임대토지를 임대한 행위는 추징 사유에 해당하므로, 임대토지에 대한 취득세와 등록세 등을 추징한 처분은 정당하고, 제2공장의 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하여 추징 사유에 해당하므로, 제2공장에 대한 취득세 및 등록세 등을 추징한 부과처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 토지 및 건물의 취득과 취득세 및 등록세 등의 면제

1) 원고는 2006. 3. 28. 주식회사

효성으로부터 울산 남구

성암동 186-6 공장용지 32,562.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와

같은 동 186-10 공장용지 7500.8㎡ 중 1,651㎡ 합계 34,213.4㎡를 매수하면서

구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제276조 제1항 본문에서 규정하는 ‘산업단지 내 산업용 건축물 등을 신증축하기 위하여 취득하는 부동산’에 해당한다고 하여 피고로부터 그 취득세 및 등록세 등을 면제받았다.

2) 원고는 2007. 12. 27.

현대프로스의

김성태,

김영만,

이영아에게 이 사건 토지 중 9,917㎡(이하 ‘임대토지’라 한다)를 임대기간 2008. 1. 5.부터 2011. 1. 4.까지로 하여 임대하였다.

3) 원고는 이 사건 토지 위에 1동 일반철골구조 기타지붕 단층 공장 398㎡(이하 ‘제1공장’이라 한다)를 건축하여 2008. 2. 18. 사용승인을 받고, 2008. 3. 11. 원고 앞으로 소유권보존등기를 마쳤으며, 2008. 10. 16. 이 사건 토지 위에 2동 일반철골구조 기타지붕 단층 공장 987.35㎡ (이하 ‘제2공장’이라 한다)을 추가로 건축하여 2008. 12. 19. 사용승인을 받고, 2009. 1. 14. 원고 앞으로 소유권보전등기를 마쳤다. 이때에도 원고는

구 지방세법 제276조 제1항에 따라 취득하는 부동산에 해당한다고 하여 피고로부터 제1, 2공장에 대한 취득세와 등록세 등을 면제받았다.

4) 원고는 2010. 8. 9. 주식회사 삼우에게 이 사건 토지 및 제1, 2공장 일체를 매각하였다.

나. 피고의 이 사건 과세처분

1) 피고는 원고가

현대프로스의

김성태,

김영만,

이영아에게 임대토지를 임대한 사실을 확인하고, 2010. 12. 14. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액 5,391,596,319원 중 임대토지의 면적 9,917㎡에 해당하는 취득가액 1,642,030,707원을 과세표준으로,

구 지방세법 제112조 제1항,

제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 49,694,400원, 농어촌특별세 4,969,430원, 등록세 49,694,400원, 지방교육세 9,282,060원 합계 113,640,290원을 추징하였다.

2) 피고는 원고가 제2공장을 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하였음을 사유로, 2010. 12. 14. 원고에게 제2공장의 취득가액 393,700,000원을 과세표준으로,

구 지방세법 제112조 제1항,

제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 9,677,930원, 농어촌특별세 967,790원, 등록세 3,787,590원, 지방교육세 695,880원 합계 15,129,190원을 추징하였다.

3) 피고는 원고가 이 사건 토지 중 제2공장의 부지에 해당한다고 판단한 16,139.56㎡ 부분을 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 않고 매각하였음을 사유로, 2010. 12. 14. 원고에게 이 사건 토지의 취득가액 5,391,596,319원 중 위 16,139.56㎡ 부분의 취득가액에 해당하는 금액인 2,672,345,332원을 과세표준으로,

구 지방세법 제112조 제1항,

제131조 제1항에 정한 세율을 적용하여 산출한 취득세 65,691,580원, 농어촌특별세 6,569,150원, 등록세 65,691,580원, 지방교육세 12,069,370원 합계 150,021,680원을 추징하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 12호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

3. 당사자들의 주장

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 임대토지에 대한 과세처분

가)

구 지방세법 제276조 제1항 본문에 따르면 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’가 취득하는 부동산도 취득세와 등록세 등의 면제대상인데, 여기서의 ‘공장용 부동산’에는 산업용 건축물 등이 건축되어 있지 않은 나대지 상태의 토지도 포함되므로, 원고가

현대프로스에게 산업용 건축물 등을 건축하지 않은 나대지 상태로 임대토지를 임대한 것도 취득세와 등록세 등의 면제대상에 해당한다.

나) 원고로부터 임대토지를 임차한

현대프로스가 소정기한 내에 그 위에 선박임가공, 철판앵글 절단가공업을 영위하고 있었으므로,

구 지방세법 제276조 제1항 단서(면제된 취득세와 등록세를 추징하는 경우)의 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 제2공장 및 그 부지의 매각에 대한 과세처분

가)

구 지방세법 제276조 제1항 단서에 규정된 ‘사용일부터’의 사용일은 토지 취득 후 최초의 사용일을 뜻한다고 보아야 하고 공장을 여러 동 건축하였다고 하여 각각을 사용개시일로 볼 수는 없는바, 제2공장이 사용승인일인 2008. 12. 19.부터 2년을 경과하지 않은 2010. 8. 9. 매각되었다 하더라도 이미 제1공장의 신축 및 사용으로 취등록세가 면제되고 추징사유도 없게 된 이상, 제2공장이 사용일부터 2년 내에 매각되었다고 하여 별도로 추징할 수 없다.

나) 피고는 제2공장뿐만 아니라 이 사건 토지 중 임대토지를 제외한 나머지 토지인 22,645.4㎡(이하 ‘이 사건 나머지 토지’라 한다)를 제1, 2공장의 바닥면적에 따라 안분하여 계산하였을 때 제2공장의 부지에 해당하는 16,139.56㎡ 부분에 대하여도 취득세 및 등록세 등을 추징하였다. 그런데 공장 건축면적이 공장 부지면적의 3% 이상이 되어야 한다는 산업자원부 고시에 의하더라도, 공장 건축면적에는 공장 부지 내의 모든 건축물 각층의 바닥면적 합계와 건축물의 외부에 설치된 기계장치 기타 공작물의 수평투영면적을 합산하여야 하고 공장설립(신설증설이전) 승인일부터 4년 이내의 공장건축 계획분이 포함되어야 하는 이상, 제1, 2공장 각층의 바닥면적 합계와 저수조의 수평투영면적을 합산한 1665.35㎡가 공장 부지면적의 5.1%를 초과하므로 위 고시의 요건을 충족한다. 따라서 적어도 이 사건 나머지 토지 부분은 제1공장의 신축으로 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되어 추징사유가 없는 것이므로, 위 16,139.56㎡ 부분에 대한 추징은 위법하다.

나. 피고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 적법하다.

1) 임대토지에 대한 과세처분

구 지방세법 제276조 제1항 본문에서 감면대상에 포함시킨 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’란 산업용 건축물 등을 신증축하여 그 부속토지와 함께 중소기업자에게 임대하고자 하는 자로 보아야 한다. 원고는 임대토지를 나대지 상태로 임대하였으므로 면제 대상에 해당하지 않고, 위 조항 단서에서 면제된 취득세와 등록세의 추징대상으로 정한 ‘산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우’에 해당하므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.

2) 제2공장 및 그 부지의 매각에 대한 과세처분

가)

구 지방세법 시행령 제73조 제4항에서 건축허가를 받아 건축하는 건축물의 취득시기를 ‘사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)’로 보고 있고, 취득세는 지방세법이 정하는 과세물건을 취득함으로써 납세의무가 확정되므로, 이러한 납세의무가 확정되는 시기를 기준으로 지방세 감면 여부를 판단하여야 한다. 따라서 각각의 건축물 취득시기, 즉 제2공장의 경우 그 사용승인서 교부일인 2008. 12. 19.부터 2년 이상 해당 용도에 직접 사용하였는지 여부를 가지고 감면 여부를 판단하여야 하므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.

나) 원고가 한국산업단지공단과 체결한 산업단지 입주 계약상 당초 용지면적은 이 사건 토지 전체인 32,562.4㎡이고, 건축면적은 20,084.15㎡이었는바, 이는 원고가 이 사건 토지 위에 20,084.15㎡의 공장용 건축물을 신축한다는 조건으로 계약을 한 것으로 보아야 하고, 원고가 면적 398㎡의 제1공장만을 신축함으로써 이 사건 나머지 토지 전체를 제1공장의 부지로 사용하였다고 할 수 없다. 즉, 추가로 공장이 신축된 때는 각각의 건축물에 대하여 그 부속토지와 묶어서 감면조건의 충족 여부를 판단하여야 한다. 제1, 2공장의 면적 비율에 따라 이 사건 토지 전체면적을 안분하여 볼 때, 이 사건 토지 중 16,139.56㎡는 제2공장의 부속토지로 되었다 할 것이고, 이 부분은 제2공장 사용승인시점부터 2년 이내에 매각되었으므로, 이 부분에 대한 추징은 적법하다.

4. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 임대토지에 대한 과세처분의 적법 여부

1)

구 지방세법 제276조 제1항은 그 본문의 괄호규정에서 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 경우’를 예외적으로 그 본문에 의한 취득세와 등록세 면제 대상에 포함하고 있는바, 위 규정의 입법 취지와 개정 연혁, 그 본문과 단서의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’은 그 본문규정의 ‘산업용 건축물 등’과 달리 보기 어렵다. 따라서 산업용 건축물 등이 건축되지 않은 공장용지는 이 사건 괄호규정의 ‘공장용 부동산’에 포함되지 않으므로 위와 같은 공장용지를 이 사건 괄호규정이 정하는 중소기업자에게 임대하여 그 중소기업자가 산업용 건축물을 신축하였다 하더라도 구 지방세법 제276조 제1항 본문에 의한 취득세와 등록세의 면제 대상에 해당하지 않는다고 해석함이 타당하다(

대법원 2013. 2. 28. 선고 2012두23426 판결 참조).

2) 이 사건에서, 원고가 이 사건 토지를 2006. 3. 28. 취득한 후 2007. 12. 27.

현대프로스의

김성태,

김영만,

이영아에게 임대토지를 나대지 상태로 임대한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고는

구 지방세법 제276조 제1항 본문의 ‘공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자’에 해당하지 않으므로, 원고가 임대토지를 임대한 행위는

구 지방세법 제276조 제1항 단서 조항에 규정된 추징 사유에 해당한다.

3) 따라서 원고에게 임대토지에 대한 취득세와 등록세 등을 추징한 피고의 처분은 적법하다.

나. 제2공장 매각에 대한 과세처분의 적법 여부

1)

구 지방세법 제29조 제1항 제1호는 ‘지방세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때 성립한다’라고 규정하고 있고,

같은 법 시행령 제73조 제4항은 ’건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 받은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일)을 취득일로 보고, 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일을 취득일로 본다‘라고 규정하고 있는바, 하나의 토지 위에 여러 개의 건축물이 지어진 경우 각각의 건축물이 과세대상인 이상 건축물별로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 한다.

2) 이 사건에서, 제2공장의 사용승인일이 2008. 12. 19.이고, 원고가 2010. 8. 9. 주식회사

삼우에게 제2공장을 매각하였음은 앞서 본 바와 같고, 각각의 건축물별로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부를 판단하여야 하므로, 원고는 제2공장의 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하여 구 지방세법 제276조 단서 조항에 규정된 추징 사유에 해당한다.

3) 따라서 피고가 원고에게 제2공장에 대한 취득세 및 등록세 등을 추징한 처분은 적법하다.

다. 제2공장 부지의 매각에 대한 과세처분의 적법 여부

1)

구 지방세법 제276조 제1항 단서는 ‘취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있는바, 위 규정의 문언 및 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지를 공장의 용도에 직접 사용하는지 여부 즉, 당해 토지가 공장 부지에 해당하는지 여부는 토지의 실질적인 이용 상황에 따라 객관적으로 결정하여야 한다.

2) 원고는 이 사건 나머지 토지가 제1공장의 부지로서 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되어 추징사유가 없다고 주장하므로, 이 사건 나머지 토지를 제1공장의 부지로 볼 수 있는지 여부에 관하여 보건대, 갑 제14, 15호증, 을 제13, 16호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 다음과 같은 사정을 종합하여 볼 때, 이 사건 나머지 토지 전부가 제1공장의 부지에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 나머지 토지 전체가 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었다고 할 수 없다.

가) 이 사건 나머지 토지 중에서 원고가 건축한 제1공장 398㎡ 및 저수조 280㎡가 차지하는 면적은 3%가량에 불과하고, 제1공장 및 저수조는 이 사건 토지 한쪽 모서리 부분에 치우쳐 위치하고 있으며, 이 사건 토지 한가운데로 8m의 도로가 관통하고 있어 이 사건 나머지 토지 전체를 제1공장의 부지로 활용하였다고 보기 어렵다.

나) 원고는

현대프로스에 임대한 부분의 이용 상황에 대하여만 주장 및 입증하고 있을 뿐, 제1공장의 가동 상황이나 이 사건 나머지 토지가 실제로 어떤 용도로 활용되었다는 점에 관하여는 아무런 언급이 없다.

다) 원고는 한국산업단지공단과 사이에 산업단지입주계약을 체결하면서 건축면적으로 제조시설 17,902.50㎡, 부대시설 2,181.65㎡ 합계 20,084.15㎡의 공장, 사무동 등을 건축하기로 약정하였는데, 결국 제1, 2공장만 건축되고 중지된 상황에서 건축할 계획이던 그 공장, 사무동의 부지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용되었다고 보기 어렵다.

라) 원고는 2011. 1. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하면서 ‘원고가 스위스 국적 회사

엠씨에이 테크놀로지스게엠베하로부터 이전받은 특허기술로 제품 양산시 보완해야 할 일부 기술적인 문제점이 그동안의 연구개발로 완료단계에 있어 조만간 공장신축 및 제품생산이 가능한 상황‘이라고 진술하였는바, 이는 원고가 위 심판청구일 전까지 본격적으로 제1공장을 가동하여 제품을 생산하지는 않았다고 보이므로, 이 사건 나머지 토지가 제1공장에서의 제품 생산을 위한 적재 장소나 직원들의 복지를 위한 부대시설 등으로 활용되지도 않았을 것으로 보인다.

마)

산업집적 활성화 및 공장 설립에 관한 법률(이하 ‘산업집적법’이라 한다) 제8조 제2호,

제11조, 산업자원부 고시 제2004-98호의 규정에 따르면, 산업자원부장관이 고시한, 기초유기화합물 제조업의 기준공장 면적율 3에 해당하는 기준공장건축면적에 적합하게 공장설립 등을 할 것을 규정하고 있는데, 위 법령에 정한 기준공장 면적율은 산업집적법에 따라 지정고시된 유치지역 등에서 적합한 공장설립을 위한 건축면적 기준일 뿐으로, 이 사건 나머지 토지가 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지 여부와는 무관하다.

바)

구 지방세법 제276조 제1항,

4항,

구 지방세법 시행규칙 제116조,

제115조 제1항에 따르면, 지방산업단지 등 입주공장의 범위를 건축물의 연면적(옥외에 기계장치 또는 저장시설이 있는 경우에는 그 시설물의 수평투영면적을 포함한다)이 200제곱미터 이상으로 규정하고 있는바, 이 규정은 지방산업단지 등에 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자의 건축물의 연면적 기준을 정한 것인데, 원고가 이러한 기준에 적합하게 공장을 건축하였다는 것과 원고가 이 사건 나머지 토지를 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하였는지 여부는 무관하다.

3) 그렇다면 피고가 이 사건 나머지 토지의 실제 이용 상황을 고려함이 없이 제1, 2공장의 건축물 면적 비율로 안분하여 제2공장의 부지 면적을 산출한 것은 그 산정 방식에 문제가 있는 것으로 보이나, 원고가 이 사건 나머지 토지 중 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 부분은 제1공장의 바닥면적인 398㎡와 옥외공작물인 저수조의 수평투영면적인 280㎡을 합한 면적인 678㎡와 그 주위를 둘러싼 일부분의 토지일 뿐이어서 피고가 건축물 면적 비율로 안분하여 산출한 면적을 초과하지는 않는 것으로 봄이 타당하므로, 결과적으로 피고가 이 사건 나머지 토지 중 16,139.56㎡ 부분에 대하여 제2공장의 부지로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.