1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 28. 대한토지신탁으로부터 부산광역시 연제구 연산동 347-2 외 592필지(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하고, 취득가액 2,531억 원을 과세표준으로 하여 피고에게 취득세 등을 신고ㆍ납부하였다.

나. 피고는 2009. 6. 9. 부산광역시 세무조사결과 원고가 이 사건 부동산 취득과 관련하여 법인장부에 장기대여금으로 기재된 PF대출금 및 미상환이자 합계 12,456,791,776원(PF대출금 11,900,000,000원 + 미상환이자 556,791,776원), 장기미수금으로 기재된 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원, 미납재산세 237,280,150원 및 중도상환수수료 13억 원 총 합계 15,259,571,926원을 누락하였음을 통보받고, 2009. 9. 25. 원고에게 이를 과세표준으로 하여 취득세 352,441,530원(가산세 포함, 이하 같다), 농어촌특별세 30,749,110원, 등록세 353,863,460원, 지방교육세 65,564,950원을 부과ㆍ고지하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 11. 10. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2010. 12. 3. 위 부과처분 중 중도상환수수료 중 원고가 주식회사 국민은행으로부터 돌려받은 3억 9,000만 원을 차감하여 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다는 결정을 하였다.

라. 이에 피고는 2010. 12. 16. 조세심판원의 결정에 따라 취득세 9,007,600원, 농어촌특별세 785,870원, 등록세 9,043,940원, 지방교육세 1,675,680원을 감액하는 처분(이하 2009. 9. 25.자 부과처분, 감액처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 피고는 결국 원고에게 이 사건 처분으로 취득세 343,433,930원(352,441,530원 - 9,007,600원), 농어촌특별세 29,693,240원(30,749,110원 - 785,870원), 등록세 344,819,520원(353,863,460원 - 9,043,940원), 지방교육세 63,889,270원(65,564,950원 - 1,675,680원)을 부과하였다.

[인정근거] 갑 1, 2, 7호증, 을 1호증의 3, 5 내지 7, 을 2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다.

가) 사업의 경위

(1) 주식회사 일건(이하 ‘일건’이라 한다)이 2006. 6. 8. 시행사로서 공동대주인 주식회사 우리은행과 주식회사 국민은행(이하 ‘공동대주’라 한다) 및 시공사인 원고와 사이에 부산 연산동 더샾 공동주택 신축사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하기 위한 사업약정(이하 ‘이 사건 사업약정’이라 한다)을 체결하여, 공동대주로부터 2,650억 원(이하 ‘이 사건 대출금’이라 한다)을 차용하였고, 사업부지로 이 사건 부동산을 취득하여 대한토지신탁주식회사(이하 ‘대한토지신탁’이라 한다)에 신탁하였다.

(2) 그런데 일건의 대표이사가 2007. 7.경 이 사건 대출금 중 119억 원 정도를 횡령하여 이 사건 사업이 중단되었고, 원고는 이 사건 사업을 추진하기 위하여 2008. 3. 28. 대한토지신탁으로부터 이 사건 부동산을 이 사건 대출금에서 횡령금을 공제한 2,531억 원(2,650억 원 - 119억 원)에 매수하기로 하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하면서 공동대주에게 이 사건 대출금 및 이에 대한 이자를 대위변제하는 경우 별도로 매매대금을 대한토지신탁에 지급하지 않는다는 내용을 포함시켰다.

원고는 이 사건 매매계약에 따라 매매대금을 대한토지신탁이 아닌 일건의 공동대주에 대한 채무를 대위변제하는 방법으로 지급하고, 또 원고가 일건의 공동대주에 대한 채무를 보증한 보증인의 지위에서 일건의 공동대주에 대한 매매대금 외의 대출금채무와 그 이자 및 중도상환수수료 등을 변제하였다.

나) 원고는 이 사건 부동산의 취득가액을 이 사건 매매계약의 매매대금인 2,531억 원으로 하여 취득세 및 등록세 등을 신고ㆍ납부하였으나, 피고는 이 사건 부동산의 취득가액이 원고가 신고한 2,531억 원이 아니라 이 사건 대출금 2,650억 원, 이자 556,791,776원, 중도상환수수료 9억 1,000만 원, 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원, 재산세 237,280,150원이라는 이유로 이 사건 처분을 하였다.

다) 피고가 이 사건 부동산의 취득가액에 포함시킨 이 사건 대출금 중 매매대금을 초과하는 119억, 이자 556,791,776원, 중도상환수수료 9억 1,000만 원은 원고가 이 사건 사업약정에 의하여 일건의 연대보증인의 지위에서 채권자인 공동대주에게 대위변제한 것이고, 또 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원과 재산세 대납액 237,280,150원은 원고가 이 사건 부동산에서 주택사업을 하기 위하여 지출한 것이지, 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 지출한 것은 아니다.

따라서 위 각 금액은 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 지출한 것이 아니어서 이 사건 부동산의 취득가액에 포함될 수 없음에도, 위 각 금액을 이 사건 부동산의 취득가액에 포함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 초과된 대위변제액에 관하여(이 사건 대출금, 이자, 중도상환수수료)

원고가 대한토지신탁과 체결한 신탁처분 매매계약서 제2조의 매매대금 2,531억 원은 우선수익자인 공동대주, 원고가 합의하여 정한 매매대금에 불과하고, 사실상의 취득가액은 매매계약서 제3조에 따라 “대출금 및 이자전액을 신탁계약서 상 공동대주에게 대위변제함으로써 매매대금을 납부하는 것으로 간주한다”는 규정에 따라 원고가 공동대주에게 대위변제한 금액이 사실상의 취득가액이다.

중도상환수수료의 경우 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 위하여는 공동대주의 처분요구 내지 승낙이 필요하므로 취득을 위하여 불가피하게 지출할 수밖에 없는 비용이므로 이 사건 부동산을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당된다.

나) 신탁재산 처분수수료, 재산세 대납액

원고가 이 사건 매매계약 제5조 및 제6조에 따라 대한토지신탁에 지급한 신탁재산처분수수료, 재산세 대납액도 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로 당해물건 자체의 가격에 준하는 간접비용으로 취득가격에 포함된다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 사업의 경위

가) 일건은 2006. 6. 8. 이 사건 사업을 진행하기 위하여 공동대주로부터 이 사건 대출금을 차용하기 위한 대출약정(이하 ‘이 사건 대출약정’이라 한다)을 체결하고 이 사건 대출금을 차용하였다.

이 사건 대출약정의 주요내용은 이 사건 부동산을 대한토지신탁에 담보신탁을 하고 공동대주를 1순위 우선수익자로, 시공사인 원고를 2순위 우선수익자로 하고(제6조 제2항), 원고가 사업약정서에 의하여 일건의 시행권을 이전받는 경우 원고가 이 사건 사업과 관련된 일건의 공동대주에 대한 모든 채무를 인수하거나 상환한다는 내용이 포함된 사업약정서를 주식회사 우리은행에 제출하도록 하여야 한다(제6조 제3항)는 것이다.

나) 이 사건 대출약정에 따라 일건, 원고, 공동대주는 2006. 6. 8. 이 사건 사업약정을 체결하였다.

그 주요내용은, 일건의 귀책사유로 이 사건 사업약정이 해제 또는 해지되는 경우, ① 일건이 이 사건 사업과 관련하여 갖는 지위들은 자동적으로 원고에게 이전되고 이에 따른 이전비용은 일건이 부담하며, 다만 원고는 시행사로서의 권리 또는 의무 지위의 일부 또는 전부의 양수를 거절할 수 있되, 원고가 위 권리 또는 의무 지위의 전부 또는 일부의 양수를 거절하는 경우는 원고는 일건의 공동대주에 대한 대출원리금 및 지연배상금 전액을 상환하고(제15조 제2항), ② 일건이 이 사건 사업과 관련하여 갖는 권리들은 자동적으로 원고에게 이전하고, 이전비용에 따른 비용은 일건이 부담하며(제17조 제1항), 원고는 일건의 공동대주에 대한 대출금(대출원리금, 연체이자, 기타 손해배상금 등의 채무상환의무)를 즉시 인수하거나 상환한다(제17조 제2항)는 것이다.

다) 일건은 2006. 6. 13. 대한토지신탁과 이 사건 대출약정에 따른 부동산담보신탁계약을 체결하였다.

그 주요내용은, 일건은 신탁부동산 및 신탁이익에 대한 제세공과금, 유지관리비 및 금융비용 등 신탁사무의 처리에 필요한 제비용을 부담하고(제15조 제1항), 신탁부동산 처분에 따른 신탁보수는 신탁재산의 처분금액을 기준으로 산출하여 지급하기로 하며(제17조 제3항, 제4항), 신탁기간 종료 전이라도 신탁계약 위반으로 우선수익자의 요구 등에 의하여 신탁부동산을 처분할 수 있고(제18조 제1항 제2호), 우선수익자 또는 우선수익자가 지정하는 자에게 신탁부동산을 처분할 수 있으며(특약 제2조), 1순위 우선수익자를 공동대주로 2순위 우선수익자를 원고로 한다는 것이다.

2) 이 사건 부동산의 매매 경위

가) 일건의 대표이사는 이 사건 대출금 중 11,910,335,800원을 이 사건 토지 중 일부에 대한 대금으로 지급하지 아니하였음에도 대금으로 지급하여 매수한 것처럼 위조한 서류를 원고에게 제출하고, 토지매수자들에게 대금으로 지급된 것처럼 회계처리를 해놓는 등의 방법으로 횡령하였다.

일건의 대표이사는 위와 같은 이유로 업무상횡령 등의 죄로 유죄판결을 받았다{부산지방법원 2007고합446, 2007고합502(병합), 2008고합17(병합), 부산고등법원 2008노158, 대법원 2008도8297}.

나) 위와 같은 일건의 귀책사유로 이 사건 사업약정이 해지되었고, 이 사건 사업약정 및 위 신탁계약에 따라 우선수익자인 공동대주와 원고는 원고를 이 사건 부동산의 매수인으로 지정하였다.

다) 이에 따라 원고는 2008. 3. 28. 대한토지신탁과 이 사건 부동산을 매수하는 매매계약을 체결하였다. 매매계약의 주요 내용은 다음과 같다.

제2조 (매매대금)

① 매매대금은 우선수익자 전원이 합의 요청한 2,531억 원으로 한다.

② 상기 매매대금은 등록세 및 취득세 미포함금액으로 한다.

제3조 (매매대금의 지급)

매매대금은 원고가 위탁자(일건)의 대출금 및 이자전액을 신탁계약서상 제1순위 우선수익자인 공동대주에게 대위변제함으로써 매매대금을 납부하는 것으로 간주한다.

제5조 (처분보수)

목적부동산의 처분에 따른 대한토지신탁이 수취하는 신탁재산 처분보수는 매수자인 원고가 부담하기로 하며, 매매계약 체결 후 소유권이전에 관한 제반서류 교부 전에 원고가 대한토지신탁에 현금으로 지급한다.

제6조 (손해배상 및 비용의 부담)

① 본 매매계약체결 전,후를 불문하고 “체납세금 및 압류목록”과 같이 일건 및 이 사건 부동

산에 고지된 체납세금, 압류, 제세공과금 등은 매수자인 원고가 책임지고 처리한다.

3) 원고의 대금 지급 등

원고는 공동대주에게 이 사건 대출금 2,650억 원, 이자 556,791,776원, 중도상환수수료 13억 원을 지급하였고, 대한토지신탁에 신탁재산처분수수료 12억 6,550만 원을 지급하였으며, 일건에게 부과된 재산세 237,280,776원을 대납하였다.

4) 원고의 취득세 등의 신고

원고는 이 사건 부동산의 매매대금을 2,531억 원으로 하여 피고에게 취득세 등을 신고하였다.

5) 그 후의 경과

가) 피고는 이 사건 대출금에게 원고가 신고한 매매대금의 차액, 이자, 중도상환수수료, 신탁재산처분수수료, 재산세 등을 당해 물건 자체의 가격 또는 간접비용으로 보아 이 사건 부동산의 취득가액에 포함시켜 취득세 등의 부과고지를 하였다.

나) 그 후 원고는 주식회사 국민은행을 상대로 중도상환수수료 지급의무 부존재 소를 제기하였고, 2009. 10. 6. 서울고등법원 2008나111130에서 조정에 갈음하는 결정으로 중도상환수수료 중 3억 9,000만 원을 회수하였다.

다) 이에 피고는 원고가 회수한 중도상환수수료 부분에 대하여 취득세 등의 감액을 하는 결정을 하였다.

[인정근거] 갑 3 내지 6호증, 을 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 구 지방세법 제111조 제5항 제3호는 취득세의 과세표준에 관하여, ‘법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다’고 규정하고, 같은 조 제7항은 ‘ 위 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가격에 관하여는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있으며, 구 지방세법 시행령 제82조의3 제1항 본문은 ‘취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다’고 규정하고 있다.

위 각 규정에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결 등 참조).

2) 그러므로 이러한 법리에 따라 원고가 취득가액에서 제외되어야 한다고 주장하는 위 각 지출금이 이 사건 부동산의 취득가액에 포함되는지 여부를 차례로 판단하기로 한다.

가) 이 사건 대출금 중 원고의 신고가액을 초과하는 부분 119억 원(2,650억 원 - 2,531억 원), 이자 556,791,776원, 중도상환수수료 9억 1,000만 원에 관하여

앞서 본 것과 같이, 이 사건 매매계약에서 원고가 공동대주에게 일건의 대출금 및 이자전액을 대위변제하는 것으로 매매대금을 납부하는 것으로 간주(제3조 참조)하기로 하였다고 하여도, 이와 별도로 이 사건 매매계약 제2조에서 매매대금을 2,531억 원으로 정하고 있는 점과 이 사건 사업약정에서 원고가 일건의 지위를 양수하거나 양수를 거절하는 경우에도 일건이 공동대주에게 부담하는 일체의 채무를 상환할 의무를 지는 점에 비추어 보면, 위 매매계약 제3조는 원고와 매도인인 대한토지신탁 사이에 이 사건 매매계약에 따른 약정한 매매대금의 지급을 원고가 매도인인 대한토지신탁에 직접 지급하지 않고 제1순위 우선수익자인 공동대주에게 지급하도록 한 것 즉 매매대금의 지급방법에 관한 규정으로 보아야 하고, 위 규정에 의하여 이 사건 부동산의 매매대금이 일건이 공동대주에게 부담하는 이 사건 대출금 및 이자전액이라고 할 수는 없다.

따라서 원고가 공동대주에게 변제하는 금액 중 이 사건 매매계약 제2조에서 정한 매매대금 2,531억 원의 범위 내에서는 이 사건 매매대금을 매도인에게 지급한 것으로 간주되는 것이고, 위 금액을 초과하는 부분은 이 사건 부동산의 매매대금으로 볼 수는 없으며, 일건의 귀책사유로 이 사건 사업약정이 해지된 이상 원고는 이 사건 사업약정에 따라 일건의 공동대주에 대한 대출원리금 및 지연배상금을 지급하여야 할 의무를 부담하므로, 이는 이 사건 사업약정에 의하여 원고가 공동대주에게 부담하여야 할 금액으로 보는 것이 상당하다.

이렇게 보는 경우 원고가 공동대주에게 변제한 금액 중 이 사건 계약에 따른 매매대금 2,531억 원을 초과하는 대출원금 및 대출금에 대한 이자, 그리고 이 사건 대출원금을 원고가 일건을 대신하여 중도상환함으로 인하여 부담하게 된 중도상환수수료는 이 사건 부동산 자체의 가격이라거나 그에 준하는 취득절차비용이라 할 수 없고, 오히려 원고가 이 사건 사업약정 등에 따른 지급의무, 시행권 등의 권리의 취득, 이 사건 사업의 진행을 계속하기 위하여 지출한 비용으로 봄이 상당하므로, 이 사건 부동산의 취득가격에 포함된다고 볼 수 없다.

나) 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원에 관하여

앞서 본 바와 같이, 이 사건 사업약정 제17조 제1항에 따라 일건의 귀책사유로 이 사건 사업약정이 해제된 경우 담보신탁등기된 이 사건 부동산에 관한 위탁자의 지위가 원고에게 이전되고 그 이전에 따른 비용을 일건이 부담하기로 하였다고 하더라도, 이 사건 매매계약 제5조에 의하면 ‘이 사건 부동산의 처분에 따라 매도인인 대한토지신탁이 수취하는 신탁재산 처분보수는 매수인인 원고가 매도인인 대한토지신탁에 이 사건 부동산의 소유권이전에 관한 서류교부 전에 지급’하기로 약정하고, 이러한 약정에 따라 원고가 매도인인 대한토지신탁에 신탁재산 처분수수료를 지급한 것이므로, 원고가 지급한 위 신탁재산 처분수수료는 원고가 일건이 담보신탁한 이 사건 부동산을 수탁자인 대한토지신탁으로부터 매수하기 위하여 매도인에게 지급한 취득절차비용으로 간접비용에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 위 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원은 이 사건 부동산 자체의 가격에 준하는 비용으로 이 사건 부동산의 취득가액에 포함된다.

다) 대납 재산세 237,280,150원

앞서 든 매매계약서에 의하면 이 대납 재산세는 연제구청이 일건(체납자는 주식회사 유시디로 되어 있으나, 일건이 주식회사 유시디로 사명을 변경하였다)에 부과한 것이고, 이 사건 부동산이 부담하는 채무로도 보이지 않으므로, 비록 이 사건 매매계약 제6조에서 일건 및 이 사건 부동산에 고지된 체납세금은 원고가 부담하기로 하였다고 하더라도 이를 매매대금에 반영하여 그 대금 상당을 차감하기로 하였거나 약정 매매대금 외에 이 체납세금도 매매대금에 포함하기로 하였음을 인정할 증거가 없으므로, 이 대납 재산세는 당해물건자체의 가격 또는 원고가 이 사건 부동산을 취득하기 위한 간접비용이라고 볼 수 없고, 오히려 원고가 일건의 재산세를 대납한 것은 이 사건 사업을 진행하기 위한 비용으로 봄이 상당하므로, 이 사건 부동산의 취득가격에 포함된다고 볼 수 없다.

마. 정당한 세액의 계산

원고가 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 신고누락한 취득가액은 신탁재산 처분수수료 12억 6,550만 원이 되고, 이를 기초로 법령에 의하여 원고가 납부하여야 할 정당한 세액은, ① 취득세 29,228,510원, ② 농어촌특별세 2,550,060원, ③ 등록세 29,346,440원, ④ 지방교육세 5,437,400원이 됨은 기록상 명백하다.

따라서 이 사건 처분 중 취득세 29,228,510원, 농어촌특별세 2,550,060원, 등록세 29,346,440원, 지방교육세 5,437,400원을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 처분 중 취득세 29,228,510원, 농어촌특별세 2,550,060원, 등록세 29,346,440원, 지방교육세 5,437,400원을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것인 바, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.