1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 7. 15. 인천 부평구 십정1동 563-9 대방테크노 1동 101호를 본점소재지로 하여 설립되어 자동밸브 제조업 등을 영업으로 하는 회사이다.

나. 원고는 인천 서구 가좌동 585-22에 도시형공장용 건축물 연면적 3,124.05㎡(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다)를 신축하고 2008. 7. 30. 소유권 보존등기를 마쳤으며, 그 후 피고에게 이 사건 공장에 관하여 일반 세율(8/100)을 적용하여 등록세 등을 신고ㆍ납부하였다.

다. 피고는 2010. 2. 4. 원고에게 이 사건 공장이 구 지방세법 제138조 제1항에서 정한 등록세 중과세 대상이라는 이유로 중과세율(24/100)을 적용하여 등록세 32,478,230원, 지방교육세 6,017,000원 합계 38,495,230원(가산세 9,776,830원 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2010. 4. 30. 이의신청을 거쳐 2010. 7. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 같은 해 12. 23. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는 ‘국토의 계획 및 이용에 관한 법률’(이하 ‘국토계획법’이라 한다)의 적용을 받는 공업지역 안에서 도시형 공장인 이 사건 공장을 신설하고 부동산등기를 경료하였는데, 구 지방세법 제138조 제1항 제4호는 대도시 안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기를 중과세 대상으로 규정하면서 위와 같은 경우를 그 예외로 규정하고 있으므로, 위 규정의 취지에 따라 이 사건 공장은 중과세 대상에서 제외되어야 하고, 이 사건 공장에 같은 조 제1항 제3호의 규정을 적용할 수는 없다. 따라서 피고가 구 지방세법 제138조 제1항 제3호의 규정에 따라 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 지방세법 제138조 제1항은 다음 각호의 등기를 하는 때에 그 세율을 같은 법 제131조 및 제137조에 규정한 세율의 100분의 300으로 한다고 규정하면서 제3호에서는 “대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점ㆍ주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”를, 제4호에서는 “대도시(‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률’의 적용을 받는 유치지역 및 국토계획법의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기”를 중과세대상으로 규정하고 있다.

위 지방세법 제138조 제1항 제3호 후단에 관하여 같은 조 제3항, 구 지방세법 시행령 제102조 제1항은, “그 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인이 설립ㆍ설치ㆍ전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용ㆍ비업무용 또는 사업용ㆍ비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말하고, 이 경우 부동산등기에는 공장의 신설ㆍ증설, 공장의 승계 취득, 당해 대도시내에서의 공장의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산취득등기를 포함한다고 규정하고 있다.

한편 위 구 지방세법 제138조 제1항 제4호에 관하여 같은 조 제3항, 구 지방세법 시행규칙 제55조, 제47조 제1항은 “공장”의 범위를 규정하면서 ‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률’ 제28조의 규정에 의한 도시형 공장(원고의 이 사건 공장은 여기에 해당한다)을 제외한다고 하고 있다.

2) 위 관계 법령의 구성, 내용과 취지를 종합하여 살펴보면, 구 지방세법 제138조 제1항 각호는 중과세 대상에 해당하는 경우를 각각 병렬적으로 열거하면서, 그 중 하나에 해당할 때는 중과세하도록 하고 있으므로 그 중 어느 항목이 정한 예외 사유에 해당하여 그 항목에 적용되지 않는다고 하더라도 그것만으로 자동적으로 다른 항목 전체의 적용이 배제된다고 할 수 없고, 구 지방세법 시행령 제102조 제2항의 명시적인 규정에 비추어볼 때 공장 신설에 따른 등기의 경우에 구 지방세법 제138조 제1항 제4호의 규정이 같은 항 제3호의 규정에 우선하여 배타적으로 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 국토계획법에 따른 공업지역에 위치하거나 ‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률’에 따른 도시형 공장에 해당하여 구 지방세법 제138조 제1항 제4호의 중과세 사유에는 해당하지 않는 경우에도, 대도시내에서의 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 해당한다면 같은 법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세할 수 있다[ 서울고등법원 2008. 4. 1. 선고 2007누23349 판결(심리불속행으로 상고기각 확정되었다) 참조].

3) 따라서 이 사건 토지 및 건물 취득에 대하여 지방세법 제138조 제1항 제3호에 따라 중과세한 이 사건 처분이 적법한지 여부에 관하여 살피건대, 앞에서 본 바와 같이 원고가 2005. 7. 15. 수도권정비계획법이 정한 과밀억제권역인 인천광역시 안에서 설립된 후 그로부터 5년 이내인 2008. 7. 30. 이 사건 공장에 관하여 소유권보존등기를 경료한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 대하여 구 지방세법 제138조 제1항 제3호를 적용하여 한 피고의 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다(만일 원고가 법인 설립 후 5년이 지난 후에 도시형 공장으로서 지점, 분사무소가 아닌 공장을 취득한다면 그 때에는 구 지방세법 제138조 제1항 제4호를 적용받아 그 공장 취득에 대해 중과세를 면할 수 있을 것이다.).

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.