1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 11. 4. 소외 주식회사 금강에스디씨와 관리형토지신탁계약을 체결하고 위 회사가 시행하는 김포시 장기동 김포한강신도시 택지개발지구 AC-09블록 62,023.22㎡ 지상 임대아파트(이하 ‘이 사건 임대아파트’라고 한다) 건설사업을 위탁받아 2009. 11. 6. 피고로부터 사업계획 변경승인을 받았다.

나. 원고는 2009. 11. 20.경 이 사건 임대아파트의 착공에 들어가 2012. 1. 19.경 이를 완공하고 2012. 2. 8. 피고로부터 사용검사필증을 받은 다음, 2012. 2. 27. 피고에게 취득세 4,442,585,980원, 지방교육세 253,862,050원, 농어촌특별세 317,327,570원 합계 5,013,775,600원을 신고납부하였다.

다. 이 사건 임대아파트는 전용면적 107.59㎡ 420세대, 100.46㎡ 76세대, 107.57㎡ 140세대, 107.21㎡ 119세대, 112.46㎡ 252세대로, 임대기간을 2012. 2. 9.부터 2022. 2. 9.까지 10년간으로 하는 임대아파트이고, 원고는 2009. 11. 12. 강남구청장으로부터 임대사업자등록증을 받은 임대사업자이다.

라. 원고는 이 사건 임대아파트의 취득에 대하여 구 경기도 도세감면 조례(2009. 12. 31. 경기도 조례 제3999호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조례’라고 한다) 제19조 제1항 제2호가 적용되어야 한다고 주장하면서 2012. 3. 9. 피고에게 이미 납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2012. 5. 8. 이를 거부하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

원고는, 지방세특례제한법 부칙(제10220호, 2010. 3. 31.) 제3조에서 "이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정(종전의 「지방세법」제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다."고 규정하고 있으므로, 이 사건에 구 조례 제19조 제1항 제2호가 적용되어야 하고, 위 조례규정에 따른 감면을 거부한 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

이에 대하여 피고는, 조례 부칙(제3999호, 2009. 12. 31.) 제2조에 그 유효기간이 2010. 12. 31.까지로 명시되어 있으므로 이 사건에는 구 조례가 적용될 수 없고, 납세의무가 성립한 2012. 2. 8. 적용될 구 지방세특례제한법(2012. 10. 2. 법률 제11487호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제31조 제1항 제2호에 따르면 이 사건 임대아파트는 취득세 감면대상에 해당하지 아니하므로 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

원고에게 구 조례 제19조 제1항 제2호가 적용될 경우 원고가 구 조례 제19조 제1항 제2호의 감면요건을 갖추고 있다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건에서는 구 조례 제19조 제1항 제2호의 적용 여부만이 문제 된다.

살피건대, 도세의 과세 또는 감면에 관한 조례가 개정된 경우에는 개정 전후의 규정 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 함이 원칙이지만, 도세의 과세 또는 감면에 관한 조례가 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 또는 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우 종전 조례를 적용해야 하고, 이는 납세의무는 각 세법이 정한 과세요건이 완성된 당시의 법령을 적용한다는 일반원칙에도 불구하고 위와 같은 기득권 또는 신뢰보호라는 특별한 이유에 근거하여 그에 대한 예외적 조치로서 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 그대로 적용한다는 것이므로, 위 법리의 적용은 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연한 전제로 한다( 대법원 1997. 6. 27. 선고 96다52984 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두15039 판결 등 참조).

이 사건의 경우 조례 부칙을 통하여 실질적으로 도세의 과세 또는 감면에 관한 조례 규정의 적용시한을 연장하면서 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따르도록 규정하여 왔던바, 이에 비추어 조례 부칙(제3999호, 2009. 12. 31.) 제2조에서 유효기간을 규정하고 있더라도 이로써 종전의 유리한 규정 적용에 대한 납세의무자의 신뢰를 보호할 필요가 없다고는 볼 수 없고, 또한 지방세특례제한법 부칙(제10220호, 2010. 3. 31.) 제3조에서는 "이 법 시행 전에 종전의 지방세법의 규정(종전의 「지방세법」제9조에 따른 조례를 포함한다)에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다."고 규정하고 있는바, 이는 납세의무자의 기득권 또는 신뢰보호를 위해 특별히 둔 경과규정에 해당하므로, 구 조례가 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되었다고 하더라도 위 경과규정에 따라 원고에게 유리한 구 조례 제19조 제1항 제2호를 적용해야 한다. 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.