대도시 내에서의 법인의 지점 설치와 관련하여 지점의 설치 이전에 취득하는 부동산등기는 원칙적으로 등록세 중과대상이라고 할 것이나, 유통산업발전법에 의한 유통산업에 해당하는 업종 설치를 위하여 취득하는 부동산등기는 등록세 중과대상에서 제외된다고 할 것이다. 따라서 유통산업에 해당하는 주유소의 부속토지를 제외한 사업장 부지가 등록세 중과대상임을 전제로 한 등록세 등의 부과처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 5. 1.

서울 마포구 창전동 13-5, 13-6, 13-44, 13-45 토지(이하 위 토지들을 통틀어 ‘이 사건 사업장 부지’라 하고, 개별 토지는 창전동 지번으로만 특정한다)와 그 지상 건축물을 13,300,000,000원에 취득한 후, 2007. 5. 30. 위 취득가액을 과세표준으로 하여

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세와 이를 기초로 산출한 지방교육세1)1) 지방교육세는 등록세 납세의무를 지는 자에 대하여 등록세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세(

구 지방세법 제260조의2, 제260조의3)로서 등록세부과처분의 당부와 그 결론을 같이 하므로, 이에 관하여는 별도로 언급하지 아니한다.

를 신고납부하고, 위 각 부동산에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는

창전동 13-6, 13-44, 13-45 토지 위에 에스케이 창전주유소 건물(지상 1, 2층, 위험물저장 및 처리시설, 편의점, 연면적 합계 444.69㎡, 이하 ‘이 사건 주유소’라 한다)을 신축하여 2007. 11. 30. 사용승인을 받았고, 2007. 12. 3.

창전동 13-44 토지를

창전동 13-44 토지와 13-65 토지로,

창전동 13-45 토지를

창전동 13-45토지와 13-66 토지로 각 분필하였으며, 2007. 12. 5.

창전동 13-6 토지와 위와 같이 분필된

창전동 13-44, 13-45 토지를

창전동 13-6 토지 738㎡(이하 ‘이 사건 주유소 부속토지’라 한다)로 합필하고, 지목은 주유소용지로 등재하였다.

다. 원고는 2007. 12. 21. 위 분필된

창전동 13-45 토지를 사업장소재지로 하고, 업종및 업태를 주유소(도소매), 편의점(소매), 세차(서비스)로 한 사업자등록을 하였다.

라. 한편, 원고는

창전동 13-5, 13-65, 13-66 토지 위에

스피드메이트 매장(지상 1층, 수리점, 사무실, 화장실, 연면적 합계 191.76㎡, 이하 ‘이 사건

스피드메이트매장’이라 한다)을 신축하여 2008. 6. 17. 사용승인을 받았고, 2008. 6. 20. 위 사업자등록증의 사업종목에 자동차부품 용품(도소매), 차량정비(서비스) 업종을 추가하였으며,

창전동 13-5, 13-65, 13-66 토지를

창전동 13-5 토지 728㎡(이하 ‘이 사건

스피드메이트매장 부속토지’라 한다)로 합필하였고, 지목은 대지로 등재하였다.

마. 원고는 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장의 각 가액에

구 지방세법 제131조 제1항 제4호의 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 및 지방교육세를 신고납부한 후, 2008. 1. 14. 이 사건 주유소에 관하여, 2008. 6. 17. 이 사건

스피드메이트매장에 관하여 각 원고 앞으로 소유권보존등기를 마쳤다.

바. 이후 원고는 피고로부터 이 사건

스피드메이트매장 및 그 부속토지에 관한 위 부동산등기가

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에 의한 대도시 내에서의 법인의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당하여 등록세 중과대상이라는 통보를 받고, 2008. 9. 10. 이 사건 사업장 부지의 전체 면적 중 이 사건

스피드메이트매장 부속토지가 차지하는 면적의 비율(49.66%)을 이 사건 사업장 부지의 전체 취득가액에 곱하여 산출한 6,604,638,472원을 이 사건

스피드메이트매장 부속토지의 과세표준으로 하여

구 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용해 산출한 등록세 및 지방교육세에서 기납부한 세액을 차감한 등록세 264,185,530원 및 지방교육세 52,837,100원을 신고납부하였다(

구 지방세법 제72조 제1항에 의하면 지방세를 신고납부한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제하고 있으므로, 이하 원고의 위 등록세 및 지방교육세의 신고납부를 ‘이 사건 처분’이라 한다. 원고는 이 사건

스피드메이트매장에 대한 등록세 4,052,800원 및 지방교육세 810,560원의 중과 부분에 대하여는 다투지 않고 있다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 6. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2010. 5. 19. 원고의 심판청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1 내지 3, 갑 3호증의 1, 2, 갑 14호증의 1, 2, 갑 18호증, 을 1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 당초부터 이 사건 사업장 부지에서 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 운영할 계획으로 이 사건 사업장 부지 전체를 취득한 후, 하나의 사업자등록을 하고 하나의 사업장에서 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 복합사업으로 운영하고 있다. 따라서 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장은 원고 회사의 하나의 영업소이자 하나의 지점으로서 등록세 중과제외 업종인 주유업을 주된 사업으로 영위하면서 부수적으로 자동차부품판매 및 차량정비 등의 서비스를 제공하고 있는 것에 불과하므로, 이 사건

스피드메이트매장을 이 사건 주유소와 별개의 사업장 또는 지점으로 보아 등록세 중과 대상에 해당한다고 본 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 반하여 위법하다.

2) 설령, 이 사건

스피드메이트매장을 이 사건 주유소와 별개의 사업장으로 보아 그 부속토지에 관한 등기가 대도시 내에서의 법인의 지점 설치에 따른 부동산등기에 해당한다고 하더라도, 원고가 이 사건

스피드메이트매장에서 행하는 주된 영업은 자동차 부품 및 용품 판매업으로서

구 지방세법 제138조 제1항 단서 및 그 시행령에서 규정하고 있는 등록세 중과제외 업종인 유통산업에 해당한다.

3) 또한, 이 사건

스피드메이트매장과 관련한 영업이 등록세 중과대상 업종이라 하더라도, 이는 이 사건 주유소 영업을 지원하기 위한 것에 불과하고 그 매출비중이 미미한 점에 비추어 이 사건 주유소 영업과 함께 전체적으로 등록세 중과 규정의 적용이 제외되는 유통산업발전법에 의한 유통산업으로 보아야 한다.

4) 그렇지 않다고 하더라도, 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 중 일부가 이 사건 주유소에 방문하는 차량들을 위해 제공되는 등 이 사건 주유소의 부지로도 활용되고 있으므로, 공부상 필지를 기준으로 등록세를 중과하는 것은 잘못이고 이 사건 주유소와

스피드메이트매장의 매출 비율이나 건물연면적 비율로 안분하여 등록세를 중과하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2006. 11.경 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 함께 설치(주유소를 먼저 설치하고 빠른 시일 내에

스피드메이트매장을 설치하기로 하였다)하여 하나의 사업장으로서 운영하기로 하고, 이를 위한 부지로 이 사건 사업장 부지를 매입할 것을 계획하였다.

2) 이후 원고는 앞서 본 바와 같이 2007. 5. 1. 이 사건 사업장 부지를 매입한 후, 2007. 2. 12. 피고에게 12개월 이내에 석유판매업(주유소)의 등록 요건에서 정하는 시설을 갖출 것을 조건으로 한 석유판매업 등록 신청을 하면서 영업소 소재지를

창전동 13-6, 13-44, 13-45토지로 기재하였고(

창전동 13-5는 제외함. 이상의 번지는 앞서 본 분필 및 합필 이전의 번지임), 설치될 주유소의 부지면적을 738㎡(분필 및 합필 후

창전동 13-6 토지의 면적, 즉 이 사건 주유소 부속토지의 면적과 일치한다)로 기재하였다.

3) 또한, 원고는 이 사건 사업장 부지를 취득한 후 이 사건 주유소를 신축하기 전인 2007. 9.경 이 사건 사업장 부지 위에 건축물을 신축하는 설계도면을 작성하였는데, 위 도면에 의하면 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장 등이 현재의 모습과 같이 설계되어 있을 뿐만 아니라, 실제로도 이 사건 주유소를 신축한 후 이 사건 사업장 부지를 앞서 본 바와 같은 분필, 합필 과정을 거쳐 이 사건 주유소 부속토지와 이 사건

스피드메이트매장 부속토지로 구분하였으며, 그 지목 또한 주유소용지와 대지로 각 구분하여 등재하였다.

4) 원고는 주유소 등록요건과 관련한 규정(주유소는 주유소 방화벽 또는 부지경계선으로부터 의료시설 등과 25m 이상의 직선거리를 유지하여야 한다는 내용)에 따라 인근의 병원과 이 사건 주유소와의 이격거리(25m)를 확보하기 위하여 이 사건 주유소와 이 사건

스피드메이트매장 사이에 방화벽을 설치하였는데, 위 방화벽은

창전동 13-5 토지(이 사건

스피드메이트매장 부속토지)와

창전동 13-6 토지(이 사건 주유소 부속토지)의 경계에 위치해 있다.

5) 이 사건 주유소의 부대시설(유류탱크, 주유기 등) 대부분은 이 사건 주유소 부속토지 위에 위치해 있고, 세차시설인 진공청소기 2대, 매트세척기 1대, 개수대 1대가 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 쪽 방화벽 측면에 설치되어 있다. 이 사건 주유소 부속토지 및 이 사건

스피드메이트매장 부속토지에는 출입하는 차량을 위한 진출입로가 별도로 있고, 이 사건 주유소를 방문한 고객들은 위 진공청소기 등을 이용하여 차량 내부세차를 하기 위해 위 방화벽 한 쪽 끝과 인도 사이의 공간을 통하여 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 쪽으로 이동한다.

6) 이 사건

스피드메이트매장의 건축물대장에는 위 매장의 주된 용도가 수리점으로 기재되어 있고, 원고는 2008. 8. 11. 피고에게 이 사건

스피드메이트매장에 관한 자동차관리사업등록을 하면서 사업의 종류를 자동차관리사업(부분정비업)으로 기재하였다.

7) 이 사건

스피드메이트매장의 대부분의 공간에는 차량 정비를 위한 리프트기 4대가 설치되어 있고, 한쪽 측면에 사무실 겸 용품점이 자리하고 있으며, 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 중 위 매장이 자리한 토지를 제외한 나머지 토지 위에는 아무런 건축물이 없다.

8) 원고는 이 사건

스피드메이트매장을 통해 고객 차량의 엔진오일 및 소모품 교환, 부품 및 용품 장착 등 차량유지 서비스를 제공하는 부분정비업을 하고 있고, 위와 같은 서비스 제공에 따른 자동차 부품 및 용품 등을 판매하고 있다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 8, 9, 10, 15호증, 을 1 내지 5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

1)

구 지방세법 제138조 제1항 제3호는 대도시 내에서의 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조에 규정한 일반세율의 100분의 300으로 중과하도록 규정하고 있고(

제3호), 그

제1항 단서에서

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다. 또한,

구 지방세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20708호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제101조 제1항은

구 지방세법 제138조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 업종”이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 하면서, 그

제8호에서 유통산업발전법에 의한 유통산업을 규정하고 있고,

제102조 제2항은

구 지방세법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기”라 함은 당해 지점이 그 설치 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면, 대도시 내에서의 법인의 지점 설치와 관련하여 그 이전에 취득하는 부동산등기에 대하여는 원칙적으로 등록세 중과대상이고, 다만 유통산업발전법에 의한 유통산업에 해당하는 업종 설치를 위하여 취득하는 부동산등기에 대하여는 등록세 중과대상에서 제외되는 것이지만, 이러한 사유로 등록세 중과대상에서 제외되기 위해서는 등기 당시 그 부동산을 위와 같은 업종에 사용할 목적으로 취득하였음이 인정되어야 한다(

대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두3280 판결 등 참조).

2) 첫 번째 주장에 대한 판단

위 인정사실에 의하면, 원고는 당초부터 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 함께 설치하여 운영할 계획으로 이 사건 사업장 부지를 취득등기하였고, 이후 이 사건 주유소를 신축한 후 2007. 12. 21. 사업자등록을 하는 한편, 곧이어 2008. 6. 17. 이 사건

스피드메이트매장을 신축하고 위 사업자등록증의 사업종목에 차량정비(서비스) 업종 등을 추가하였음을 알 수 있다.

이러한 원고의 이 사건 사업장 부지의 취득 목적 및 그 이후의 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장 신축현황 등의 사정과 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원고의 이 사건 사업장 부지 취득은 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 함께 운영하기 위한 것이라 할 것이므로, 원고의 이 사건 사업장 부지에 관한 부동산등기는

구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 대도시 내에서의 법인의 지점의 설치에 따른 부동산등기에 해당하여 등록세 중과의 대상이라 할 것이나, 위 부동산등기 중 유통산업발전법에 의한 유통산업에 해당하는 주유소업에 사용하기 위해 취득한 부분은 등록세 중과대상에서 제외된다고 할 것이다.

따라서 이와 다른 전제에서 이 사건

스피드메이트매장 부속토지에 관한 부동산등기가 등록세 중과대상에서 제외되어야 한다는 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 두 번째, 세 번째 주장에 대한 판단

이 사건

스피드메이트매장과 관련한 영업이 유통산업발전법에 의한 유통산업에 해당하는지 여부에 관하여 본다.

유통산업발전법 제2조 제1호는 “유통산업”이라 함은 농산물임산물축산물수산물 및 공산품의 도매소매 및 이를 영위하기 위한 보관배송포장과 이와 관련된 정보용역의 제공 등을 목적으로 하는 산업을 말한다고 규정하고 있다.

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건

스피드메이트매장에 관하여 자동차관리사업(부분정비업)등록을 한 점, 이 사건

스피드메이트매장의 구조 및 영업형태 등에 비추어 볼 때 위 매장에서 이루어지는 주된 영업은 고객의 차량을 유지, 점검하는 서비스를 제공하는 부분정비업이고, 자동차 부품 및 용품 판매는 부분정비업에 수반되는 것으로 봄이 상당한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건

스피드메이트매장을 통하여 영위하는 차량정비업(부분정비업)은 등록세 중과대상에서 제외되는 유통산업법에 의한 유통산업이라 볼 수 없고(부분정비업은 통계청이 고시한 한국표준산업분류상 도매소매업이 아닌 수리업으로 분류되는 자동차전문수리업에 해당한다 할 것이다), 자동차 부품 및 용품 판매업은 원고가 부분정비업을 영위하기 위한 방편에 불과한 것으로 보이므로, 원고가 주장하는 바와 같이 그 매출액이 정비용역 제공에 따른 매출액(공임)보다 훨씬 많다고 하여 이 사건

스피드메이트매장과 관련한 영업이 자동차 부품 및 판매업이라고 볼 수는 없다.

또한, 이 사건

스피드메이트매장을 이 사건 주유소의 부대시설이라거나 단순한 지원시설로 볼 수는 없으므로, 원고가 이 사건

스피드메이트매장 및 주유소를 통하여 전체적으로 등록세 중과대상에서 제외되는 유통산업을 영위하고 있다고 보기도 어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 등록세 중과대상의 범위(네 번째 주장에 대한 판단)

가)

구 지방세법 시행령 제101조 제1항 각 호에 따라 등록세 중과 규정이 배제되는 부동산등기의 범위는 당해 업종에 사용하기 위한 부동산등기에 한하며, 여기에서 당해 업종에 사용하기 위한 부동산은 구체적으로는 당해 업종의 업무수행을 위하여 필요한 시설물로서 계속적이고 고정적으로 그 목적사업에 직접 사용하는 고정재산재적 성질을 갖는 부동산인지의 여부에 따라 판단하여야 하고, 그 판단에 있어서는 반드시 주된 영업장소와 장소적 또는 물리적 근접성에 입각할 것은 아니고 당해 부동산의 취득 목적, 그 실제 사용관계, 고유 업무 수행과의 연관성 등을 따져 개별적으로 판단하여야 한다(

대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15113 판결참조).

나) 위 법리에 따라 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 당초부터 이 사건 주유소 및

스피드메이트매장을 별개의 건물로 신축하기로 계획하였고, 주유소 건축 인허가 관련규정을 고려하여 이 사건 주유소 부속토지(분필 및 합필 후의

창전동 13-6 토지)에 해당하는 면적만을 이 사건 주유소의 부지 면적으로 한 석유판매업 등록 신청을 한 점, 원고는 이 사건 주유소를 신축한 후 이 사건 사업장 부지에 대하여 분필 및 합필 과정을 거쳐 이 사건 주유소 부속토지(

창전동 13-6, 지목 주유소용지)와 이 사건

스피드메이트매장 부속토지(

창전동 13-5, 지목 대지)로 구분하여 정리한 점, 이 사건 주유소 부속토지 및

스피드메이트매장 부속토지에는 진출입로가 별도로 설치되어 있고, 이 사건 주유소와 관련한 영업은 이 사건 주유소 부속토지 내에서 이루어지는 점, 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 위에 설치된 진공청소기, 매트세척기 등은 이 사건 주유소 사업을 수행하는 데 반드시 필요한 시설이라거나 이 사건 주유소를 방문한 고객에게만 제공되는 시설이라고 볼 수 없는 점, 이 사건

스피드메이트매장 부속토지 중 위 매장이 자리한 부지를 제외한 나머지 부지는 위 매장을 방문한 차량들의 주정차 공간 내지 차량 정비를 위한 대기 공간이라 할 것이고, 이 사건 주유소를 방문한 차량들이 일시적으로 위 부지를 사용한다 하여 이를 이 사건 주유소에 전용되는 부지라고 볼 수 는 없는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 사업장 부지 중 이 사건 주유소업에 관계된 면적은 이 사건 주유소 부속토지에 한정된다 할 것이다.

한편, 원고는 중과세율을 적용할 이 사건

스피드메이트매장 부속토지의 범위에 관하여는 이 사건 주유소와

스피드메이트매장의 매출 비율 또는 건물연면적 비율에 따라 안분하여 산정하여야 한다고 주장하나, 대도시 내에서 법인의 지점 설치를 위해 취득한 토지 위에서 등록세 중과 업종과 중과제외 업종을 함께 영위하는 경우 매출 비율에 따라 안분하여 등록세를 중과해야 한다는 명문의 규정이 없고, 하나의 건물에서 등록세 중과 업종과 중과제외 업종을 영위하는 경우와는 달리 이 사건에서와 같이 중과업종과 중과제외 업종에 사용되는 토지 부분의 구분이 명확한 경우에는 매출 비율이나 건물연면적 비율에 따라 안분산정하여야 할 것은 아니므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

5) 소결론

따라서 이 사건 사업장 부지 중 이 사건 주유소 부속토지를 제외한 이 사건

스피드메이트매장 부속토지가 등록세 중과대상임을 전제로 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다(설령, 원고가 당초 이 사건

스피드메이트매장을 이 사건 주유소와 함께 설치하여 운영할 계획으로 이 사건 사업장 부지를 취득한 것이 아니라 이후 그 필요에 따라 이 사건 사업장 부지에 이 사건

스피드메이트매장을 설치하게 된 경우라고 하더라도,

구 지방세법 시행령 제101조 제2항에 따라 등록세 중과제외 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 해당하게 되어 그 해당 부분에 대하여 등록세 중과대상이 되는 점에 있어서는 마찬가지라 할 것이다).

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.