다. 원고는 위 신고 당일인 2010. 10. 26.에 등록세 등을, 2010. 11. 23.에 취득세 등을 각 납부하였다{

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2011. 1. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 5. 16. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 취득세 등 처분

원고는 2005. 4. 10.

2) 이 사건 등록세 등 처분

이 사건 등록세의 과세표준에 쟁점 재평가차익 39,493,932,051원이 포함된 것은 지방세법 제130조 제3항 단서에 따른 자산재평가임을 전제로 하는 것이나, 위 규정은 취득 시점부터 등록 시점까지 사이에 발생한 자산재평가법에 의한 자산재평가만을 의미한다. 그러나 원고는 이 사건 부동산의 취득 시점 이전인 2009년 한국채택 국제회계기준(K-IFRS)에 따라 쟁점 재평가차익을 계상한 것이므로, 위 지방세법 규정에 따른 자산재평가에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 등록세의 과세표준에서 쟁점 재평가차익은 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2005. 10. 4.

2) 한편, 원고는 2006. 3. 1.부터 이 사건 매매약정에 따른 매매완결일 전일인 2010. 10. 31.까지

3) 원고는

및 농어촌특별세 24,295,860원을 원고로부터 받아 이를 납부하였고, 2007. 3. 10. 추가된 취득세 과세표준 4,439,749,785원에 대한 취득세 44,397,490원, 농어촌특별세 4,439,740원을 수정신고하면서, 2007. 4. 23. 원고로부터 이를 지급받아 납부하였다.

4) 원고는 이 사건 매매약정 당시 이 사건 건물의 소유권이 원고에게 이전된 것은 아니지만 실질적으로 자산의 소유에 따른 위험과 보상이 모두 원고에게 이전된 것으로 보아 이 사건 건물을

으로 계상하였다(을 제5호증의 2 참조).

5) 원고는 2009년 한국채택 국제회계기준을 적용하여 유형자산인 이 사건 토지에 대하여 재평가모형을 선택하여 종전 장부가액 65,183,717,949원을 2009. 12. 31. 현재 104,677,650,000원으로 재평가함으로써 쟁점 재평가차익 39,493,932,051원이 발생하였다(을 제6호증 참조).

6) 원고는 2010. 10. 26.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 7(가지번호 포함, 이하 같다), 8 내지 10호증, 을 제3, 5 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 취득세 등에 관하여

가) 취득세는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 납세의무가 성립하고(

나) 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하는데(

다) 먼저, 쟁점 리모델링 비용이 원고의 이 사건 취득세 등의 과세표준에 포함되는지에 관하여 본다. 위 비용은 지방세법 시행령 제82조의 2 제1항에 따라 원고가 이 사건 건물 중 대수선으로 개량된 부분을 취득하기 위하여 제3자인

, 원고 법인의 결산서(대차대조표)에 증가된 장부가액으로 반영되어 실제 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 인정되므로, 이 사건 취득세 등의 과세표준에 포함된다. 비록

. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 쟁점 감가상각비가 이 사건 취득세 등 과세표준에서 공제되어야 하는지에 관하여 살펴본다. 통상의 경우 취득세는 취득 당시의 가액으로 정하게 되므로, 취득 시점에 지출한 공사비용 등이 일정 기간의 경과를 전제로 하는 감가상각비에 의하여 공제될 가능성은 높지 않다. 그러나, 납세자가 취득에 필요한 비용을 투입한 시점(2006년)과 실제 취득한 시점(2010. 10. 26.) 사이에 상당한 시차가 존재하는 이 사건과 같은 경우에는 해당 취득비용에서 법인 결산서에 의한 정당한 감가상각비를 공제하고 남은 잔존 장부가액을 지방세법 제111조 제5항 제3호, 같은 시행령 제82조의 3 제1항 제2호에 의한 ‘사실상의 취득가격’으로 보아야 할 것이다. 그와 같이 해석하지 아니하면 만약

마) 이에 따른 이 사건 취득세의 과세표준은 116,181,728,580원(매매대금 910억원 + 중개수수료 15억원 + 쟁점 리모델링 비용 29,051,705,934원 - 쟁점 감가상각비 5,369,977,354원)이 되므로, 정당한 취득세액은 2,323,634,571원(116,181,728,580원 × 2%), 농어촌특별세액은 232,363,457원(2,323,634,571원 × 10%)이 된다.

2) 등록세 등 처분에 관하여

가) 등록세의 과세표준도 등기 당시의 가액으로 하는데(지방세법 제130조 제1항), ① 위 과세표준은 등기자의 신고에 의한 가액으로 하거나, ② 신고가 없거나 신고가액이 시가표준액에 미달한 경우 시가표준액으로 하되(같은 조 제2항), ③ 지방세법 제111조 제5항에 해당하는 경우에는 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다(제130조 제3항 본문). 다만, 등기 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다(같은 조 제3항 단서). 양도 전의 소유자가 하는 자산재평가나 감가상각은 취득 당시의 사실상의 취득가액에 그대로 반영되게 되므로, 위 규정에서 말하는 ‘자산재평가’는 취득시기 이후부터 등록 시점까지 사이에 자산재평가를 하거나 감가상각을 함으로써 당초 취득세의 과세표준과 등록세의 과세표준 사이에 차이가 발생할 경우 그 경제적 실질에 맞추어 등록세의 과세표준을 수정하겠다는 취지로 해석된다. 나아가, 여기서 말하는 자산재평가는 세법에 의하여 인정된 자산재평가를 의미하는 것이지, 기업이 임의로 행한 자산재평가는 이에 해당한다고 볼 수 없고, 국제회계기준에 따라 이루어진 자산재평가라도 마찬가지라 볼 것이다5)5) 법인세법은 자산 평가차익이나 평가차손을 익금이나 손금으로 인정하지 아니함으로써 과세소득을 장부상 자산평가로 조작하는 것을 엄격하게 제한하고 있다. 다만, 자산재평가법은 일정한 자산에 한하여(제5조) 재평가차액을 계상할 수 있도록 하여(제8조 제1항) 법인이 자기자본비율 등 재무구조를 건실하게 하면서도, 해당 재평가차액에서 이월결손금을 공제한 금액을 재평가세의 과세표준으로 함으로써(제12조), 결손이 누적된 법인의 세부담을 완화하고 있다. 자산재평가로 변경된 가액을 과세표준으로 하는 지방세법 제130조 제3항 단서는 1995. 12. 6. 개정법률에 신설된 조항으로 2009년경 도입된 국제회계기준과는 입법적 배경이 무관하다.

.

나) 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 쟁점 재평가차익은 원고가 이 사건 토지를 취득하기 이전에 국제회계기준상 재평가모형을 선택함에 따라 발생한 것으로, 자산재평가법에 의한 자산재평가가 아니고, 이 사건 토지를 취득한 이후 등록 시점 사이에 이루어진 자산재평가도 아니다. 따라서 쟁점 재평가차익은 이 사건 등록세의 과세표준에서 제외되어야 하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

다) 이에 따라 이 사건 등록세의 과세표준은 116,181,728,580원(매매대금 910억원 + 중개수수료 15억원 + 쟁점 리모델링 비용 29,051,705,934원 - 쟁점 감가상각비 5,369,977,354원6)6) 참고로, 이 사건 등록세의 과세표준에서 쟁점 감가상각비가 공제되는 것은 지방세법 제130조 제3항 단서에 따른 것이 아니라, 앞서 본 바와 같이 취득세의 과세표준에서 쟁점 감가상각비가 공제되는 결과에 기인한다.

)이 되므로, 정당한 등록세액은 2,323,634,571원(116,181,728,580원 × 2%), 정당한 지방교육세액은 464,726,914원(2,323,634,571원 × 20%)이 된다7)7) 다만, 원고는 청구취지에서 정당한 등록세액을 2,165,658,841원으로 기재하고 있으나, 이는 세액산출착오인 것으로 보이고, 원고 스스로도 2,323,634,571원이 정당한 등록세액이라고 인정하고 있다(원고 2012. 12. 31.자 준비서면 5쪽, 6쪽 참조).

.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.