소유권보존등기로 인한 등록세의 과세표준은 지방세법 제130조 제1항, 제2항 각 규정에 의하여 신고가액과 시가표준액 중 더 높은 금액이 되어야 하므로, 처분 중 등록세 및 지방교육세의 각 세액을 초과하는 부분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 5. 8.경

이승희,

이준희(이하 ‘

이승희 등’이라 한다)로부터 대전 서구

관저동 1106 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 공사를 대금 6,050,000,000원에 도급받았는데, 2006. 7. 12.과 2008. 5. 29. 각 변경계약(이하 통칭하여 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 거쳐 그 공사대금이 6,600,000,000원으로 증액되었다. 2008. 5. 29. 최종적으로 변경된 이 사건 계약의 약정서에는 원고가

주식회사 외환은행(청주지점, 이하

외환은행’이라고만 한다)으로부터 약 7,000,000,000원을 대출받아 이를 공사대금, 각종 경비, 이 사건 건물과 관련하여

이승희 등이 기존에 대출받았던 금액의 상환 등에 우선 사용하기로 하는 내용, 이 사건 건물이 준공되었으나 상가 분양이 저조하여 공사대금 지급과 대출금 상환 등이 어렵게 되는 경우 미지급 공사대금과 원고의 대출금 미상환 금액에 상응하는 정도의 상가 소유권을

이승희 등이 원고에게 양도하기로 하는 내용 등이 기재되어 있다.

나. 이 사건 건물은 2008. 8. 1.경 완공되었으나,

이승희 등은 그 무렵까지 원고에게 공사대금을 지급하지 못하였을 뿐만 아니라

외환은행에 대한 대출금을 상환하지도 못하였다. 이에 따라 원고는 2008. 3. 31.

이승희 등과 사이에 이 사건 건물 중 1층에 관하여 분양가액을 8,600,000,000원으로 하는 상가분양계약서를 작성하였는데, 위 상가분양계약서에는 ‘본 분양계약서는 이 사건 건물의 미지급 공사비 정산대금으로 작성된 것이다. 1층에 대하여 건축주 명의변경이 될 경우 본 계약서는 회수하여 폐기하기로 한다. 집합건물로 설계변경이 되는 전제조건에서 본 분양계약서를 작성한다’는 특약사항이 기재되어 있다. 그 후 2008. 5. 9. 건축관계자변경신고에 의하여 이 사건 건물의 건축주가 ‘

이승희 등’에서 ‘

이승희 등과 원고’로 변경되었고, 원고와

이승희 등은 2008. 6. 3.과 2008. 7. 30. 각 공사정산확약서를 작성하였는데, 2008. 7. 30. 확정된 공사정산확약의 내용은 대략 ‘

외환은행 대출금 및 그에 대한 이자, 분양수수료, 건물 사용검사를 위하여 필요한 금액 등 원고가

이승희 등을 대신하여 이미 지출하였거나 앞으로 지출할 금액 합계 약 7,250,000,000원 및 미지급 공사대금 잔금 3,672,000,000원을 미지급금액으로 확정하고, 그 정산을 위하여 원고를 이 사건 건물의 건축주에 추가하여 이 사건 건물 1층에 관하여 원고 앞으로 소유권보존등기를 마치며, 이 사건 건물 1층 전체 및 해당 토지에 관하여 평가금액을 합계 8,000,000,000원(=토지 950,000,000원+건물 7,050,000,000원)으로 하되, 그 평가금액으로

외환은행 대출금 등에 순차 충당한 후, 잔여금액을 미지급 공사대금 잔금에 충당하고, 최종적으로 정산하여 남은 금액을 최종 미지급 공사대금으로 확정한다’는 것이다. 또한 위 공사정산확약서에는 특약사항으로 ‘본 공사정산확약서가 날인되면 2008. 3. 31. 작성한 1층 분양계약서는 상황에 따라 재작성 또는 폐기 유무를 협의하여 결정한다. 본 공사정산확약서에 의하여 이 사건 건물의 공사와 관련한 모든 것이 최종 정산 정리되는 것으로, 이전에 작성한 일체의 약정서, 차용증, 합의서 등은 이후 일체의 효력이 상실되는 것으로 합의한다. 이 사건 건물 사용승인일을 1층에 대한 부동산 대물변제일로 보며,

이승희 등은 원고에게 필요한 제반 서류를 교부하여야 한다. 단 1층 대지 지분에 대한 명의 이전은 2009년 1월 이후로 한다’는 내용이 기재되어 있다.

다.

이승희 등과 원고는 2008. 7. 30. 작성된 공사정산확약서에 기재된 내용에 따라 2008. 8. 1. 이 사건 건물에 대하여 사용승인을 받음과 동시에 집합건축물대장을 생성하면서, 1층 건축물대장(전유부)상 소유자를 원고로 기재하였고, 원고는 같은 날 법인장부(계정별 원장)에 이 사건 건물 1층을 7,050,000,000원에 취득한 것으로 기재하였다.

라. 한편,

현대플러스 주식회사는 2008. 7. 15. 채무자를

이승희 등과 원고로, 피보전권리를 미완성 건물 양수 약정에 따른 이행청구권으로 하여 이 사건 건물에 관하여 대전지방법원 2008카합645호로 담보조건부 부동산처분금지가처분 결정을 받았고, 이에 따라 같은 날 가처분등기 촉탁에 의하여 이 사건 건물이 일반 건물임을 전제로

이승희 등과 원고 앞으로 각 1/3 지분의 비율로 소유권보존등기(이하 ‘이 사건 소유권보존등기’라 한다)가 마쳐졌다.

마. 원고는 2008. 8. 29.경 신고가액을 1,989,171,557원(=이 사건 건물 전체 건축공사비와 부대비용 합계 10,519,151,546원에 1층 전용부분 면적의 전체 면적에 대한 비율 18.91%를 적용한 금액, 원 미만 버림, 이하 같다)으로 하여 피고에게 등록세 신고서를 제출하고, 2008. 9. 1. 등록세 19,325,190원{=산출세액 15,913,370원(=1,989,171,557원×8/1,000)+신고불성실가산세 3,182,670원(=15,913,370원×20/100)+납부불성실가산세 229,150원(=15,913,370원×3/10,000×48일)}, 지방교육세 3,546,760원{=산출세액 3,182,670원(=15,913,370원×20/100)+신고불성실가산세 318,260원(=3,182,670원×10/100)+납부불성실가산세 45,830원(=3,182,670원×3/10,000×48일)}을 신고·납부하였다.

바. 피고는 2009. 12. 21. 원고에 대한 지방세 세무조사 결과 원고 법인장부(계정별 원장)상 이 사건 건물 중 원고 소유 부분의 사실상 취득가액이 7,050,000,000원으로 확인되었다는 이유로,

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제130조 제3항,

제111조 제5항 제3호,

제260조의4각 규정에 근거하여 2010. 2. 10. 과세표준의 차액인 5,060,828,443원(=7,050,000,000원-1,989,171,557원)을 과세표준으로 하여 다시 계산한 등록세 55,567,880원, 지방교육세 10,303,830원을 경정 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2010. 5. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2011. 1. 28. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 소유권보존등기는 원고와

이승희 등이 공동으로 신청한 것도 아니고, 2008. 8. 1. 생성된 집합건축물대장에 기초하여 이루어진 것도 아니며, 단지

현대플러스의 일방적인 주장에 기초하여 가처분촉탁등기로 마쳐진 것이어서 실체권리관계에 부합하지 아니하므로, 그 소유권보존등기가 마쳐질 무렵 대물변제를 받으려는 의사가 있었던 이 사건 건물 1층 중 소유권보존등기가 마쳐진 1/3지분을 제외하고는 원고가 등록세 납세의무를 부담하지 아니한다.

2) 원고와

이승희 등 사이에 이 사건 건물 1층 전체에 관한 대물변제 약정가액으로 정한 7,050,000,000원을 이 사건 건물 중 원고 지분 등록세의 과세표준으로 삼을 수 없다.

3) 부동산에 관한 등록세의 과세표준은 그 부동산의 ‘등기 당시의 가액’인바, 이 사건 등록세 납세의무가 성립한 2008. 7. 15.에는 원고가 작성한 법인장부가 존재하지 않았으므로, 등기 당시에 존재하지도 않았던 법인장부에 기재된 금액을 과세표준으로 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

등록세는 재산권 기타 권리의 취득, 이전, 변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세객체로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 세금으로서 그 등기 또는 등록의 유. 무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로, 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리 귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재되었던 등기 또는 등록이 뒤에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세부과처분의 효력에 아무런 영향이 없다. 즉, 합법적이고 정당한 권원에 기한 등기·등록이 아니라도 외형상 등기·등록의 형식적 요건만 갖추고 있으면 과세대상이 되고, 그 명의자가 목적물을 실제로 취득할 의사가 있었는지 여부도 묻지 않는다(

대법원 1986. 2. 25. 선고 85누858 판결,

대법원 2003. 6. 10. 선고 2001두2720 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 소유권보존등기가 비록 가처분등기 촉탁에 의하여 경료된 것이라고 하더라도 재산권의 취득에 관한 사항이 등기된 것으로서 등록세 부과의 과세요건이 충족되는 것이라 할 것이고, 설령 원고의 주장과 같이 원고와

이승희 등과 사이에 이 사건 건물 전체를 각 1/3 지분씩 소유하려던 의사가 없었고 단지 이 사건 건물이 집합건물임을 전제로 하여 그 중 1층을 원고가 전부 소유하려던 의사가 있었다고 하더라도, 이는 이 사건 소유권보존등기 그 자체에 하자가 있어 법률상 등기된 효과를 인정할 수 없는 경우에 해당한다고 할 수 없어 과세요건의 충족에 지장이 없다고 할 것이므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대한 판단

이 사건 소유권보존등기로 인한 등록세의 과세표준에 관하여 본다. 앞서 본 바와 같이 등록세는 공부에 등기 또는 등록된 사실 자체를 과세객체로 하여 부과하는 세금이므로, 그 과세표준을 정함에 있어서도 실체적인 권리 관계를 고려하지 아니하고 등기 또는 등록된 것을 기준으로 하여야 한다. 그리고 한편,

지방세법 제130조 제1 내지 3항 각 규정에 의하면 부동산에 관한 등록세의 과세표준인 ‘등기·등록 당시의 가액’은 등기·등록자의 신고가액으로 함이 원칙이나, 그것이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 하고, 다만 법인장부 등 신빙성이 높은 자료에 의하여 취득가격이 입증되는 경우에는 그 사실상의 취득가액을 과세표준으로 해야 한다.

위 법리를 바탕으로 이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 소유권보존등기로 인한 등록세의 과세표준은 원고와

이승희 등이 실제로 형성한 권리관계의 내용이 어떠한지 여부와 관계없이 오직 등기된 것을 기준으로 하여야 하므로, 이 사건 소유권보존등기가 마쳐진 이 사건 건물 전체 중 1/3지분에 관한 시가표준액과 원고의 신고가액을 비교하여 더 높은 금액을 ‘부동산의 가액’으로 보아 등록세의 과세표준으로 삼아야 한다. 한편, 앞서 인정한 사실에 의하면 원고의 법인장부(계정별 원장)에 기재된 금액은 원고가

이승희 등으로부터 이 사건 건물 중 1층을 대물변제 받기 위하여 원고와

이승희 등 사이에 합의된 이 사건 건물 중 1층의 평가금액(원고와

이승희 등 사이에 2008. 7. 30. 작성된 공사정산확약서상 확인되는 이 사건 건물 중 1층의 평가금액)으로 보일 뿐, 이 사건 소유권보존등기가 마쳐진 이 사건 건물 전체 중 1/3지분에 해당하는 부분의 사실상 취득가액이라고 볼 수 없으므로, 결국 원고의 법인장부(계정별 원장)에 의하여 이 사건 건물 전체 중 1/3지분의 사실상 취득가액이 입증되었다고 볼 수 없어 그 장부상 기재 금액인 7,050,000,000원을 과세표준으로 할 수 없고, 달리 이 사건 건물 전체 중 1/3지분의 가액과 관련하여

지방세법 제111조 제5항각 호가 정한 사유를 인정할만한 아무런 자료가 없으므로, 결국 이 사건 소유권보존등기로 인한 등록세의 과세표준은

지방세법 제130조 제1항, 제2항 각 규정에 의하여 신고가액과 시가표준액 중 더 높은 금액이 되어야 한다.

그런데, 이 사건 소유권보존등기 당시 이 사건 건물 전체의 시가표준액이 6,864,618,301원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 이 사건 건물 전체 중 1/3지분의 시가표준액은 2,288,206,100원(=6,864,618,301원×1/3)이 되고, 이는 원고의 신고가액인 1,989,171,557원보다 다액이므로, 피고로서는 위 시가표준액을 과세표준으로 하여 이 사건 소유권보존등기로 인한 등록세의 세액을 산출하여야 한다. 이에 따라 계산하면, 이 사건 소유권보존등기로 인한 등록세는 22,230,380원{=산출세액 18,305,649원(=2,288,206,100원×8/1,000)+신고불성실가산세 3,661,130원(=18,305,649원×20/100)+납부불성실가산세 263,601원(=18,305,649원×3/10,000×48일)}이 되고, 지방교육세는 4,079,963원{=산출세액 3,661,130원(=18,305,649원×20/100)+신고불성실가산세 366,113원(=3,661,130원×10/100)+납부불성실가산세 52,720원(=3,661,130원×3/10,000×48일)}이 되므로, 이 사건 처분 중 위에서 계산한 등록세 및 지방교육세의 각 세액을 초과하는 부분은 위법하다. 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

3) 소결론

따라서, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이, 이 사건 처분 중 등록세 2,905,190원(=정당한 세액 22,230,380원-신고납부 세액 19,325,190원) 및 지방교육세 533,203원(=정당한 세액 4,079,963원-신고납부 세액 3,546,760원)을 초과하는 부분은 각 위법하여 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.