토지를 1년 이내에 공장용에 직접 사용하지 않은데 정당한 사유가 있었다고 보아야 하므로 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 1. 4. 중소기업진흥공단 부산지역본부장으로부터 조선기자재 협동화사업실천계획 변경승인을 받아, 2006. 3. 29. 김해시 상동면

매리 607-20도로 334㎡,

같은 리 607-31 임야 4,604㎡,

같은 리 607-32 임야 2,827㎡,

같은 리 607-42 도로 272㎡,

같은 리 607-46 도로 132㎡(이하 위 토지를 모두 합하여 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하면서 구 경상남도세 감면조례(2009. 8. 13. 경상남도조례 제3432호로 개정된 것) 제17조의2에 따라 취득세 13,440,000원, 농어촌특별세 1,344,000원, 등록세 13,440,000원, 교육세 2,688,000원을 감면받았다.

나. 피고는 2011. 2. 10. 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년이 경과한 2007. 10. 11.이 되어서야 공장 건축공사에 착공하였다는 이유로 원고에게 취득세 21,700,220원, 농어촌특별세 2,170,020원, 등록세 21,700,220원, 지방교육세 4,071,240원 등 총 49,641,700원(각 가산세 포함)을 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정사실] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 6호증, 을 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 내에 공장 건축공사에 착공하지 못한 것은 ① 원고가 2006. 4. 27. 피고에게 공장설립승인을 요청하였으나 피고가 환경단체와의 협의 등을 이유로 2006. 6. 5.에야 공장설립승인서를 교부하였고, ② 원고가 공장설립승인을 받자 이 사건 토지 인근에 거주하는 주민들이 2006. 6. 9. 피고를 상대로 공장설립승인처분취소소송을 제기하였는데, 그 소송이 현재까지도 상고심에 계속중이고, ③

주식회사 마리나개발의 부도로 이 사건 토지를 포함하는 협동화사업 공장부지에 대한 적지복구공사와 사도개발공사가 지연되는 등, 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 착공을 하지 못한 데 정당한 사유가 있으므로 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고를 포함한

김해상동조선관련기업협의회 소속 28개 업체들(이하 ‘원고 등’이라 한다)이 2005. 7. 19. 피고에게 이 사건 토지를 포함한 김해시 상동면 매리 일대 토지 합계 148,245㎡(이하 ‘이 사건 공장부지’라 한다)를 대상부지로 하는 공장설립승인신청을 하였고, 이에 피고는

낙동강유역환경청장에게 이와 관련한 사전환경성검토협의를 요청하였는데,

낙동강유역환경청장이 이 사건 공장부지 부근에 취수시설과 정수시설이 건설 중이어서 공장입지로서 부적절하다는 취지의 회신을 하였으며, 피고는 2006. 1. 10.

낙동강유역환경청장에게 사전환경성검토재협의를 요청하였으나

낙동강유역환경청장이 2006. 2. 7. 부동의한다는 통보를 하자, 2006. 4. 27. 그 협의내용을 반영하지 않겠다고 통보하고 같은 날 원고 등에게 공장설립승인신청을 승인하였다.

(2) 위 과정에서 원고 등은

부산광역시장, 피고,

낙동강유역환경청장에게 공장설립승인이 지연됨으로 인하여 원고 등이 입게 되는 영업 손실, 대출금 상환 문제, 경영난 등을 호소하며 공장설립승인을 신속하게 해 줄 것을 지속적으로 요구하였다.

(3) 피고는 2006. 5. 12. 원고 등에게 ‘2006. 4. 27. 공장설립이 승인되었으나 부산시의 경매결정 연기노력 및 행정적 협조요청과 환경단체의 한시적 유보상태의 대안 제시 등을 입주업체가 받아들여 환경을 보전하고 부산시 및 환경단체의 고민을 같이 한다는 차원에 2006. 5. 31.까지 승인서 교부를 한시적으로 유보함’이라는 내용을 통지하였고, 결국 2006. 6. 5. 원고 등에게 공장설립승인서를 교부하였다.

(4) 피고가 원고 등에게 공장설립을 승인하자, 이 사건 공장부지 인근에 거주하고 있던 주민들(이하 ‘이 사건 주민들’이라 한다)은 2006. 6. 9. 창원지방법원 2006구합1225호로 위 공장설립승인처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 소송에서 이 사건 주민들에게 원고적격이 인정되지 않는다는 이유로 각하 판결이 선고되었으나, 항소심(부산고등법원 2006누5540)에서는 이 사건 주민들 중 일부에 관한 원고 청구 인용 판결이 선고되었으며, 다시 상고심(대법원 2007두16127)에서 이 사건 주민들에 대한 원고적격 인정 문제 및 위 공장설립승인처분의 위법 여부가 쟁점이 되어 그 항소심 판결이 파기환송되었고, 위 사건은 다시 항소심(부산고등법원 2010누1910호)을 거친 뒤 상고(대법원 2011두21805호)되어 현재까지도 대법원에 소송이 계속중이다.

(5) 이 사건 공장부지는 원래

주식회사 마리나개발,

주식회사 미주공영,

주식회사 동원토건 등이 채석장으로 사용하면서 조성된 부지인데, 위 채석장에 대한 적지복구공사는 2005. 12. 15.부터 2006. 12. 14.까지, 사도개설공사는 2006. 4. 19.부터 2007. 4. 18.까지 각 완료될 예정이었으나,

주식회사 마리나개발이 2005. 4. 1. 부도가 나면서 위 적지복구공사 및 사도개설공사가 2007. 8.까지도 진행되지 못하였다. 이에 피고는 2006. 5. 10.

주식회사 마리나개발에게 채석장 복구작업에 착수할 것을 요구하면서 만약 착수하지 않을 경우 피고가 행정대집행을 할 수 있다는 취지의 공문을 보내 적지복구공사를 독촉하였고, 원고 등은 2007. 4. 10., 2007. 8. 20. 피고에게 위 적지복구공사 및 사도개설공사의 지연으로 공장건축공사를 진행하지 못하고 있으니 조속히 행정대집행을 해줄 것을 요청하였으며, 이에 피고는 2007. 8. 27. 원고 등에게 원고 등이 도로를 개설하는 방안을 제시하기도 하였다.

(6) 원고는 2007. 6. 21. 이 사건 토지에 공장(면적 938.58㎡)을 건축하기 위하여

김해시장으로부터 건축허가를 받아 2007. 10. 11. 착공한 뒤, 2009. 6. 3. 건축물에 대한 사용승인을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 7 내지 14호증, 을 1 내지 4호증, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 경상남도세 감면조례(2009. 8. 13. 경상남도조례 제3432호로 개정된 것) 제17조의2 제3항은 ‘

「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」제29조에 따라 협동화실천계획의 승인을 얻은 자(참가업체를 포함한다)가 해당 사업에 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위하여 최초로 취득하는 협동화공장용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장용에 직접 사용하지 아니하는 경우와 그 취득일부터 5년 이내에 공장이외의 용도로 양도하거나 다른 용도에 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다’고 규정하는바, 따라서 이 사건은 원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 1년 이내에 이 사건 토지에서 공장신축 공사에 착공하는 등 이 사건 토지를 공장용에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있는지 여부가 쟁점이 된다.

(2) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 피고와 이 사건 주민들 사이의 공장설립승인처분 취소소송의 결과에 따라 이 사건 토지에 공장을 설립할 수 있는지 여부가 달라지는 불안한 지위에 있었기 때문에 섣불리 착공을 할 수 없는 상황이었던 점, ② 실제로 위 소송은 항소심, 상고심을 거치면서 그 판결 내용이 계속 달라져 원고나 피고 모두 그 결과를 예측하기 어려웠던 점, ③ 원고가 공장설립승인을 받기 이전에도 주민들이나 환경단체로부터 민원이 있었고, 원고도 그 문제를 잘 알면서도 피고에게 공장설립승인을 해 줄 것을 요구하기도 하였지만, 원고가 이 사건 주민들로부터 공장설립승인처분에 대한 취소소송이 제기될 것이라거나 그 취소소송이 5년 이상 계속될 것까지 예상할 수 있었다고 보기는 어려운 점, ④ 원고가 공장을 설립하였다가 공장설립승인처분이 취소될 경우 공장을 철거해야하는 문제까지 발생할 수 있는데도 그러한 손해를 감수하고 공장 건축을 하라고 요구하는 것은 지나치게 가혹한 점, ⑤

주식회사 마리나건설이 부도가 나면서 이 사건 토지에 공장을 건축하기 위해 선행 또는 병행되어야 하는 이 사건 공장부지의 적지복구공사나 사도개설공사가 2007. 8.까지도 거의 진행되지 않았고 피고가 이에 대하여 행정대집행을 하는 등 구체적인 조치를 취한 바도 없는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 토지를 1년 이내에 공장용에 직접 사용하지 않은데 정당한 사유가 있었다고 보아야 하므로 이에 관한 원고의 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.