1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 8. 8. 구 간접투자자산 운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 제2조 제3호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘간접투자법’이라고 한다)에 의한 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다.

나. 원고는 2008. 3. 27. 주식회사 씨앤엠(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 개인주주들로부터 주식 16,176,304주(발행주식 총수의 65.14%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득함으로써 이 사건 법인의 주식 92.62%를 보유하게 되었는데, 2008. 12. 31. 기준 원고의 자산 1,955,492,421,912원 중 주식이 1,951,864,800,050원으로 자산총액의 99.81%를 차지하였다.

다. 원고는 2008. 4. 25. 피고에게 이 사건 법인의 과점주주가 되었음을 이유로 「지방세법」제105조 제6항에 따라 이 사건 법인 소유의 용평버치힐 콘도회원권에 대한 취득세를 신고ㆍ납부하였다가, 2009. 9.경 피고에게 원고의 경우 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(이하 ‘공정거래법’이라고 한다)에 의한 지주회사에 해당하므로 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 취득세 면제규정이 적용된다고 주장하면서 환급신청을 하여 피고로부터 납부한 취득세를 환급받았다.

라. 그런데 그 후 행정안전부장관이 2009. 12. 16. 각 시ㆍ군에 "자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라고 한다)상 사모투자전문회사 또는 투자목적회사(이하 ‘투자전문회사 등’이라고 한다)는 일반 지주회사와는 그 성격이 다르고, 공정거래법상 각종 규제 등이 적용되지 않아 공정거래법상 지주회사로 볼 수 없다는 이유로 투자전문회사 등은 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호에 의한 과점주주 취득세 면제대상에 해당하지 않는다"는 내용의 세정운영기준을 통보하자, 피고는 2010. 2. 17. 원고에게 다시 위 콘도회원권에 대한 취득세 13,893,380원, 농어촌특별세 1,389,330원을 각 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 갑 1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

간접투자법 제144조의17 제1항(현행 자본시장법 제276조 제1항과 동일)이 "투자전문회사 등이 다른 회사의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상이 되도록 하는 투자 방법으로 재산을 운용하는 등의 요건을 충족하는 경우에는 이러한 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"고 규정한 의미는 투자전문회사 등을 공정거래법상 지주회사로 보지 않겠다는 것이 아니라 공정거래법상 지주회사에 대한 행위제한규정에 대한 예외를 인정하여 간접투자법에서 별도로 규제하겠다는 것에 불과하므로, 원고와 같이 공정거래법 제2조 제1호의2가 정한 지주회사의 정의규정을 충족하는 투자전문회사 등에 대하여는 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호의 취득세 면제규정이 적용되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 「지방세법」제105조 제6항 본문은 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주에게 당해 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세 납부의무를 부과하고 있고, 조세특례제한법 제120조 제6항 8호는 공정거래법에 따른 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 같은 법 또는 금융지주회사법에 따른 자회사의 주식을 취득함으로써 「지방세법」제22조 제2호에 따른 과점주주에 해당하게 되는 경우 그 과점주주에 대해서는 같은 법 제105조 제6항에 따른 취득세 납부의무를 면제하는 특례규정을 두고 있으며, 한편 간접투자법 제144조의17 제1항은 투자전문회사 등이 그 재산을 다른 회사의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상이 되도록 투자하거나 임원의 임면 등 투자하는 회사의 주요 경영사항에 대하여 사실상의 지배력 행사가 가능하도록 하는 방법으로 투자한 경우 그 요건을 충족한 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

(2) 그런데 공정거래법이 1999. 2. 5. 그동안 금지하였던 지주회사를 도입하게 된 배경은 1990년대 말 외환위기를 맞아 기존의 대규모 기업집단의 계열기업 간 상호출자나 상호보증으로 인해 하나의 자회사 또는 사업부분의 부실이 기업집단 전체의 도산으로 이어지는 위험성이 현실화되기 시작하자 투명경영이 가능한 수직적인 출자구조와 출자금 한도 내에서만 책임을 지는 구조를 가짐으로써 연쇄도산의 위험을 차단할 수 있고, 지주회사와 자회사의 특성을 통해 전략적인 의사결정과 일상적인 의사결정을 분리함으로써 경영의 효율성을 제고하는 등 기업의 소유구조 개선에 이바지할 수 있는 지주회사의 장점이 부각된 데 있고, 조세특례제한법은 1999. 12. 28. 공정거래법상 규제를 받는 지주회사로의 전환이나 설립을 촉진하기 위한 세제지원책으로 지주회사에 대하여는 과점주주라도 취득세를 면제하는 규정을 신설하였다.

(3) 한편 간접투자법은 2004. 10. 5. 간접투자의 활성화, 투자자들에게 다양한 투자기회 제공, 회사의 구조조정 등에 활용될 수 있는 자본의 효율적 공급을 위해 투자전문회사 등을 도입하면서, 상근임원이나 직원을 둘 수 없고 본점 외에는 영업소를 설치할 수 없는 등 회사의 실체를 가지지 아니하는 투자기구(paper company)로서 회사의 경영권을 한시적으로 확보한 후 기업가치를 최대한 높여 투자자들의 이익을 극대화시키는 것을 목적으로 설립되는 투자전문회사 등이 투자활동 과정에서 일시적으로 지주회사와 같은 외형을 갖추었다고 하여 공정거래법에 의한 지주회사로 보아 지주회사에 관한 각종 규제가 그대로 적용될 경우 그 자산운용을 제약하여 활성화가 어려워지는 것을 방지하기 위해 같은 법 제144조의17 제1항과 같은 규제 특례 조항을 신설하였다.

(4) 위와 같은 조세특례제한법의 취득세 면제조항과 간접투자법의 규제특례조항의 입법 취지 및 목적 등을 종합적으로 고려하여 보면, 간접투자법 제144조의17 제1항의"투자전문회사 등에 대하여는 …. 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다"는 의미는 "투자전문회사 등에 대하여는 ... 공정거래법에 의한 지주회사로 보지 않는다"는 의미로 해석하는 것이 상당하므로, 결국 투자전문회사 등에는 조세특례제한법 제120조 제6항 8호의 취득세 면제규정이 적용되지 아니한다고 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.