상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호는 취득세의 과세표준에 관하여 "법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격에 의한다"고 정한다. 한편 같은 조 제7항의 위임에 기하여 취득가격의 범위를 정하고 있는 구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항 본문은 "취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다"고 정하고 있다.

이들 각 법규정에서의 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에 대한 관계에서 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서, 직접비용이라고 할 당해 물건 자체의 가격은 물론이고, 취득자금의 이자, 설계비 등과 같이 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 소개수수료, 준공검사비용 등과 같이 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 이에 포함된다고 할 것이다. 그러나 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건의 가격에 해당한다고 볼 수 없다면, 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세의 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 2010. 12. 23. 선고 2009두12150 판결 등 참조).

그리고 과세처분취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단된다. 그리고 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 한다. 그러나 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2. 원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 원고가 000산업 주식회사와 주식회사 00건설로부터 양수한 각 사업권은 그들이 0000구역 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용ㆍ명성ㆍ거래선과 같은 영업상의 이점과 사업시행 등에 있어서 가질 수 있는 우선적인 지위 등으로서 취득세의 과세대상인 토지와는 별도의 권리이므로, 그 각 사업권 양수비를 이 사건 토지의 취득가격에 산입하여서는 아니되고, ② 원고가 0000구역 도시개발사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱의 방법으로 대출을 받으면서 지급한 취급수수료 등은 토지 취득, 사업권 확보, 아파트공사 등을 비롯하여 도시개발사업 전체에 사용할 자금을 대출받는 과정에서 지급되었으므로 그 취급수수료 등은 이 사건 토지와 그 지상에 건축된 아파트의 가액 등으로 안분하여 이 사건 토지에 관하여 지출된 것만을 이 사건 토지의 취득가격에 산입하여야 할 것이나 피고가 제출한 자료만으로는 이를 산출하여 정당한 세액을 계산할 수 없다는 이유로, 피고가 위 각 사업권 양수비 및 안분되지 아니한 취급수수료 등을 이 사건 토지의 취득가격에 산입하여 원고에게 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

앞서 본 법규정 및 법리에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하다. 거기에 상고이유의 주장과 같이 취득세의 과세표준이 되는 ‘취득가격’에 관한 법리를 오해하거나 필요한 심리를 다하지 아니하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

3. 그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2013. 1. 9. 선고 2011누43050 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분 경위

가. 000산업 주식회사(이하 주식회사 명칭을 생략하여 ‘000산업’이라고 한다, 이하 주식회사의 경우는 같다)는 1999. 7. 29. 00시 000구 00동 657-12 토지 일원 약 30만 평에서 도시개발사업을 하기 위하여 그 일대 토지 소유자로서 지주 대표 역할을 하고 있던 000, 000과 그들이 토지개발추진위원회를 발족시키고 000산업이 그 일원 토지를 약 3,155억 원에 매수하기로 하는 내용의 부동산 매매약정서(갑 제3호증)를 작성하고 00시 000구 00동 657-12 토지 일원에서 아파트를 지어 분양하는 내용의 도시개발사업을 추진하였다.

나. 000산업은 2002. 7. 19.경 000, 000과 도시개발사업 면적 약 30만 평 중 약 20만 평에 대한 사업권을 포기하고 약 10만 평에 대하여 사업을 진행하기로 하였고, 2002. 7. 24.경 약 10만 평 부지에 대한 도시개발사업을 단일 개발사업으로 진행할 경우 시간이 지연될 것을 우려하여, 00시 000구 00동 344 토지 일원 998,094㎡를 대상으로 하는 0000 1구역과 같은 동 621 토지 일원 236,124㎡를 대상으로 하는 0000 2구역으로 나누어 개발사업을 진행하기로 하였다. 000산업이 사업권을 포기한 약 20만 평은 그 무렵부터 00000(당시에는 명칭이 삼호건설 주식회사였다)가 사업을 진행하게 되었다.

다. 원고와 00건설은 2002. 12. 28. 0000구역 도시개발사업에 원고 30%, 00건설 70%의 지분 비율로 사업에 참여하는 것을 내용으로 하는 공동사업약정을 체결한 후, 2002. 12. 28. 000산업과 000산업으로부터 0000 1, 2구역과 관련하여 000산업이 추진하여 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등에 따른 일체 권한을 이전받고, 원고가 24억 원, 00건설이 56억 원을 000산업에 지급하기로 하는 내용의 사업권 이양에 관한 합의를 하였다(갑 제6호증). 원고는 그 무렵 000산업에 24억 원을 지급하고 법인장부에 선급금으로 계상하였다가 도시개발사업이 진행되어 아파트 분양이 개시된 2008년 이후 선급금을 아파트 분양원가로 대체하였다.

라. 경기도지사는 2004. 8. 28. 0000 1구역과 0000 2구역을 도시개발구역으로 지정하였다.

마. 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 0000 2구역에서 추진하여 온 도시개발사업과 관련한 사업권을 100억 원에 양수하기로 하였고(갑 제8호증의 2), 2006. 12. 28. 00건설과 0000 2구역 내 부동산을 3,897,037,179원에 사겠다는 내용의 부동산매매계약을 체결하였다. 원고는 그 무렵 법인장부에 위 100억 원을 무형자산(영업권)으로 적었다.

바. 원고는 2005. 7. 11.부터 2008. 6. 13.까지 피고에게 0000 1구역 및 2구역 내 토지를 44,693,480,286원에 취득하였다는 이유로 취득세 등을 신고·납부하였다.

사. 피고는 2010. 11. 9. 원고에게, 0000 1, 2구역 토지 중 부과 제척기간이 경과하지 않은 2005. 10. 6.부터 2008. 6. 13. 사이에 취득된 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다, 갑 제2호증)에 대한 취득세 등과 관련하여, 신고한 취득가액 외에 00건설 사업권 양수비 100억 원, 이자비 2,686,645,958원, 중개수수료 175,196,000원, 취급수수료 등(취급수수료 + 인지대 + 자문수수료, 이하 같다) 455,698,113원, 000산업 사업권 양수비 1,741,626,164원, 처분신탁보수 42,130,400원을 합한 15,101,296,635원의 추가 취득가액이 있다고 보아 취득세 488,929,900원, 농어촌특별세 34,356,780원을 부과하였고, 등록세 등과 관련하여, 신고한 취득가액 외에 00건설 사업권 양수비 100억 원, 이자비 2,743,138,107원, 중개수수료 175,196,000원, 취급수수료등 471,041,433원, 000산업 사업권 양수비 1,806,974,764원, 처분신탁보수 42,130,400원을 합한 15,238,480,704원의 추가 취득가액이 있다고 보아 등록세 492,084,550원, 지방교육세 92,321,710원을 부과하는 처분을 하였다(이하 피고가 한 2010. 11. 9.자 처분 중 원고가 취득가액으로 더하는 것을 다투지 않는 이자비, 중개수수료, 처분신탁보수를 추가 취득가액으로 보아 산정한 금액을 초과하는 부분에 해당하는 취득세 488,929,900원 부과처분 중 94,765,200원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 34,356,780원 부과처분 중 6,979,220원을 초과하는 부분, 등록세 492,084,550원 부과처분 중 95,222,680원을 초과하는 부분, 지방교육세 92,321,710원 부과처분 중 17,858,160원을 초과하는 부분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1에서 제9호증, 을 제1호증의 기재(가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지】

2. 처분의 적법 여부

가. 원고가 한 주장

피고가 이 사건 처분 당시 이 사건 토지 취득가액으로 본 00건설 사업권 양수비, 000산업 사업권 양수비와 취급수수료등은 이 사건 토지 취득가액으로 볼 수 없는데도 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 000산업은 1999. 7. 29. 0000구역 내의 토지소유자인 000, 000과 그들이 00시 000구 00동 657-12 일원에서 토지개발추진위원회를 발족하고 000산업이 이 사건 토지를 약 3,155억 원에 매수하기로 하되, 계약금 10%는 토지개발 추진위원회 발족일에 지급하고 중도금 40%는 사업승인 후 2개월 이내에 지급하며, 잔금은 분양승인 후 2개월 이내에 지급하기로 하고 개별토지 소유지 지상건축물 보상금 50억 원을 000산업이 부담하며, 사업부지 내 지상건축물 철거작업 등은 000, 000이 하기로 하는 내용의 계약을 체결하였고, 그 이전인 1999. 7. 28. 000에게 아파트 사업부지 재개발을 위한 약정체결비용으로 50,000,000원을 지급하였다.

1999년 말경 000 등은 0000 구역 토지개발추진위원회를 발족하여 그 무렵 000이 위원장이 되었고, 2004. 11. 2. 000은 0000 구역 도시개발사업조합 조합장이 되었다.

2) 000산업은 2000. 1. 24. 무렵 000이 위원장이 된 0000 구역 토지개발추진위원회에 23억 원을 대여하면서 그 위원회로 하여금 도시개발사업 구역 내 소유자들과 부동산매매계약을 체결하도록 하였다.

3) 원고와 00건설은 2002. 12. 28. 000산업과 000산업이 해 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등에 따른 일체의 권한을 이전받고, 원고가 24억 원, 00건설이 56억 원을 000산업에 지급하기로 하되, 본 계약 체결 후 6개월 이내에 전체 사업대상부지 30% 이상의 토지에 관한 매매계약을 체결하지 못하는 경우와 3년 이내에 도시개발사업 개발계획승인을 얻지 못한 경우에는 원고와 00건설이 약정을 해제할 수 있다는 내용의 사업권 이양에 관한 합의를 하였다(갑 제6호증). 000산업은 위 계약 이전에 0000 구역 토지개발추진위원회에 나환자 복지기금으로 지급하기로 하였던 33억 원 중 26억 원을 지급한 상태였는데, 나머지 7억 원은 원고와 00건설로부터 받은 사업권 양수비에서 지급하기로 하였다. 원고는 위 약정을 체결한 후 고운농장 등 도시개발사업 구역 내에 있는 토지 소유자와 부동산매매계약을 체결하였다.

4) 원고는 2002. 12. 27. 000산업으로부터 사업권을 이양받는 것을 전제로 00건설에 0000 1구역 토지 위에 00아파트를 신축하는 공사를 도급하면서, 토지대금과 사업비 조달은 금융기관 등을 통한 프로젝트 파이낸싱 형태로 하기로 합의하였다. 원고는 0000 1구역 토지 위에 00아파트를 짓는 사업 등과 관련하여 2002. 12. 27.부터 2003. 1. 2.까지 00건설로부터 약 38억 원을 빌렸고, 00은행 등으로부터 약 321억 원을 빌렸다.

5) 그 후 0000 2구역 사업지역이 늘어남에 따라 원고, 00건설 외에 디에스삼호와 00건설도 0000 2구역에서 토지를 취득하여 사업을 추진하였다.

원고는 2006. 1. 20. 00건설과 00건설이 0000 2구역에서 추진하여 온 도시개발사업과 관련한 사업권을 양수하기로 하는 사전협의를 하면서, 우선협상대상자 지위를 확보하기 위하여 00건설에 70억 원을 지급하기로 하였다(갑 제8호증의 1). 원고는 2006. 1. 19. 동문건설에 0000 2구역에 동문아파트를 신축하는 공사를 도급하였고, 2006. 1. 20. 동문건설로부터 70억 원을 빌려 00건설에 우선협상대상자 지위 확보를 위하여 지급하기로 한 70억 원을 지급하였다.

6) 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 00건설이 0000 2구역에서 추진하여 온 도시개발사업과 관련한 사업권을 100억 원에 양수하기로 하였고, 그 무렵 00건설에 우선협상대상자 지위를 확보하기 위하여 지급하였던 70억 원을 100억 원 지급에 포함하는 등의 방법으로 100억 원을 지급하였으며, 2006. 12. 28. 00건설과 00건설이 0000 2구역에서 샀던 00시 000구 00동 445-7 일원 토지 6,457.5㎡를 3,897,037,179원에 다시 사는 것을 내용으로 하는 부동산매매계약을 체결하였다.

원고는 00건설로부터 사업권을 양수할 당시 0000 2구역 도시개발사업에 성공할 경우 예상수익을 432억 원으로 보았다.

7) 원고가 00건설로부터 매수한 0000 2구역 내 토지 6,457.5㎡의 매매대금 3,897,037,179원은 잔금지급일을 기준으로 한 공시지가 합계액 1,801,602,069원의 2배 이상이다. 또, 그 매매대금을 ㎡당 금액으로 환산하면 약 603,490원인데, 그 가격은 00건설이 2002년부터 2004년 사이에 해당 토지를 샀던 금액인 598,834원보다 약간 높은 가격이고, 원고가 2006. 5. 3. 00시 000구 00동 688-3 답 외 3필지 2,754㎡를 ㎡당 약 1,119,229원에 매수하고, 2006. 6. 9. 같은 동 산 122-1 임야 3,452㎡를 ㎡당 약 907,445원에 매수한 것에 비하여는 낮은 가격이나, 00건설 사업권 양수비 100억 원을 포함하여 0000 2구역 내 토지의 가격을 계산하면 ㎡당 2,152,077원이 되어 비슷한 시기에 산 인근 토지에 비하여 높은 가격이 되며, 0000 1구역 토지에 대한 2006. 10. 1. 기준 감정평가가액인 ㎡당 120만 원에서 170만 원에 비하여도 비싸게 된다(갑 제12호증).

8) 0000 1구역에서는 2010. 10.부터 아파트 입주가 시작되었고, 0000 2구역에서는 2012. 5.부터 아파트 분양이 시작되었다.

9) 원고는 2004. 5. 27.부터 2008. 2. 20.까지 00캐피탈, 00은행, 00은행 등으로부터 0000 1, 2구역 토지개발사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱 방법으로 대출을 받았는데, 차입금액은 합계 136,100,000,000원가량이고, 그 대출과 관련하여 취급수수료 1,437,200,000원, 인지대 1,400,000원, 자문수수료 13,000,000원 합계 1,451,600,000원을 지급하였다.

그 중 가장 대출액수가 많았던 대출은 원고가 2005. 9. 27. 00캐피탈로부터 420억 원을 대출받았던 것인데(이하 ‘이 사건 최대대출’이라고 한다), 이 사건 최대대출은 원고와 00건설이 ‘0000지구 도시개발 00건설컨소시엄 아파트 신축사업 프로젝트’에 필요한 사업자금을 마련하기 위한 것으로서 도시개발계획 승인에 따른 사업부지 매입을 위한 잔금 지급과 초기 사업비 등에 쓰일 예정이었다. 이 사건 최대대출을 위하여 작성한 사업 및 대출약정서(갑 제15호증)상 사업의 개요는 00시 000구 00동 344 일원(0000 1구역에 해당한다)에 아파트 총 8,213세대를 짓는 것이고(제1-2조), 차주의 업무로 사업부지의 소유권 확보 및 이를 위한 소요 자금의 조달, 본 건 사업에 지장을 초래할 가능성이 있는 저당권, 지상권 등 사업부지에 대한 일체의 법적, 사실적 제한 조치의 말소, 제거 및 관련 행정처리, 분양, 광고, 홍보 업무, 견본주택 건립 및 운영 업무, 본 건 사업 관련 행정처리, 본 건 사업 시행 시 발생하는 일체의 비용 부담 및 자금조달과 보존등기비용, 본 건 사업과 관련된 지방세, 각종 부담금 납부 등으로 되어 있으며(제1-4조 제1항), 대출원금 상환은 대출약정금 최초 대출취급일부터 36개월로 하고, 차주는 본 건 사업 분양계약금 납입분으로부터 상환 개시하여 매 중도금 및 잔금 입금 시 분할상환 일정에 따라 상환하기로 되어 있고(제3-2조), 사업자금 집행은 ‘1. 조세, 공과금 등 사무처리비용, 2. 본 건 사업대출 관련 수수료, 3. 지급기일이 도래한 대출이자, 4. 지급기일이 도래한 대출원금, 5. 시공사의 건설공사비, 6. 기타비용’ 순으로 집행하기로 되어 있다(제6-2조). 원고는 이 사건 최대대출을 위하여 대출수수료 8억 1천만 원, 인지대 700,000원, 자문수수료 3,000,000원을 지급하였으며, 원고의 계정별 원장에는 위 대출수수료가 취급수수료로 적혀 있다.

10) 원고는 이 사건 최대대출로 00캐피탈로부터 420억 원을 대출받아 2005. 9. 30. 00과 00은행 등에 대한 기존 차입금 약 359억 원을 갚았다.

【인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제3에서 6호증, 갑 제8, 9, 10호증, 갑 제12에서 16호증, 갑 제18, 19, 21, 24, 25호증의 기재, 변론 전체의 취지】

라. 사업권 양수비를 취득가액으로 볼 수 있는지에 관한 판단

1) 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제111조 제1항, 제2항 본문에 따르면, 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 취득자가 신고한 가액에 의하는 것이 원칙이나, 구 「지방세법」제111조 제2항 단서, 제5항 제3호, 구 지방세법 시행령(2010. 1. 11. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의2 제1항 제2호에 따르면, 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서에 따라 취득가액이 증명되는 경우에는 그 취득가액을 과세표준으로 한다. 또한, 취득세 등의 과세표준을 산정할 때 건물과 토지는 별개로 취급하여야 하므로 건물 취득 비용을 토지 취득 비용에 포함할 수 없고(대법원 1999. 12. 20. 선고 98두6364 판결, 대법원 2002. 6. 14. 선고 2000두6404 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

2) 앞서 본 대로, 원고 법인장부에 000산업 사업권 양수비와 00건설 사업권 양수비가 이 사건 토지 취득가액으로 적혀 있지 않으나, 피고는 원고가 법인장부에 분양금액 선급금 등으로 계상한 000산업 사업권 양수비와 00건설 사업권 양수비는 법인장부상 이 사건 토지 취득가액으로 볼 수 있다고 보아 이 사건 처분을 하였다. 그러나 앞에서 인정할 사실만으로는 위 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가액이라고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려, 000산업은 1999. 무렵부터 상당한 비용과 노력을 들여 00시 000구 00동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 추진하기 위하여 노력하였고, 그 과정에서 지주 대표와 긴밀한 관계를 맺어왔으며, 지주 대표의 협조 없이는 도시개발사업 자체의 추진이 어렵고, 000산업도 1999. 7. 29.자 계약(갑 제3호증)에서 분양승인 후 잔금 지급을 하기로 하는 등 아파트 분양사업 추진을 전제로 계약하였으며, 000산업이 도시개발사업에 따라 아파트를 분양하는 경우 상당한 이익도 얻을 수 있었을 것이고, 원고와 00건설 또한 2002. 12. 28. 000산업으로부터 사업권 이양에 관한 합의를 할 때 도시개발사업 개발계획승인을 얻지 못할 경우에는 계약을 해제할 수 있다고 하는 등 도시개발사업을 전제로 사업권을 양수하였으므로, 원고는 2002. 12. 28. 000산업으로부터 000산업이 00시 000구 00동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업 시행 등에 있어 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 도시개발사업 지역 내의 토지와 별도로 양수하였다고 보아야 한다.

00건설 또한 2002. 12. 28. 000산업으로부터 사업권을 양수한 후 0000 2구역에서 도시개발사업을 추진하였고, 원고는 0000 2구역 사업에서 상당한 수익을 예상하고 있었으며, 원고가 00건설에 지급한 100억 원 중 70억 원이 0000 2구역 아파트 공사의 시공사인 동문건설로부터 빌렸던 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 2006. 12. 11. 다른 시행사인 00000과 00건설에 우선하여, 00건설로부터 00건설이 0000 2구역에서 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업 시행 등에 있어 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 00건설이 0000 2구역 내에 소유하고 있는 토지와 별도로 양수하였다고 보는 것이 옳다(더구나 00건설로부터 매수한 토지대금은 당시 공시지가의 2배를 상회하였다).

따라서 00건설과 000산업 사업권 양수비를 이 사건 토지 취득가액으로 본 것은 위법하다(설령, 원고가 000산업에 지급한 24억과 00건설에 지급한 100억 원의 일부를 이 사건 토지 취득가액으로 볼 여지가 있다고 하더라도, 아파트 분양이익이 예상되는 도시개발사업의 성격과 000산업이 0000 구역 토지개발추진위원회에 지급한 나환자 복지기금은 사업 자체를 추진하기 위한 비용으로 보아야 한다는 점에서 124억 원 전부를 이 사건 토지 취득가액이라고 볼 수는 없고, 124억 원에는 사업권 양수비와 이 사건 토지상에 건축된 아파트 취득가액도 포함되어 있다고 보아야 한다. 이 경우 과세관청은 124억 원 중 얼마를 이 사건 토지 취득가액으로 보아야 하는지도 주장·증명하여야 하는데, 피고는 이 법원에서 이 사건 처분 중 적법한 액수를 산정할 수 있는지에 관한 석명에 대하여 이 사건 토지가 많아 이를 구분하기 어렵다고 답변하면서 이에 관하여 주장·증명하지 않고 있을 뿐 아니라, 피고가 제출한 자료만으로는 수백 필지에 달하는 이 사건 처분 대상 토지에 관하여 개별 필지별로 적법한 세액을 산정하는 것은 불가능하거나 부적당하다. 따라서 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다).

마. 취급수수료등을 취득가액으로 볼 수 있는지에 관한 판단

1) 피고는 이 사건 처분 당시 원고가 지출한 취급수수료등 1,451,600,000원에 대하여 총대출액 대비 부과 제척기간이 경과하지 않은 토지가액의 비율로 안분하는 방법으로 산정한 가액을 과세표준으로 산정한 것으로 보인다(과세관청이 과세표준을 증명하고 그 산정경위도 밝혀야 하고, 이 법원에서도 제1회 변론기일 등에서 피고에게 과세표준의 산정근거를 밝힐 것을 석명하였으나, 피고는 을 제11호증의 2, 을 제13호증을 제출한 외에는 특별한 주장·증명을 하지 않았으므로, 위 증거들을 근거로 한다). 그러나 앞에서 인정할 사실만으로는 원고 법인장부에 취급수수료등이 이 사건 토지 취득가액으로 적혀 있지 않은데도 불구하고 위 금액을 이 사건 토지 취득가액이라고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

2) 오히려, 앞서 본 대로 이 사건 최대대출을 위하여 원고가 지급한 대출수수료 8억 1천만 원, 인지대 700,000원, 자문수수료 3,000,000원은 0000지구 도시개발 00건설컨소시엄 아파트 신축사업 프로젝트에 필요한 자금을 대출하기 위하여 지출되었고, 대출자금 일부는 토지 잔금 지급을 위하여 사용하고 일부는 초기 사업비로 사용할 예정이었으며, 차주의 업무에 사업부지의 소유권 확보 외에 사업 관련 행정처리 등의 업무가 있고, 대출원금 상환 시기도 아파트 분양계약금 납입과 연계하여 설정되어 있으며, 사업자금 집행 내용에 건설공사비 등도 포함되어 있고, 실제로 대출자금 대부분은 0000 1구역에서 00아파트를 짓는 사업과 관련하여 원고가 그 시공사인 00 등으로부터 빌린 기존 차입금을 갚는데 사용되었다.

따라서 이 사건 최대대출을 위한 취급수수료등을 비롯하여 원고가 2004. 5. 27.부터 2008. 2. 20.까지 0000 1, 2구역 토지개발사업과 관련하여 프로젝트 파이낸싱 방법으로 대출을 받으면서 지급한 취급수수료등은 토지취득, 사업권 확보, 아파트 공사 등을 비롯한 도시개발사업 전체를 위한 대출 과정에서 지급되었으므로, 전체 대출 중 각 대출별로 그 대출금이 사용된 용도를 구분하여 0000 1, 2구역 토지와 그 지상에 건축된 아파트의 취득가액 등으로 안분하여 계산하여야 한다(피고가 한 산정방식은 2005. 7. 11. 이후 취득한 토지대금은 모두 2004. 5. 27.부터 2008. 2. 20.까지 대출받은 대출금에서 지급된 것을 전제로 하는데, 이를 인정할 증거도 없다). 이와 달리 한 이 사건 처분은 위법하고, 이 사건 처분 당시 과세표준으로 본 취급수수료등에서 얼마가 이 사건 토지의 취득가액에 해당하는지에 관한 주장·증명도 없으므로, 이 사건 처분 전체를 취소할 수밖에 없다.

3) 또한, 피고는 0000 1, 2구역 토지 중 부과 제척기간이 경과하지 않은 것으로 본 2005. 10. 6.부터 2008. 6. 13.까지 취득한 토지(이 사건 토지)의 취득가액에 대하여 이 사건 처분을 하였는데, 피고가 제출한 을 제11호증의 2에서는 2005. 7. 11.을 기준으로 그 이후 취득한 토지가액을 취급수수료등 산정에 고려하였으므로(피고가 이 사건 처분 당시 설정한 기준대로라면 2005. 10. 6.을 기준으로 하는 것이 맞다), 이 점에서도 이 사건 처분과 피고가 제출한 증거가 부합하지 않을 뿐 아니라, 피고가 제출한 자료만으로는 이 사건 처분 중 적법한 취급수수료등 과세표준을 산정할 수도 없다.

바. 소결론

이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 모두 기각한다.

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【관계법령】

■ 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제105조(납세의무자등)

② 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 「민법」·「광업법」·「수산업법」·「선박법」·「산림법」·「건설기계관리법」·「자동차관리법」또는 「항공법」등 관계법령의 규정에 의한 등기·등록등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로 보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 다만, 차량, 기계장비·항공기 및 주문에 의하여 건조하는 선박은 승계취득의 경우에 한한다.

제111조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑧ 제6항의 규정에 의한 지방세과세표준심의위원회의 조직과 운영 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 구 지방세법 시행령(2010. 1. 11. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제82조의2 (취득가격의 입증등)

① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

② 토지와 건축물등을 일괄취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄취득한 가격을 토지 또는 건물 가액 비율로 안분한 금액을 토지ㆍ건축물 및 기타물건의 취득가액으로 한다.

③ 제2항의 경우에 시가표준액이 없는 기타물건이 포함되어 있는 경우에는 토지ㆍ건축물 및 기타물건의 감정가액등을 고려하여 시장ㆍ군수가 결정한 비율로 안분한 금액을 토지ㆍ건축물 또는 기타물건의 취득가액으로 한다.

■ 도시개발법

제26조(조성토지등의 공급 계획)

① 시행자(지정권자가 시행자인 경우는 제외한다)는 조성토지등을 공급하려고 할 때에는 조성토지등의 공급 계획을 작성하거나 변경하여 지정권자에게 제출하여야 한다. 이 경우 행정청이 아닌 시행자는 시장(대도시 시장을 제외한다)ㆍ군수 또는 구청장을 거쳐 제출하여야 한다.

② 조성토지등의 공급 계획의 내용, 공급의 절차ㆍ기준, 조성토지등의 가격의 평가, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 도시개발법 시행령

제57조(조성토지등의 공급방법 등)

① 시행자는 조성토지등을 법 제18조에 따라 고시된 실시계획(지구단위계획을 포함한다)에 따라 공급하여야 한다. 이 경우 시행자는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조제6호에 따른 기반시설의 원활한 설치를 위하여 필요하면 공급대상자의 자격을 제한하거나 공급조건을 부여할 수 있다.

② 조성토지등의 공급은 경쟁입찰의 방법에 따른다. 다만, 「주택법」 제2조제3호에 따른 국민주택규모 이하의 주택건설용지(임대주택건설용지를 포함한다), 「주택법」 제2조제5호에 따른 공공택지, 국토해양부령으로 정하는 면적 이하의 단독주택용지 및 공장용지에 대하여는 추첨의 방법으로 분양할 수 있다.

③ 시행자가 제2항에 따라 조성토지등을 공급하려면 다음 각 호의 사항을 공고하여야 한다. 다만, 공급대상자가 특정되어 있거나 자격이 제한되어 있는 경우로서 개별통지를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 시행자의 명칭 및 주소와 대표자의 성명

2. 토지의 위치ㆍ면적 및 용도(토지사용에 제한이 있는 경우에는 그 제한내용을 포함한다)

3. 공급의 방법 및 조건

4. 공급가격 또는 공급가격결정방법

5. 공급대상자의 자격요건 및 선정방법

6. 공급신청의 기간 및 장소

7. 그 밖에 시행자가 필요하다고 인정하는 사항

끝.

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【하급심-의정부지방법원 2011. 11. 8. 선고 2011구합452 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2010. 11. 9. 원고에게 한 취득세 488,929,900원, 농어촌특별세 34,356,780원, 등록세 492,084,550원, 지방교육세 92,321,710원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 000산업 주식회사(이하 ‘프라인산업’이라고만 한다)는 1999. 7. 29. 00시 000구 00동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 위하여, 위 일원의 토지 소유자인 000, 000과 사이에, 000, 000이 위 지역에 관한 토지개발 추진위원회를 발족시키고 000산업이 위 일원의 토지를 3,155억 원에 매수하기로 하는 내용의 부동산 매매약정서를 작성하고, 도시개발사업을 추진하였다.

나. 000산업은 위와 같이 도시개발사업을 추진하면서, 위 토지를 하나의 개발사업으로 진행할 경우 국토해양부장관이 도시계획구역의 지정권자가 되어 시간이 지연될 것을 우려하여, 위 도시개발사업을 00시 000구 00동 344 토지 일원의 998,094㎡를 대상으로 하는 00001구역과, 같은 동 621 토지 일원의 236,124㎡를 대상으로 하는 00002구역으로 나누어 개발사업을 진행하였다.

다. 원고와 주식회사 00건설(이하 ‘00건설’이라고만 한다)은 2002. 12.경 0000지구 도시개발사업에 원고 30%, 00건설 70%로 사업참여지분을 정하여 공동으로 참여하는 것을 내용으로 하는 공동사업약정을 체결하고, 2002. 12. 28. 000산업으로부터 0000지구 도시개발사업(1구역과 2구역을 모두 포함한다)과 관련하여 000산업이 추진하여 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등 일체의 권한을 이전받기로 하는 내용의 사업권 이양에 관한 합의서를 작성하고, 원고가 24억 원, 00건설이 56억 원을 각 출자하여 합계 80억 원을 000산업에게 지급하였다.

라. 한편, 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 00건설이 00002구역에서 추진하여 온 도시개발사업과 관련한 사업권을 100억 원에 양수하기로 하는 내용의 사업권양수도약정서를 체결하고, 00건설에 100억 원을 지급하였고, 2006. 12. 28. 00건설과 사이에 00건설이 00002구역에서 매입한 부동산을 3,897,037,1790원에 매입하는 것을 내용으로 하는 부동산매매계약을 체결하였다.

마. 원고는 2008.경 피고에게 00001구역 및 2구역 내의 토지를 44,693,480,286원에 취득하였음을 이유로, 취득세 등을 신고·납부하였다.

바. 피고는 2010. 11. 19. 원고에게, 원고가 위와 같이 000산업, 00건설에 사업권 양수비용으로 각 지급한 24억 원과 100억 원, 토지용역대금, 대출취급수수료, 토지매입중개수수료 등 합계 15,286,310,100원을 위 00001구역 및 2구역 내 토지를 취득하는데 사용하였음에도 이를 누락하였다며, 주문 기재의 취득세, 농어촌특별세 등을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 제9호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 0000구역 도시개발사업의 사업권을 양수받으면서 지급한 위 24억 원 및 100억 원은 사업권의 취득비용이고, 위 사업구역 내 토지의 취득비용으로 지급된 것이 아니므로, 위 금액을 이 사건 토지의 취득비용에 포함한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고가 위 도시개발사업 지구 내의 토지를 취득하기 위하여 지급한 대출수수료 중 약 810,000,000원은 기존 대출금을 상환하기 위하여 지출된 것으로, 이 사건 토지의 취득과 무관한 비용이므로, 위 대출수수료도 이 사건 처분의 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 사업권 양도양수비용으로 지급한 금액이 도시개발사업지구 내 토지 취득의 비용으로 지출한 것에 해당하는지 여부

가) 구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제111조 제5항 제3호, 제7항, 구 지방세법 시행령 (2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것) 제82조의3 제1항 본문 규정에서 말하는 ‘취득가격’에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 그것이 취득의 대상이 아닌 물건이나 권리에 관한 것이어서 당해 물건 자체의 가격이라고 볼 수 없는 것이라면 과세대상물건을 취득하기 위하여 당해 물건의 취득시기 이전에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 것이라도 이를 당해 물건의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없다(대법원 1996. 1. 26. 선고 95누4155 판결, 2010.12.23. 선고 2009두12150 판결 등 참조).

나) 일반적으로 사업권이란 자산과 구별되는 관련 허가·인가 등 법률상의 지위 또는 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점을 의미한다 할 것이고, 위와 같은 사업권은 양도·양수되는 토지 등 물건과 별도로 적절한 평가에 의하여 유상으로 거래될 수 있는 자산에 해당한다고 봄이 상당하다.

그러므로 살피건대, 000산업이 1999. 7. 29. 0000구역 내의 토지소유자인 000, 000과 사이에, 000, 000이 00시 000구 00동 657-12 일원에 토지개발 추진위원회 발족시키고, 000산업이 위 일원의 토지를 3,155억 원에 매수하기로 하는 내용의 부동산 매매약정서를 작성한 사실은 앞서 본 것과 같고, 갑 제3호증, 제4호증, 제5호증의 1, 2, 제6호증, 제8호증의 2, 제9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 000산업은 이후 000, 000이 대표가 된 00동토지개발추진위원회에 20억 원과 3억 원을 각 대여하면서 위 위원회로 하여금 도시개발사업구역 내 소유자들과 부동산매매계약을 체결하도록 한 사실, 원고와 00건설이 2002. 12. 28. 000산업과 사이에서 작성한 사업권이양에 관한 합의서에는 000건설이 해 온 기존의 부동산 매매약정, 사업추진약정 등 일체의 권한을 이전받기로 하되, 본 계약 체결후 6개월 이내에 전체 사업대상부지의 30% 이상 토지에 관한 매매계약을 체결하지 못하는 경우와, 3년 이내에 도시개발사업 개발계획승인을 얻지 못한 경우에는 원고와 00건설이 위 약정을 해제할 수 있도록 한 사실, 원고는 위와 같은 약정 이후 고운농장 등으로부터 위 도시개발사업지구 내에 있는 토지등 소유자와 사이에 별도의 부동산매매계약을 체결하기도 한 사실, 원고와 00건설은 2002. 12. 28. 000산업으로부터 위와 같이 사업권이양에 관한 약정을 한 이후 공동으로 사업을 진행하던 00000 주식회사, 주식회사 00건설과 각자 0000구역 사업지구 내에 있는 토지들을 매수하여 왔는데, 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 00건설이 00002구역에서 추진하여 온 도시개발사업과 관련한 사업권을 100억 원에 양수하기로 하는 내용의 사업권양수도약정을 하고, 같은 달 28. 00건설이 00002구역에서 매입한 00시 000구 00동 445-7 토지 일원 6,457.5㎡를 3,897,037,1790원에 매입하는 것을 내용으로 하는 부동산매매계약을 체결한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고와 00건설은 2002. 12. 28. 000산업으로부터 위 회사가 00시 000구 00동 657-12 토지 일원에서 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점과 사업 시행 등에 있어 가질 수 있는 우선적인 지위 등을 위 도시개발사업지구 내의 토지와 별도로 양수하였고, 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 위 회사가 00002구역에서 도시개발사업을 추진하면서 얻은 신용·명성·거래선과 같은 영업상의 이점 등을 공동시행사인 00000 주식회사와 주식회사 00건설에 우선하여, 00건설이 00002구역 내에 소유하고 있는 토지와 별도로 양수하였다고 봄이 상당하다.

따라서 원고가 000산업이나 00건설로부터 위와 같이 사업권을 양수하고 지급한 대금은 00001구역 및 2구역 도시개발사업 지구 내 토지와는 별개의 권리를 취득하기 위하여 지급된 것으로, 이를 위 토지의 취득가격에 포함된다고 보아 취득세의 과세표준으로 삼을 수는 없다 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

다) 한편, 원고가 위와 같이 000산업이나 00건설로부터 위 도시개발사업의 사업권을 양수하고 위 회사들에게 각 지급한 양수대금 24억 원 및 100억 원을 모두 진정한 사업권 양수대금으로 인정할 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제3 내지 제9호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 원고가 각 사업권 양수대금으로 지급하였다는 위 각 금액에는 위 각 도시개발사업지구 내에 있는 토지의 취득대금이 일부 포함된 것으로 봄이 상당하여, 이를 모두 진정한 사업권 양수대금으로 지급된 것이라고 할 수는 없다.

① 원고와 00건설이 2002. 12. 28. 000산업으로부터 0000구역 도시개발사업에 관한 사업권을 양수하면서 작성한 약정서에는, 000산업이 체결한 기존의 부동산매매약정까지 그대로 승계하는 것으로 기재되어 있는데, 원고와 00건설이 위와 같이 승계한 부동산매매약정과 관련하여 기지급된 대금 등을 위 약정서와 별도로 지급한 사실이 없어, 원고가 지급한 위 24억 원에는 000산업이 기존 부동산매매약정에 따라 지급한 토지 대금이 일부 포함되어 있는 것으로 봄이 상당하다.

② 원고는 2006. 12. 11. 00건설로부터 00002구역에 대한 사업권을 100억 원에 양수하는 약정을 한 후, 같은 달 28. 00건설로부터 00건설이 소유한 위 2구역 내 토지 6,457.5㎡를 ㎡당 약 598,834원으로 계산한 금액인 3,897,037,179원에 매수하였는데, 이는 원고가 2006. 5. 3. 00시 000구 00동 688-3 답 외 3필지 2,754㎡를 ㎡당 약 1,119,229원에 매수하고, 같은 해 6. 9. 같은 동 산122-1 임야 3,452㎡를 ㎡당 약 907,445원에 매수한 것에 비하여 현저히 저렴한 금액에 해당하는 점에 비추어 볼 때, 원고가 00건설에 사업권 양수대금으로 지급한 100억 원에는 원고가 취득한 토지 대금이 일부 포함되어 있는 것으로 봄이 상당하다(한편, 이 사건 처분과 같이 원고가 00건설에게 지급한 100억 원을 모두 위 토지의 취득가액에 해당한다고 할 경우, 원고는 위 토지를 ㎡당 약 2,152,077원에 매수한 것으로 되어 기존의 매매계약보다 현저히 높은 금액으로 매수한 것이 된다).

라) 따라서 원고의 00001구역 및 2구역 내의 토지 소유권 취득은 원고의 법인장부에 의하여 취득가액이 입증되는 경우에 해당하지 않으므로, 「지방세법」제111조 제2항 단서에 따라 원고가 신고한 취득가액에 따라 취득세를 부과하거나, 원고가 신고한 가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액에 의하여 취득세를 부과하여야 할 것이다.

2) 원고가 지출한 대출수수료가 도시개발사업지구 내 토지 취득의 비용으로 지출한 것에 해당하는지 여부

앞서 본 것과 같이 취득가격에는 과세대상물건의 취득 시기 이전에 거래상대방 또는 제3자에게 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건 자체의 가격(직접비용)은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나(취득자금이자, 설계비 등) 그에 준하는 취득절차비용(소개수수료, 준공검사비용 등)도 간접비용으로서 이에 포함된다 할 것이나, 과세대상물건의 취득 이후 그 물건을 취득하면서 발생한 대출금을 다른 대출 등으로 상환하는 과정에서 발생하는 수수료 등은 과세대상물건의 취득 당시 지급원인이 발생되었거나 발생이 확정적으로 예상되는 경우가 아니면 취득가격에 포함된다고 할 수는 없다.

갑 제15호증, 제16호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, 원고가 2005. 9. 27. 00캐피탈로부터 420억 원을 대출받아, 00은행에 321억 원, 00건설 주식회사에 38억 1,000만 원의 장기차입금을 상환한 사실을 인정할 수 있으나, 위와 같은 장기차입금의 상환이 원고가 기존에 0000구역 도시개발사업 지역 내의 토지를 취득하기 위하여 대출받은 대출금의 상환을 위하여 이루어진 것이라는 점과 위 대출로 인하여 발생한 취급수수료가 8억 1,000만 원에 이른다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다(원고는 예비적으로 위 대출취급수수료 중 6억 9,300만 원이 1차 대출금의 변제를 위하여 발생한 수수료에 해당한다거나, 3억 2,100만 원이 원고가 도시개발사업구역 내 토지의 소유권을 취득한 후 발생한 대출금의 수수료에 해당한다는 이유로 이 사건 처분의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하나, 원고의 위 주장을 인정할 증거가 없다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【관계법령】

■ 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것)

제104조(정의)

취득세에서 사용하는 용어의 의의는 다음 각호와 같다.

1. 부동산 : 토지 및 건축물을 말한다.

8. 취득 : 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다.

제111조(과세표준)

① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.

1. 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의하여 가격이 공시되는 토지 및 주택에 대하여는 동법에 의하여 공시된 가액. 다만, 개별공시지가 또는 개별주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 시장·군수가 동법의 규정에 의하여 국토해양부장관이 제공한 토지가격비준표 또는 주택가격비준표를 사용하여 산정한 가액으로 하고, 공동주택가격이 공시되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 기준에 따라 시장·군수가 산정한 가액으로 한다.

⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조제1항 또는 「법인세법」 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득

⑥ 제2항의 규정에 의한 시가표준액의 결정에 관한 사항을 심의하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 지방세과세표준심의위원회를 둔다.

⑦ 제1항 내지 제5항의 규정에 의한 취득세의 과세표준이 되는 가액, 가격 또는 연부금액의 범위 및 그 적용과 취득시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

⑧ 제6항의 규정에 의한 지방세과세표준심의위원회의 조직과 운영 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

■ 지방세법 시행령(2010. 1. 11. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것)

제82조의2 (취득가격의 입증등)

① 법 제111조제5항제3호에서 "판결문ㆍ법인장부중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호에 정하는 것을 말한다.

2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장ㆍ보조장ㆍ출납전표ㆍ결산서

제82조의3 (취득가격의 범위)

① 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접ㆍ간접비용(부가가치세를 제외한다)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다. 다만, 매매계약서상의 약정금액을 일시급등의 조건으로 할인한 경우에는 그 할인된 금액으로 한다.

② 토지와 건축물등을 일괄취득함으로 인하여 토지 또는 건축물에 대한 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 일괄취득한 가격을 토지 또는 건물 가액 비율로 안분한 금액을 토지ㆍ건축물 및 기타물건의 취득가액으로 한다.

③ 제2항의 경우에 시가표준액이 없는 기타물건이 포함되어 있는 경우에는 토지ㆍ건축물 및 기타물건의 감정가액등을 고려하여 시장ㆍ군수가 결정한 비율로 안분한 금액을 토지ㆍ건축물 또는 기타물건의 취득가액으로 한다.

■ 법인세법

제23조(감가상각비의 손금불산입)

① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.

② 제1항 본문에도 불구하고 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.

1. 2013년 12월 31일 이전 취득분: 국제회계기준을 적용하지 아니하고 종전의 방식에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 경우 제1항 본문에 따라 손금에 산입할 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "종전감가상각비"라 한다)

2. 2014년 1월 1일 이후 취득분: 기획재정부령으로 정하는 기준내용연수를 적용하여 계산한 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "기준감가상각비"라 한다)

③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.

■ 법인세법 시행령

제24조(감가상각자산의 범위)

① 법 제23조제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 유형고정자산

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산

가. 영업권(합병 또는 분할로 인하여 합병법인등이 계상한 영업권은 제외한다), 디자인권, 실용신안권, 상표권

■ 법인세법 시행규칙

제12조(감가상각자산의 범위)

① 영 제24조제1항제2호가목의 규정에 의한 영업권에는 다음 각호의 금액이 포함되는 것으로 한다.

1. 사업의 양도·양수과정에서 양도·양수자산과는 별도로 양도사업에 관한 허가·인가등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상의 비법, 신용·명성·거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액

2. 설립인가, 특정사업의 면허, 사업의 개시등과 관련하여 부담한 기금·입회금등으로서 반환청구를 할 수 없는 금액과 기부금등