종교법인이 부동산을 취득하여 건축허가를 받기 전부터 여러 차례 000의 유족들에 부동산의 명도를 요청하였으나 이를 거부한 것은 물론 임대차계약서를 위조하였다고 고소 당하는 등 3년 이내에 직접사용할 수 없었던 정당한 사유가 인정되는 이상, 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교 선교사업을 목적으로 설립된 사단법인으로서, 2006. 12. 4.

김만석으로부터 부산 금정구

장전동 384-5 대 230.3㎡, 384-35 대 220.1㎡, 384-40 도로, 384-36 대 등 인접한 11필의 토지와 위

384-5 대 지상의 건물 126.75㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다) 등 2동의 건물을 30억여 원에 매수하고, 2008. 10. 14. 위 384-5와 384-35 대를 384-5 대 450.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 하고, 이 사건 건물과 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)로, 나머지 9필지는 384-36 대 1,917.1㎡(이하 ‘인접토지’라 한다)로 각 합병하였다. 그런데 위와 같이 합병된 이 사건 부동산과 위 합병 전의 384-36, 384-40 각 토지의 일부는 원고의 매수 이전에 이미

정용덕이

김만석으로부터 임차하여 세차 및 경정비업체를 운영하면서 그 건물부지 및 세차장 용도로 사용하고 있었고, 원고는 위 매수 무렵

정용덕의 유족(

정용덕은 2006. 9. 5. 이미 사망한 상태였다)과 사이에 2년 6개월간 기존 임대차관계를 유지하기로 약정하였다.

나. 원고는 2006. 12. 29. 위 가.항 부동산들에 대하여 소유권이전등기(미등기건물 제외)를 하면서 피고에게 위 부동산들을 종교를 목적으로 하는 비영리사업에 사용하기 위하여 취득하였다고 신고하여

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제107조본문 제1호,

제127조 제1항본문 제1호의 규정에 따라 취득세와 등록세를 비과세받았는데, 그 중 이 사건 부동산 부분의 취득신고가액은 637,000,000원이며 그 부분에 대하여 비과세된 취득세는 12,740,000원, 농어촌특별세는 1,274,000원, 등록세는 12,740,000원, 지방교육세는 2,548,000원이다.

다. 원고는 2007. 2. 3.

정용덕의 유족과 사이에 이 사건 부동산을 포함한 기존 임대차 목적물을 보증금 3,000만 원, 월임료 120만 원, 임대기간 36개월로 하여 새로이 임대(이하 ‘이 사건 임대차’라 한다)하기로 하였다. 다만, 당시 원고측에서 나중에 합병된 인접토지 부분에 교회건물을 신축할 경우 세차장 사용을 제한할 수 있고, 계약기간 내라도 교회신축공사를 위한 원고측의 요청이 있을 경우 계약을 해지하고 퇴거하기로 약정하였다.

라. 원고는 2009. 10. 7. 이 사건 토지와 인접토지 합계 2,367.5㎡를 대지면적으로 하여 건축면적 503.19㎡의 교회건물을 신축하는 내용의 건축허가(교회건물은 위 인접대지 일부 지상에 건축되며 그 나머지 부분과 이 사건 토지 부분은 교회주차장 등 용도로 사용하는 내용이다)를 받은 후 같은 해 11. 13. 착공신고를 마치고 인접토지 부분의 건물신축공사부터 진행하기 시작하여 공사를 마치고 2010. 7. 19. 사용승인을 받았는데, 이 사건 건물은 그 무렵 철거되고 이 사건 토지는 위 교회건물의 주차장부지로 사용되고 있다. 원고는 그 과정에서 위 건축허가를 받기 전인 2009. 9. 8.경부터 여러 차례에 걸쳐

정용덕의 유족측에 이 사건 부동산의 명도를 요청하였고, 위 유족측에서 계약기간의 추가연장을 요청하며 명도를 거절하자, 그들이 이미 사망한

정용덕 명의의 임대차계약서를 위조하였다고 고소하는 한편 건물명도의 소를 제기하였다가 2010. 5.경 위 민사소송에서 2010. 6. 30.까지 이 사건 부동산을 명도하는 등의 화해권고결정이 확정되어 이를 명도받게 되었다.

마. 피고는 2010. 1. 29. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 부동산을

지방세법 제127조 제1항 단서가 정하는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하면서 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 종교사업 목적에 직접 사용하지 않았다는 이유로, 이 사건 부동산에 대하여 위 나.항과 같이 비과세된 취득세 등을 각 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 11, 13 내지 19호증, 을 1 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 영상, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

⑴ 이 사건 부동산에 대한 임대차는 종전 임대차관계에서의 임대인의 지위의 승계나 기간연장에 불과할 뿐 계속적ㆍ반복적으로 영위하는 부동산임대업으로 볼 수 없으므로, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용한 것이 아니다.

⑵ 그렇지 않더라도 이 사건 부동산을 포함한 전체 교회부지의 취득 경위, 건축 경과 등에 비추어 이 사건 부동산을 등기일 등으로부터 3년 이내에 교회 용도로 직접 사용하지 못한 데는 정당한 사유가 있다.

다. 관계법령

별지 기재와 같다.

라. 판단

⑴

지방세법 제107조 본문

제1호,

제127조 제1항 본문

제1호,

구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고만 한다) 제79조 제1항 제1호,

제94조 제1항에 의하면 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 한 부동산의 취득과 등기에 관하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다. 그러나

지방세법 제107조단서,

제127조 제1항 단서,

시행령 제78조의2 제1항,

제93조의2,

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제3조 제2항 제1호,

구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항에 의하면, 종교단체의 취득과 등기라 하더라도, 그 취득 부동산을 대통령령이 정하는 수익사업인 부동산임대업(이하 ‘수익사업’이라고만 한다)에 사용하거나 그 등기일 등으로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 비과세한 취득세 등을 부과한다.

살피건대 부동산의 임대행위가 위 규정에서 말하는 수익사업에 해당하는지 여부는 그 임대행위가 수익을 목적으로 함은 물론, 그 규모ㆍ회수ㆍ태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있는지 여부를 고려하여 사회통념에 비추어 가려야 할 것인바, 일부가 임대되어 있는 부동산을 매수하여 스스로 새로이 계속ㆍ반복하여 임대할 의사가 없이 기존의 임대차관계가 종료되는 대로 자신이 사용할 의사로 임대인의 지위를 승계하였을 뿐인 경우에는 부동산임대 자체를 계속적ㆍ반복적으로 사업으로 하는 것이라고 하기는 어려워 이를 수익사업을 영위하는 것으로 볼 수는 없다고 할 것이다(

대법원 1995. 6. 30. 선고 94누14575 판결 참조).

⑵ 이 사건 부동산을 수익사업에 사용한 것으로 보아야 하는지 여부

㈎ 이 사건에 돌아와 보건대, 이 사건 임대차는 원고가 이 사건 부동산 등의 매수 무렵 위 매수에 의하여 승계할 종전 임대차에 대하여 임차인에게 보장하여 주기로 약정한 임대차기간 등과 관련하여 이를 구체화한 정도에 불과한 것으로 그 약정에 있어 이 사건 교회신축공사를 예상하고 공사착수와 진행에 따라 임대차관계의 해지와 임차인측의 명도의무를 부가한 점은 앞서 본 바와 같으므로, 원고에게 이 사건 부동산을 새로이 계속ㆍ반복하여 임대할 의사가 있었다고 보기는 어렵고 교회 건축 공사가 시작되는 대로 임대차관계를 종료하고 그 용도에 직접 사용할 의사로 기존 임대인의 지위를 승계한 정도로 봄이 상당하다. 따라서 원고가 이 사건 부동산을 수익사업에 사용하였다고 볼 수 없으므로 원고의 주장은 이유 있다.

⑶ 정당한 사유 없이, 이 사건 부동산을 그 용도에 직접 사용하지 않았는지 여부

㈎ 나아가, 이 사건 부동산의 등기일 등으로부터 3년 이내인 2009. 12. 29. 당시까지

정용덕의 유족측이 세차장 등 용도로 임차하여 사용하고 있었으나, 원고는 그 이전에 이미 이 사건 토지와 인접토지 전부를 대지면적으로 하되, 이 사건 토지는 신축할 교회의 주차장부지로만 사용하는 내용의 건축허가를 받아 교회건물부지 부분에 대하여는 공사에 착수하였음은 앞서 본 바와 같은바, 여기에다 앞서 본 매수와 건축 경위에 나타난 이 사건 토지와 인접토지가 가지는 교회부지 용도로서의 일체성과 위 교회건물 축조에는 상당한 시간이 소요되나 주차장 부지에 대하여는 이 사건 건물을 철거하는 외에는 별다른 공정이 없어 철거만 이루어지면 단기간에 주차장 공사가 이루어질 수 있는 점과 실제로 이 사건 처분 직후 세차장 등의 명도가 이루어져 이 사건 공사가 완공된 점까지 감안하면, 원고가 이 사건 부동산과 인접토지 등을 그 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단함에 있어서는 이들을 개별로 분리하여 판단하는 것이 적절하지 않다고 보이며 오히려 이를 전체로 파악함이 상당하다고 할 것이다. 따라서 원고가 인접토지에서 그 등기일 등으로부터 3년 이내에 교회 신축 공사를 시작함으로써 이를 그 용도에 직접 사용한 이상 이 사건 토지도 그와 함께 그 용도에 직접 사용하였다고 할 것이다.

㈏ 설령 이와 달리 이 사건 부동산은 그 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다 하더라도, 앞서 본 바와 같은 원고의 매수와 이 사건 부동산에 대한 새로운 임대차계약, 이후 이 사건 부동산을 포함한 건축허가신청과 그 전후의 임차인측에 대한 명도 요청과 실제 명도 경위, 이후 단기간 내에 공사가 완공되어 교회 주차장으로 사용되고 있는 사정 등을 감안하면 원고로서는 이 사건 부동산을 그 등기일 등으로부터 3년 이내에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 있다.

⑷ 소결론

따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용한다.