‘주주 등인 임원’이라 함은 법인세법시행령 제42조 제1항, 제43조 제6항 제1호 내지 4호를 종합하여 볼 때 주주·사원 또는 출자자로서 등기나 정관에 기재된 임원은 아니나 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자를 포함하므로, 법인세법시행령 106조 제1항 제1호 단서에서 정한 인정상여 처분의 상대방이 되는 대표자로 보아 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가.

주식회사 넥스코프(이하 ‘

넥스코프’라 한다)는 소프트웨어 개발 및 공급 서비스 등을 목적으로 2004. 11. 19. 설립된 회사이다.

나.

넥스코프는 2007년 2기 과세기간 내에

주식회사 대한마이크로시스템(이하 ‘

대한마이크시스템’이라 한다)으로부터 공급가액 합계 6억 원인 세금계산서 3매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)을 수취한 다음 위 공급가액을 2007년 2기분 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제하고, 2007년 사업연도 매출원가(외상매입금)로 계상하였다. 또한,

넥스코프는 2008. 1. 8.

대한마이크로시스템 계좌로 1억 3,200만 원(이하 ‘이 사건 지급금액’이라 한다)을 입금하고, 나머지 잔액은

대한마이크로시스템에 대한 미지급금으로 계상하였다가 2009. 3. 12.경 폐업하였다.

다.

삼성세무서장은 2010. 6.경

넥스코프에 대한 자료상 혐의자 조사를 한 결과, 이 사건 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 2007년 2기분 부가가치세 매입세액을 불공제하고, 2008년 사업년도 법인세 경정시 이 사건 지급금액을 손금불산입하였으며, 원고를

넥스코프의 실질적인 대표자로 보아 상여로 소득처분한 후 2010. 7. 피고에게 인정상여 자료를 통보하였다.

라. 이에 피고는 2011. 8. 18. 원고에 대하여, 2008년 귀속 종합소득세 51,267,460원(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다) 및 2008년 귀속 지방소득세 5,126,740원(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다)을 경정·고지하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2011. 11. 10. 이의신청을 거쳐 2012. 3. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 6. 11. 기각결정을 받고, 2012. 9. 10. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 지방소득세 부과처분 취소 청구 부분에 관한 판단

직권으로 이 사건 소 중 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소 청구 부분의 적법 여부에 관하여 본다.

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제177조의4 제1항,

제2항,

제5항에 따르면, 소득세할 주민세(현행 지방세법상 소득세분 지방소득세에 해당한다)는 소득세의 납세지를 관할하는 시장 군수(특별시 광역시의 경우에는 구청장, 이하 같다)에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정 결정 등에 따라 부과 고지 방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과 고지하더라도 이는 해당 시장 군수가 부과 고지한 것으로 본다고 규정하고 있다. 따라서 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 원고의 소득세 납세지를 관할하는 시장 군수가 되어야 한다(

대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조).

살피건대, 갑 제1호증의 2 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 이 사건 지방소득세 부과처분은

지방세법 제172조의 규정에 따른 소득세할 주민세인 사실을 인정할 수 있는바, 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 상대방은 위와 같은 관계법령에 따라 원고의 소득세 납세지를 관할하는 광진구청장이 되어야 한다.

따라서 이 사건 소 중 피고를 상대로 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 것은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 종합소득세 부과처분 취소 청구 부분에 관한 판단

가. 원고의 주장

아래 [표]와 같이,

대한마이크로시스템즈는

시너지씨엔씨(주)로부터 공급가액 11억 3,000만 원인 세금계산서를 매입한 후, ㈜

키즈컴에 공급가액 5억 5,000만 원의,

넥스코프에 공급가액 6억 원의 매출 세금계산서를 발행하고, (주)

키즈컴으로부터 공급가액의 20% 정도인 1억 2,100만원(공급가액 1억 1,000만 원+세액 1,100만 원)을,

넥스코프로부터 공급가액의 20% 정도인 1억 3,200만 원(공급가액 1억 2,000만 원+세액 1,200만 원)을 입금받고, 위 금액 합계 2억 5,300만 원에서 거래 차익 440만 원을 공제한 나머지 2억 4,860만 원(=공급가액 2억 2,600만 원+세액 2,260만 원)을

시너지씨엔씨 주식회사 계좌로 입금하였다.

즉

넥스코프가대한마이크로시스템즈 계좌로 입금한 이 사건 지급금액은, 최종적으로

시너지씨엔씨에 입금되어 귀속이 분명한 ‘기타 사외유출’에 해당하므로, 이를 대표자에 대한 상여로 처분할 수 없다.

또한, 원고는

넥스코프의 임원이나 종업원이 아니어서 인정상여 처분의 대상이 될 수 없다.

나. 관계 법령

별지. 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 갑 제3, 6 내지 8호증, 을 제4 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

①

주식회사 시너지씨엔씨(이하 ‘

시너지씨엔씨’라 한다)는 2000. 2. 8. 기업전산 컨설팅업 등을 목적으로 설립된 법인이고,

주식회사 넥서브(이하 ‘

넥서브’라 한다)는 2000. 7. 15. 소프트웨어 관련 개발 및 서비스 사업을 목적으로 설립된 법인인데, 원고는

넥스코프와시너지씨엔씨의 모기업인

넥서브의 대표이사이며,

한종민은

시너지씨엔씨의 대표이사이다.

②

유종필은넥스코프 주식 6,999주(69.99%)를 소유하고 있는데, 2004. 11. 8. 원고에게, ‘

넥스코프 설립시 발행하는 10,000주 중 6,999주를 인수하되 형식상 명의는

유종필로 하여 보관하기로 하고 원고가

넥스코프에 대해 실제 주주로서 권리 일체를 보유 및 행사한다’는 취지로 ‘주식보관합의서’를 작성하여 교부하였다.

③ 2010. 6.경

삼성세무서장의 조사 당시, 원고는 ‘이 사건 세금계산서와 관련하여 본인이

넥서브 및

넥스코프의 사실상 대표로서 실질적인 모든 권리행사를 한 것임을 확인한다,

넥스코프는넥서브의 사실상 계열회사로

넥서브 전대표

유종필의 해외출국 이후

넥서브의 경영지원본부에서

넥스코프의 법인인감 및 법인통장 등을 사실상 관리하면서 자금집행을 하였다’는 취지로 확인서를 작성하였다.

2007년 10월부터 2008년 10월까지

넥스코프의 과장으로 근무하였던

임찬형도 원고가

넥스코프의 자금집행, 계약관리, 인감관리를 하였고

넥스코프와 같은 형태로 여러 회사(글로넥스에너지자원,

시너지씨엔씨 등)를 거느리고 실질경영 및 업무를 추진하였다고 진술하고,

넥서브에서 2005년 7월부터 2008년 8월까지 총무, 경리 등 일반관리업무를 담당하였던 이연수도

넥스코프는넥서브의 시스템 컨설팅에 필요한 인력 및 서비스를 섭외하며 제공하는 아웃소싱협력업체였는데, 2006년말

넥스코프 대표이사

유종필이 장기간 해외로 나가게 되자

넥스코프 일반관리 업무를

넥서브 기획관리팀에서 이관받게 되었다고 진술하였다.

④ 원고는, ‘2007. 10. 4.경

한종민과 공동하여

시너지씨엔씨 사무실에서

대한마이크로시스템즈에 공급가액 합계 11억 3,000만 원 상당의 허위 매출세금계산서 3매를 교부하고, 2007. 10. 1.경

넥스코프 사무실에서

대한마이크로시스템즈로부터 공급가액 합계 6억 원 상당의 허위 매입세금계산서 3매(이 사건 세금계산서)를 교부받았다’는 범죄사실로 기소되어 2011. 7. 14. 유죄판결(서울중앙지방법원 2011고단3040)을 선고받고, 항소(서울중앙지방법원 2011노2660)하였으나 2011. 10. 21. 기각판결을 선고받았으며, 재차 상고(대법원 2011도14917)하였으나 2012. 1. 12. 기각판결을 선고받아 1심 판결이 그대로 확정되었다.

⑤

한성욱은 2007. 10. 16.부터

넥스코프 대표이사로 등기부상 등기되어 있는데, 이 사건 세금계산서와 관련하여, ‘원고의 요구에 따라 대표이사로 등재되어 있지만 실제 전략컨설턴트로 전략컨설팅 업무만 담당하고, 자금관리 및 세금계산서 발행과 같은 세무회계관리는

넥서브의 경영관리팀에서 전담하였다’는 사실이 인정되어 검찰로부터 조세범처벌법 위반에 관하여 무혐의 처분을 받았다.

2)

법인세법 제67조,

구 법인세법시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법시행령’이라 한다) 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다’고 규정하고 있는바, 대표자 인정상여 제도는 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계 없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 소득세를 납부할 의무가 있다(

대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조)

살피건대,

넥스코프가 2008. 1. 8.

대한마이크로시스템 계좌로 1억 3,200만 원을 입금하였음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 원고 주장과 같이

대한마이크로시스템즈에서

시너지씨엔씨로 이 사건 지급금액이 입금되었는지 인정할 수 있는 증거가 없다.

여기에 위 인정사실에서 본 바와 같이,

넥스코프,

시너지씨엔씨는 모두 원고가 대표이사로 있는

넥서브의 자회사로 원고는 거래실적을 부풀리기 위하여 이 사건 세금계산서와 관련된 거래를 주도한 점, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 발행된 것으로 이 사건 지급금액이

넥스코프에서

대한마이크로시스템즈를 거쳐 다시

시너지씨엔씨로 입금되었다 하더라도 이러한 금원의 지급은 거래 외형을 만들어 주는 것에 불과할 뿐 모두 실제 거래의 대가가 아닌 점, 이 사건 지급금액이 최종적으로

시너지씨엔씨로 입금되었는지도 불분명하고, 원고 주장과 같이

시너지씨엔씨 계좌에 입금되었다 하더라도 원고가

시너지씨엔씨,

넥스코프를 모두 운영하고 있어 금원이 실제로 최종적으로

시너지씨엔씨에 귀속되었다고 할 수도 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 지급금액은 사외유출되었으나 귀속이 분명하다고 할 수 없다.

따라서 이 사건 지급금액은 사외에 유출되었으나 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에 해당한다.

3)

법인세법시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속되는 것으로 보면서, 다만 괄호 안에 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발생주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다고 규정하여, 대표자가 아니면서 사실상 대표자로 간주할 수 있는 경우를 위 규정의 괄호 안의 사유로 제한하고 있다. 한편, 위 규정에서 말하는 ‘주주 등인 임원’이라 함은

법인세법시행령 제42조 제1항,

제43조 제6항 제1호 내지

4호를 종합하여 볼 때 주주·사원 또는 출자자로서 등기나 정관에 기재된 임원은 아니나 사실상 경영에 참여하여 경영전반의 의사결정과 집행에 적극적으로 참여하거나 회계와 업무에 관한 감독권을 행사하는 자를 포함한다.

살피건대, 위 인정사실에 나타난 바와 같이, 원고는

유종필에게

넥스코프 주식 69.99%를 명의신탁 하였을 뿐 실제로 위 주식을 소유하고 주주로서 권리를 행사하는 주주이고,

넥스코프의 모회사인

넥서브의 대표이사로서

넥서브 및

넥스코프의 모든 업무집행에 관하여 실질적인 경영권을 행사했으며,

넥스코프 대표이사

한성욱은 원고에 의하여 선임되어 전략컨설팅 업무만 담당한 명목상 대표이사에 불과하고, 원고는 자신의 의사에 따라

넥서브의 경영관리팀을 통해

넥스코프까지 운영하였는바, 원고는 주주 등인 임원으로서

넥스코프 경영을 사실상 지배하고 있다고 봄이 상당하다.

따라서 원고를

법인세법시행령 106조 제1항 제1호 단서에서 정한 인정상여 처분의 상대방이 되는 대표자로 보아 한 이 사건 처분은 적법하고, 이 부분 원고 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2008년 귀속 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.