기숙사 목적으로 취득한 오피스텔이 학교법인의 고유목적사업에 직접 사용하기 위한 것이라는 점에서 교내 기숙사를 취득하는 것과 실질적으로 동일하므로 헌법상 평등원칙 내지는 조세공평원칙에 따라 각 부동산의 취득도 구 지방세법 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호 소정의 비과세대상에 해당한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 고등교육을 실시함을 목적으로 설립된 비영리학교법인으로

성균관대학교를 설립·운영하고 있다.

나. 원고는

성균관대학교 교내부지가 협소하여 교내에 기숙시설을 갖추는 것이 어렵자 교외에 있는 건물을 취득하여 학생들의 기숙사로 사용하기로 하고, 2008. 1. 20. 서울 종로구

명륜동1가 44 외 1필지 지상 다세대주택 2동 16세대(이하 ‘이 사건 1부동산’이라고 한다)를 54억 4,000만 원에, 2007. 12. 21.부터 2008. 2. 5.까지 사이에 3차례에 걸쳐 서울 성북구

동선동1가 55 코아트빌오피스텔604호, 같은 건물 401호, 같은 건물 101호 외 32건(이하 위 604호, 401호와 합하여 ‘이 사건 2부동산’이라고 한다)을 순차적으로 합계 50억 1,800만 원에 각 취득한 후 학생들의 기숙사로 사용하여 오고 있다.

다.

피고 서울특별시 종로구청장은 원고가 이 사건 1부동산을 기숙사로 사용할 목적으로 취득하였다는 이유로 2008. 1. 23. 원고에게

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 별지 관계법령 기재 구 지방세법을 ‘구 지방세법’이라고 한다) 제272조 제6항에 따라 취득세와 등록세를 면제하고,

구 농어촌특별세법(2009. 3. 18. 법률 제9484호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제12호,

같은 법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조에 따라 농어촌특별세를 비과세한다는 내용의 통지를 하였다.

라.

피고 서울특별시 성북구청장은 원고가 이 사건 2부동산을 기숙사로 사용할 목적으로 취득하였다는 이유로 2007. 12. 26.부터 2008. 2. 13.까지 사이에 3차례에 걸쳐 원고에게 이 사건 2부동산 중 604호, 401호, 101호 외 32건에 대하여 순차적으로 구

지방세법 제107조,

제127조에 따라 취득세와 등록세를 비과세한다는 내용의 통지를 하였다.

마. 이후 피고들은 종전의 견해를 바꾸어 이 사건 1, 2부동산이 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않는다고 보고 원고에 대하여,

피고 서울특별시 종로구청장은 2009. 8. 15. 이 사건 1부동산의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 4,352만 원의 농어촌특별세를,

피고 서울특별시 성북구청장은 2010. 1. 11. 이 사건 2부동산 중 604호의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 696,000원의 농어촌특별세를, 401호 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 144만 원의 농어촌특별세를, 101호 외 32건의 취득에 따른 취득세, 등록세 감면분의 20% 상당액인 38,008,000원의 농어촌특별세를 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2호증의 각 1 내지 4, 갑 4호증의 1 내지 7, 갑 5호증의 1 내지 8, 을가 1호증의 1 내지 3, 을가 2호증, 을나 1호증의 1 내지 6의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 학생들의 기숙사로 사용하기 위하여 이 사건 1, 2부동산을 취득하였는바, 이는 비영리학교법인인 원고가 그 사업에 사용하기 위하여 부동산을 취득한 경우에 해당하므로

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 따른 취득세 및 등록세 비과세 요건을 충족한다. 따라서

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따라 이 사건 1, 2 부동산의 취득 및 등기에 따른 농어촌특별세가 비과세되어야 한다.

(2) 피고들의 주장

원고가 기숙사로 사용하기 위하여 이 사건 1, 2부동산을 취득하였으나, 위 각 부동산은

성균관대학교 교외에 위치하고 있으므로 학생들에게 거주생활의 편의를 제공하여 위하여 취득한 후생복지시설로 보아야 하고 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라고 할 수 없다. 따라서 이 사건 1, 2부동산의 취득에 따른 취득세, 등록세 면제의 근거규정은

구 지방세법 제272조 제6항이다. 이 경우

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호에 따른 농어촌특별세 비과세대상에 해당하지 않으므로 원고는 이 사건 1, 2부동산의 취득에 따른 농어촌특별세를 납부할 의무가 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1)

구 농어촌특별세법 제4조 제12호,

같은 법 시행령 제4조 제6항 제5호는 농어촌특별세를 부과하지 않는 경우의 하나로

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 따라 취득세, 등록세가 비과세되는 경우를 들고 있고,

구 지방세법 제272조 제6항에 따른 취득세, 등록세가 면제되는 경우는 농어촌특별세 비과세유형으로 규정하고 있지 않다. 따라서 이 사건에서 원고가 이 사건 1, 2부동산을 취득하여 등기한 것이

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 따른 취득세, 등록세가 비과세되는 경우라면 농어촌특별세도 비과세되어야 한다.

(2) 원고가 교외에 있는 이 사건 1, 2부동산을 취득한 후 학생들의 기숙사로 사용하고 있는 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 경우

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호에 따른 취득세, 등록세 비과세요건을 충족하는지에 관하여 본다.

구 지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위해 부동산을 취득하고 등기하는 경우에 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, ‘그 사업에 사용’의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(

대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결,

대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결등 참조).

살피건대, 앞서 본 각 증거와 변론 전체의 취지에 의하면 ① 원고와 같은 학교법인의 고유목적사업은 학생들을 대상으로 하는 교육사업이므로 학생들은 원고의 사업에 있어서 필요불가결한 존재이고, 따라서 어떤 건물을 학생들의 기숙사로 사용함은 학교법인의 목적사업에 직접 사용하는 것과 다름없는 점, ② 원고가 학생들의 기숙사로 사용하고자 이 사건 1, 2부동산을 취득하여 그 용도대로 사용하고 있는 점, ③

구 지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호가 취득하는 부동산의 소재지를 제한하고 있지 아니한 점, ④ 피고들이 교내에 소재하는 기숙사에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하고 있는 것으로 보이는 점, ⑤

구 지방세법 제272조 제6항이 기숙사로 사용하기 위하여 취득한 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있을 뿐

구 지방세법 제107조 제1호와

제127조 제1항 제1호의 적용을 배제하고 있지는 않은 점 등을 알 수 있는바 위와 같은 사정들을 종합적으로 고려하면, 위 각 법률조항은 양립가능한 것으로 보이고 한편으로 이 사건 1, 2부동산의 취득이 학교법인의 고유목적사업에 직접 사용하기 위한 것이라는 점에서 교내 기숙사를 취득하는 것과 실질적으로 동일하므로 헌법상 평등원칙 내지는 조세공평원칙에 따라 이 사건 1, 2부동산의 취득도

구 지방세법 제107조 제1호,

제127조 제1항 제1호소정의 비과세대상에 해당한다고 봄이 상당하므로 이와 다른 전제에 선 피고들의 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.