1. 처분의 경위

가. 회생채무자 주식회사 원고 (이하 ‘이 사건 회사’라 한다.)는 2007. 3. 28. 문화예술 관련 온라인 동영상 컨텐츠 개발 제작 및 온라인서비스 제공업, 문화예술 공연 기획 및 제작업, 온라인 공연예술 전문 정보서비스업, 공연물 전문 홍보대행업 등을 목적 사업으로 설립되어 2008. 4. 17. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제25조에 의하여 기술보증기금으로부터 벤처기업 확인을 받은 법인이다. 이 사건 회사는 2010. 7. 27. 서울중앙지방법원으로부터 회생절차의 개시결정을 받았는데, 원고는 그 관리인이다.

나. 이 사건 회사는 2008. 7. 3. 서울 서초구 잠원동 29-3 대 298.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다.) 및 그 지상 5층 건물{지층 면적은 216.52㎡, 1층 내지 5층 면적은 각 148.25㎡(1층 중 주차장 면적 23.1㎡ 포함)로 연면적 합계는 957.77㎡, 전용면적 합계는 934.67㎡임. 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다.}을 41억 원에 취득한 다음 같은 날 이 사건 토지 및 건물이 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 해당한다는 이유로 지방세 감면신청을 하여 「구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다.)」제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의하여 이 사건 토지 및 건물에 대한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세를 면제받았다.

다. 그 후 피고는 2010. 12. 1. 비과세ㆍ감면 현장조사 결과 이 사건 회사가 이 사건 건물 중 지층 216.52㎡를 공실 상태로 방치하고 2층 148.25㎡를 일반음식점으로 사용하고 있음을 확인하고, 2011. 3. 10. 이 사건 회사에 대하여 「구 조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항의 단서 규정에 따라 ‘이 사건 건물의 지층 및 2층 부분을 정당한 사유 없이 유예기간(2년) 내에 당해 사업에 직접 사용하지 않거나 다른 목적에 사용하였다.’는 이유로 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 이 사건 건물의 전용면적 대비 지층 및 2층의 면적 비율로 안분 계산한 가액 1,599,820,000원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 40,507,440원, 농어촌특별세 4,050,730원, 등록세 121,522,320원, 지방교육세 22,384,670원을 부과하는 처분{위 과세처분 중 이 사건 건물의 지층 부분(이하 ‘지층 부분’이라 한다.)에 관한 과세처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다.}을 하였다.

라. 이 사건 회사는 이에 불복하여 2011. 5. 19. 조세심판원에 심판 청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 4. 26. 이 사건 회사의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2, 4, 5호증의 각 기재

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 회사는 이 사건 토지 및 건물을 취득한 이후 2008. 7. 8. 지층 부분을 임차하여 당구장을 운영하고 있던 강정국에게 임대차계약의 기간(2008. 9. 26.까지)이 만료되면 갱신을 하지 않겠다는 통지를 하였고, 2008. 10. 2. 강정국을 상대로 지층 부분에 대한 명도소송을 제기하여 2009. 1. 21. 3500만 원을 지급함과 동시에 강정국으로부터 2009. 3. 4.까지 지층 부분을 인도받는 내용의 조정에 갈음하는 결정을 받았으며, 위 결정이 확정됨에 따라 강정국에게 인도를 요구하다가 2010. 3. 30. 지층 부분의 인도를 구하는 강제집행을 하였으나 채무자 등의 부재로 집행이 이루어지지 않았고, 다시 강정국에게 지속적으로 인도를 요구하다가 2010. 8. 10.에 이르러서야 이사비용으로 1000만 원을 추가로 지급하는 조건으로 지층 부분을 인도받았다. 이러한 과정을 보면 이 사건 회사로서는 지층 부분을 인도받기 위해 모든 법적 절차를 거쳐 최선의 노력을 기울였음에도 강성국의 악의적인 인도 거부로 인해 지층 부분을 인도받는 과정에서 2년의 유예기간을 도과하게 된 것이고, 지층 부분을 인도받은 직후 이를 공연장으로 꾸미는 인테리어 공사를 진행하여 현재 지층 부분을 공연장으로 사용하고 있다. 따라서 이 사건 회사가 지층 부분을 유예기간 2년 내에 목적 사업에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 이 사건 회사가 이 사건 토지 및 건물을 취득하기 이전 강정국은 이 사건 토지 및 건물의 전소유자로부터 지층 부분을 보증금 2500만 원, 월차임 260만 원(부가세 및 관리비 30만 원 별도), 기간 2008. 9. 26.까지로 정하여 임차하는 내용의 임대차계약(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 한다.)을 체결하고 지층 부분에서 당구장 영업을 하고 있었다.

(2) 이 사건 회사는 이 사건 토지 및 건물의 취득 직후인 2008. 7. 8. 강정국에게 ‘이 사건 임대차계약의 기간이 만료되면 계약을 갱신하지 않고 해지하겠다.’는 내용의 통지를 하였다.

(3) 이 사건 회사는 이 사건 임대차계약의 기간이 만료되었음에도 강정국이 지층 부분의 인도를 거절하자 2008. 10. 2. 강정국을 상대로 지층 부분의 인도를 구하는 소송을 제기하였는데, 그 소송 과정에서 2009. 1. 21. ‘ 강정국은 2009. 3. 4.까지 이 사건 회사로부터 3500만 원을 지급받음과 동시에 이 사건 회사에게 지층 부분을 인도한다.’는 내용의 조정에 갈음하는 결정(이하 ‘이 사건 결정’이라 한다.)이 내려졌고, 이 사건 결정은 그 무렵 확정되었다.

(4) 이 사건 회사는, 강정국이 이 사건 결정에서 정한 기한이 경과되었음에도 지층 부분을 인도하지 않자, 2009. 4. 8. 강정국에게 ‘건물 보수를 위해 더 이상 지체할 수 없으니 2009. 4. 20.까지 건물에 부착된 옥외광고를 제거한 후 2009. 4. 22.까지 지층 부분을 인도해 달라. 불응시에는 이 사건 결정에 근거하여 강제집행을 하겠다.’는 내용의 통지를 하였고, 2009. 7. 29.에도 원상회복 및 인도 기한을 2009. 8. 10.까지로 정하여 같은 내용의 통지를 하였다.

(5) 이 사건 회사는, 강정국이 거듭되는 인도 요청에도 불구하고 지층 부분의 인도를 거절하자, 이 사건 결정을 집행권원으로 하여 서울중앙지방법원에 부동산인도 강제집행을 신청하였고, 그에 따라 집행관이 2010. 3. 30. 집행에 착수하였으나 채무자 등의 부재로 집행이 이루어지지 못한 채 종료되었다.

(6) 이 사건 회사는 이후에도 지속적으로 강정국에게 지층 부분의 인도를 요구하다가 2010. 8. 10. 강정국으로부터 이 사건 결정에서 정해진 3500만 원 이외에 이사비용으로 1000만 원을 추가 지급하는 조건으로 지층 부분을 인도받았다.

(7) 이 사건 회사는 2010. 4.경부터 주식회사 고감도(이하 ‘ 고감도’라 한다.)와 지층 부분의 인테리어 공사에 관한 협의를 진행하다가 2010. 8. 10. 지층 부분을 인도받은 직후 고감도에게 인테리어 공사를 의뢰하여 철거 및 전기 공사 등을 시작하는 한편 2010. 8. 24.경부터 누수공사, 같은 달 28.경부터 냉난방기공사, 같은 달 30.경부터 방재공사를 별도로 진행하였는데, 고감도가 2010. 9. 8.경 공사범위 및 금액에 대한 이견으로 공사를 중단한 채 지층 부분에 자재를 방치하면서 정산을 요구하자, 같은 날 고감도에게 ‘타 업체와 인테리어 공사를 진행할 예정이니 2010. 9. 24.까지 자재를 철거해 달라.’는 내용의 통지를 한 후 정산 및 자재 반출 등의 과정을 거쳐 고감도와의 계약관계를 정리한 다음, 2010. 11. 12. 주식회사 지에이치피파크와 인테리어공사 계약을 다시 체결하고 2010. 12.경 공사를 재개하여 2011. 3.경 지층 부분에 공연장을 완공하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 11호증, 을 제7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 「구 조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에 의하면, 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세 및 등록세 등을 면제하되, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대 포함) 하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 하고 있다.

이때 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함하고, 나아가 그 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과세하는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 재산의 취득 목적에 비추어 고유 목적에 사용하는 데에 걸리는 준비기간의 장단, 고유 목적에 사용할 수 없는 법령상 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 취득 재산을 고유 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다( 대법원 2002. 7. 12. 선고 2001두1888 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사정, 즉 ① 이 사건 임대차계약은 이 사건 회사가 이 사건 토지 및 건물을 취득한 날로부터 3개월 내에 기간 만료가 예정되어 있었고 상가임대차보호법의 적용대상도 아니어서 이 사건 회사로서는 이 사건 토지 및 건물의 취득 당시 이 사건 임대차계약의 기간 만료일 이후 합리적인 시간 범위를 넘어서까지 지층 부분의 인도가 지연되리라고 예상하기는 어려웠을 것으로 보이는 점, ② 이 사건 회사는 이 사건 임대차계약의 기간 만료일로부터 6일 만에 지층 부분의 인도를 구하는 소송을 제기하여 이 사건 결정을 받고 위 결정 확정된 이후 지속적으로 임차인에게 인도를 요구하다가 강제집행의 신청까지 하였는데 임차인 등의 부재로 집행이 무위에 그치자 결국 이사비용으로 1000만 원을 추가 지급하여 보증금의 2배에 가까운 금원을 더 지급한 후에야 지층 부분의 인도를 받을 수 있었던바, 이 사건 회사로서는 지층 부분을 인도받아 이를 목적 사업에 사용하기 위해 지속적으로 임의 인도를 유도함과 아울러 필요한 법적 조치를 취하는 등의 진지한 노력을 기울였다고 보아야 할 것인 점, ③ 지층 부분의 임차인은 이 사건 임대차계약의 기간이 만료된 후 약 1년 10개월 이상, 이 사건 결정이 확정되었음을 알고서도 약 1년 6개월 가까이 악의적으로 인도를 지연하다가 상당한 금전적 이익을 취하고서야 점유 부분을 인도한 것인데, 이러한 임차인의 불법행위는 이 사건 회사가 지층 부분을 활용하여 목적 사업을 수행하려는 데에 돌발적이고 예측 불가능한 변수였다고 봄이 상당하므로, 이를 이 사건 회사의 귀책사유로 돌릴 수는 없는 점, ④ 이 사건 회사는 지층 부분을 인도받은 직후 공연장 조성을 위한 공사를 개시한 것으로 보이고, 공사 과정에서 인테리어 공사업자와 분쟁이 발생하여 공사가 상당기간 지연되는 등의 내부적 사정이 발생하였음에도 불구하고 약 7개월 만에 공연장을 완공하여 이를 고유 업무에 사용하고 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 회사가 지층 부분을 유예기간 2년 내에 목적 사업에 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있었다고 봄이 상당하므로, 이와 달리 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

표

(3) 결국 피고가 2011. 3. 10. 이 사건 회사에 대하여 한 과세처분 중 이 사건 처분 부분을 제외한 정당한 세액을 계산하면 아래 표와 같으므로, 이를 초과하는 부분을 취소한다.

3. 결론

따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.