1. 처분의 경위

가. 건설교통부장관은 2007. 9. 20. 공공기관이 지방의 미분양아파트를 매입하여 국민임대주택 또는 비축용 임대주택으로 활용하는 방안을 발표하였고, 이에 따라 대한주택공사는 지방의 미분양아파트를 매입하여 임대주택으로 활용하는 내용의 ‘미분양주택 매입 및 임대 업무처리지침(이하 ’이 사건 지침‘이라 한다)’을 마련한 다음, 국토해양부로부터 매입계획을 승인받는 등 절차를 거쳐, 2008. 12. 16. 소외 주식회사 장일주택으로부터 문경시 모전동 67 장원하이드파크아파트 101동 502호 등 43세대(이하 통틀어 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 대금 4,206,600,000원에 매수하고, 이후 그 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 대한주택공사는 2008. 12. 16. 피고에게 지방세법 제289조 제1항을 근거로 이 사건 아파트에 대하여 지방세 감면신청을 하였고, 피고는 위 신청을 받아들여 취득세 및 등록세를 부과하지 않았다.

다. 대한주택공사는 2009. 10. 1. 한국토지주택공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호)에 의하여 한국토지공사와의 합병으로 소멸하고, 원고가 신설되어 대한주택공사의 권리의무를 포괄적으로 승계하였다(이하에서는 소멸 전의 대한주택공사도 ‘원고’라 한다).

라. 피고는 이 사건 아파트가 지방세법 제289조 제1항에 의한 지방세 감면 대상이 아니라는 법제처의 유권해석에 따라, 2010. 5. 7. 원고에게 이 사건 아파트에 관한 취득세 28,312,520원(신고 및 납부 불성실가산세 7,279,520원 포함), 등록세 28,501,810원(신고 및 납부 불성실가산세 7,468,810원 포함), 지방교육세 5,279,700원(신고 및 납부 불성실가산세 1,073,100원 포함)을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 12. 28. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 제5호증의 1, 2, 제6호증의 1, 2, 제7호증, 을 제1호증의 1 내지 제2호증의 5의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주위적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

(1) 원고는 국가의 계획에 따라 미분양아파트를 매입하여 일시 비축하였다가 10년의 임대기간이 도과한 후 임대주택법 제16조, 제21조 및 같은 법 시행령 제13조 등 관련 법령과 이 사건 지침이 정한 절차에 따라 무주택서민에게 분양 전환할 목적으로 잠정적ㆍ임시적으로 매입하였으므로 이 사건 아파트는 지방세법 제289조의 취득세 및 등록세 감면대상에 해당한다.

(2) 원고는 2008. 3.부터 전국의 약 60개의 미분양주택을 매입하였는데 해당 과세관청으로부터 취득세 등을 면제받은 결과 임대할 목적으로 미분양아파트를 취득하는 경우 취득세ㆍ등록세가 면제된다고 신뢰하였으므로 이 사건 처분은 과세형평 또는 신뢰보호의 원칙에 반하여 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 건설교통부장관은 2007. 9. 20. ‘누적된 지방 미분양 아파트를 공공에서 매입하여 임대주택으로 활용하되, 이미 공공임대주택 건설계획이 있고 임대수요가 충분한 지역에서 건설 대신 미분양 아파트를 매입하여 국민임대주택(전용면적 60㎡ 이하, 수도권ㆍ지방) 또는 비축용 임대주택(전용면적 60㎡ 초과, 지방)으로 활용’하기로 하는 내용의 ‘지방 미분양아파트 활용방안 마련’ 방침을 발표하였다.

(2) 원고는 2008. 6.경 위 방침에 따라 이 사건 지침을 마련하였는데, 그 주된 내용은 ‘매입 신청된 미분양 아파트 중 국토해양부의 수요평가를 통과한 아파트에 대하여 협의 매입하고, 전용면적 60㎡ 이하 주택은 국민임대주택 임대기준을 적용하고, 전용면적 60㎡를 초과하는 주택은 임대기간을 최초 입주지정일이 속한 달의 다음달 1일부터 10년으로 하되, 임대의무기간 10년이 만료하면 청약저축 또는 청약예금 가입자를 대상으로 일반분양하여 매각한다’라는 것이다.

(3) 이 사건 아파트는 지방에 위치한 준공된 미분양아파트로 그 전용면적이 모두 60㎡를 초과한다.

(4) 이 사건 지침은 전용면적 60㎡ 이하인 아파트에 관하여는 ‘임대를 목적으로 취득하여 소유하는 소규모 공동주택’의 취득세ㆍ등록세 면제를 규정한 지방세법 제269조를 적용하여 취득세ㆍ등록세의 감면을 신청하도록 정하고 있고(전용면적 60㎡를 초과하는 아파트의 경우는 지방세법 제289조를 적용하여 신청하도록 정하고 있다), 실제로도 전용면적 60㎡ 이하의 아파트에 관하여는 지방세법 제269조 제1항에 의하여 취득세 및 등록세를 감면받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 원고의 위 2. 가. (1) 주장에 대한 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

(2) 원고가 이 사건 아파트를 국가의 계획에 따라 취득하였다는 점에 관하여는 피고가 이를 다투지 않으므로, 이 사건의 쟁점은 이 사건 아파트가 ‘제3자에게 공급할 목적’으로 ‘일시 취득’한 부동산인지 여부이다.

(3) 위 인정사실에 의하면, 이 사건 아파트는 10년간 임대주택으로 사용되다가 임대의무기간 10년이 지난 이후에는 일반 분양으로 전환되어 매각될 것이 예정되어 있으나, 이는 확정적인 것이 아니라 향후의 계획이나 방침에 불과한 것이고, 임대기간 만료 후 분양 전환하는 것은 임대기간이 만료된 임대주택의 처리방법이지 그 자체가 부동산 취득의 목적이 되기도 어려운 것이며, 원고는 이미 임대주택 건설계획이 있고 임대수요가 충분한 지역에서 임대주택을 건설하는 대신 미분양 아파트를 매입하여 임대주택으로 활용한 것으로 보이므로, 원고는 이 사건 아파트를 ‘임대할 목적’으로 매입한 것으로 봄이 상당하다.

(4) 그런데 다음과 같은 이유에서 원고가 이 사건 아파트를 ‘제3자에게 임대’하는 것은 ‘제3자에게 공급’하는 것에 해당한다고 볼 수 없다.

(가) 지방세법 제289조 제1항의 입법취지는 공익 목적의 주택사업을 장려 내지 활성화하기 위해 원고가 국가 또는 지방자치단체의 주택건설계획에 따라 부동산을 잠정적, 임시적으로 보유하는 때에는 예외적으로 취득세 등을 면제하여 주는 것이다.

(나) 지방세법 제289조 제1항, 구 지방세법 시행령(2008. 12. 31. 대통령령 제21217호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법 시행령’이라 한다) 제225조, 구 대한주택공사법(2009. 5. 22. 법률 제9706호로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 대한주택공사법’이라 한다)에 의하면, 대한주택공사가 국가 또는 지방자치단체의 계획에 따라 제3자에게 ‘공급’할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, ‘대통령령이 정하는 사업’이라 함은 대한주택공사의 주택의 건설ㆍ개량ㆍ매입ㆍ비축ㆍ‘공급’ㆍ임대 및 관리에 따른 사업 등을 말하는데, 여기서 사용된 ‘공급’이라는 단어의 의미가 문제이다.

지방세법 제289조 제1항의 ‘제3자에게 공급할 목적’ 중 ‘공급’을 해석함에 있어 구 대한주택공사법 제3조 제1항 제1호에서 규정한 ‘공급’은 ‘임대’와 다른 의미를 가지면서 ‘임대’와 병렬적으로 규정되어 있는 점을 감안해야 하므로, 위 각 조문에서 사용된 ‘공급’이라는 용어는 동일한 의미로서 ‘임대’를 제외한다고 볼 것이므로, 결국 위 ‘공급’은 ‘소유권을 이전하는 것’을 의미하는 것으로 보아야 한다. 이와 달리 ‘공급’이 ‘임대’도 의미한다고 해석하면, 장기간 소유하면서 소유기간 동안 임대할 목적으로 주택을 매입하는 경우에도 ‘일시’ 취득한 것으로 보게 되어 ‘장기간의 소유’가 ‘일시 취득’을 의미하는 결과가 되어 불합리하다.

(5) 소결

원고는 이 사건 아파트를 ‘임대할 목적’으로 취득하였으므로, ‘공급할 목적’으로 취득한 경우에 해당하지 아니하고, 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

마. 원고의 위 2. 가. (2) 주장에 대한 판단

살피건대, 원고가 2008. 3.부터 전국의 약 60개의 미분양주택을 매입하는 과정에서 해당 과세관청으로부터 취득세 등을 면제받았다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 이 사건 처분이 과세형평의 원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 피고가 원고에게 공적인 견해표명을 하였음을 인정할 증거가 부족하므로 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수 없으니, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 예비적 청구에 대한 판단

가. 원고의 주장

피고는 당초 원고의 감면 신청을 받아들여 취득세ㆍ등록세를 부과하지 아니하였다가 이후 이를 번복하여 이 사건 처분을 하면서 신고 및 납부 불성실가산세를 부과하였는데, 이러한 경우에까지 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

나. 판단

(1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실에 더하여 갑 제6호증의 1, 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 조세심판원이 2009. 4. 20. 원고가 5년간 임대한 후 분양할 목적으로 취득한 전용면적 85㎡ 이상의 중형 주택이 지방세법 제289조의 지방세 감면대상이 된다는 이유로 취득세 및 등록세 등 부과처분을 취소하는 결정을 한 사실, ② 원고가 제주시장을 상대로 제기한 취득세 등 부과처분취소 사건에서 제1심은 2010. 2. 3. 임대주택건설사업에 사용하기 위하여 취득한 토지는 지방세법 제289조의 지방세 감면대상이 된다는 이유로 취득세 및 등록세 등 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였고(제주지방법원 2009구합755), 항소심도 2010. 8. 25. 같은 이유로 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며(광주고등법원 제주부 2010누100), 현재 상고심(대법원에 2010두19492)이 계속중인 사실, ③ 피고가 처음에는 원고의 지방세 감면신청을 받아들여 과세처분을 하지 아니하였다가 법제처의 유권해석에 따라 이 사건 처분을 한 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 아파트를 취득한 후 법정기한 내에 취득세 등의 신고ㆍ납부를 하지 아니하여 결과적으로 의무이행을 해태하였다 하더라도 이는 지방세법 제289조를 해석하는 견해의 차이에 기인한 것으로서 원고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하고, 원고의 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하고, 예비적 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.