이 판결에 적을 이유는, 제1심 판결 중 제2의 다.항 인정사실의【인정 근거】에 "갑 제14, 15, 16호증, 을 제6호증"을 추가하는 이외에는 제1심 판결과 같으므로 이를 인용한다. 따라서 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2011. 1. 14. 선고 2010구합34262 판결】

【주문】 처분청패소

피고가 2009. 7. 15. 원고에 대하여 한 취득세 301,813,510원 및 농어촌특별세 19,266,180원의 부과처분을 취소한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 성북구 정능동에 소재한 국민대학교를 유지 경영할 목적으로 1964. 1. 25. 설립한 학교법인이다.

나. 원고는 서울 종로구 평창동에 새로운 캠퍼스를 건립하기 위하여 2004. 8. 27. 서울 종로구 평창동 87 대 340㎡(이하 ‘이 사건 토지’) 등 4개 필지를 임의경매절차를 통하여 경낙받아 2004. 9. 14. 소유권이전등기를 마친 것을 비롯하여 아래 표와 같이 평창동 캠퍼스 부지 조성 목적으로 15필지의 토지를 6차에 걸쳐 취득하였다.

다. 원고는 이 사건 토지를 비롯한 1차 취득한 4필지 부동산에 대하여 학교 교육시설을 신축하기 위하여 토지를 취득하였다는 사유로 지방세 면제신청을 하여, 피고로부터 2004. 9. 2. 취득세, 등록세 등을 면제받았다.

라. 피고는 2009. 5. 8. 원고에 대하여 ‘이 사건 부동산을 취득한 후 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 교육사업에 직접 사용하지 아니하였다’라는 이유로 「지방세법」제107조 단서, 제127조 제1항 단서를 적용하여 이 사건 부동산에 관한 취득세 5,231,860원, 농어촌특별세 523,170원 및 등록세 5,215,890원, 지방교육세 967,130원을 각 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’).

마. 원고는 2009. 7. 3. 이 사건 각 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2010. 5. 31. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 9호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 토지를 2007년 1학기부터 산림자원학과의 실습장으로 활용하는 등 학교의 교육목적으로 직접 사용하고 있으므로, 피고가 당초 취득시 신규매입토지 활용계획서에 기재된 용도인 기숙사 용도 및 기타 교육용도에 직접 사용하지 않았다는 사유로 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다.

2) 설령 이 사건 토지가 취득일로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 않았다고 보더라도 이 사건 토지 취득 당시 불법점유자가 건축폐기물을 적치한 상태에서 이 사건 토지를 인도하지 아니하여 적치 폐기물 철거 및 토지 인도소송으로 인하여 이 사건 토지의 원상회복이 지연되었다고 할 것이고, 이는 원고가 이 사건 토지 취득 후 3년 이내에 이 사건 토지를 교육사업에 직접 사용하지 못한데 대한 정당한 사유가 있다고 보아야 함에도 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이두연, 최성덕, 최성희, 최성호(이하 ‘ 이두연 등 4인’)은 서울 종로구 평창동 83 대 63㎡, 같은 동 84 대 545㎡, 같은 동 147-2 대 14,149㎡의 각 1/2 지분, 같은 동 145-12 대 3,065㎡(이하 ‘이 사건 임차 토지’)를 각 소유하고 있었는데, 이두연은 2004. 10. 10. 박재의와 사이에 이 사건 임차토지에 관하여 보증금 30,000,000원, 월 사용료 1,400,000원으로 정하여 임대차계약을 체결하였다. 위 임대차계약에 의하면, 임차기간은 이두연의 철수요청시까지로 하되, 철수요청이 없을시 1년 단위로 재계약하고, 계약기간의 만료 전이라도 언제든지 위 토지가 매매되거나 이두연이 필요한 경우 박재의는 아무 조건 없이 자신의 부담으로 위 토지를 원상복구한 후 철수하여야 하되, 다만 이두연은 이를 30일 전에 통보하여야 하는 것으로 약정하였다.

2) 새재공영은 일반폐기물(건축물폐기류) 수집운반중간처리업 및 재활용 등을 하는 회사인데, 이 사건 임차 토지 지상에 시멘트세륜장, 펌프실, 기사대기실, 철재 방음벽 등을 설치하거나 혼합건설폐기물, 재활용품을 적치하고 있었고, 이 사건 토지에 혼합건설폐기물을 무단으로 적치하였고, 그 외 서울 종로구 평창동 145-1 대 423㎡, 같은 동 88 전 3,394㎡, 같은 동 88-1 전 3,386㎡ 지상에 사무실, 철재 방음벽, 휀스 등을 설치하거나 혼합건설폐기물을 무단으로 적치하고 있었다.

3) 원고는 2006. 3. 27. 이두연 등 4인으로부터 이 사건 임차 토지에 관하여 매매계약을 체결하면서, 이두연과 박재의 사이의 위 임대차계약에 대하여 그 임대인 지위는 원고가, 임차인 지위는 새재공영이 각 승계하며, 그 임대차기간은 종전 임대차계약에서 정해진 2006. 10. 10.까지로 하는 임대차권리 양도양수계약을 체결하였고, 2006. 4. 7. 위 매매계약에 따라 소유권이전등기(또는 공유지분이전등기)를 마쳤다.

4) 원고는 2006. 11. 13. 서울특별시교육청에게 당초 초·중학교 부지로 계획된 이 사건 토지를 포함한 서울 종로구 평창동 147-2 일대 27,150㎡에 관하여 도시계획시설 지정계획 변경 신청에 대한 동의를 요청하였고, 서울특별시교육청은 2007. 2. 21. 위와 같은 도시계획시설변경에 동의를 하였다.

5) 한편, 원고는 2006. 4. 평창동 캠퍼스가 조성될 때까지 이 사건 토지를 비롯한 학교부지를 삼림과학대학 산림자원학과의 묘포지, 양봉실습장 등의 실습용지 등으로 활용하기 위하여 실습교육용 활용방안 연구용역을 실시하였다. 원고는 2007년 1학기부터 소유권을 취득한 평창동 학교 부지(새재공영이 점유한 토지 제외)를 묘포장 및 조림학 실습장 등으로 사용하였고, 2007. 4. 실습장 활용실태를 종로구청장에게 보고하였다.

6) 원고는 위 3)항과 같이 승계받은 임대차계약에 따라 임대차기간 만료 30일 전인 2006. 9. 6. 새재공영에게 임대차계약을 해지한다고 통보하면서 그 지상 건축물을 철거하고, 이 사건 임차 토지를 2006. 10. 10.까지 인도할 것을 요청하였으나, 새재공영은 폐기물 처리시간, 이전 부지 확보 후 소요되는 허가기간, 시설물 설치 시간 등이 필요하다는 이유로 위 토지를 인도하지 않았다.

7) 이에 원고는 2007. 1. 9. 서울중앙지방법원에 새재공영을 상대로 이 사건 임차토지에 관하여 임대차계약이 종료되었음을 이유로, 이 사건 토지 및 서울 종로구 평창동 145-1 대 423㎡, 같은 동 88 전 3,394㎡, 같은 동 88-1 전 3,386㎡에 관하여는 무단으로 시설물을 설치하고 점유하고 있음을 이유로, 위 토지 지상의 각 시설물을 철거하고, 혼합건설폐기물·재활용품을 각 취거하며 위 각 토지를 인도하여 줄 것을 구하는 소송을 제기하였다. 이에 서울중앙지방법원은 2007. 11. 8. 원고의 청구를 인용하는 판결을 선고하였고, 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 8, 10 내지 12호증, 을 제3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

원고가 이 사건 토지를 취득한 후 3년 이내인 2007. 8. 27.까지 교육사업 부지로 사용하였는지에 관하여 보건대, 갑 제13호증의 기재만으로 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며 오히려 앞서 본 바와 같이 새재공영이 적어도 2007. 11.경까지 이 사건 토지에 무단으로 혼합건설폐기물을 적치하여 점유한 사실을 인정할 수 있을 뿐이다.

따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것) 제107조, 제127조 소정의 "정당한 사유"란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다( 대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 참조). 또한, 「지방세법」제107조, 제127조의 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다( 대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878 판결 참조).

나) 위 인정사실 및 갑 제13호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의 취득 후 3년 이내에 이 사건 토지를 교육사업에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유가 있다고 할 것인바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하다.

① 새재공영은 원고가 이 사건 토지를 경낙받은 지 얼마 지나지 않은 2004. 10.경 이 사건 임차 토지를 임차한 후 그 무렵부터 이 사건 토지 등 4필지를 무단점유한 것으로 보이는 점, 원고가 특별한 사정이 없는 한 이 사건 임차 토지를 매수함에 있어 토지임대인의 지위를 승계할 수밖에 없는 점, 원고는 이 사건 임차 토지에 관한 임대차기간이 종료된 후 3개월 내에 새재공영을 상대로 토지인도 등을 구하는 소송을 제기한 점, 원고가 새재공영으로부터 이 사건 토지를 인도받기 위한 방법으로 소송을 제기하는 방법 외에 달리 적법한 구제절차가 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 교육용 토지로 활용하기에 사실상의 장애가 있었다고 할 것이고, 사실상의 장애를 제거하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 할 것이다.

② 한편, 원고가 이 사건 토지를 비롯하여 무단으로 점유한 토지만을 대상으로 소송을 제기하는 것을 고려할 수 있으나 이 사건 임차토지를 제외한 나머지 점유토지를 인도받는다고 하더라도 위 토지만으로 교육용 토지로의 활용이 곤란하고, 이 사건 임차 토지의 임차기간이 2006. 10. 10.인바, 이 사건 토지의 취득일로부터 3년이 되기까지 10개월 상당이 남아 있어 새재공영으로부터 위 각 토지를 임의로 인도받는 것이 원고에게 유리하다고 볼 여지가 많았음을 고려하면, 원고가 사실상의 장애를 제거하기 위한 노력을 게을리하였다고 보기 어렵다.

③ 도시계획상 학교용지인 서울 종로구 평창동 147-2 일대 27,150㎡는 수개의 필지로 이루어졌고, 다수의 소유자로 존재하는바, 원고가 캠퍼스 부지로 이용하기 위하여 필요한 면적의 토지를 매수하는데 상당한 기간이 불가피하다고 할 수 있는 점, 원고는 2004. 8. 17.부터 2010. 1.경까지 6차례에 걸쳐 서울 종로구 평창동 일대 15필지 28,701㎡를 매수하고, 그 중 도시계획상 학교용지가 23,356㎡에 이르는 점, 앞서 본 바와 같이 도시계획상 학교부지의 용도를 초·중학교 학교부지에서 대학교 부지로 도시계획 지적계획 변경을 위하여 서울특별시교육청으로부터 동의를 받기도 한 점 등에 비추어 보면, 원고는 이 사건 토지를 비롯한 평창동 캠퍼스 부지를 매입하여 국민대학교 교육시설 부지로 이용하기 위하여 상당한 노력을 하였다고 보인다.

④ 원고는 평창동 캠퍼스가 조성될 때까지 이 사건 토지를 비롯한 매입 토지를 지번별로 구분하여 삼림과학대학 산림자원학과의 묘포지, 양봉실습장 등 실습용지 등으로 활용하기 위한 계획을 수립하였는데, 이 사건 토지가 묘포지로 계획된 점, 원고는 2007년 제1학기부터 새재공영이 임차하거나 무단 점유한 토지를 제외한 부분에 묘포지 등 실습장을 조성한 점, 원고는 위 소송을 통하여 새재공영으로부터 이 사건 토지를 인도받은 후, 이 사건 토지 지상에 묘목을 식재하여 현재 산림자원학과의 묘포지로 활용하고 있는 점, 이와 더불어 앞서 본 바와 같이 평창동 캠퍼스 부지가 다수의 필지로 이루어져 있을 뿐만 아니라 다수의 소유자가 존재하고, 면적이 상당히 넓은 점 등에 비추어 보면, 원고가 캠퍼스를 조성하기 전 이 사건 토지를 산림자원학과의 묘포지로 이용함으로써 현재 이 사건 토지를 교육용 토지로 사용하고 있다고 봄이 상당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로, 이를 인용하기로 한다.