1. 처분의 경위

가. 원고는 기독교인의 신앙훈련과 선교·구제·봉사사업을 목적으로 설립된 비법인사단으로서 2007. 1. 21. 000로부터 별지 목록 기재 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 증여받아 그에 따른 소유권이전등기를 2007. 2. 26. 마쳤다.

나. 원고는 종교 목적의 비영리사업자로서 그 사업에 사용하기 위하여 이 사건 각 토지를 취득·등기하는 것이라는 이유로 2007. 2. 12.경 피고에게 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 등에 따라 그 취득세 및 등록세 등의 비과세를 신청하였고, 피고는 이를 받아들여 원고에게 그 취득세 및 등록세 등을 부과하지 아니하였다.

다. 그 후 피고는 2010. 12. 6. 이 사건 각 토지에 대한 현장조사를 실시하여 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업용도에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고, 2011. 3. 2. 원고에게 가산세를 포함하여 취득세 11,294,010원, 농어촌특별세 1,129,390원, 등록세 8,470,500원, 지방교육세 1,564,950원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3호증, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제12호증, 을 제3호증, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 각 토지를 그 취득 이후 원고의 설립 목적에 따라 기독교인의 신앙훈련을 위한 야외기도장소 등으로 사용해 왔으므로, 이를 종교용에 직접 사용하지 아니한 것으로 보고서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 구 「지방세법」제107조 제1호와 제127조 제1항 제1호에 의하면, 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 하는 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하되, 다만 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득·등기한 부동산을 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하도록 규정하고 있는바, 여기서 비영리사업자가 당해 부동산을 그 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용하는 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결, 대법 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조).

2) 을 제1 내지 5호증, 갑 제4, 5, 6, 9호증, 갑 제13호증의 1, 갑 제14호증의 1, 2의 각 기재 또는 영상, 증인 000의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사정을 알 수 있다.

가) 피고는 원고가 이 사건 각 토지를 취득·등기한 후 3년이 지난 2010. 12. 6.경 그 사용 현황에 대한 조사를 실시하여, 이 사건 토지에 수풀이 무성하고 돌밭처럼 돌들이 널려 있는 등 전혀 관리되지 않고 있는 것으로 확인하였다.

나) 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에 나타난 이 사건 각 토지의 현황 또한 위 현황조사결과와 별 차이가 없어 보인다.

다) 원고의 대표자 000과 같은 교단에 소속된 목사로서 오래 전부터 알고 지내오면서 원고 운영의 기도원에 가끔 들렀던 000은 ‘2007년과 2008년의 부활절 직전에 위 기도원의 야외기도장소에서 심야에 3일간 기도한 사실이 있다’는 내용의 사실확인서(갑 제14호증의 1)를 제출하고 이 법정에 증인으로 나와서도 기본적으로 그와 같은 취지의 증언을 하면서도, 당시 자신이 기도한 장소는 이 사건 각 토지 중 별지 목록 제5항 기재 토지(이하 ‘이 사건 제5토지’라 한다)의 가장자리 부근인데 그곳은 기도하는 장소로 마련되어 있다기보다는 평탄하고 기도하기에 괜찮아 보여 스스로 그곳에 가서 기도하였으며 이 사건 각 토지가 야외기도시설로 사용되고 있었는지 여부는 모른다는 취지로 증언하였다.

라) 원고가 이 사건 처분에 관한 과세전적부심사를 청구할 당시 최옥화로부터 작성받은 확인서(갑 제14호증의 2)에는 ‘2009. 7. 초경부터 2009. 8. 말경 사이에 다른 사람 2∼3명과 함께 위 기도원의 야외기도장소에서 여러 차례 기도한 적이 있다’는 내용이 담겨 있다.

마) 한편 이 사건 제5토지에는 1992. 4. 23.경 신축된 면적 38.88㎡의 단층 기도원 건물이 있었으나, 2007년 6월 촬영된 항공사진과 2009년 10월 촬영된 항공사진에는 그 건물이 존재하지 않는 것으로 나타나고, 피고의 2010. 12.경 현장조사에서도 그 건물은 없는 것으로 확인되었으며, 000 또한 2007년과 2008년의 부활절을 앞두고 이 사건 제5토지에서 기도할 당시 그 부근에 기도시설과 무관한 단독주택 한 채가 있었을 뿐 다른 건물은 없었다고 증언하고 있다.

바) 그리고 원고는 위 과세전적부심사청구서에서 이 사건 각 토지를 산림청의 간벌작업을 위한 주차장과 간벌한 나무의 야적장소로 제공하기도 하였다고 하고 있다.

3) 이러한 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 종합해 보면, 이 사건 각 토지는 원고가 이를 취득·등기한 때로부터 3년이 지날 때까지 그 목적사업 자체에 직접 사용되었다고 보기는 어렵고, 설령 원고의 기도원을 찾는 교인들이 때때로 이 사건 각 토지에서 야외기도를 해 온 사실이 있다 하더라도 이 사건 토지의 관리상태나 그 이용의 경위 등을 감안해 보면 그와 같은 사정만으로 원고가 그 사업용도의 하나로서 직접 이 사건 각 토지를 야외기도장소로 제공한 경우에 해당한다고 평가하기는 어렵다.

4) 따라서 원고가 이 사건 각 토지를 그 취득·등기일로부터 3년 이내에 직접 그 사업용도에 사용하지 아니하였다고 본 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

<판결요지>

1. 지방세기본법에 따른 처분에 관한 심판청구 등은 모두 임의적 전심절차에 해당함

- 이 사건 소 제기 당시 적용되던 「지방세기본법」제117조 제1항 등 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 처분과 같이 지방세기본법에 따른 처분에 관한 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 모두 임의적 전심절차에 해당할 뿐이므로, 원고가 이러한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기하였다고 하더라도 이를 잘못이라 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소가 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하다는 취지의 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 법률상 원인무효인 등기로 확정된 경우 취득세 납세의무는 성립되지 아니하나, 등록세 납세의무에는 영향을 미치지 아니함

- 000가 000에 대한 각 소유권이전등기의무를 회피하려고 허위로 증여를 원인으로 원고 명의의 등기를 마친 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기는 원인무효에 해당하여 원고가 이에 관한 납세의무자가 될 수 없다는 이유로, 이 사건 처분 중 제2, 3 토지에 대한 부분은 모두 위법하다고 판단하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 제2, 3 토지에 관한 취득세 부과처분과 농어촌특별세 부과처분이 위법하다고 판단한 것은 정당함.

- 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경·소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이라는 단순한 사실의 존재를 과세대상으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하는 조세로서, 그 등기 또는 등록 유·무효나 실질적인 권리귀속의 여부와는 관계가 없는 것이다(대법원 2003. 6. 10. 선고 2001두2720 판결 등 참조). 위 법리에 비추어 살펴보면, 비록 이 사건 제2, 3 토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 원인무효의 등기라 하더라도 이에 관한 등록세 및 그에 부가된 지방교육세 의 부과처분의 효력에는 아무런 영향이 없다 할 것이다.