산업단지내 신축한 공장의 일부를 00시스템에 공장용으로 임대한 경우이나 임차인이 제조시설을 갖춘 별도의 공장을 소유하고 있으면서 임대부분은 사무실로 사용한 것으로 보이는 점이나 공장의 나머지 면적을 사용하는 원고 또한 이러한 사실을 인지하였을 점 등으로 볼 때, 해당 면적에 대해 감면된 취득세 등을 추징하여야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 공장을 신축할 목적으로 수원시와 사이에 수원산업단지 내에 위치한 수원시 권선구

고색동 940 공장용지 2,521.8㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 분양받기로 하는 수원산업단지 입주계약을 체결하고, 2006. 11. 29. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 토지 지상에 별지 목록 기재 부동산(이하 ‘이 사건 공장건물’이라 한다)을 신축한 후 2007. 12. 14. 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤고,

구 지방세법(2008. 2. 29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라 한다) 제276조 제1항에 따라 피고로부터 취득세 및 등록세를 면제받았다.

다. 1) 원고는 2008. 5. 9.

주식회사 선익시스템(이하 ‘

선익시스템’이라 한다)과 사이에 이 사건 공장건물의 3층 중 968.8㎡ 부분(이하 ‘이 사건 임대부분’이라 한다)을 임대차보증금 75,000,000원, 차임 월 7,500,000원(부가가치세 별도), 기간 2008. 5. 14.부터 2011. 5. 13.까지로 정하여 임대하기로 하는 임대차계약(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다)을 체결하였다.

2) 이 사건 임대차계약서에는 이 사건 임대부분의 용도가 ‘공장’으로 기재되어 있고, 이 사건 임대차계약 제13조 라목은

선익시스템이 이 사건 임대부분을 거주용으로 사용하거나 기타 임대차계약 용도 이외에 사용하는 행위를 하여서는 안 된다고 되어 있다.

라. 1) 원고는 2008. 5. 29.경

수원시장에게 이 사건 임대부분을 위와 같이

선익시스템에게 임대하였다는 내용의 임대신고를 하여 2008. 6. 2.경 그 신고가 수리되었다.

2)

선익시스템은 2008. 5. 29.경

수원시장과 사이에 이 사건 임대부분 중 101.50㎡는 제조시설 면적으로, 나머지 867.30㎡는 부대시설 면적으로 하는 산업단지 입주계약을 체결하였고, 2006. 6. 26.경

수원시장에게 공장설립 완료신고를 하여 2008. 6. 27.경 그 신고가 수리되었다.

마. 1)

수원시장은 2010. 11. 10.

구 지방세법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것) 제68조 제3항에 따라 원고에게, 원고에 대한 지방세 세무조사 결과 원고가 이 사건 임대부분을 공장이 아닌 다른 용도로 사용하고 있다는 이유로 원고가 면제받은 취득세 30,259,150원 및 등록세 16,429,960원 합계 46,689,110원을 과세예고하였다.

2) 원고는 위 과세예고에 불복하여 2010. 12. 13.

경기도지사에게 과세전적부심사를 청구하였으나 불채택결정을 받았고, 이에 피고는 2011. 3. 10. 원고에 대하여 별지 목록 기재와 같은 추징금부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

3) 원고는 2011. 3. 23. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 2011. 11. 8. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제4 내지 9호증, 갑 제10, 11호증의 각 1, 2, 갑 제12호증의 1 내지 4, 갑 제14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 사유로 위법하다.

1) 첫 번째 주장

선익시스템은 이 사건 임대부분 중 제조시설 면적인 101.5㎡ 부분은 반도체의 핵심부품인 ‘셀’을 제조하는 장소로, 부대시설 면적인 867.3㎡ 부분은 연구소, 사무실 등으로 각 사용함으로써 이 사건 임대부분을

수원시장에게 임대신고한대로 사용하였다.

이 사건 처분은 2010. 9. 27. 실시된 현장조사결과를 근거로 하여 이루어진 것인데, 위 현장조사는 이 사건 토지의 사용일인 2007. 11. 16.경으로부터 이미 2년이 경과된 이후에 행해졌으므로, 위 현장조사결과는 원고가 이 사건 토지를 사용일로부터 2년 이내에 공장 이외의 용도로 사용하였다는 것을 입증할 증거가 될 수 없다.

이 사건 임대부분 중 부대시설 면적인 867.3㎡ 부분은 산

업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(이하 ‘공장설립법’이라 한다) 제2조 제1호,

같은 법 시행령 제2조 제2항 제2호,

같은 법 시행규칙 제2조 제1호에 따라 공장의 범위에 포함되는 부대시설(사무실, 연구소 등)로 사용되었으므로, 적어도 이 사건 처분 중 위 867.3㎡ 부분에 관한 추징금부과처분은 취소되어야 한다.

2) 두 번째 주장

설령

선익시스템이 이 사건 임대부분을 공장 이외의 용도로 사용하였다고 하더라도 이는 원고가

선익시스템에게 이 사건 임대부분을 임대하면서 그 용도를 ‘공장’으로 특정하고, 공장 이외의 용도로 사용하는 행위를 금지하였음에도 불구하고

선익시스템이 이를 위반하였기 때문이다. 따라서 원고가

선익시스템에게 이 사건 임대부분을 공장 이외의 용도로 임대하였음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여

구 지방세법 제276조 제1항에 의하면 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고 재산세는 경감하되, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징하도록 되어 있는바,

구 지방세법 제276조 제1항이 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 입법취지는 산업단지를 조성ㆍ입주하여 공장을 건립하는 경우 취득세 등을 면제하여 줌으로써 산업단지 내 기업 입주를 촉진하고 산업단지의 경쟁력을 높이기 위한 것이므로,

구 지방세법 제276조 제1항에 따라 취득세 및 등록세를 면제받을 수 있는 산업용 건축물 등의 용도로 사용하고 있는지 여부는 위 입법취지에 부합하는지 여부 등을 고려하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다.

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제3호증, 갑 제11호증의 2, 갑 제13호증의 1, 2, 4, 갑 제14호증, 을 제2, 3호증의 각 기재 내지 영상, 증인

김병년의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①

선익시스템은 2009. 7. 8. 본점 소재지를 수원시 영통구

원천동에서 이 사건 임대부분이 위치한 수원시 권선구

고색동 940, 3층으로 변경하였고,

선익시스템의 인터넷 홈페이지(

www.sunic.co.kr)의 ‘본사주소 및 연락처’ 부분에는

선익시스템의 사무동이 이 사건 임대부분이 위치한 수원시 권선구

고색동 940, 3층에, 공장동이 수원시 권선구

고색동 939, 1층에 각 위치해 있는 것으로 기재되어 있는 점, ② 이 사건 임대부분 중 제조시설 101.5㎡에는 별도의 기계 등 제조시설이 설치되어 있지 아니하고, 단지 직원 3~5명이 책상에 앉아 다른 업체로부터 구입해 온 부품을 수작업으로 조립하여 ‘셀’을 만드는 정도에 불과한 점, ③

선익시스템은 수원시 권선구

고색동 939지상 건물 및

같은 동 988-2지상 건물에 제조시설을 갖춘 별도의 공장을 가지고 있는 점, ④ 피고의 직원들이 2010. 9. 27. 이 사건 임대부분에 대한 현장조사 후 작성한 출장복명서와 그에 첨부된 사진에 의하면 이 사건 임대부분 중 제조시설 101.5㎡ 부분은 주로 물품을 쌓아놓거나 보관하는 창고 등으로 사용되고 있는 것으로 보이는 점, ⑤

공장설립법 제2조 제1호,

같은 법 시행령 제2조 제2항 제2호,

같은 법 시행규칙 제2조 제1호에 의하면 제조업의 경우 그 제조시설의 관리ㆍ지원, 종업원의 복지후생을 위하여 해당 공장부지 안에 설치하는 부대시설로서 사무실, 창고, 시험연구시설 등이 공장의 범위에 포함되기는 하나, 공장의 범위에 포함되는 부대시설은 위 각 규정의 내용, 취지 등에 비추어 제조시설을 갖추고 있는 사업장 내에 있는 시설로서 당해 사업장의 원활한 운영을 위하여 설치가 반드시 필요한 것을 의미한다고 할 것인바, 이 사건 임대부분에는 제조시설이 갖추어져 있지 아니하므로, 이 사건 임대부분 중 부대시설 867.3㎡ 부분을 공장의 범위에 포함되는 부대시설로 보기는 어려운 점 등 여러 사정을 종합하면,

선익시스템은 늦어도 본점소재지를 이 사건 임대부분이 위치한 수원시 권선구

고색동 940, 3층으로 변경한 2009. 7. 8.부터 이 사건 임대부분을 공장이 아니라 사무실의 용도로 사용하였다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여

살피건대, 원고가

선익시스템에게 이 사건 임대부분을 임대하면서 그 용도를 ‘공장’으로 특정하고, 공장 이외의 용도로 사용하는 행위를 금지한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 갑 제1, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 공장 신축을 목적으로 하여 피고로부터 이 사건 토지 등에 대한 취득세 등을 면제받은 것이므로,

선익시스템이 이 사건 임대부분을 공장 용도로 사용하고 있는지 여부를 확인하고 관리할 의무가 있다고 보이는 점, ② 원고의 본점 소재지가 이 사건 공장건물이 위치한 수원시 권선구

고색동 940일뿐만 아니라 원고도 이 사건 공장건물 중 1, 2, 4층을 사용하고 있으므로 원고로서는

선익시스템이 이 사건 임대부분을 공장 이외의 용도로 사용하고 있었다는 사실을 알고 있었을 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.