강제성을 띤 채 사업을 추진하도록 부당하게 지시하였다거나, 토지를 취득한 후 이를 직접 사용하지 아니한 채 자회사에 현물출자하더라도 토지 관련 취․등록세를 면제하겠다’라는 등의 공적인 견해를 표명하였음을 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 토지를 취득한 후 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없어, 처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고와 피고(주무부서 : 진천군 농업지원과)는 2005. 1.경 진천광역친환경농업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 함께 추진하기로 합의하고, 2006. 8.경 이 사건 사업 유치위원회를 합동으로 발족하였으며, 2007. 2.경 자연순환농업추진 협약을 체결한 채 이 사건 사업을 추진하였다.

나. 원고는 충북

진천군 문백면 태락리 448 외 3필지 합계 12,089㎡(이하 ‘당초 토지’라 한다)를 이 사건 사업부지로 사용하기 위하여, 2008. 10. 20. 당초 토지의 소유자인

정태희와 사이에 차임 연 600만 원, 임대차기간 30년으로 정하여 임대차계약을 체결하였고, 2009. 2. 18. 피고를 통하여 충청북도지사에게 당초 토지를 이 사건 사업부지로 사용한다는 내용 등을 담은 사업계획서를 제출하여 2009. 3. 11. 충청북도지사로부터 사업계획을 조건부(사업추진계획 등을 체계적으로 수립하고 사업권역을 실제 참여면적으로 조정하여 설정하라는 등의 조건)로 승인받았다.

다. 그런데 충청북도지사가 당초 토지에 관한 농지전용허가가 불가능하다는 입장을 보이자, 피고는 2009. 7. 20.경 원고에게 당초 토지를 이 사건 사업부지로 사용할 수 없음을 통보하였다. 이에 원고는 당초 토지를 대신하여 충북

진천군 문백면 계산리 326-4 외 4필지 합계 27,176㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 취득하기로 하되, 그 취득가액이 농업협동조합 재무기준에 따른 원고의 고정투자 한도(당시 원고의 한도 대비 투자 여유분은 8억 7,000만 원에 불과하였다)를 초과하게 되므로 자회사로 ‘농업회사법인

진천광역 친환경농업주식회사’(이하 ‘이 사건 자회사’라 한다)를 설립하여 이 사건 토지를 이 사건 자회사에 현물출자한 후 이 사건 자회사를 통하여 이 사건 사업을 추진하기로 하고서, 2009. 10. 6. 이 사건 자회사를 설립하는 한편, 2009. 12. 24.부터 2010. 9. 3.까지 사이에 이 사건 토지를 합계 약 27억 원에 취득하고, 2010. 1. 21.부터 2010. 9. 6.까지 사이에 피고에게

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제5항에 따라 그 각 취등록세 감면을 신청하여 이를 모두 면제받았다.

라. 이후 원고는 2010. 5. 12. 피고를 통하여 충청북도지사에게 이 사건 사업주체를 이 사건 자회사로 변경하는 내용의 사업계획변경승인 신청을 하여 2010. 8. 23. 충청북도지사로부터 사업주체변경승인을 받았고, 2010. 12. 8. 이 사건 토지를 이 사건 자회사에 현물출자하였으며[이로써 원고는 이 사건 자회사의 주식 21,883주(1주당 10만 원)를 취득하였다], 그 이후로 이 사건 자회사는 이 사건 토지를 이 사건 사업부지로 사용하고 있다.

마. 피고는 2011. 12. 29. 원고에 대하여 ‘원고가 이 사건 토지를 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 이 사건 자회사에 현물출자 방식으로 매각함으로써

구 지방세법 제266조 제5항 단서에 따라 이 사건 토지에 관하여 면제된 취등록세를 추징할 사유가 발생하였다’라는 이유로, 취득세 42,795,380원, 농어촌특별세 4,279,450원, 등록세 39,961,740원, 지방교육세 7,380,550원을 각 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제17호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1)

구 지방세법 제266조 제5항 단서 요건에 해당하지 않는다는 주장

이 사건 사업은 사실상 국책사업으로서 원고는 피고의 행정지도 등을 신뢰하여 이 사건 사업을 추진했는데, 피고는 갑자기 당초 토지가 아닌 다른 토지로 이 사건 사업부지를 변경하라고 일방적으로 통보하였고, 이에 원고로서는 당초 토지처럼 넓으면서 장기로 임차할 수 있는 토지 또는 그 취득가액이 원고의 고정투자 한도 범위 내인 토지를 구하기 어려워 이 사건 사업 추진에 난항을 겪다가 겨우 이 사건 토지를 물색하기는 하였으나 그 취득가액이 원고의 고정투자 한도를 초과하므로 이 사건 토지를 원고 소유로 한 채 이 사건 사업을 추진할 수는 없는 상황에 처하였다. 이에 원고는 피고의 행정지도 및 지원 아래 이 사건 사업부지로서 이 사건 토지를 취득하되 불가피하게 이 사건 자회사를 설립한 후 이 사건 토지를 이 사건 자회사에 현물출자하여 이 사건 자회사를 통하여 이 사건 사업을 추진하기로 하였다.

비록 원고가 이 사건 토지를 이 사건 자회사에 현물출자하기는 하였으나, 원고가 이 사건 자회사를 설립한 것은 피고의 사업계획 변경 지시 등에 따른 불가피한 조치였던 점, 원고가 이 사건 자회사의 모든 의사결정을 하면서 이 사건 자회사를 통하여 이 사건 토지를 이 사건 사업에 그대로 사용하고 있는 점 등에 비추어 원고가 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있고, 나아가 이는

구 지방세법 제266조 제5항에 따른 취등록세 면제 취지에 부합하여 원고가 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하는 것과 경제적 실질이 동일하다고 볼 수 있으므로,

구 지방세법 제266조 제5항 단서 요건에 해당하지 아니한다.

2) 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장

위와 같이 원고는 이 사건 사업에 관한 사실상의 의사결정권을 가진 피고의 지도 및 지시사항을 신뢰한 채 사실상 국책사업인 이 사건 사업을 현재까지 추진하여 왔는데, 이 사건 사업부지를 당초 토지에서 이 사건 토지로 변경할 것을 지시한 피고가 정작 조세를 부과함에 있어서는 이에 반하는 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 자회사는 2010. 12. 8. 원고로부터 이 사건 토지를 현물출자 방식으로 취득한 후, 2010. 12. 27. 피고에게

구 지방세법 제266조 제7항 제1호에 따라 그 각 취등록세 감면을 신청하여 이를 모두 면제받았다.

2) 이 사건 자회사는 사업비의 90%를 정부보조금 등으로 지원받으면서 이 사건 토지에서 이 사건 사업을 계속 진행하고 있는바, 이 사건 자회사에는 그 지분 82.74%를 보유한 최대 주주인 원고 이외에도 20명 이상의 소액 주주들이 있고, 이 사건 자회사의 정관 제4조 제3항에서는 ‘이 사건 자회사는 이사회 개최 전 이 사건 사업 및 운영 전반에 대해 원고와 협의하여 승인을 얻은 후 이사회 안건으로 상정하여 이 사건 사업을 추진한다’라고 규정하고 있다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제14호증, 갑 제16호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 처분사유의 존부

가)

구 지방세법 제266조 제5항 본문에서는 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에서 “다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하고 있고, 피고는 ‘원고가 이 사건 토지를 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 이 사건 자회사에 현물출자 방식으로 매각하였다’라는 이유로

구 지방세법 제266조 제5항 단서 후단에 따라 원고에 대하여 이 사건 처분을 하였다.

나) 이에 대하여 원고는 이 사건 사업 추진 경위 및 이 사건 자회사 설립 경위 등에 비추어 원고가 이 사건 자회사를 통하여 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용한다고 볼 수 있으므로 이 사건 처분사유가 존재하지 않는다고 주장하는바, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 원고는 당초 사업주체로서 이 사건 사업을 직접 추진하다가 당초 토지를 사업부지로 사용할 수 없어 사업부지를 이 사건 토지로 변경하게 되면서 고정투자 한도 초과 문제로 이 사건 사업을 직접 추진할 수는 없는 입장에 처하자 이 사건 자회사를 설립하여 사업주체를 이 사건 자회사로 변경하고 이 사건 자회사로 하여금 이 사건 토지를 취득하여 이 사건 사업을 추진하도록 한 점, 이 사건 사업은 상당한 정부보조금이 지원되는 사업이므로 원고는 위와 같은 일련의 과정에서 계속하여 피고와 긴밀하게 협의하여 온 점, 원고는 이 사건 자회사의 최대 주주로서 실질적으로 이 사건 자회사를 운영하여 온 점 등은 인정할 수 있으나, 이러한 사정을 모두 고려하더라도 이 사건 자회사는 원고와 법인격을 달리하는 독립한 권리의무의 주체이고 이 사건 사업주체는 원고가 아닌 이 사건 자회사인 점, 원고가 이 사건 토지를 이 사건 자회사에 현물출자함으로써 이 사건 토지 소유권의 귀속주체도 원고에서 이 사건 자회사로 변경된 점 등에 비추어 이 사건 자회사가 이 사건 사업주체로서 자신 소유의 이 사건 토지를 사용하는 것을 두고 원고가 이 사건 자회사를 통하여 이 사건 토지를 직접 사용하고 있다고 볼 수는 없으므로,

구 지방세법 제266조 제5항 단서 후단에 따른 이 사건 처분사유는 존재한다고 봄이 타당하다.

다) 또한, 원고는 이 사건 사업 추진 경위나 이 사건 자회사 설립 경위 등에 비추어 원고가 이 사건 토지를 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다고 주장하는데, 정당한 사유의 존부는

구 지방세법 제266조 제5항 단서 후단에 따른 처분의 요건에 해당하지 아니하고, 설령 이를

구 지방세법 제266조 제5항 단서 전단에 따른 처분사유가 존재하지 않는다는 주장으로 선해하여 판단하더라도, 원고는 당초부터 고정투자 한도 초과로 말미암아 자신이 이 사건 토지를 직접 사용할 수 없음을 알면서도 이 사건 토지를 취득하였고, 이 사건 사업 추진 경위 등을 모두 고려하더라도 이 사건 토지 취득에 따른 유불리는 원고 자신의 책임에 해당하는 문제로 보일 뿐인 점(더구나 원고로서는 이 사건 토지를 직접 취득한 후 이 사건 자회사에 현물출자하는 방식 대신 당초부터 이 사건 자회사로 하여금 직접 이 사건 토지를 취득하도록 할 수도 있었을 것으로 보인다) 등에 비추어 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 신의성실의 원칙 위배 여부

가) 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여서는, 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고, 한편, 조세법령의 규정내용 및 행정규칙 자체는 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니한다(

대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조).

나) 이 사건에서 살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 이 사건 사업은 그 사업비의 90%를 정부보조금 등으로 지원하는 사업으로서 그 계획 수립 단계에서부터 피고가 적극적으로 관여하면서 그 이후 이 사건 사업 추진과정에서도 지속적으로 원고와 피고, 그리고 이 사건 자회사와 피고가 상호 긴밀하게 협력협의하여 왔고, 당초 토지를 이 사건 사업부지로 사용할 수 없게 된 사정이나 이 사건 자회사 설립 경위, 이 사건 자회사가 이 사건 토지를 취득하여 새로운 사업주체가 된 경위 등에 관하여서도 원고와 피고 등이 상호 협의한 점 등은 인정할 수 있으나, 피고가 강제성을 띤 채 원고로 하여금 위와 같은 방식으로 이 사건 사업을 추진하도록 부당하게 지시하였다거나, 피고가 원고에 대하여 ‘원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이를 직접 사용하지 아니한 채 이 사건 자회사에 현물출자하더라도 이 사건 토지 관련 취등록세를 면제하겠다’라는 등의 공적인 견해를 표명하였음을 인정할 아무런 증거가 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.