건축설계 및 허가 등에 상당한 시간이 소요될 수 밖에 없다는 사정 등은 높은 용적률로 아파트형 공장을 건축할 경우의 수익확대 등을 노린 결과일 뿐이라고 할 것이므로 토지를 취득일로부터 3년 내에 공장을 신축하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 할 수 없다. 따라서 정당한 사유 없이 토지를 3년 내에 고유업무에 사용하지 않았다고 하여 취득세 등을 부과한 처분은 타당하다.

1. 처분의 경위

가. 주식회사

지앤지네트웍스가 2000. 11. 2. 부산광역시와 이 사건 토지 매매계약을 체결하였다. 원고는 2002. 6. 11. 위 회사로부터 위 계약상의 권리의무를 포괄적으로 승계한 다음, 2006. 3. 15. 부산광역시에 대금 3,290,034,850원을 완납하고 2006. 5. 19. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 하였다.

나. 원고는 이 사건 토지의 취득과 관련하여

구 지방세법(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제7조 제1항,

제9항,

제276조 제1항,

구 부산광역시세 감면조례(2011. 2. 16. 부산광역시조례 제4597호로 제정되기 전의 것, 이하 ‘부산시 조례’라 한다) 제28조 본문에 의하여 취득세, 등록세 및 재산세를 각 면제받았다.

다. 그러나 원고가 2009. 3. 15.까지도 이 사건 토지를 나대지 상태로 방치하자, 피고는 원고가 이 사건 토지의 취득일부터 3년 동안 이 사건 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 있다는 이유를 들어

지방세법 제276조 제1항 단서,

부산광역시세 감면조례 제28조 단서에 따라 원고에게, 2009. 7. 10. 취득세 80,658,470원, 농어촌특별세 8,065,830원, 등록세 80,658,470원, 지방교육세 14,815,670원과, 2009. 8. 10. 재산세 78,632,630원(2006년부터 2008년까지 감면분), 지방교육세 15,726,520원을 각 부과ㆍ고지(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 을 1, 2, 4, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 아파트형 공장을 설립하지 못하도록 사실상 행정적 규제를 가하다가 이를 허용하기 시작하였고, 이에 원고가 자가형 공장에서 아파트형 공장으로 입주계약을 변경하기 위한 행정절차, 설계변경 및 건축심의 등을 진행하는 데 많은 시간이 소요되었으므로, 전체적인 경과를 고려할 때 원고에게는 이 사건 토지를 3년동안 입주계약상의 용도에 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

(1)

지방세법 제276조 제1항 본문은 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지에 조성된 산업기술단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감하도록 규정하고 있고, 같은 항 단서는 해당 부동산을 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 해당 부분에 대하여 면제된 취득세, 등록세 및 재산세를 추징하도록 하고 있으며,

부산시 조례 제28조는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 부산센텀시티 지방산업단지(이하 ‘센텀산업단지’라 한다)에 관하여 위 지방세법의 취득세와 등록세의 면제 및 추징에 관한 같은 취지의 규정을 두고 있다.

여기서 정당한 사유란 그 취득 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 공장용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니한다(

대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두9978 판결). 나아가 정당한 사유의 유무를 판단할 때는 그 감면의 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다.

(2) 그런데 앞서 든 증거와 갑 3호증의 3, 4, 21, 23, 29, 30 내지 36, 갑 4호증, 을 9 내지 11호증, 을 13호증의 2, 을 14 내지 17, 19호증의 각 기재, 증인

유영호,

이득희의 각 증언에 변론 전체의 취지를 더하면, ① 2004년도 센텀시티 토지처분계획은 개발밀도를 400%를 기준으로 하여 입주 업종에 따라 탄력적으로 운영하였고, 2007. 3. 14. 부산광역시 고시 제2007-106호 센텀산업단지 관리계획에서 종전에 허가된 아파트형공장 2개소를 제외하고는 용적률을 400% 이하로 한다는 기준을 추가하였을 뿐, 당초 용지매매계약이나 센텀산업단지 관리기본계획이 건축물의 종류를 자가형 공장으로 제한하고 있지는 않았던 사실, ② 원고가 2002년 6월 부산광역시장에게 업종 소프트웨어개발공급업, 지하 1층 및 지상 3층, 건축면적 10,246㎡(연면적을 의미하는 것으로 보인다), 용적률 약 147%인 공장건축 사업계획을 기초로 입주계약 신청을 하였고, 2002. 6. 11. 같은 내용의 입주계약(아파트형 공장임을 따로 명시한 바 없고, 이는 자가형 공장을 의미한다)을 체결한 사실, ③ 원고가 이 사건 토지를 취득한 다음 2006. 12. 29. 전후로 제조시설 설치를 위한 업종(전자부품, 영상, 음향 및 통신장비 제조업)추가를 사유로 입주계약을 변경하고 착공신고를 하였는데 그 무렵의 건축예정 규모는 지하 1층 및 지상 4층, 건축면적 1,828,18.㎡, 건축연면적 8,804.17㎡, 용적률 123.77%, 시공자는

서봉종합건설주식회사이던 사실, ④ 원고는 2007년 7월경 시공자를

서봉종합건설 주식회사에서

에스아이엘산업 주식회사로 변경하고 피고에게 공사관계자 변경신고를 한 사실, ⑤ 원고는 2008. 3. 31.경 구청을 방문하여 피고측 직원인

이득희에게 아파트형 공장으로 입주계약을 변경하는 절차에 관하여 문의하고는 2008. 5. 16. 아파트형 공장 신축을 변경사유로 하여 피고에게 입주계약변경을 신청하였고, 2008. 5. 23. 피고와 지하 3층 및 지상 11층, 건축면적 2,775.89㎡, 건축연면적 27,997㎡, 용적률 397.89%, 착공예정일 2008년 10월, 준공예정일 2009년 12월로 변경된 내용으로 입주계약을 체결한 사실, ⑥ 원고가 이 사건 토지의 지질조사 및 아파트형 공장 신축에 관한 건축심의절차를 진행하던 2008년 7월경 용적률 및 높이제한 완화에 대한 소문을 듣고 피고측에 문의한 결과 용적률 상한을 1000%로 조정할 계획이 없다는 답변을 받았으나, 설계사무소에 건축규모를 지상 22층 규모로 늘리는 안에 대한 사업검토를 요청하고, 그 당시 용적률 1000%를 기대하며 착공을 미루고 있던 두산벤처다임(지하 2층 및 지상 13층의 아파트형 공장)과도 긴밀히 정보를 교류하고 있었으며, 결국 건축설계를 지하 3층 및 지상 21층, 연면적 32,198㎡로 변경하는 정도에 그친 뒤, 2008. 12. 10. 부산광역시 건축위원회 심의에서 위 변경안에 대하여 조건부로 승인을 받은 사실, ⑦ 그 후로도 2009. 9. 8.과 2010. 2. 9. 및 2010. 5. 14. 세 차례 더 설계변경을 통한 건축허가사항의 변경이 있었고, 최종적인 건축규모는 지하 4층 및 지하 21층, 건축연면적 35,636.68㎡, 용적률 479.11%인 사실, ⑧ 한편 원래 센텀산업단지 안에 아파트형 공장은 센텀IS타워와 에이스 하이테크 21 두 곳(용적률 1000%)뿐이었는데, 부산광역시장이 2006년 12월경 주식회사

해중에 대하여, 피고가 2007. 6. 5. 주식회사

맥서러씨에 대하여 각각 자가형 공장에서 아파트형 공장으로(다만 맥서러씨의 경우 용적률은 394.76%에서 399.49%로 변동이 거의 없음) 입주계약을 변경해주었고, 피고가 2007. 11. 21. 산업자원부 장관에게 위와 같은 내용의 입주계약변경이 가능한지에 관하여 사후질의하여 같은 달 23. 그것이 가능하다는 공적 회신을 받았으며, 그로부터 현재까지 센텀산업단지의 입주업체 중 절반 정도가 아파트형 공장으로 입주계약을 변경한 사실이 인정된다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 처음부터 용적률 400%의 범위 안에서는 아파트형 공장을 건축할 수 있었음에도 그 선택에 따라 자가형 공장으로 입주계약을 체결하였고, 원고가 아파트형 공장으로 입주계약을 변경하기까지 주식회사 맥서러씨 외에는 원고나 다른 업체들이 피고에게 입주계약의 변경을 요구한 적이 없으며 피고가 이를 금지ㆍ제한한 것도 아닌 점, 입주계약을 변경한 2008. 5. 23. 무렵 예정되어 있던 착공시기는 2008년 10월경이었고 그에 맞춰 공사에 착수하지 못할 특별한 사정이 없었다고 보이는데도 착공이 이루어지지 않았고(원고는 입주계약의 변경 이후 지상 11층에서 지상 21층으로 설계를 재차 변경하였는데 여기에도 상당한 시간이 소요되었을 것이나, 재변경안에 대한 건축심의가 통과된 시점은 2008. 12. 10.로서, 당초의 계획안대로 사업을 진행하였다면 취득일로부터 3년 안에 착공하기에 전혀 무리가 없었을 것으로 보인다), 그 원인은 시공사 변경과, 용적률 상향 가능성을 탐색하며 사업계획의 추가 변경을 시도하려던 경영상의 판단에 있었다고 보이는 점, 수차례에 걸친 설계변경에도 불구하고 현재 시공 중인 건축물의 용적률(479.11%)과 입주계약을 최초로 변경할 시점의 용적률(397.89%)이 큰 차이도 없는 점을 알 수 있으므로, 원고는 정당한 사유없이 이 사건 토지를 취득한 때로부터 3년 안에 공장신축에 착수하지 못하였다고 할 것이고, 원고 주장과 같은 자가형 공장에서 아파트형 공장으로의 변경이나 용적률 상향조정의 가능성과 이를 위한 노력 및 그 과정에서의 건축설계 및 허가 등에 상당한 시간이 소요될 수 밖에 없다는 사정 등은 이 사건 토지를 입주계약상 정한 용도에 직접 사용하지 못한 데 대한 외부적인 장애라기보다는 원고 스스로 규제의 완화, 변경 등 사정변경과 자금사정 및 수익전망의 변동에 따른 경영판단 즉, 보다 높은 용적률로 아파트형 공장을 건축할 경우의 수익확대 등을 노린 결과일 뿐이라 할 것이어서 위 인정에 장애가 되지 않는다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분은 적법하므로 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.