사립대가 취득하는 기숙사용 부동산에 대해서도 취득세 등을 비과세 하여야 하는 바 각 건물의 취득 및 등기는 구 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다고 보아야 하므로, 구 지방세법 제272조 제6항이 적용될 여지는 없다고 할 것이다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육을 실시함을 목적으로 설립된 비영리학교법인으로

성균관대학교를 설립ㆍ운영하고 있다.

나. 원고는

성균관대학교 교내부지가 협소하여 교내에 기숙시설을 갖추는 것이 어렵게 되자 교외에 있는 건물을 취득하여 학생들의 기숙사로 사용하기로 하고, 2008. 1. 20. 서울 종로구

명륜동1가 44 외 1필지 지상 다세대주택 2동16세대(이하 ‘이 사건 1부동산’이라고 한다)를 54억 4,000만 원에, 2007. 12. 21.부터 2008. 2. 5.까지 사이에 3차례에 걸쳐 서울 성북구

동선동1가 55 코아트빌오피스텔 604호, 같은 건물 401호, 같은 건물 101호외 32건(이하 위 604호, 401호와 합하여 ‘이 사건 2부동산’이라고 한다)을 순차적으로 합계 50억 1,800만 원에 각 취득한 후 학생들의 기숙사로 사용하여 오고 있다.

다. 피고 서울특별시

종로구청장은 원고가 이 사건 1부동산을 기숙사로 사용할 목적으로 취득하였다는 이유로 2008. 1. 23. 원고에게

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 별지 관계법령 기재 구 지방세법을 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제272조 제6항에 따라 취득세와 등록세를 면제하고,

구 농어촌특별세법(2009. 3. 18. 법률 제9484호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제12호,

같은 법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조에 따라 농어촌특별세를 비과세한다는 내용의 통지를 하였다.

라. 피고 서울특별시

성북구청장은 원고가 이 사건 2부동산을 기숙사로 사용할 목적으로 취득하였다는 이유로 2007. 12. 26.부터 2008. 2. 13.까지 사이에 3차례에 걸쳐 원고에게 이 사건 2부동산 중 604호, 401호, 101호 외 32건에 대하여 순차적으로

구 지방세법 제107조,

제127조에 따라 취득세와 등록세를 비과세한다는 내용의 통지를 하였다.

마. 이후 피고들은 종전의 견해를 바꾸어 이 사건 1, 2부동산이 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않는다고 보고 원고에 대하여, 피고 서울특별시

종로구청장은 2009. 8. 15. 이 사건 1부동산의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 4,352만 원의 농어촌특별세를, 피고 서울특별시

성북구청장은 2010. 1. 11. 이 사건 2부동산 중 604호의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 696,000원의 농어촌특별세를, 401호 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 144만 원의 농어촌특별세를, 101호 외 32건의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 38,008,000원의 농어촌특별세를 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증의 각 1 내지 4, 갑 제4호증의 1 내지 7, 갑 제5호증의 1 내지 8, 을가 제1호증의 1 내지 3, 을가 제2호증, 을나 제1호증의 1 내지 6의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 학생들의 기숙사로 사용하기 위하여 이 사건 1, 2부동산을 취득하였는바, 이는 비영리학교법인인 원고가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 따른 취득세 및 등록세 비과세 요건을 충족한다. 따라서

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 이 사건 1, 2 부동산의 취득 및 등기에 따른 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.

(2) 피고들의 주장

원고가 기숙사로 사용하기 위하여 이 사건 1, 2부동산을 취득하였으나, 위 각 부동산은

성균관대학교 교외에 위치하고 있으므로 학생들에게 거주생활의 편의를 제공하여 위하여 취득한 후생복지시설로 보아야 하고 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 할 수 없다.

또한, 2005. 12. 31. 신설된

구 지방세법 제272조 제6항의 입법취지는 사립 대학교의 기숙사용 부동산과 국립 대학교 등이 취득하는 기숙사용 부동산 간의 과세불균형 문제를 해결하고, 나아가 학교 교외에 소재하는 기숙사를 학교가 목적 사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부에 대한 납세자와 과세관청의 다툼을 해결하려는 것으로 보아야 할 것인바, 이 사건과 같이 학교 교외에 위치하는 사립 대학교의 기숙사용 부동산 취득에 관하여

구 지방세법 제272조 제6항을 적용하지 않는다면 위 조항을 별도로 신설할 이유가 없다.

따라서 이 사건 1, 2부동산의 취득에 따른 취득세, 등록세 면제의 근거규정은

구 지방세법 제272조 제6항이고, 이 경우

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따른 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않으므로 원고는 이 사건 1, 2부동산의 취득에 따른 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관계 법령의 해석

구 지방세법 제107조 및

제127조 제1항은 용도구분에 의한 취득세 및 등록세 비과세에 관하여 규정하면서, 그 각 본문 제1호에서 학술 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그에 대한 등기를 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 규정하는 한편, 그 각 단서에서는 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우 등 일정한 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고,

구 지방세법 제272조는 사회교육시설 등에 대한 취득세 및 등록세 감면에 관하여 규정하면서 제6항에서 대학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있다.

그리고

구 농어촌특별세법 제3조 제1호는 지방세법에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세, 감면되는 자도 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다는 취지로 규정하는 한편,

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호는 농어촌특별세의 비과세대상에 관하여 규정하면서,

구 지방세법 제107조 제1호및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세가 비과세되는 경우는 이를 포함시키면서도,

구 지방세법 제272조 제6항에 의하여 취득세 및 등록세가 면제되는 경우는 이를 제외하고 있다.

그런데

구 지방세법 제272조 제6항이 신설된 것은 사립대학교의 대학교 기숙사를 위한 조세감면대상을 확대하고자 하는 데에 그 취지가 있다고 할 것인데, 원래부터

지방세법 제107조 제1호및

제127조 제1항 제1호에 해당되어 취득세ㆍ등록세와 농어촌특별세가 모두 비과세대상이던 대학교 기숙사의 경우, 신설된

지방세법 제272조 제6항이 적용됨으로써 오히려 취득세ㆍ등록세는 면제대상으로 되고 농어촌특별세는 부과대상으로 되는 불이익을 입게 된다면 이는 불합리할 뿐 아니라

구 지방세법 제272조 제6항의 입법취지에도 반하는 문제점이 있다.

따라서 이러한 점을 고려하여 보면, 위 관계 규정들의 취지는, 대학교가 기숙사를 그 목적의 사업에 사용하고

구 지방세법 제107조 제1호단서 및

제127조 제1항 제1호 단서에서 규정한 ‘수익사업에 사용하는 경우’ 등의 비과세 제외사유가 없는 경우에는

구 지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호가 적용되어 그 취득 및 등기가 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 되는 반면, 대학교가 기숙사를 그 목적의 사업에 사용하더라도

구 지방세법 제107조 제1호단서 및

제127조 제1항 제1호 단서에서 규정한 ‘수익사업에 사용하는 경우’ 등의 비과세 제외사유에 해당하여 그 취득 및 등기가 비과세대상이 되지 못하는 경우에는

구 지방세법 제272조 제6항에 따라 취득세와 등록세가 면제되도록 규정한 것으로서, 결국

구 지방세법 제272조 제6항은 취득세와 등록세의 감면대상을 보충적ㆍ추가적으로 규정한 것으로 봄이 상당하며, 그에 따라 대학교 기숙사의 취득 및 등기가 위와 같이

구 지방세법 제107조 제1호및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세대상으로 되는 경우에는 농어촌특별세도 비과세되나, 비과세 제외사유에 해당하여

구 지방세법 제272조 제6항이 적용됨에 따라 취득세 및 등록세의 면제대상이 됨에 그치는 경우에는 농어촌특별세는 비과세되지 않는다고 보아야 할 것이다(

대법원 2010. 4. 15. 선고 2010두191 판결 참조).

(2) 이 사건 부동산에 적용될 법규에 관하여

구 지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호는 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 부동산을 취득하고 등기하는 경우에 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(

대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결,

대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 원고는

성균관대학교 교내부지가 협소하여 교내에 기숙시설을 갖추는 것이 어렵게 되자 교외에 있는 건물을 취득하여 학생들의 기숙사로 사용하기로 하고, 이 사건 1, 2 부동산을 취득하여 학생들의 기숙사로 사용하여 오고 있는 사실은 앞서 인정한 바와 같은바, 원고는 학교법인으로서

지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호소정의 비영리사업자에 해당하며, 위 인정사실과 같이 원고가 학생들의 기숙사와 부대시설로 사용할 목적으로 이 사건 부동산을 취득한 후 실제로 그 용도로 사용하고 있는 이상, 이 사건 부동산은 비영리사업자인 원고가 수행하는 목적사업 자체에 직접 사용하고 있음이 명백하다.

이에 대하여 피고들은, 이 사건 1, 2 부동산이

성균관 대학교의 부지 밖에 위치하고 있으므로 학생들에게 거주생활의 편의를 제공하기 위하여 취득한 후생복지시설로 보아야 하고 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 할 수 없다는 취지의 주장을 하나,

구 지방세법 제107조 제1호및

제127조 제1항 제1호에서 해당 부동산이 학교 부지 내에 위치하여야 하는 것을 비과세의 요건으로 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 피고들의 주장은 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 하여 과세 여부를 판단하여야 한다는 위 법리에도 어긋나는 것이고, 달리 원고가 이 사건 부동산을 수익사업에 사용한다고 볼 만한 증거도 없으므로, 피고들의 위 주장은 이유 없다.

피고들은 또한,

구 지방세법 제272조 제6항의 입법취지에 비추어 이 사건과 같이 학교 교외에 소재하는 사립 대학교의 기숙사용 부동산 취득에 관하여

구 지방세법 제272조 제6항을 적용하지 않는다면 위 조항을 별도로 신설할 이유가 없다고 주장하므로 살피건대, 피고들이 제출한 지방세법 일부개정법률안 심사보고서에 의하면, “현재 국가, 지방자치단체의 취득 등에 대해서는 비과세 규정을 마련해 두고 있어 국립대가 취득하는 기숙사용 부동산에 대해서는 취득세 등을 비과세하고 있음. 사립대학이 취득하는 기숙사용 부동산은 비과세 대상에서 제외하고 있는바, 형평성 문제가 발생할 여지가 있었음. 개정안으로 이와 같은 문제가 해결될 수 있을 것으로 기대됨”이라고 기재되어 있어 2005. 12. 31.

구 지방세법 제272조 제6항을 신설한 입법자의 의도는 피고들의 주장과 같이 사립대학교의 기숙사 취득을 위 조항으로 규율하고자 한 것으로 보이기는 한다. 그러나 법은 입법자의 의도의 단순한 역사적 산물에 불과한 것이 아니라 그 자체가 하나의 객관적인 존재로 실재하는 것이므로 그 해석에 있어서도 법문의 의미와 입법의 목적, 입법을 통해 추구하려는 이념과 가치, 현재의 상황에 대한 인식과 분석, 전체 법질서의 체계와 논리적으로 부합되는 해석의 한계, 일반국민의 법조항의 의미에 대한 예측가능성 등을 종합적으로 고려하여 합목적적인 판단을 하여야 할 것인바,

구 지방세법 제107조및

제127조 제1항의 해석은 조세법률주의 원칙상 위 규정의 문언에 따라 엄격하게 해석되어야 하고, 입법취지 등을 고려한 목적론적 해석은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 가능한 점,

구 지방세법 제294조는 “동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다”고 규정하여 최대한 납세자의 조세 부담이 경감되는 규정을 적용하도록 규정하고 있는 점, 앞서 본 바와 같은 해석방법으로 관계 법령을 모순 없이 합리적으로 해석할 수 있는 점 등에 비추어, 피고들의 위 주장도 받아들이지 않는다.

따라서, 이 사건 1, 2 부동산의 취득 및 등기는

구 지방세법 제107조 제1호 및

제127조 제1항 제1호에 의하여 취득세 및 등록세의 비과세대상이 된다고 보아야 하므로,

구 지방세법 제272조 제6항이 적용될 여지는 없다고 할 것이다.

(3) 소결

결국, 이 사건 1, 2 부동산의 취득 및 등기에 대하여는

농어촌특별세법 제4조 제12호,

농어촌특별세법 시행령 제4조 제5항 제6호,

지방세법 제107조 제1호및

제127조 제1항 제1호에 따라 농어촌특별세를 부과할 수 없다고 할 것임에도 불구하고, 그와 다른 전제에서 피고들이 이 사건 1, 2 부동산의 취득 및 등기에 대하여 농어촌특별세를 부과한 이 사건 처분은 모두 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.