납세의무자가 작성한 재무제표는 상법 등에서 사실과 일치되게 작성하도록 규율함과 아울러 부실 기재에 대해 일정한 제재까지 부과할 수 있는 이상, 특별한 사정이 없으면 쟁점 금액을 토지의 매매대금으로 반영한 것은 객관적 사실에 부합한다. 따라서 처분은 정당하다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 판결에서 설시할 이유는, ① 제1심 판결문 제2쪽 제17행의 “57,963,850원” 부분을 “57,936,850원”으로 고쳐 쓰고, ② 원고의 주장에 관한 판단을 아래 “제2항”과 같이 추가하는 이외에는 제1심 판결문의 이유 기재와 같으므로,

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가 판단 부분

가. 원고의 주장 요지

의약품 제조업을 주업으로 하는 원고가

한국이텍스 주식회사(이하, ‘소외 회사’라 한다)로부터 양수한 “의약품 제조허가권”에 의하여 실제로 의약품을 제조ㆍ판매하고 있는 이상, 원고가 소외 회사에 영업권 명목으로 지급한 1,670,035,267원(이하, ‘쟁점 금액’이라 한다)은 이 사건 토지의 취득 대가와 무관한 위 제조허가권 등 무형자산의 취득 대가에 해당함이 분명함에도, 피고가 주관적 기준만으로 쟁점 금액을 이 사건 토지의 취득 대가로 인정하여 한 이 사건 처분은 위법하다고 거듭 주장한다.

나. 판단

(1) 이 사건 처분에 적용되는

구 지방세법(2006. 9. 1. 법률 제7972호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘지방세법’이라 한다) 제111조 제1항, 제2항은 ‘취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고, 그 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하되, 다만 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다’고 규정하는 한편,

같은 조 제5항 제3호는 위 단서의 규정에도 불구하고 사실상의 취득가격을 취득세의 과세표준으로 하는 경우의 하나로서 ‘판결문ㆍ법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득’을 규정하고 있다.

(2) 살피건대, ①

지방세법 제111조 제5항 제3호 및

제130조 제3항에 따라 법인장부상의 취득가액을 사실상의 취득가격으로 인정하여 이를 취득세ㆍ등록세의 과세표준으로 한 취지는 객관화된 조직체로서 거래가액을 조작할 염려가 적은 법인의 장부가액은 특별히 취득가격을 조작하였다고 인정되지 않는 한 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있기 때문이다. 그런데 원고는 그 재무제표에 대한 2008년도 외부감사인의 감사보고서에 근거하여, 원고가 2006. 1. 25. 소외 회사로부터 자산ㆍ부채 양수 과정에서 이 사건 토지를 공정가액이 아닌 장부가액으로 계상함에 따라 쟁점 금액을 포함한 영업권에 대한 매매대금이 발생한 것이라는 이유로 2008년도 원고의 재무제표에는 위 영업권에 대한 매매대금을 이 사건 토지의 매매대금으로 수정하여 계상한 사실은 앞서 인정한 사실과 증거 등에 의하면 이를 인정할 수 있고, 달리 반증이 없는데, 원고가 스스로 작성한 2008년도 원고의 재무제표는 상법 등에서 사실과 일치되게 작성하도록 규율함과 아울러 그에 대한 부실 기재에 대해 일정한 제재까지 부과할 수 있는 이상, 특별한 사정이 없으면 위와 같이 수정된 재무제표에서 쟁점 금액을 이 사건 토지의 매매대금으로 반영한 것은 객관적 사실에 부합한다고 봄이 타당하다고 판단되는 점, ② 또한, 원고는 이 사건 토지에 관한 취득세 추가 부담을 고려하지 않고서 외부감사인의 권고를 수용하여 위와 같이 재무제표 내용을 수정한 것에 불과하다고 주장하지만, 원고가 실제 사실과 다름에도 단지 외부감사인 권고에 따라 2008년도 원고의 재무제표 내용을 위와 같이 수정한 것이라고 인정할 객관적 증거가 부족할 뿐만 아니라, 원고가 제출한 모든 증거에 의하더라도, 쟁점 금액이 순전히 원고가 소외 회사로부터 취득하였다고 주장하는 위 의약품 제조허가권 등 무형자산에 대한 취득 대가에 해당하거나 위 제조허가권 등 소외 회사의 무형자산의 객관적 가액이 쟁점 금액에 이른다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 구체적ㆍ객관적 증거도 발견할 수 없는 이상, 위와 같은 원고의 재무제표 내용 수정이 단지 외부감사인의 권고에 따른 것에 불과하다고 단정하기도 부족한 점, ③ 한편, 취득세ㆍ등록세는 취득행위 또는 등기ㆍ등록행위가 이루어진 경우 취득 및 등기ㆍ등록 당시의 과세물건의 가치를 과세표준으로 하여 세금을 부과하는 조세이므로, 원칙적으로 그 과세표준은 취득을 위하여 실제로 지출한 금액이 아니라 취득재산의 객관적인 가치를 기준으로 산정되어야 할 것인데(

대법원 2008. 6. 12.자 2008아17 결정 참조), 갑 제3, 4호증, 을 제3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 토지에 관한 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가[원고의 이 사건 토지 취득 당시에는 2006년도 개별공시지가가 결정ㆍ공시되지 아니한 이상,

구 지방세법 시행령(2006. 6. 30. 대통령령 제19587호로 개정되기 전의 것) 제80조의2단서에 따라 2005. 1. 1. 기준 개별공시지가가

지방세법 제111조 제2항 제1호가 정한 시가표준액이라 할 것이다]는 ㎡당 360,000원에 해당되어(기록 253쪽 참조), 원고의 이 사건 토지의 취득일 당시 시가표준액은 5,402,196,000원(= 360,000원 × 이 사건 토지의 면적 15,006.1㎡)인 사실을 인정할 수 있고, 달리 반증이 없으므로, 피고가 당초 원고가 신고한 이 사건 토지의 취득가액인 위 3,151,000,000원(기록 42쪽 참조) 외에 추가로 쟁점 금액(1,670,035,267원)을 이 사건 토지의 사실상 취득가액에 포함했더라도, 그 합산 가액 4,821,035,267원(= 위 3,151,000,000원 + 위 1,670,035,267원)은 이 사건 토지에 관한 그 취득 당시의 위 시가표준액 5,402,196,000원에도 미치지 못하는 점[한편, 대법원은 납세의무자가 신고한 등록세 부과 대상 토지에 관한 사실상 취득가액이 그 등기 당시의 시가표준액에 미달되는 경우에는 위 시가표준액을 과세표준으로 하여 등록세를 결정ㆍ부과한 처분이 적법하다고 판단하고 있다(

대법원 1985. 9. 24. 선고 85누306 판결 참조)] 등을 앞서 인용한 여러 사정과 종합해 볼 때, 원고가 이 법원에서 추가로 주장하는 사정을 모두 고려한다고 하더라도, 원고의 법인장부에 근거하여 쟁점 금액을 이 사건 토지의 사실상 취득가액으로 보고 한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.

(3) 결국, 그와 다른 전제로 이 사건 처분이 위법하다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 위와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각한다.