서울특별시 강남구 일원은 ‘주택 외의 부동산’에 대하여 지정지역 지정이 해제된 점 등을 종합하여 보면, 부동산을 대체취득할 당시 그 소재지는 주택에 관한 지정지역으로 지정되었을 뿐이므로 부동산의 취득과 그에 관한 등기는 구 지방세법 제109조 제1항 제1호 다목 단서 조항의 적용대상이 될 수 없다. 따라서 부동산은 대체취득에 대한 비과세요건을 충족하므로 처분은 정당한 세액을 초과한 부분에 한하여 부당하다.

1. 제1심 판결 인용 부분

이 법원의 판결 이유 중 ‘1. 처분의 경위, 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 나. 관계법령 다. 판단 (1) 과세표준 관련 주장에 대하여(제1심 판결 2쪽 6째 줄에서 7쪽 아래에서 5째 줄까지)’ 부분은 제1심 판결 2쪽 7째 줄 “6필지 토지 2,212㎡”를 “6필지 토지 2,212㎡및 그 지상의 건물과 지장물”로, 3쪽 4째 줄 “8,639,324,300원”을 “8,689,324,300원”으로, 10쪽 6째 줄 “일반업무시설 및 주택”을 “일반업무시설”로 고치는 것 말고는 제1심 판결 해당 부분과 같다.

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조 본문에 따라 해당 부분을 인용한다.

2. 대체취득 관련 주장에 대한 판단

가. 대체취득 요건에 해당하는지 여부

1)

구 지방세법 제109조 제1항 및

제127조의2 제2항에 의하면, 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자에게 부동산이 매수 또는 수용되거나 철거된 자가 계약일 또는 당해 사업인정고시일 이후에 이에 대체취득할 부동산등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받고 그 보상금을 마지막 받은 날로부터 1년 이내에 이에 대체할 부동산등을 취득하여 등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세하도록 규정하고 있다.

이 사건의 경우,

한국토지주택공사가 2008. 7. 11. 관련 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정고시를 받았고, 그 후 원고가

한국토지주택공사에게 2009. 4. 7. 및 2009. 10. 30. 이 사건 수용부동산을 매도하고 2009. 11. 11. 마지막으로 보상금을 지급받은 사실(채권상환기간 만료일은 2012. 4. 30.), 또한 원고는 사업인정고시일 이후인 2009. 5. 20. 이에 대체하기 위하여 이 사건 부동산에 관한 계약을 체결하고 소유권이전등기를 마친 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제10, 11호증의 각 기재, 이 법원의

한국토지주택공사에 대한 사실조회결과에 의하여 인정된다.

이러한 규정내용과 인정사실에 의하면, 사업인정고시일 이후에 원고가 이 사건 수용부동산에 대한 계약을 체결하고 그 보상금을 마지막으로 받은 날로부터 1년 이내에 이 사건 부동산을 취득하여 등기한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 정하는 비과세요건을 충족한다고 할 것이다(이와 관련하여 피고는 보상금을 마지막으로 받은 날 이후에 대체취득할 부동산을 취득하여야 할 뿐만 아니라 수용보상금으로 대체취득할 부동산 대금을 지급하여야 한다는 전제 아래 보상금 수령일 이전에 취득한 이 사건 부동산의 경우 비과세요건에 해당하지 않는다고 주장하나, 앞서 본 규정내용 등에 비추어 피고 주장과 같이 비과세요건을 해석할 법적인 근거가 없다).

2) 나아가 피고는 원고가 대체취득에 따른 취득세 등 비과세를 받으려면

구 지방세법 시행규칙(2010. 12. 23. 행정안전부령 제177호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조의5에서 정하는 토지등 수용확인서 원본을 제출하여야 함에도 불구하고 이를 제출하지 아니하였으므로 비과세 적용을 받을 수 없다고 주장한다.

살피건대,

구 지방세법 시행규칙 제40조의5는 ‘비과세용 토지등 수용확인서’라는 제목 아래 “

법 제109조 제1항에 따라 소유하는 토지 등이 수용(매수·철거를 포함한다)되는 자가 대체취득하는 부동산 등에 대한 취득세를 비과세 받으려는 때에는

별지 제48호의6 서식에 따른 토지등 수용확인서를 과세기관에 제출하여야 한다.”고 규정하고 있다. 그러나 토지등 수용확인서는 취득세 등의 비과세 여부와 그 과세표준과 세액을 결정하는 데 필요한 서류인 점, 상위법령에서 ‘토지등 수용확인서 제출’을 감면요건으로 규정하고 있지도 아니한 점, 위 규정의 문언과 체계, 제출서류의 기재사항 등을 종합하여 보면, 위 규정은 취득세 등을 감면받으려는 자로 하여금 토지등 수용확인서를 과세관청에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하다. 이와 달리 새로운 감면요건을 규정한 것으로 본 피고 주장은 받아들일 수 없다.

3) 또한 피고는

구 지방세법 제109조 제1항 제1호 다목 단서에서

구 소득세법 제104조의2 제1항의 규정에 따른 지정지역의 경우 대체취득에 대한 비과세 대상에서 제외하고 있는데, 그 지정지역에 해당하는 이 사건 부동산의 경우 비과세 대상으로 볼 수 없다고 주장한다.

구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제168조의3은 지정지역의 지정기준을 주택매매가격상승률과 지가상승률로 이원화하고 있고, 그에 따라 재정경제부 장관도 지정지역을 주택에 관한 지정지역과 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 구분하여 지정하고 있는 점, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택의 매매가격상승률이 일정수준 이상으로 높아 주택에 대한 투기적 수요가 우려되어 그에 대한 세제상의 불이익을 가할 목적으로 지정된 지역이므로 그와 같은 투기적 수요의 우려가 없는 주택 외의 부동산에 대해서까지 그 지정지역에 소재한다는 이유만으로 주택의 경우와 동일하게 세제상의 불이익을 가하는 것은 지정지역의 취지에 반하는 점 등을 고려하면, 주택에 관한 지정지역은 그 지역에 소재하는 주택에 관해서만 지정지역으로서의 법적 효력을 지니며 그 외의 부동산에 관하여는 그와 같은 법적 효력이 없다고 보아야 하고, 이러한 법리는 구 지방세법에서 인용하고 있는 지정지역에 관하여도 그대로 적용된다고 할 것이므로 주택에 관한 지정지역에서 주택 외의 부동산을 대체취득하는 경우는

구 지방세법 제109조 제1항 제1호 다목 단서에 해당하지 않는다고 해석하는 것이 타당하다(

대법원 2011. 8. 25. 선고 2009두23082 판결 참조). 앞서 본 바와 같이 서울특별시 강남구 일원은 2003. 4. 30. ‘주택’에 대하여, 2004. 2. 26. ‘주택 외의 부동산’에 대하여 각 지정지역으로 지정되었다가 2008. 11. 7. ‘주택 외의 부동산’에 대하여는 지정지역 지정이 해제된 점, 그 후 원고는 2009. 5. 20. 서울특별시 강남구에 소재하는 주택 외의 부동산인 이 사건 부동산(2008. 3. 7. 단독주택 용도였던 지상 6층이 업무시설로 용도변경되었음, 갑 제7 내지 9호 증)을 대체취득한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 부동산을 대체취득할 당시 그 소재지인 서울특별시 강남구는 주택에 관한 지정지역으로 지정되었을 뿐 주택 외의 부동산에 관한 지정지역으로 지정되지 않았으므로 이 사건 부동산의 취득과 그에 관한 등기는

구 지방세법 제109조 제1항 제1호 다목 단서 조항의 적용대상이 될 수 없다. 이 부분 피고 주장도 이유 없다.

4) 따라서 이 사건 부동산은 관계법령에서 정하는 대체취득에 대한 비과세요건을 충족하였다고 봄이 옳다.

나. 정당한 세액

새로 취득한 부동산 등의 가액의 합계액이 종전의 부동산등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세 등을 부과하고(

구 지방세법 제109조 제1항 단서,

제127조의2 제2항),

부동산 등의 대체취득이 법 제111조 제5항 각 호의 규정에 의한 취득 외의 취득에 해당하는 경우에는 대체취득한 부동산등의 시가표준액에서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등의 매수ㆍ수용ㆍ철거 당시의 시가표준액을 감한 금액을 그 초과액으로 한다(

구 지방세법 시행령 제79조의3 제1항 제2호).

이 사건 부동산의 대체취득이 구

지방세법 제111조 제5항각 호의 규정에 의한 취득 외의 취득에 해당하고(피고는 제3호 등에 해당한다고 주장하나 이를 인정할 증거가 없다), 이 사건 부동산의 취득 당시 시가표준액이 8,689,324,300원, 이 사건 수용부동산의 매수 당시 시가표준액이 2,095,556,330원이므로(다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지), 앞서 본 규정에 따라 그 초과액 6,593,767,970원(= 8,689,324,300원 - 2,095,556,330원)을 과세표준으로 하여 취득세 등을 산정하여야 한다. 이러한 기준에 따라 산정한 정당한 세액은, 취득세 131,875,359원(= 6,593,767,970원 × 20/1000, 원 미만 버림, 이하 같다), 농어촌특별세 13,187,535원(= 131,875,359원 × 10/100), 등록세 131,875,359원(= 6,593,767,970원 × 20/1000), 지방교육세 26,375,071원(= 131,875,359원 × 20/100)이다. 이 사건 처분 중 정당한 세액 부분은 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

제1심 판결 중 정당한 세액을 초과하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분을 취소한다. 원고가 한 나머지 항소를 모두 기각한다.