1. 처분의 경위

가. 원고는 원고 소유의 00 0구 00동 111-2, 111-3 토지 및 그 지상 공장건물(이하 ‘이 사건 수용부동산’이라고 한다)이 0000 택지개발사업(이하 ’이 사건 사업‘이라고 한다)의 사업지구에 편입됨에 따라 사업시행자인 한국토지구택공사로부터 수용보상금을 지급받았다.

나. 원고는 2012. 7. 20. 00 00군 00면 00리 208-1 외 1필지에 연면적 2,790.97㎡의 공장건물(이하 ‘이 사건 대체부동산’이라고 한다)을 신축하여 취득하고, 2012. 8. 10. 피고에게 이 사건 대체부동산의 취득가액 및 과세표준을 1,839,798,328원으로 기재하여 취득세 51,514,350원, 농어촌특별세 3,679,590원 및 지방교육세 2,943,670원 합계 58,137,610원을 신고하였다.

다. 원고는 피고에게 이 사건 수용부동산이 수용됨에 따라 이 사건 대체부동산을 대체취득하였음을 이유로 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세의 면제를 신청하였으나, 피고는 ‘토지수용으로 부동산의 소유권을 상실한 자가 다른 부동산을 대체취득하는 경우 「지방세특례제한법」제73조 제1항에 따라 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산에 관한 건축허가를 받은 경우에 대체취득에 따른 취득세가 면제되는데, 원고는 이 사건 사업의 사업인정고시일(2009. 2. 6.) 이전에 건축허가를 받았다’는 이유로, 2011. 8. 13. 원고에 대하여 취득세 51,514,350원, 농어촌특별세 3,679,590원 및 지방교육세 2,943,670원 합계 58,137,610원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정된 구 택지개발촉진법(2011. 5. 30. 법률 제10764호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항에서는 같은 법 제3조에 따른 택지개발예정지구의 지정·고시가 있은 때에 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다고 규정하였고, 2011. 5. 30. 법률 제10764호로 개정된 택지개발촉진법 제12조 제2항에서는 ‘택지개발예정지구’를 ‘택지개발지구’로 변경하고 같은 법 제3조에 따른 택지개발지구의 지정·고시가 있는 때에 사업인정고시가 있는 것으로 본다고 규정하면서, 부칙<법률 제10764호, 2011. 5. 30> 제3조에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 제3조에 따라 지정된 택지개발예정지구에 대하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있는바, 이 사건 사업의 사업인정고시일은 위 부칙 규정에 의하여 종전 규정인 2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정된 택지개발촉진법 제12조 제2항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)이 적용되어 택지개발예정지구의 지정·고시가 있은 때에 사업인정의 고시가 있는 것으로 보아야 하는바, 이 사건 사업에 관한 택지개발예정지구 지정·고시는 2007. 6. 28. 있었고 원고는 2008. 4. 28. 이 사건 대체부동산에 관한 건축허가를 받았으므로, 사업인정의 고시일 이후에 건축허가를 받은 경우에 해당함에도 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

■ 지방세특례제한법

제73조(토지수용 등으로 인한 대체취득에 대한 감면)

① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」,「도시개발법」등 관계 법령에 따라 토지 등을 수용할 수 있는 사업인정을 받은 자(「관광진흥법」제55조제1항에 따른 조성계획의 승인을 받은 자 및 「농어촌정비법」제56조에 따른 농어촌정비사업 시행자를 포함한다)에게 부동산(선박ㆍ어업권 및 광업권을 포함한다. 이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)이 매수, 수용 또는 철거된 자(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공공사업에 필요한 부동산등을 해당 공공사업의 시행자에게 매도한 자 및 같은 법 제78조 제1항부터 제4항까지 및 제81조에 따른 이주대책의 대상이 되는 자를 포함한다)가 계약일 또는 해당 사업인정 고시일(「관광진흥법」에 따른 조성계획 고시일 및 「농어촌정비법」에 따른 개발계획 고시일을 포함한다) 이후에 대체취득할 부동산 등에 관한 계약을 체결하거나 건축허가를 받고, 그 보상금을 마지막으로 받은 날(사업인정을 받은 자의 사정으로 대체취득이 불가능한 경우에는 취득이 가능한 날을 말하고, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항에 따라 토지로 보상을 받는 경우에는 해당 토지에 대한 취득이 가능한 날을 말하며, 같은 법 제63조 제6항 및 제7항에 따라 보상금을 채권으로 받는 경우에는 채권상환기간 만료일을 말한다)부터 1년 이내(제6조 제1항에 따른 농지의 경우는 2년 이내)에 다음 각 호의 구분에 따른 지역에서 종전의 부동산등을 대체할 부동산등을 취득하였을 때(건축 중인 주택을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때를 말한다)에는 그 취득에 대한 취득세를 면제한다. 다만, 새로 취득한 부동산등의 가액 합계액이 종전의 부동산등의 가액 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액에 대하여는 취득세를 부과하며, 초과액의 산정 기준과 방법 등은 대통령령으로 정한다.

1. 농지 외의 부동산등

가. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역

나. 가목 외의 지역으로서 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 시ㆍ군ㆍ구와 잇닿아 있는 시ㆍ군ㆍ구 내의 지역

다. 매수ㆍ수용ㆍ철거된 부동산등이 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도와 잇닿아 있는 특별시ㆍ광역시ㆍ도 내의 지역. 다만, 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역은 제외한다.

2. 농지(제6조 제1항에 따른 자경농민이 농지 경작을 위하여 총 보상금액의 100분의 50 미만의 가액으로 취득하는 주거용 건축물 및 그 부속토지를 포함한다)

가. 제1호에 따른 지역

나. 가목 외의 지역으로서 「소득세법」 제104조의2 제1항에 따른 지정지역을 제외한 지역

■ 택지개발촉진법

제3조(택지개발지구의 지정 등)

① 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)는 「주택법」제7조 제1항에 따른 주택종합계획 중 주택·택지의 수요·공급 및 관리에 관한 사항(이하 "택지수급계획"이라 한다)에서 정하는 바에 따라 택지를 집단적으로 개발하기 위하여 필요한 지역을 택지개발지구로 지정(지정한 택지개발지구를 변경하는 경우를 포함한다. 이하 같다)할 수 있다. 이 경우 택지개발사업이 필요하다고 인정되는 지역이 둘 이상의 특별시·광역시·도 또는 특별자치도(이하 "시·도"라 한다)에 걸치는 경우에는 관계 시·도지사가 협의하여 지정권자를 정한다.

제12조(토지수용)

② 제3조에 따른 택지개발지구의 지정·고시가 있은 때에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제20조 제1항 및 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있은 것으로 보며, 재결(裁決)의 신청은 같은 법 제23조 제1항 및 제28조 제1항에도 불구하고 실시계획에서 정하는 사업시행기간에 하여야 한다.

부칙 <법률 제10764호, 2011. 5. 30>

제1조(시행일)

이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제7조 제1항 제5호 및 제12조 제1항(제7조 제1항 제5호의 개정규정과 관련된 부분에 한정한다)의 개정규정은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행하고, 부칙 제4조 제3항은 2011년 8월 5일부터 시행하며, 부칙 제4조 제7항은 2012년 4월 15일부터 시행한다.

제3조(택지개발예정지구 지정 등에 관한 경과조치)

이 법 시행 전에 종전의 제3조에 따라 지정된 택지개발예정지구와 종전의 제3조의2에 따라 지정권자에게 지정을 제안한 택지개발예정지구에 대하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

제4조(다른 법률의 개정)

① 건축법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제61조 제3항 제1호 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

② 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제8조 제2호 중 "예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

⑥ 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다.

제42조 제1항 제4호 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 하고, 같은 조 제3항 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

제44조 제1항 제2호 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

제51조 제1항 제4호 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

<17> 조세특례제한법 일부를 다음과 같이 개정한다.

제71조 제1항 제3호 중 "택지개발예정지구"를 "택지개발지구"로 한다.

■ 택지개발촉진법(2011. 5. 30. 법률 제10764호로 개정되기 전의 것)

제3조(예정지구의 지정등)

① 특별시장·광역시장·도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시·도지사"라 한다)는 「주택법」제7조 제1항에 따른 주택종합계획 중 주택·택지의 수요·공급 및 관리에 관한 사항(이하 "택지수급계획"이라 한다)에서 정하는 바에 따라 택지를 집단적으로 개발하기 위하여 필요한 지역을 예정지구로 지정(지정한 예정지구를 변경하는 경우를 포함한다. 이하 같다)할 수 있다. 이 경우 택지개발사업이 필요하다고 인정되는 지역이 둘 이상의 특별시·광역시·도 또는 특별자치도(이하 "시·도"라 한다)에 걸치는 경우에는 관계 시·도지사가 협의하여 지정권자를 정한다.

제12조 (토지수용)

② 제3조에 따른 예정지구의 지정·고시가 있은 때에는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있은 것으로 보며, 재결의 신청은 동법 제23조 제1항 및 동법 제28조 제1항의 규정에 불구하고 제9조의 규정에 의한 실시계획에서 정하는 사업시행기간 내에 하여야 한다.

부칙 <법률 제8384호, 2007. 4. 20>

① (시행일) 이 법은 공포 후 3개월이 경과한 날부터 시행한다. 다만, 제19조의2·제31조의2의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다.

② (개발계획의 수립시기에 관한 적용례) 제8조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 제3조의3에 따라 주민 등의 의견청취를 위하여 공고를 하는 지구부터 적용한다.

■ 택지개발촉진법(2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정되기 전의 것)

제3조 (예정지구의 지정 등 <개정 1999.1.25>)

① 건설교통부장관(지정하고자 하는 예정지구의 면적이 20만제곱미터 미만인 경우로서 2 이상의 특별시·광역시 또는 도에 걸치지 아니한 경우에는 특별시장·광역시장 또는 도지사를 말하며, 이하 제2항 내지 제4항, 제3조의2제1항, 제3조의3제1항, 제4조, 제7조제1항·제3항, 제8조, 제9조제1항·제3항·제4항, 제11조제1항·제2항, 제18조제1항, 제20조제4항, 제23조, 제23조의2, 제24조제1항 및 제27조에서 같다)은 주택법 제7조 제1항의 규정에 의한 택지수급계획이 정하는 바에 따라 택지를 집단적으로 개발하기 위하여 필요한 지역을 예정지구로 지정할 수 있다.

제8조 (택지개발계획의 승인등)

① 시행자가 택지개발사업을 시행하고자 하는 때에는 택지개발계획(이하 "개발계획"이라 한다)을 작성하여 건설교통부장관의 승인을 얻어야 한다. 승인된 개발계획을 변경하고자 할 때에도 또한 같다.

② 건설교통부장관이 제1항의 규정에 의하여 개발계획을 승인한 때에는 이를 고시하고, 관할시장 또는 군수에게 그 내역을 송부하여 일반에게 공람하게 하여야 한다.

제12조 (토지수용)

② 제8조의 규정에 의한 개발계획의 승인·고시가 있은 때에는 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 제20조 제1항 및 제22조의 규정에 의한 사업인정 및 사업인정의 고시가 있은 것으로 보며, 재결의 신청은 동법 제23조 제1항 및 동법 제28조 제1항의 규정에 불구하고 제9조의 규정에 의한 실시계획에서 정하는 사업시행기간 내에 하여야 한다.

다. 판 단

「지방세특례제한법」제73조 제1항에서 사업인정을 받은 자에게 부동산이 수용된 자가 해당 사업인정 고시일 이후 대체취득할 부동산에 관한 건축허가를 받고 일정한 기한 내에 그 지역 또는 인접 지역 내에 있는 대체부동산을 취득하였을 때 그 취득에 대한 취득세를 면제한다고 규정하고 있는바, 원고가 이 사건 사업의 사업인정고시일 이후에 건축허가를 받은 경우에 해당하는지에 관하여 본다.

구 택지개발촉진법(2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항은 같은 법 제8조에 의한 택지개발계획의 승인·고시가 있은 때에 공익사업법에 따른 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다고 규정하였고, 이 사건 조항에서는 같은 법 제3조에 따른 택지개발예정지구의 지정·고시가 있은 때에 사업인정의 고시가 있는 것으로 본다고 규정하였으며, 2011. 5. 30. 법률 제10764호로 개정된 택지개발촉진법 제12조 제2항에서 ‘택지개발예정지구’를 ‘택지개발지구’로 변경하고 같은 법 제3조에 따른 택지개발지구의 지정·고시가 있는 때에 사업인정고시가 있는 것으로 본다고 규정하면서, 부칙<법률 제10764호, 2011. 5. 30> 제3조에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 제3조에 따라 지정된 택지개발예정지구에 대하여는 이 법의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’고 규정하고 있고, 한편, 부칙<법률 제8384호, 2007. 4. 20.> 제1항에 따라 이 사건 조항은 공포 후 3개월이 경과한 2007. 7. 21.부터 시행되었다.

이 사건을 보건대, 갑 제2, 8, 15호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 건설교통부 2007. 6. 28. 고시 제2007-245호로 0000 택지개발예정지구가 지정·고시된 사실, 원고는 2008. 4. 17. 피고로부터 이 사건 대체부동산에 관한 공장신설 승인{구 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률(2009. 1. 30. 법률 제9401호로 개정되기 전의 것) 제13조의2 제16호에 의하여 건축허가를 받은 것으로 간주된다}을 받은 사실, 국토해양부 2009. 2. 6. 고시 제2009-51호로 0000지구 택지개발사업의 개발계획 승인·고시가 이루어진 사실을 인정할 수 있다.

이 사건 사업의 택지개발예정지구가 지정·고시된 2007. 6. 28. 당시는 이 사건 조항이 시행되기 이전이므로 부칙<법률 제10764호, 2011. 5. 30> 제3조에 의하더라도 이 사건 조항은 이 사건 사업의 택지개발예정지구 지정·고시에 적용될 수 없고, 구 택지개발촉진법(2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정되기 전의 것) 제12조 제2항이 적용되어야 하는바, 위 규정에 따라 이 사건 사업에 관하여 택지개발계획의 승인·고시가 있은 때인 2009. 2. 6. 공익사업법에 따른 사업인정의 고시가 있는 것으로 보아야 하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

☞ <판결요지> 구 택지개발촉진법 하에서는 택지개발계획 승인·고시일을 사업인정고시일로 보아야하기 때문에 택지개발예정지구 지정·고시일로 볼 수 없음

- 원고가 이 사건 사업의 사업인정고시일 이후에 대체취득할 부동산에 관한 건축허가를 받았는지가 쟁점인 이 사건에서, 증거에 의하여 ① 건설교통부 2007. 6. 28. 고시 제2007-245호로 인천검단 택지개발예정지구가 지정·고시된 사실, ② 원고는 2008. 4. 17. 피고로부터 이 사건 대체부동산에 관한 공장신설 승인을 받은 사실(관계법령에 따라 공장신설 승인을 받으면 건축허가를 받은 것으로 간주된다), ③ 국토해양부 2009. 2. 6. 고시 제2009-51호로 0000지구 택지개발사업의 개발계획 승인·고시가 이루어진 사실을 인정한 다음, 이 사건 사업의 택지개발예정지구가 지정·고시된 2007. 6. 28. 당시는 신법(2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정된 택지개발촉진법)이 시행되기 전이므로 구 택지개발촉진법(2007. 4. 20. 법률 제8384호로 개정되기 전의 것)이 적용되어야 한다고 전제한 후, 구법 제12조 제2항에 따라 이 사건 사업에 관하여 택지개발계획의 승인·고시가 있은 때인 2009. 2. 6. 공익사업법에 따른 사업인정의 고시가 있는 것으로 보아야 하므로, 원고는 이 사건 사업의 사업인정고시일인 2009. 2. 6. 이전에 건축허가를 받은 경우에 해당한다.