의약품 제조업을 영위하던 주식회사는 2008년의 재무제표에서 영업권 매매대금에서 토지 매매대금으로 계정을 수정한 금액은 토지의 취득가액으로 평가함이 상당하므로, 토지의 취득가액을 과소신고한 것으로 보고 한 부과처분은 정당하다.

1. 처분의 경위

가. 원고로 2010. 7. 6. 합병되기 전의 주식회사

이텍스제약은 2006. 1. 25.

한국이텍스 주식회사로부터 안산시 단원구

초지동 649-1 공장용지 15,006.1㎡ 및 그 지상 건물 5,404.34㎡(이하 이 사건 토지 및 이 사건 건물이라고 한다)를 취득하였고, 2006. 1. 26. 취득가액을 4,456,454,545원으로 하여 산출한 취득세 등 204,996,890원을 납부하였다.

나. 피고는 원고에 대한 세무조사 결과, 2008년도 주식회사

이텍스제약의 재무제표에 대한 외부감사인인

신한회계법인이 주식회사

이텍스제약과

한국이텍스 주식회사의 2006년도 자산 · 부채 양수과정에서 토지를 공정가액이 아닌 장부가액으로 계상하여 영업권에 대한 매매대금이 발생한 것으로 당기에 이를 토지의 매매대금으로 수정하여 계상하였다고 감사보고서를 작성한 사실을 확인하였다. 이에 피고는 주식회사

이텍스제약이

한국이텍스 주식회사에게 영업권 명목으로 지급한 1,670,035,267원은 이 사건 토지의 취득가액에 해당하므로 주식회사

이텍스제약이 이 사건 토지의 취득가액을 과소신고한 것으로 보고, 2011. 1. 11. 주식회사

이텍스제약을 흡수합병한 원고에게 취득세 57,963,850원, 농어촌특별세 3,674,070원, 등록세 58,227,440원, 지방교육세 10,977,470원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

다. 원고는 2011. 4. 14. 이 사건 처분에 불복하여 경기도지사에게 이의신청하였으나 2011. 6. 29. 기각결정을 받았고, 2011. 8. 17. 조세심판원에 심판청구하였으나 2012. 5. 2. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3, 4호증, 갑 제11, 12호증의 각 1, 2, 갑 제13호증, 을 제1호증, 을 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

의약품 제조업을 영위하던 주식회사

이텍스제약은 2006. 1. 26.

한국이텍스 주식회사의 자산을 매입할 당시 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매대금 4,456,454,545원 외에

한국이텍스 주식회사가 소유하고 있던 상호권, 상표권, 품목별 의약품 제조인허가권 등의 무형자산에 대한 매매대금으로 1,670,035,267원을 지급한 것이고 이는 이 사건 토지에 대한 매매대금으로 볼 수 없으므로 원고에게 취득세를 추가로 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 주식회사

이텍스제약은 2006. 1. 18.

한국이텍스 주식회사와 다음과 같은 내용의 자산양수도계약을 체결하였다.

다 음

제2조(매매대금 및 양도자산)

1. 매매가격은 총액 7,231,923,702원으로 하며, 양수인은 양도인에게 다음과 같이 지급한다.

가. 계약 후 1주일 이내 계약금으로 1,050,000,000원을 지급하고,

나. 잔금 6,181,923,702원은 소유권이전시 지급한다.

2. 아래 표시공장의 토지건물의 소유권이전등기신청, 공장 및 설비기계의 인도, 영업권 등과 동시에 지급하는 매매대금의 내역은 다음과 같다.

가. 공장부지 : 3,151,000,000원

나. 건물 : 1,436,000,000원

다. 기타 영업권 외 : 2,644,923,702원

한편, 원고는 자산인수 관련 내역에 관하여 아래 (표)와 같이 밝히고 있다.

2) 그런데, 주식회사

이텍스제약은 자산양수도계약을 체결하기 전인 2005. 8. 5. 식품의약품안전청에 제조업허가사항변경허가신청을 하여 같은 달 29. 식품의약품안전청으로부터

한국이텍스 주식회사가 보유한 165개 품목의 의약품 제조업허가에 대한 양수를 허가받았고, 그 후

한국이텍스 주식회사의 254개 품목의 의약품 제조업허가를 양수받았음을 이유로 2007. 5. 9. 한 신청에 따라 그 무렵 식품의약품안전청으로부터 제조업허가사항변경허가를 받았다.

3)

한국이텍스 주식회사의 2003년도 재무제표에 대한 감사보고서에 의하면 유동부채가 약 82억 원으로 유동자산보다 약 52억 원 정도 많았고, 영업손실이 약 13억 원, 경상손실 및 당기순손실이 약 18억 원, 결손금이 약 25억에 달하는 것으로 되어 있으며,

한국이텍스 주식회사는 2004. 9. 30.경 부도처리 되었다.

4) 이 사건 토지와 건물에 대한 공매과정에서 실시된 감정평가에서 이 사건 토지는 8,253,355,000원, 이 사건 건물은 2,342,137,300원, 합계 10,595,492,300원(시점 : 2005. 7. 7.)으로 평가되었다. 또한, 이 사건 토지의 2006. 1. 1. 기준 개별공시지가는 6,152,501,000원(410,000원/㎡)이다.

5)

김영환 외 3인은 주식회사

이텍스제약 외 2인을 상대로 사해행위취소를 원인으로 한 소유권말소등기등 청구소송(

수원지방법원 안산지원 2006가합3056호)을 제기하였는데, 위 소송 과정에서 이 사건 토지 및 건물의 시가는 2005. 8. 8. 당시 11,071,127,600원으로 조사되었고, 주식회사

이텍스제약이 위 자산양도수도계약 체결 당시 이 사건 토지 및 건물에 설정된 신한은행의 근저당권의 피담보채무 5,208,096,766원을 인수하는 방법으로 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매대금을 지급한 사실이 밝혀졌다.

[인정근거] 갑 제5, 7, 8호증, 갑 제14호증의 1, 2, 을 제3, 5 내지 7호증의 각 기재

라. 판단

위와 같은 인정사실에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 토지의 2006. 1. 1. 기준 개별공시지가는 6,152,501,000원이고, 이 사건 토지 및 건물의 감정평가액이 10,595,492,300원(시점 : 2005. 7. 7.)이었으며 시가는 11,071,127,600원(시점 : 2005. 8. 8.)이었던 점에 비추어 보면, 이 사건 토지 및 건물에 대한 원고 주장의 매매대금은 위 가액에 비하여 현저히 저렴한 점, ② 더구나, 주식회사

이텍스제약은

한국이텍스 주식회사와 자산양수도계약을 체결하기 전인 2005. 8. 5.

한국이텍스 주식회사로부터 165개 품목의 의약품 제조업허가를 양수받아 식품의약품안정청으로부터 그 변경허가를 받았는바, 매매대금이 지급되기도 전에 의약품 제조업허가에 대한 변경이 있었던 정황에 비추어 보아도 의약품제조 허가권에 대하여 별도로 매매대금을 정한 거래가 이루어졌다고 보기는 어려운 점, ③

한국이텍스 주식회사는 2004. 9. 30.경 부도처리된 후인 2006. 1. 18. 주식회사

이텍스제약과 자산양수도계약을 체결하였는바,

한국이텍스 주식회사가 처해 있는 열악한 상황을 고려할 때 주식회사

이텍스제약이 의약품 제조 허가권 및 상표권에 대한 가액을 제대로 산정하였을 것으로 보이지도 않는 점, ④ 원고는 피고가 토지취득가액으로 보는 1,670,035,267원에 관하여

한국이텍스 주식회사가 소유하고 있던 상호권, 상표권, 품목별 의약품 제조인·허가권 등의 무형자산에 대한 매매대금으로 지급한 것이라고 주장하면서도 위 무형자산의 가치가 위 금액에 해당한다는 객관적인 자료를 제출하지 못한 점, ⑤ 원고의 주장은 이 사건 토지 및 건물의 매매대금이 4,456,454,545원이라는 것인데, 주식회사

이텍스제약이 위 매매대금보다 훨씬 많은 이 사건 토지 및 건물에 설정된 신한은행에 대한 근저당권의 피담보채무 5,208,096,766원을 인수하는 방법으로

한국이텍스 주식회사에게 매매대금을 지급하였다는 사실도 언뜻 수긍하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고가 2008년의 재무제표에서 영업권 매매대금에서 이 사건 토지 매매대금으로 계정을 수정한 금액 1,670,035,267원은 이 사건 토지의 취득가액으로 평가함이 상당하다고 할 것이어서 그에 따른 이 사건 처분은 정당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.