1. 처분의 경위

가. 건설교통부장관(현재 국토해양부장관)은 2007. 9. 20. 지방의 미분양아파트를 공공기관에서 매입하여 국민임대주택(전용면적 60㎡ 이하) 또는 비축용임대주택(전용면적 60㎡ 초과)으로 활용하는 방안을 발표하였고, 같은 달 27. 대한주택공사에 위 방안과 관련된 사항을 적극 협조하도록 지시하였다.

나. 대한주택공사는 위 지시에 따라 지방의 미분양아파트를 매입하여 임대주택으로 활용하기로 방침을 정하고 ‘미분양주택 매입 및 임대 업무처리지침’을 마련한 다음, 2008. 10. 29. 국토해양부로부터 강릉시 입암동 321금호어울림아파트 101동 1001호 외 186세대(이하 위 아파트를 ‘이 사건 아파트’라 한다) 등 전국 지방 15개 단지 미분양 아파트의 매입과 관련한 매입계획을 승인받고 2008. 11. 11. 이 사건 아파트에 관한 매입적정의 심의결과를 통보받는 등 절차를 거쳐, 2008. 12. 16. 건물 전용면적이 각각 84㎡인 이 사건 아파트를 매수한 뒤 같은 달 24. 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 대한주택공사는 피고에게 이 사건 아파트의 취득신고를 하면서 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 지방세법이라고 한다) 제289조 제1항에 따른 등록세 등의 면제를 신청하였고, 피고는 이를 받아들여 2008. 12. 24. 면제결정을 하였다.

라. 이후 피고는 2009. 11. 11. 미분양아파트를 매입하여 10년 동안 임대한 후 분양하는 경우에는 지방세법 제289조 제1항에서 정한 “일시 취득하는 부동산”에 해당하지 아니한다는 이유로 위 면제결정을 취소하면서 원고(대한주택공사와 한국토지공사가 2009. 10. 1. 합병하여 원고로 명칭이 변경됨)에 대하여 취득세 288,593,650원, 등록세 290,610,840원, 지방교육세 53,639,500원의 각 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 12. 18. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 조세심판을 제기하였으나, 2010. 10. 12. 기각되었다.

[인정근거] 갑 1~6, 8, 9호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 아파트는 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하기 위한 사업에 사용하기 위하여 일시 취득한 부동산에 해당하여 취득세 및 등록세, 등록세를 전제로 하는 지방교육세는 모두 면제되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 지방세법 제289조 제1항은 ‘제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고, 지방세법 시행령 제225조는 ‘지방세법 제289조 제1항에서 대통령령이 정하는 사업은 주택의 건설ㆍ개량ㆍ매입ㆍ비축ㆍ공급ㆍ임대 및 관리에 따른 사업’이라고 규정하고 있다. 원고는 지방의 미분양 아파트를 해소하기 위한 국가계획에 따라 이 사건 아파트를 취득한 것으로서, 이 사건 아파트는 원고가 취득하여 비축하였다가 정책적으로 결정된 임대의무기간인 10년이 경과한 후 일반분양으로 전환되어 매각될 것이 예정되어 있으므로, 비록 위 임대의무기간 동안 이 사건 아파트를 임대주택으로 활용한다고 하더라도 이는 취득 후 공급까지의 임대의무기간 동안 이 사건 아파트의 활용방법에 불과하므로 원고가 이 사건 아파트를 취득한 목적은 임대사업을 하기 위한 것이 아니라 위 시행령에서 규정한 ‘주택의 비축, 공급’을 위한 것이므로, 이 사건 아파트의 취득은 ‘제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 취득한 경우’에 해당한다.

2) 원고는 국토해양부에서 정한 매입계획승인 등에 따라 전용면적이 60㎡를 초과하는 이 사건 아파트를 취득한 것인데, 위 매입계획계획승인서는 전용면적이 60㎡를 초과하는 비축용임대주택에 관하여 10년간 임대로 활용한 후 일반분양하도록 정하고 있다(갑 1, 3, 8호증). 원고가 이 사건 아파트를 취득한 것은 공공기관이 지방의 미분양아파트를 매수하여 지방 경제의 어려움을 해결하고 공공임대주택을 확보하여 무주택 서민의 주거안정을 도모하려는 국가의 계획에 따른 것이다. 지방세법 제289조 제1항의 입법취지는 국가 등이 공공사업으로 시행하여야 할 사항을 대한주택공사 등으로 하여금 대행하도록 한 경우 당해 사업용 부동산에 대하여 취득세 등을 면제함으로써 당해 공공사업을 지원하고자 하는 데 있다. 지방세법 제289조 제1항의 ‘일시’ 취득하는 부동산에 해당하는지 여부는 보유예정기간의 장ㆍ단에 의하여 일률적으로 판단할 것이 아니라, 국가 계획의 내용, 부동산 취득의 목적, 관련 법령 등을 종합하여 그 부동산의 취득이 잠정적인 것으로서 향후 소유권의 변동을 예정하고 있는지 여부에 따라서 판단하여야 한다. 원고가 건설교통부의 협조 지시에 따라 마련한 ‘미분양주택 매입 및 임대 업무처리지침(갑 제9호증)’ 제5장 ‘임대기간 종료 후 매각기준’에 의하면 이 사건 아파트는 임대의무기간 만료 후 매각이 예정되어 있으며, 임대주택법이 정한 임대주택의 경우 임대의무기간이 지나지 않으면 매각할 수 없는데 이 사건 아파트의 임대기간인 10년은 임대주택법 제16조 제1항 제3호가 정하고 있는 임대의무기간이고 국토해양부도 이 사건 아파트의 임대기간을 10년으로 정하여 매입계획을 승인하였다. 원고가 이 사건 아파트를 취득한 이유는 이를 계속 보유하고자 하는 데 있지 않고 공공사업의 일환으로 10년 임대 후 분양전환을 하고자 함에 있다.

위와 같은 사정들을 종합해 보면, 비록 이 사건 아파트의 임대의무기간이 10년으로서 장기간이라고 하더라도 ‘일시 취득하는 부동산’에 해당한다고 볼 것이다.

3) 따라서, 이 사건 아파트는 국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위하여 일시 취득한 부동산이라고 할 것이어서 취득세 및 등록세, 지방교육세의 면제대상이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.