1. 처분의 경위

가. 원고는 천주교 성직자 양성사업, 00교구에 속하는 제교회의 유지경영 등을 목적으로 하는 종교법인으로서 2011. 4. 6. 00시 00구 00동 000 000마을 000동 000호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2011. 4. 6. 피고에게 이 사건 아파트를 천주교 00교구 000성당에서의 지역 교우 및 성소자들을 위한 기도, 교리교육, 회합, 미사 등의 종교목적으로 사용하기 위해 취득하였음을 이유로 구 지방세특례제한법(2011. 3. 29. 법률 제10470호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세특례법’이라 한다) 제50조 제1항 본문의 규정에 따른 취득세 감면신청을 하여, 그 무렵 피고로부터 이 사건 아파트의 취득에 따른 취득세 등을 면제받았다.

다. 한편, 원고는 이 사건 아파트를 취득한 이래 위 아파트를 원고가 00교구의 000성당에 파견한 수녀들의 숙소로 사용하고 있었다.

라. 그러자 피고는, 원고가 이 사건 아파트 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 종교용에 직접 사용하지 아니하거나 그 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하였다는 이유로 지방세특례법 제50조 제1항 단서에 의하여 면제된 취득세 등을 추징하기로 하여, 2012. 9. 10. 원고에게 취득세 33,182,400원, 농어촌특별세 1,659,120원, 지방교육세 3,070,240원을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 7호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 그 목적사업의 수행을 위하여 000성당에 파견한 000 수녀회 소속 수녀들의 숙소(수녀원 분원)로 사용하기 위해 이 사건 아파트를 취득하여 현재까지 수녀원 분원으로 사용하고 있으므로, 위 아파트는 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산에 해당한다. 따라서 위 아파트에 대하여는 구 지방세특례제한법 제50조 제1항 본문에 따라 취득세 등이 비과세되어야 함에도 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

■ 구 지방세특례제한법(2011. 3. 29. 법률 제10470호로 개정되기 전의 것)

제50조 (종교 및 제사 단체에 대한 면제)

① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.<개정 2010.12.27>

■ 농어촌특별법

제4조 (비과세<개정 2010.12.30>)

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.<개정 1994.12.22, 1995.12.29, 1996.10.2, 1997.8.30, 1997.12.13, 1998.2.24, 1998.9.16, 1998.12.28, 1999.2.5, 1999.12.28, 2000.10.21, 2000.12.29, 2004.7.26, 2009.3.18, 2009.4.1, 2010.3.31, 2010.12.30, 2011.12.31>

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령으로 정하는 것

■ 구 농어촌특별세법 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24441호로 개정되기 전의 것)

제4조(비과세)

⑥ 법 제4조제12호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 감면을 말한다. <개정 1994.12.23, 1994.12.31, 1995.12.30, 1997.8.30, 1997.10.1, 1997.12.31, 1998.12.31, 1999.10.30, 1999.12.31, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.8.14, 2001.12.31, 2002.4.20, 2002.12.30, 2004.12.31, 2005.1.5, 2005.12.31, 2006.2.9, 2008.2.29, 2009.2.4, 2009.4.21, 2009.6.9, 2009.12.15, 2010.2.18, 2010.6.8, 2010.7.9, 2010.9.20, 2010.12.30, 2011.7.14, 2012.2.2, 2012.5.22>

5. 「지방세법」 제9조제2항, 「지방세특례제한법」 제13조제2항제1호(「농어촌정비법」에 따라 국가 또는 지방자치단체의 농업생산기반정비계획에 따라 취득ㆍ소유하는 농업기반시설용 토지와 그 시설물로 한정한다), 제15조제2항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제19조, 제20조, 제21조제1항, 제22조제1항ㆍ제5항, 제22조의2제1항ㆍ제2항, 제22조의3, 제23조, 제28조제1항, 제29조, 제30조제3항, 제31조제1항부터 제3항까지, 제33조, 제34조, 제36조, 제37조, 제38조제1항, 제40조, 제41조제1항ㆍ제5항, 제42조제2항ㆍ제3항, 제43조제1항, 제44조, 제45조제1항, 제46조제1항, 제50조제1항, 제52조, 제53조, 제54조제5항, 제58조의2, 제60조제4항, 제63조, 제66조제3항ㆍ제4항, 제67조제1항ㆍ제2항, 제72조제1항, 제73조제1항ㆍ제2항, 제74조제1항, 제76조제1항, 제79조, 제80조, 제81조제1항ㆍ제2항, 제83조제1항ㆍ제2항, 제85조제1항, 제85조의2, 제88조, 제89조 및 제90조제1항에 따른 감면. 다. 판단

1) 지방세특례법 제50조 제1항 본문은, 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 이 경우 취득한 부동산을 ‘해당 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 그 단체의 사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, 그 사용의 범위는 당해 단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단되어야 한다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두878, 대법원 2006. 1. 13. 선고 2004두9265 판결 등 참조).

2) 살피건대, 앞서 살펴본 바와 같이 원고는 지방세특례법 제50조 제1항 소정의 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 해당한다고 할 것이므로, 나아가 원고가 그 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 아파트를 취득한 것인지에 관하여 보건대, 위 인정사실과 갑 제1, 2, 3, 9 내지 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재와 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 00교구에 속하는 제교회의 유지경영이라는 결성목적의 달성을 위하여 수원교구의 000성당에 000 수녀회 소속 수녀들을 파견받아 00교구의 복음화에 적극 협력하고 주임사제의 사목활동을 보좌하는 직책을 수행하도록 한 것은 위와 같은 종교사업 지원의 일환으로 이루어지는 것이어서 원고의 사업에 해당하는 점, ② 원고와 같은 종교단체는 성직자 등의 인적구성원에 의하여 주로 기능하게 되므로, 000성당에 대한 종교사업 지원 역시 원고가 주임사제의 사목활동 보좌를 위하여 수녀들을 파견하는 등의 방법으로 수행하게 되고, 따라서 위와 같이 성당에 파견되어 종교 활동을 직접 담당하는 수녀들은 원고의 원활한 사업수행에 있어 필요불가결한 존재라 할 것인 점, ③ 더구나 이 사건 아파트가 주로 위와 같이 성당에 파견된 수녀들의 숙소로 사용되었다 하더라도, 단순히 일반적인 숙소용으로만 사용된 것이 아니라, 나아가 실제 위 아파트에서 지역 교우들을 위한 기도모임이나 교리교육, 미사 등의 종교의식이 이루어지는 등 위 수녀들의 공동 수도생활 및 전도생활 공간으로 사용되었던 것으로 보이는 점, ④ 성당 내에 수녀들의 공동 수도생활 공간인 수녀원이 존재하는 경우와 이 사건과 같이 성당 내에 수녀원을 설치할 장소가 없어 부득이 성당 밖에 수녀들의 공동 수도생활 공간을 마련하는 경우를 달리 취급하여야 할 별다른 이유가 없는 점, ⑤ 또한, 이 사건 아파트가 000성당과 동일한 구내에 있지 않고 다소 떨어진 곳에 위치한다 하더라도, 그러한 사정만으로 그 목적사업에 직접 사용되지 않고 있다고 단정할 수도 없는 점(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누7351 판결 참조) 등을 종합하면, 이 사건 아파트는 00교구에 속하는 제교회의 유지경영이라는 원고의 사업 자체에 직접 사용되는 것으로 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 아파트는 지방세특례법 제50조 제1항 본문 소정의 비과세재산에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.