등록세 및 면허세가 개정되어 등록세 면제 관련 조항이 사라졌다 하더라도 적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기에 대해 등록세를 면제하였던 과세관청의 해석에 따라 분할 전 학교법인으로부터 받은 전세권이전등기에 관한 등록면허세는 면제되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 1) 주식회사

신세계(이하 ‘

신세계’라 한다)는 2004. 5. 18. 학교법인

건국대학교(이하 ‘

건국대학교’라 한다)와 서울 광진구

자양동 227-7 일대에 신축 중인

스타시티 준주거지역 내 할인매장 및 운동시설 합계 13,134.55평을 임대차보증금 857억 원, 기간 영업개시일로부터 20년으로 정하여 임차하기로 하는 임대차계약을 체결하였는데, 그 주된 내용은 아래와 같다.

제4조(임대차 면적)

③ 목적물의 최종면적은 준공(또는 사용승인)시에 확정토록 한다.

제5조(임대차기간)

① 임대차기간은 아래 2항의 영업개시일로부터 20년으로 한다.

②

신세계는 목적물의 준공일(또는 사용승인일)로부터 10일 이내에 영업을 시작하여야 한다. 만일,

신세계가 준공일로부터 10일이 지난 뒤에 영업을 시작하는 경우는 준공일로부터 10일째 되는 날을 영업시작일로 본다.

③ 상기 2항에 불구하고 임시사용승인을 받아 영업을 시작할 경우 실제 영업을 시작한 날로부터 임대차기간을 기산한다.

건국대학교는 2006. 12. 말까지 목적물에 대한 사용승인을 득하여야 한다.

2)

건국대학교는 2007. 3. 2. 별지1 목록 기재 부동산에 관하여 그 명의로 소유권보존등기를 마쳤고,

신세계는 2009. 9. 25. 위 부동산 중 지층 및 1층의 각 일부(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 전세금 857억 원, 존속기간 2007. 2. 8.부터 10년으로 하는 전세권설정등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 전세권’이라 한다).

나. 원고는

신세계에서 할인마트 사업부문에 관하여

법인세법 제46조 제2항에 따라 분할(이하 ‘적격분할’이라 한다)되어 2011. 5. 3. 설립된 회사로서 이 사건 전세권을 비롯하여

신세계의 할인마트 사업부문에 관한 자산 및 부채를 포괄적으로 양수하였고, 현재 이 사건 부동산에서

이마트 자양점을 운영하고 있다.

다. 원고는 이 사건 전세권에 관하여 이전등기를 마치기 위하여 2011. 6. 21. 피고에게 전세금액 857억 원에 세율 2/1000를 적용하여 계산한 등록면허세 171,400,000원과 지방교육세 34,280,000원 합계 205,680,000원을 신고ㆍ납부하였고, 2011. 6. 27. 그 명의로 전세권이전등기를 마쳤다.

라. 원고는 2011. 9. 30. 이 사건 전세권의 이전은

조세특례제한법(이하 ‘조특법’이라 한다) 제120조 제1항 제6호에서 규정한

법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격분할로 인하여 취득하는 재산으로서 취득세 면제대상에 해당하는데, 종전의 등록세 중 취득을 전제로 하는 부분을 ‘취득세’로 통합한 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정된 것, 이하 이와 같이 전부개정된 지방세법을 ‘개정 지방세법’이라 하고, 개정되기 전의 지방세법을 ‘개정전 지방세법’이라 한다)의 취지에 비추어 등록면허세의 과세대상에도 해당되지 않는다고 주장하면서 피고에게 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2011. 10. 6. 원고에 대하여 등록면허세의 면제 등에 관한 규정인

조특법 제119조에서 적격분할로 인하여 취득하는 전세권이전등기에 관하여 등록면허세를 면제하는 규정을 두고 있지 않으므로 등록면허세 면제대상에 해당하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2012. 1. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2012. 5. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제5 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1)

조특법은 제119조 제1항 제10호에서 등록세 면제대상의 하나로서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기’를 규정하고 있었고, 이에 따라 과세관청은 ‘적격분할로 인하여 취득하는 전세권에 관한 등기’ 역시 등록세 면제대상으로 인정하여 왔다. 그런데

조특법이 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정(이하 이와 같이 개정된 조특법을 ‘개정 조특법’이라 하고, 개정되기 전의 조특법을 ‘개정전 조특법’이라 한다)되면서 위 제119조 제1항 제10호가 삭제되었는바, 이는 지방세법이 개정되면서 종전의 등록세 중 취득을 원인으로 이루어지는 부분이 취득세로 통합됨에 따라 개정전 조특법 제119조 제1항 각 호에서 등록세 면제대상으로 규정되어 있던 등기 중 취득 또는 양수하는 재산에 관한 등기 부분이 취득세 면제대상에 관한 규정인 조특법 제120조에 포함되었기 때문이다. 따라서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기’가 개정

조특법 제119조 제1항에 등록면허세 면제대상으로 규정되어 있지 않다고 하더라도 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산’을 취득세 면제대상으로 규정하고 있는 개정 조특법 제120조 제1항 제6호에 따라 취득세 뿐만 아니라 등록면허세도 면제된다고 봄이 상당하고, 그렇다면 ‘적격분할로 인하여 취득하는 전세권에 관한 등기’가 ‘적격분할로 인하여 취득한 재산에 관한 등기’에 포함된다고 해석하여 등록세를 면제해 오던 과세관청의 입장에 따라 이 사건 전세권이전등기는 등록면허세 과세대상에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 전세권이전등기는 적격분할로 인하여 전세권이라는 물권의 취득을 원인으로 이루어지는 등기로서

지방세법 제23조 제1호에 따라 등록면허세에서의 등록에 포함되지 아니하는 ‘지방세법 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록’에 해당하므로, 이 사건 전세권이전등기는 취득세의 과세대상일 뿐 등록면허세의 과세대상에 포함되지 아니한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(

대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 참조).

2) 갑 제10 내지 14호증의 각 기재와 이 법원의 기획재정부장관에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 적격분할로 인하여 재산을 취득하고 그에 관한 등기를 마치는 경우 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산’을 취득세 면제대상으로 규정한 개정

조특법 제120조 제1항 제6호에 따라 개정전 지방세법상의 등록세가 포함된 취득세가 면제된다고 할 것이므로, 이 사건 전세권이전등기는 ‘적격분할로 인하여 취득하는 전세권에 관한 등기’를 개정전

조특법 제119조 제1항 제10호에 따른 등록세 면제대상으로 인정하여 온 과세관청의 해석에 따라 등록면허세가 면제된다고 봄이 상당하다.

① 법인의 분할의 경우 분할법인이 분할신설법인으로부터 받은 자산양도손익에 대하여는 법인세가 과세되는 것이 원칙이다. 그러나

구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항,

같은 법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제82조의2는 ㉠ 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 경우로서 분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계되고, 분할법인만의 출자에 의하여 분할하며, ㉡ 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식으로서 그 주식이 분할법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정되고, 분할법인의 주요 지배주주가 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식을 보유하며, ㉢ 분할신설법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 분할법인으로부터 승계받은 사업을 계속하는 등의 요건을 갖춘 적격분할에 있어서는, 분할 전후를 비교하여 법인의 지배구조에 실질적인 변동이 없을 뿐만 아니라 경제적 실질상 기존 사업의 계속성 및 동일성이 유지되어 조세회피의 목적이 없는 진정한 기업구조조정에 해당한다고 판단하여, 분할법인의 자산양도가액을 분할법인의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있도록 하는 과세특례를 규정하고 있다.

② 이러한 적격분할의 특수성을 고려하여 개정전

조특법은 제119조 제1항 제10호에서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기’에 대해 등록세를 면제하도록 규정하였고,

제120조 제1항 제9호에서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산의 취득’에 대해 취득세를 면제하도록 규정하였다. 한편, 과세관청은 이 사건 전세권이전등기와 같이 ‘적격분할로 인하여 취득하는 전세권에 관한 등기’의 경우 이에 관한 명확한 등록세 면제규정이 없음에도 개정전 조특법 제119조 제1항 제10호를 근거로 하여 등록세를 면제해 왔다.

③ 개정전 지방세법은 자산의 거래시 취득세와 등록세를 납부하도록 하고, 등록세와 면허세를 별도의 세목으로 규율하고 있었는데 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되면서 종전의 등록세 중 취득을 전제로 하는 부분은 ‘취득세’로, 취득을 전제로 하지 않는 부분과 면허ㆍ허가ㆍ인가 등에 과세되는 면허세는 ‘등록면허세’로 각 통폐합하되, 취득세의 세율은 종전의 취득세와 등록세의 세율을 단순 합산하여 세부담의 변화가 없도록 하였는바, 이러한 지방세법의 개정은 세원이 같은 세목 및 유사 세목을 통폐합하여 지방세 세목 체계를 간소화함으로써 조세행정의 효율을 증가시키기 위한 것이다.

④ 개정 조특법은 등록세 면제규정인 개정전

조특법 제119조 제1항 각 호에서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기’를 규정한 제10호를 비롯하여 소유권 이전에 관한 등기, 양수 또는 취득하는 재산에 관한 등기 부분(제2호, 제3호, 제5호 후단, 제6호, 제7호, 제11호, 제12호, 제13호 가목, 제16호 다목, 제17호, 제23호, 제24호, 제25호, 제26호, 제27호, 제28호, 제30호)을 모두 삭제하였다. 이는 개정전 조특법하에서 등록세가 면제되던 위 각 등기에 대하여 앞으로는 등록세를 부과하겠다는 취지라기보다는 개정 지방세법이 종전의 등록세 중 취득을 전제로 하는 부분을 취득세로 통폐합함에 따라 취득을 원인으로 이루어지는 위 소유권 이전에 관한 등기, 양수 또는 취득하는 재산에 관한 등기에 대한 등록세는 취득세 면제규정인 개정

조특법 제120조 제1항 각 호,

제2항에 의해 면제가 가능하기 때문인 것으로 보인다.

⑤ 개정전 조특법에서 취득세와 등록세가 함께 열거되어 있던 부분(개정전

조특법 제121조의2 제1항 각 호 외의 부분 중 ‘취득세, 등록세’ 부분, 같은 조 제4항 각 호 외의 부분 본문 중 ‘취득세ㆍ등록세’ 부분, 같은 조 제5항 제1호 중 ‘취득세 및 등록세’ 부분 등)이 개정 조특법에서는 개정 지방세법에 맞추어 ‘취득세’로 변경되었다.

⑥ 행정절차법 제41조 제1항에 의하면, 법령 등을 제정ㆍ개정 또는 폐지(이하 ‘입법’이라 한다)하고자 할 때에는 당해 입법안을 마련한 행정청은 이를 예고하여야 하고, 다만 입법내용이 국민의 권리ㆍ의무 또는 일상생활과 관련이 없는 경우, 입법이 긴급을 요하는 경우, 상위 법령 등의 단순한 집행을 위한 경우, 예고함이 공익에 현저히 불리한 영향을 미치는 경우, 입법내용의 성질 그 밖의 사유로 예고의 필요가 없거나 곤란하다고 판단되는 경우에는 예고를 하지 아니할 수 있다. 따라서 만약 개정 조특법이 개정전

조특법 제119조 제1항에서 ‘적격분할로 인하여 취득하는 재산에 관한 등기’를 규정한 제10호를 비롯하여 소유권 이전에 관한 등기, 양수 또는 취득하는 재산에 관한 등기 부분을 삭제한 이유가 개정전 조특법하에서 등록세가 면제되던 위 각 등기에 대하여 추후 등록세를 부과하겠다는 취지였다면, 이는 그 입법내용이 국민의 의무와 밀접하게 관련이 있는 경우에 해당하므로 입법안을 마련한 행정청으로서는 이러한 내용을 예고하였을 것으로 보인다. 그러나 기획재정부장관이 2010. 8. 25. 기획재정부 공고 제2010-177호로 한 조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고에는 등록세 면제대상의 축소에 관한 내용이 포함되어 있지 않다.

3) 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.