신청을 하였으나 반려된 점, ③

이재여가 ‘교육연구시설(학원)’로 건축허가를 받아 이 사건 건물을 완공한 뒤 원고는 피고에게 어린이집 설치인가신청을 하였으나 반려된 점, ④ 원고는 위 어린이집 설치인가 반려처분에 대하여 행정심판을 제기한 상태에서

이재여로부터 이 사건 부동산을 증여받은 다음 위 행정심판의 결과가 나오기 전임에도 위 건물을 증축한 점, ⑤ 원고의 사업목적상 원고는 어린이집이나 유치원을 직접 운영할 수 없었던 점, ⑥ 원고가 이 사건 부동산을 증여받을 당시 예측하지 못한 장애사유가 발생하여 이 사건 부동산을 어린이집이나 유치원으로 사용하지 못하였다고 볼 아무런 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 부동산을 증여받거나 신축할 당시 자신의 명의로 어린이집이나 유치원 설치인가를 받지 못하여 위 부동산을 어린이집이나 유치원으로 사용할 수 없다는 점을 알았거나 알 수 있었다고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 이 사건 부동산 취득 후 이 사건 증여계약을 해제할 때까지 이 사건 부동산을 어린이집 또는 유치원의 설치운영목적으로 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.