1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 10. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다)에 의한 사모투자전문회사가 출자하여 설립한 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하는 회사이다.

나. 엠비케이파트너스 이호 사모투자전문회사는 2009. 9. 8. ○○○, ○○○으로부터 주식회사 영화엔지니어링의 발행주식 총수인 8,241,600주를 1,323억 원에 매수하였는데, 원고는 2009. 9. 14. 위 엠비케이파트너스 이호 사모투자전문회사로부터 위 주식매매계약의 매수인 지위를 인수하면서, 2009. 10. 27. ○○○, ○○○에게 주식매수대금 1,323억 원을 지급하고 위 주식을 취득하였다.

다. 원고가 주식회사 영화엔지니어링의 주식을 취득함으로써 2009. 10. 27. 현재 자산 총액은 1,401억 7,000만 원이 되었고, 그 중 위 주식가액 합계 1,323억 원이 위 자산 총액의 94.3%를 차지하게 되었다.

라. 원고는 2009. 11. 피고에게 주식회사 영화엔지니어링 소유의 ○○ ○○구 ○○동 152-1등 13필지 지상 다운타운일레븐빌딩 201호에 대하여 취득세 및 등록세를 신고하면서, 원고가 위 주식 취득으로 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에서 정한 지주회사가 되었으므로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 따라 취득세 납부의무가 없다는 이유로 면제를 신청하여, 취득세 납부를 면제받았다.

마. 그런데 행정안전부는 2009. 12. 16. 피고에게, 원고와 같은 투자목적회사는 공정거래법에 따른 지주회사로 볼 수 없기 때문에 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에서 정한 취득세 면제대상 과점주주에 해당하지 않는다는 세정운영기준을 통보하였고, 피고는 이에 따라 2010. 3. 22. 원고에게 취득세 20,233,160원 및 농어촌특별세 2,023,310원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1 내지 4, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분이 적법한지 여부

가. 원고의 주장

조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하면, 과점주주가 취득세를 면제받기 위한 요건으로서 공정거래법에 의한 지주회사가 되거나 지주회사가 자회사의 주식을 취득할 것만을 요구하고 있을 뿐 그 외 다른 요건을 요구하고 있지 않고, 자본시장법 제276조 제1항에 의하면 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 10년간 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으나, 위 규정의 취지는 투자목적회사에 대하여 공정거래법에 의한 지주회사에 적용되는 여러 규제 규정만을 적용하지 않겠다는 것일 뿐 투자목적회사 자체를 공정거래법에 의한 지주회사로 인정하지 않겠다는 취지가 아닌바, 위와 같은 문리적 해석 및 조세법규 엄격해석의 원칙에 비추어 보면, 원고와 같은 투자목적회사도 공정거래법에서 정하고 있는 지주회사의 요건을 충족하기만 하면 공정거래법에 의한 지주회사로서 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호가 적용되어 취득세가 면제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고는 취득세와 더불어 농어촌특별세 부과처분의 취소를 구하는바, 농어촌특별세는 지방세법상 취득세 납세의무자에게 부과되는 것이어서 이 사건 처분 중 취득세 부과처분이 위법하여 취소되면 이에 따라 농어촌특별세 부과처분도 당연히 취소되어야 하므로 이하에서는 취득세 부과처분에 대해서만 판단한다.

2) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008.2.15. 선고 2007두4438 판결 참조).

3) 「지방세법」제105조 제6항에 의하면, 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보고, 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의하면, 공정거래법에 따른 지주회사에 대해서는 「지방세법」제105조 제6항에 의해 과점주주에게 부과되는 취득세를 면제하는 것으로 규정하고 있는바, 위 규정들을 취지는, 법인의 과점주주가 되는 경우 그 법인의 자산에 대한 관리·처분권을 취득하게 되어 실질적으로 그 법인의 자산을 취득한 것과 같으므로 원칙적으로 취득세 납세의무를 지지만, 공정거래법에 의한 지주회사는 외국자본의 유치 및 기업구조조정의 필요에 따라 도입된 제도로서 지주회사의 신규 설립 또는 기존 기업집단 내에서 지주회사로의 전환을 촉진하여 위와 같은 도입 목적을 달성하기 위한 세제지원책으로 법인의 과점주주가 되는 경우에도 취득세를 면제하는 것이다.

한편, 자본시장법 제9조 제18항 제7호, 제 271조에 의하면, 사모투자전문회사는 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등을 위하여 지분 증권 등에 투자·운용하는 투자합자회사로서 지분증권을 사모로만 발행하는 집합투자기구이고, 투자목적회사는 사모투자전문회사 등이 주주 또는 사원이 되어 회사자산을 사모투자전문회사의 재산운용방법과 같이 투자하는 주식회사 또는 유한회사를 말하는바(이하 사모투자전문회사와 투자목적회사를 통틀어 ‘투자전문회사 등’이라 한다), 투자전문회사 등은 투자한 회사의 기업가치를 높여 그 수익을 투자자들에게 배분하는 것을 목적으로 하는 회사로서, 새로운 간접투자수단의 도입으로 투자자들에게 다양한 투자기회를 제공하고, 시중의 부동자금을 생산적인 자금으로 전환하도록 유도하여 투자를 활성화하며, 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본을 효율적으로 공급하고, 외국자본과 국내자본이 동등하게 경쟁할 수 있는 제도적 기반을 제공하기 위하여 도입되었다.

4) 그러므로 살피건대, ① 공정거래법에 의한 지주회사는 기업구조조정 등을 위해 과점주주가 되고 지속적으로 자회사를 지배하는 것을 예정하고 있는 반면, 투자전문회사 등은 단기간의 투자 및 수익 창출을 위해 과점주주가 되고 한시적으로 자회사를 지배하는 것을 예정하고 있어, 지주회사와 투자전문회사 등은 과점주주가 되는 이유, 예정하고 있는 자회사에 대한 지배 기간이 다른 점, ② 자본시장법 제276조 제1항에서 투자목적회사 등에 대하여 일정한 요건을 갖춘 경우 그로부터 10년간은 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 않고 그 이후에는 적용하도록 규정한 이유는, 투자전문회사 등이 투자수익의 창출을 위해 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖춘 상태가 10년 이상 지속되는 경우에는 그 투자대상회사에 대한 지속적인 지배기능을 수행하는 지주회사의 성격을 가지게 되는 것으로 보기 때문인 점, ③ 자본시장법 제276조 제1항은 ‘투자목적회사 등에 대하여 공정거래법에 따른 지주회사에 관한 규정은 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는바, 법문에 비추어 보더라도 ‘지주회사에 관한 규정’에 공정거래법에서 정한 지주회사의 정의규정과 행위제한규정이 모두 포함된다고 봄이 상당한 점, ④ 자본시장법 제276조 제3항에서 ‘투자목적회사 등에 대하여는 …… 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 따른 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하여 위 제1항의 표현과 일부 상이하기는 하지만, 제3항의 입법 취지 또한 제1항의 취지와 같고, 투자목적회사 등이 투자하는 투자대상기업의 종류에 따라 취득세의 특례 여부를 다르게 정할 합리적인 이유가 없는 점을 고려할 때 일정한 요건 충족일부터 10년 이전에는 투자목적회사 등을 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 않는 것처럼 공정거래법에 의한 지주회사 자체로도 보지 않는 것으로 보는 것이 합리적인 점 등에 비추어 보면, 투자목적회사 등이 일정한 요건을 충족한 날부터 10년이 되기 전에는 공정거래법에 의한 지주회사에 해당하지 않는다고 해석함이 상당하므로 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다