00법인은 법인등기부상 창고업, 화물운송대행업을 목적사업으로 기재하였으나 해당 건물을 원고에게 양도할 당시까지도 일부를 임대하는 것 외에 다른 영업을 하지 않았던 이상 구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호에 규정한 ‘종전사업의 자산을 인수하여 같은 사업을 영위하는 경우’로 볼 수 없다. 따라서 감면대상의 창업중소기업에서 배제하여 취득세 등을 부과한 처분은 타당하지 않다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 6. 25. 경기도 여주군

점동면 원부리 204-6 창고용지 22,400㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를

박흥규,

정대희로부터 1,500,800,000원에, 위 지상 연면적 26,194.4㎡의 철골철근콘크리트 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합쳐서 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을

주식회사 아리창(이하 ‘

아리창’이라 한다)으로부터 10,299,200,000원에 각 취득하였다.

나. 원고는 2010. 6. 25. 이 사건 부동산의 취득가액 합계 11,800,000,000원을 과세표준으로 하여 취득세 236,000,000원, 농어촌특별세 23,600,000원, 등록세 236,000,000원 및 지방교육세 47,200,000원을 신고하였고, 피고는 같은 날 위 취득세 등을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 9. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 8. 31. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 5, 갑 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 물류창고업을 영위하기 위하여 설립된 법인으로서 의류보관 등의 용도로 이 사건 부동산을 취득하였다. 한국표준산업분류에 의하면 원고는 ‘창고 및 운송관련 서비스업’ 중 ‘창고업’에 해당하여 ‘부동산업’ 중 ‘비주거용 건물 임대업’을 영위하던

아리창과는 세분류상 서로 다른 분류에 속하며, 실제로도 물류대행업을 영위하는 등

아리창과는 다른 종류의 사업을 영위하고 있다. 따라서 원고는 창업중소기업으로서

구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및

제120조 제3항(이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)의 적용을 받아 이 사건 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여 취득세, 등록세 등의 감면을 받는 대상임에도, 이와 다른 전제에서 취득세, 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

원고의 설립은

아리창이 종전의 사업에 사용하던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우로서

구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호에 따라 취득세, 등록세 등의 감면대상이 되는 ‘창업’으로 볼 수 없다.

또한 원고 주장의 물류대행사업은 사실상 원고와 특수관계인 관계에 있는

바바패션이의 일개 사업부문의 역할을 수행하고 있는 것에 불과하므로, 원고의 설립은 실질과세원칙의 측면에서도 ‘창업’이라고 할 수 없다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1)

아리창은 2005. 4. 7. 창고업, 택배업 등을 목적사업으로 하여 설립된 회사로서 2008. 9. 19. 이 사건 건물을 완공한 후 소유권보존등기를 마쳤다.

아리창은 2006. 3. 14. 부동산 임대업 등을 목적사업에 추가한 후 이 사건 건물 중 일부만을

주식회사 삼안과

주식회사 삼진지에스(이하 ‘

삼진지에스’라고 한다) 임대해 주고 2009년 법인세과세표준신고시 213,600,000원을 임대료수입으로 신고하는 등 사실상 이 사건 건물에서 부동산 임대업만을 영위하였고, 2010. 5. 31. 법인등기부상 목적사업에서 창고업, 택배업 등을 삭제하기도 하였다.

아리창은 2005. 4. 15. 서비스업(임대관련)을 업태로 하여 관할 세무서에 개업신고를 하였다가 2010. 12. 31. 폐업신고를 마쳤다.

(2) 원고는 2010. 6. 15. 이 사건 부동산을 본점으로 하고 물류대행업, 창고업, 부동산 임대업 등을 목적사업으로 하여 설립등기를 마친 주식회사로서, 원고는 2010. 6. 21.

아리창과 사이에 이 사건 건물에 관한 매매계약을 체결하였는데, 그 전체적인 주요 내용은 아래 매매계약서(이하 ‘이 사건 매매계약서’라고 한다)와 같다. 한편 당시

아리창은 이 사건 건물 지하 1층 중 5,950.41㎡만을

삼진지에스에게 임대한 것 외에는 다른 영업을 하고 있지 않았다.

매매계약서

주식회사 아리창(이하 ‘매도인’이라 한다)과

주식회사 비앤비 물류센터(이하 ‘매수인’이라 한다)는 제1조 기재 물류창고에 관한 매매계약을 다음과 같이 체결한다.

제1조 [매매대상]

소재지번 : 경기도 여주군

정동면 원부리 204-6 에이동

건물내역 :

철골철근콘크리트조 우레탄판넬지붕 지하 1층, 지상 2층물류창고 및 기타부속물

지하 1층 8,730.8㎡

1층 8,730.8㎡

2층 8,730.8㎡

제2조[매매대금]

1., 2. 각 생략

3. 잔금 중 제5조 매매목적물의 임대차승계와 관련하여 매수인이 반환의무를 부담하는 보증금 75,600,000원은 잔금에서 공제하는 것으로 한다. 나머지 부분 생략

제3조[포괄양수도] 매도인과 매수인은 매매목적물 및 이와 관련된 사업 일체를 포괄양수도하는 것으로 한다.

제4조[매도인의 의무] 생략

제5조[임대차승계] 매수인은 매매계약일 현재 매매목적물상의 임대차관계를 승계하며, 임대차보증금의 반환의무를 부담한다.

제6조[처분제한 등기의 말소], 제7조[근저당권 피담보채무의 인수], 제8조[계약해제], 제9조[비용부담], 제10조[분쟁의 해결] 각 생략

(3) 이 사건 건물의 전체 면적은 26,192.4㎡로서, 원고는 2010. 6. 15.경부터 이 사건 건물 지하 1층과 지상 1층의 일부 및 지상 2층 등 총 16,616.99㎡를 직접 사업장으로 사용하고 있으며,

주식회사 아이엘(이하 ‘

아이엘’이라 한다)이 2011. 3. 7.부터 지하 1층 중 2,640㎡를,

주식회사 바바패션(이하 ‘

바바패션이’라 한다)이 2011. 2. 21.부터 지상 1층 중 1,985㎡를 각 원고로부터 임대받아 사용하고 있고,

주식회사 삼진지에스는 2010. 6. 15.부터 지하 1층 중 5,950.41㎡를

아리창으로부터 임대받아 사용하고 있다.

표

(4) 원고는 2011. 2. 1. 및 2011. 2. 21. 각

주식회사 비제이티인터내셔날(이하 ‘

비제이티인터내셔날’이라 한다) 및

바바패션 사이에 각 물류관리대행 서비스 계약을 체결하였는데, 그 주된 내용은 원고가 위 회사들의 물류관리 부분을 위탁받아, 위 회사들의 업무지시에 따라 입고, 출고, 반품, 보관대행 및 유통가공, 배송관리, 재고조사업무를 수행하는 것이다. 한편 원고는 2011. 3. 1.

아이엘과 사이에 물류센터 반품업무, 물류센터 택 작업 등을 도급받아 이행하는 내용의 물류업무 도급계약을 체결하였다. 원고의 대표이사인

문인식은 위

비제이티인터내셔날과바바패션의 대표이사를 겸하고 있다.

(5) 원고는 2011. 3. 31.과 2011. 9. 30.

바바패션으로부터

바바패션이 이 사건 건물 1층과 2층에 설치한 물류설비(행거시설 및 전기시설)를 총 3,773,420,311원(1층 : 2,554,761,913원, 2층 : 1,218,658,398원)에 각 구입하였다. 또한 원고는 2012. 4. 30. 현재 정직원 35명을 입출고팀, 관리팀, 행사팀, 반품팀, 설비관리 및 환경미화팀으로 나누어 운용하고 있고, 그 외

아이엘 위탁직원 28명 등 총 63명의 직원을 보유하고 있다.

(6) 2011. 1. 1.부터 2011. 3. 31.까지의 부가가치세 신고기간 동안 원고의 전체 매출액(세금계산서 발급분) 548,947,680원 중 물류관리대행 서비스로 인한 부분은 443,376,480원(비제티인터내셔날 126,016,800원 +

바바패션 317,359,680원)으로서 전체 매출액의 80.8%를 차지하였다. 한편 위 기간 동안

아이엘과

바바패션에 대한 임대관련 매출액은 합계 21,393,164원(각 9,677,149원 및 11,716,015원)으로서 전체 매출액의 3.9%를 차지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증의 1 내지 8, 갑 제4호증의 1 내지 3, 갑 제5, 6, 9호증, 갑 제11호증의 1 내지 3, 갑 제14호증, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제17 내지 20호증, 을 제3호증, 을 제5호증의 1 내지 3, 을 제6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1)

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호,

제120조 제3항에 의하면, 창업중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일로부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기에 대하여 등록세 및 취득세를 면제하도록 되어 있고,

구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3호에 의하면,

구 조세특례제한법 제119조 제3항또는

제120조 제3항의 규정에 의한 세액감면대상인 경우 농어촌특별세를 부과하지 않도록 되어 있으며,

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제260조의3 제1항에 의하면, 등록세액의 20/100을 지방교육세로 부과하도록 규정하고 있으므로, 등록세가 면제되는 경우 지방교육세도 부과되지 않는다.

그런데

구 조세특례제한법 제6조는 '창업중소기업 등에 대한 세액 감면'이라는 표제 아래 제1, 3항(창업중소기업)에서 소득세, 법인세에 관한 특례를 규정하면서 각각 그 적용대상이 되는 창업중소기업의 해당 요건과 범위를 정하는 한편,

제6항에서는 외형상 창업의 형태를 갖추고 있더라도 실질적으로 창업을 하였다고 보기 어려운 경우, 즉 합병이나 사업의 양수 등을 통하여 종전 사업을 승계하거나 종전 사업에 사용되던 자산을 인수하여 동종 사업을 영위하는 경우(제1호) 등은 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있다. 그러므로 원고가 피고의 주장과 같이

아리창의 종전 사업에 사용되던 이 사건 건물을 인수하여

아리창과 동종의 사업을 영위하고 있는지 여부에 관하여 살펴본다(원고가 창업중소기업으로 인정되기 위한 다른 요건을 갖추고 있음은 피고도 다투지 않고 있다).

(2) 관계법령 및 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들을 종합해 보면 원고가

아리창으로부터 이 사건 건물을 인수하여

아리창과 같은 종류의 사업을 한다고 볼 수는 없다.

①

구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호가 ‘종전의 사업에 사용되던 자산을 인수하여 같은 종류의 사업을 영위하는 경우’를 ‘창업중소기업’에서 배제하고 있는 취지는 종전 사업체가 사용하던 자산이 다른 업체에 인수 또는 매각되어 사업이 승계되는 경우는 새로운 사업을 영위하기 위하여 취득하는 경우로 볼 수 없을뿐더러 사회 전체적으로 보았을 때 새로운 기업활동으로 인하여 생산이 증가하는 실질적 창업에 해당한다고 보기 어려워 취득세 등의 감면 혜택을 부여하지 않겠다는 데에 있다고 할 것이다. 따라서 창업중소기업에 해당하는지 여부에 관하여는 정관이나 법인등기부의 형식적 기재에 의할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하여야 한다.

②

아리창은 법인등기부상 창고업이나 화물운송대행업을 사업목적으로 하고 있었지만 사실상 이 사건 건물의 임대 등 부동산 임대업만을 영위하고 있었고, 이 사건 건물을 원고에게 양도할 당시까지도

삼진지에스에 대하여 위 건물 중 일부를 임대해 준 것 외에 다른 영업을 하고 있지는 않았다.

③ 이 사건 매매계약서는 주로 이 사건 건물 자체의 매매에 관한 내용을 담고 있으며, 원고와

아리창 사이에 이 사건 건물과 관련된 사업 일체를 포괄양수도한다는 조항(제3조)이 포함되어 있기는 하나, ‘사업 일체 포괄양수’라는 포괄적, 추상적 조항만 있을 뿐 양도대상 사업의 구체적인 범위나 내용 또는 양도방법 등에 관한 조항이 없다.

④ 원고가 이 사건 건물을 인수한 이후에도

삼진지에스와의 임대차관계를 유지하고 있으나, 이는 원고가 이 사건

매매계약서 제2조,

제5조의 규정에 따라 이 사건 건물의 매수인으로서 기존 임차인인

삼진지에스에 대한 임대인의 지위를 승계하고 임대차보증금을 부담하는 대신 이를 매매대금에서 공제하기로 한 계약의 이행에 불과하다.

⑤ 원고는 이 사건 건물을 매수한 후

바바패션으로부터 37억 원 상당의 물류설비를 구입하고 정직원 35명 등 총 60여명의 인력을 투입하여

아리창이 사용하고 있지 않던 건물의 나머지 대부분을 직접 물류창고로 이용하기 시작하였고, 비록 원고가

아이엘과

바바패션에게 건물 일부를 임대해 주었지만 그 면적은 전체 건물 면적 중 17.6%(= 4,625/26,192.4)에 불과하고 임대로 인한 매출도 극히 미미하다는 점에서 주된 사업의 일환으로 행하여진 것이라고 보기는 어렵다.

⑥ 원고가 이 사건 건물의 일부를 직접 점유하며 영위하던 물류대행사업은 그 내용이 상품의 입ㆍ출고 및 반품과 보관의 대행, 유통가공업무 등으로서 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무가 포함되는 ‘보관 및 창고업’으로 볼 수 있는데, 이는 이 사건 건물의 매도인인

아리창이 유일하게 영위하던 물류창고의 임대사업과는 객관적으로 다른 사업이다.

⑦ 설령 원고의 물류대행사업이 실제로는 원고와 원고의 특수관계인인

바바패션 사이에서 주로 이루어진 것이라고 하더라도

구 조세특례제한법 제6조 제6항 제1호는 종전 사업자로부터 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업에 사용하는 것을 취득세, 등록세 등의 감면대상이 되는 창업중소기업의 소극적 요건으로 규정한 것으로서, 피고가 주장하는 원고의 내부적 사정 등은 위 요건의 해당 여부를 판단하는 기준이 된다고 볼 수 없다.

(3) 따라서 원고가

아리창으로부터 이 사건 건물을 인수하여 동종의 사업을 하는 것을 전제로 이 사건 감면규정의 적용을 부인하고 취득세와 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.