1. 처분 경위

이 부분에 관한 이 판결의 이유는 제1심 판결 해당부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 제1 주장

피고는 이 사건 각 토지의 이용목적을 기도원 및 운동장으로 하여 토지거래허가를 하였고 원고는 그에 따라 이 사건 각 토지를 운동장으로 이용했음에도, 피고는 이 사건 각 토지를 원고의 사업목적에 사용하지 않았다는 이유로 이 사건 처분을 한 것은 직권을 남용한 것으로 위법하다.

2) 제2 주장

원고가 이 사건 각 토지를 취득한 시점은 1981. 7. 3.과 1982. 11. 19.임에도 그 시점을 2007. 2. 26.로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 제3 주장

원고는 이 사건 각 토지를 취득한 이후 기독교인의 신앙훈련을 위한 야외기도 장소, 지역주민들의 생활용수 공급을 위한 상수도 시설 설치 장소 및 산림청이 시행한 간벌작업에 필요한 주차장과 야적장소 등 원고 본래의 사업인 종교목적으로 이 사건 각 토지를 사용해 왔으므로, 원고가 이 사건 각 토지를 종교목적에 직접 사용하지 않았다는 이유로 한 이 사건 처분은 위법하다.

4) 제4 주장

이 사건 각 토지 중 별지 목록 제2, 3항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제2, 3토지’라고 한다)에 관한 2007. 1. 23. 증여를 원인으로 한 2007. 2. 26.자 원고 명의의 소유권이전등기는 확정판결에 의하여 그 원인이 된 증여계약이 통정허위표시에 해당하는 것으로 밝혀져 무효이고, 이 사건 제2, 3토지를 제외한 나머지 이 사건 각 토지(이하 ‘이 사건 나머지 토지’라고 한다)에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 역시 이 사건 제2, 3토지와 같은 날, 같은 당사자 사이에, 같은 원인으로 소유권이전등기가 마쳐졌으므로 같은 이유로 무효이다. 따라서 원고는 이 사건 각 토지를 취득한 적이 없음에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 제1 주장에 대하여

이 사건 처분의 적법 여부는 취득세와 등록세 비과세요건을 정하고 있는 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호와 관련하여 원고가 이 사건 각 토지를 취득 또는 등기한 날로부터 3년 이내에 이 사건 각 토지를 종교사업 자체에 직접 사용하였는지에 달려있을 뿐, 이 사건 각 토지에 관한 토지거래허가시 정해진 이용목적에 원고가 이 사건 각 토지를 사용하였는지에 좌우되는 것은 아니다.

따라서 원고가 이 사건 각 토지에 관한 토지거래허가시 정해진 이용목적대로 이 사건 토지를 사용하였으므로, 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

2) 제2 주장에 대하여

을 제8호증의 1 내지 4, 을 제12 내지 14호증의 각 기재에 의하면, 1981. 7. 3. 이 사건 각 토지 중 별지 목록 제5항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제5토지’라고 한다)에 관하여 1981. 7. 2. 매매를 원인으로 한 000(원고의 대표자) 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌고, 1982. 11. 19. 이 사건 각 토지 중 이 사건 제5토지를 제외한 나머지 토지에 관하여 1982. 4. 27. 경락을 원인으로 한 000 명의의 소유권이전등기가 각 마쳐진 사실을 인정할 수 있을 뿐, 원고가 제출하는 증거들만으로는 원고가 위 일시에 이 사건 각 토지를 사실상 취득하였음을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3) 제3 주장에 대하여

가) 구 「지방세법」제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호에 의하면, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 하는 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).

나) 을 제1 내지 5호증, 갑 제4, 5, 6, 9호증, 갑 제13호증의 1, 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상, 제1심 증인 000의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.

(1) 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기한 후 3년이 지난 2010. 12. 6.경 그 사용 현황에 대한 조사를 실시하여, 이 사건 토지에 수풀이 무성하고 돌밭처럼 돌들이 널려 있는 등 전혀 관리되지 않고 있는 것으로 확인하였다.

(2) 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에 나타난 이 사건 각 토지의 현황 또한 위 현황조사결과와 별 차이가 없어 보인다.

(3) 원고의 대표자 000과 같은 교단에 소속된 목사로서 오래 전부터 알고 지내오면서 원고 운영의 기도원에 가끔 들렀던 000은 ‘2007년과 2008년의 부활절 직전에 위 기도원의 야외기도장소에서 심야에 3일간 기도한 사실이 있다’는 내용의 사실확인서(갑 제14호증의 1)를 제출하고 제1심 법정에 증인으로 나와서도 기본적으로 그와 같은 취지의 증언을 하면서도, 당시 자신이 기도한 장소는 이 사건 각 토지 중 이 사건 제5토지의 가장자리 부근인데 그곳은 기도하는 장소로 마련되어 있다기보다는 평탄하고 기도하기에 괜찮아 보여 스스로 그곳에 가서 기도하였으며 이 사건 각 토지가 야외기도시설로 사용되고 있었는지 여부는 모른다는 취지로 증언하였다.

(4) 원고가 이 사건 처분에 관한 과세전적부심사를 청구할 당시 최옥화로부터 작성받은 확인서(갑 제14호증의 2)에는 ‘2009. 7. 초경부터 2009. 8. 말경 사이에 다른 사람 2∼3명과 함께 위 기도원의 야외기도장소에서 여러 차례 기도한 적이 있다’는 내용이 담겨 있다.

(5) 한편 이 사건 제5토지에는 1992. 4. 23.경 신축된 면적 38.88㎡의 단층 기도원 건물이 있었으나, 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에는 그 건물이 존재하지 않는 것으로 나타나고, 피고의 2010. 12.경 현장조사에서도 그 건물은 없는 것으로 확인되었으며, 000 또한 2007년과 2008년의 부활절을 앞두고 이 사건 제5토지에서 기도할 당시 그 부근에 기도시설과 무관한 단독주택 한 채가 있었을 뿐 다른 건물은 없었다고 증언하고 있다(위와 같은 사정에 비추어 볼 때, 갑 제13호증의 2의 기재를 쉽사리 믿기 어렵다).

다) 이러한 여러 사정과 앞서 본 법리를 종합해 보면, 원고는 이 사건 각 토지를 취득·등기한 때로부터 3년이 지날 때까지 그 목적사업인 종교사업 자체에 직접 사용하였다고 보기는 어렵고, 설령 원고의 기도원을 찾는 교인들이 때때로 이 사건 각 토지에서 야외기도를 해 온 사실이 있다 하더라도 이 사건 토지의 관리 상태나 그 이용의 경위 등을 감안해 보면, 그와 같은 사정만으로 원고가 그 사업용도의 하나로서 직접 이 사건 각 토지를 야외기도장소로 제공한 경우에 해당한다고 평가하기는 어렵다(원고는, 이 사건 토지를 지역주민들의 생활용수 공급을 위한 상수도 시설 설치 장소 및 산림청이 시행한 간벌작업에 필요한 주차장과 야적장소로도 사용하였다고 주장하나, 원고가 제출한 자료만으로는 이를 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 설령 이 사건 토지를 위와 같은 용도로 사용하였다고 하더라도 이를 가리켜 이 사건 토지를 종교사업 자체에 직접 사용한 것이라고 할 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다).

라) 따라서 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 직접 그 사업용도에 사용하였다는 취지의 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4) 제4 주장에 대하여

가) 갑 제15호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관하여 처분 경위에서 본 바와 같이 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐지기 전, 000은 2004. 12. 22. 이 사건 제2토지를 000에게, 이 사건 제3토지를 000에게 매도한 사실, 위 매매계약 후 000과 김영석(위 000의 남편)은 000에게 여러 차례 이 사건 제2, 3토지에 관한 소유권이전등기를 요구하였는바, 000은 이를 회피하기 위하여 이 사건 제2, 3토지에 관하여 허위로 증여를 원인으로 하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마친 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 원인 없는 무효의 등기이고, 따라서 원고는 등기부에만 소유 명의자로 등기되어 있을 뿐 실체적인 법률관계에서는 이 사건 제2, 3토지의 소유권을 취득한 것으로 볼 수 없어 이에 관한 취득세·등록세의 납세의무자가 될 수 없다(대법 2007. 1. 25. 선고 2006두14384 판결, 대법 1964. 11. 24. 선고 64누84 판결 참조).

따라서 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 제2, 3토지에 관한 소유권을 취득하였음을 전제로 한 부분은 위법하다.

나) 나아가 이 사건 나머지 토지에 관하여 살펴본다.

원고는 위 제4 주장에서 본 것과 같은 이유로 이 사건 나머지 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기 역시 무효라고 주장하나, 위 소유권이전등기가 무효라는 점을 인정할 별다른 증거가 없을 뿐만 아니라(갑 제15호증의 1, 2는 이 사건 제2, 3토지에 관한 것이다), 갑 제15호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 이 사건 제2, 3토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 무효인 것은 000이 그에 관하여 체결한 매매계약에 따른 소유권이전등기의무를 회피하기 위하여 허위로 소유권이전등기를 마쳤다는 데 그 이유가 있음을 알 수 있는바, 000이 이 사건 나머지 토지에 관해서도 제3자와 매매계약을 체결함으로써 그에 따른 의무를 회피할 필요가 있는 등 허위로 원고 명의의 소유권이전등기를 마칠 사유가 있음을 알아볼 수 있는 증거가 없는 이상, 이 사건 각 토지에 관해 같은 날, 같은 원인으로 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다는 사정만으로 이 사건 나머지 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기도 이 사건 제2, 3토지의 경우와 같은 이유로 무효라고 할 수는 없다.

따라서 원고의 제4 주장 중 위 부분은 받아들일 수 없다.

5) 소결론

그렇다면 이 사건 처분 중 원고가 이 사건 제2, 3토지의 소유권을 취득하였음을 전제로 하는 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

6) 정당한 세액

나아가 정당한 세액에 관하여 살펴본다.

갑 제2호증의 3, 제3호증, 을 제2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 제2, 3토지를 취득하였음을 전제로 그에 관해 부과된 세액의 내역은 각 가산세를 포함하여 취득세 3,778,000원, 등록세 2,833,500원, 농어촌특별세 377,790원, 지방교육세 523,490원인 사실을 인정할 수 있다.

따라서 이 사건 처분의 취득세(가산세 포함) 11,294,010원 중 7,516,010원(11,294,010원 - 3,778,000원)을 초과하는 부분, 농어촌특별세(가산세 포함) 1,129,390원 중 751,600원(1,129,390원 - 377,790원)을 초과하는 부분, 등록세(가산세 포함) 8,470,500원 중 5,637,000원(8,470,500원 - 2,833,500원)을 초과하는 부분, 지방교육세(가산세 포함) 1,564,950원 중 1,041,460원(1,564,950원 - 523,490원)을 초과하는 부분은 모두 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 기각하여야 할 것이다. 그런데 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 위 위법 부분을 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 기각한다.

<판결요지>

1. 지방세기본법에 따른 처분에 관한 심판청구 등은 모두 임의적 전심절차에 해당함

- 이 사건 소 제기 당시 적용되던 「지방세기본법」제117조 제1항 등 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분과 같이 지방세기본법에 따른 처분에 관한 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 모두 임의적 전심절차에 해당할 뿐이므로, 원고가 이러한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기하였다고 하더라도 이를 잘못이라 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소가 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다는 취지의 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 법률상 원인무효인 등기로 확정된 경우 취득세 납세의무는 성립되지 아니하나, 등록세 납세의무에는 영향을 미치지 아니함

- 000가 000에 대한 각 소유권이전등기의무를 회피하려고 허위로 증여를 원인으로 원고 명의의 등기를 마친 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 원인무효에 해당하여 원고가 이에 관한 납세의무자가 될 수 없다는 이유로, 이 사건 처분 중 제2, 3 토지에 대한 부분은 모두 위법하다고 판단하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 제2, 3 토지에 관한 취득세 부과처분과 농어촌특별세 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 정당함.

- 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 조세로서, 그 등기 또는 등록 유·무효나 실질적인 권리귀속의 여부와는 관계가 없는 것이다(대법원 2003. 6. 10. 선고 2001두2720 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 살펴보면, 비록 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 원인무효의 등기라 하더라도 이에 관한 등록세 및 그에 부가된 지방교육세 의 부과처분의 효력에는 아무런 영향이 없다 할 것이다.