상고이유를 판단한다.

구 00도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 전부 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제3호 본문은 "산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의하여 아파트형 공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2개월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다"고 규정하였고(이하 ‘종전 감면조항’이라고 한다), 그 후 개정된 구 00도 도세 감면조례(2010. 12. 31. 조례 제4116호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 조례’라고 한다) 제24조 제1항도 같은 취지의 규정(이하 ‘개정 감면조항’이라고 한다)을 두었다.

원심은 그 판시와 같은 사실을 인정한 다음, ① 종전 감면조항은 아파트형 공장의 설립을 위하여 토지를 취득하는 경우 취득세를 면제하고 정상적으로 등기하는 경우 등록세까지 면제함으로써 토지매입비용 등 아파트형 공장의 설립을 위한 비용을 낮추어 공장설립을 활성화하기 위하여 마련된 것인 점, ② 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하여 아파트형 공장을 설립하는 경우에는 사업의 완료 후 지적공부가 확정되어야만 소유권이전등기가 가능하므로 취득일부터 등기일까지 상당한 기간이 소요되는데, 종전 감면조항이 아파트형 공장을 설립하기 위하여 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우를 특별히 감면대상에서 제외하려고 한 것으로 보이지 않고, 동일한 목적으로 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우와 그렇지 않은 경우를 차별하여야 할 합리적인 이유도 없는 점, ③ 종전 감면조항이 등기기한을 정한 것은 아파트형 공장을 설립하기 위하여 취득한 부동산이 소유권이전등기가 되지 않은 채 장기간 방치되는 것을 방지하려는 취지로 보이는데, 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우 구획정리가 완료되기 전까지는 그 등기가 불가능하므로 그때까지는 소유권이전등기가 되지 않은 채 장기간 방치되는 것을 방지하려는 종전 감면조항의 취지에 반하는 상황이 발생한다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건과 같이 택지개발사업지구에서 분양받은 토지를 등기하는 경우의 경우에는 종전 감면조항에서 말하는 ‘취득일부터 2개월 이내’란 ‘등기가 가능한 때부터 2개월 이내’를 의미하는 것으로 해석함이 타당하다고 전제한 다음, 원고가 택지개발사업지구 내에 위치한 이 사건 토지에 관하여 2008. 8. 31. 분양계약을 체결하고 2008. 10. 16. 분양대금의 잔금을 모두 지급하여 그 무렵 이 사건 토지를 취득하였다고 하더라도, 택지개발사업의 시행자인 한국토지주택공사가 그 사업 완료 후 이 사건 토지에 대하여 소유권보존등기를 마친 2010. 10. 8.로부터 2개월 이내인 2010. 10. 13. 원고가 이 사건 토지에 관하여 그 앞으로 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 소유권이전등기’라 한다)를 마친 이상, 그 등기는 종전 감면조항이 규정한 등록세 면제대상에 해당한다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 의하여야 하고 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 하는데(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조), 이 사건 소유권이전등기에 대한 원고의 등록세 납세의무는 원고가 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 하는 때에 성립하므로, 이 사건 소유권이전등기에 대하여는 개정 감면조항이 적용되어야 함에도, 원심이 종전 감면조항이 적용되어야 한다고 본 것은 잘못이지만, 이 사건 소유권이전등기에 대하여 등록세가 감면되어야 한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙이나 조세법률주의 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 없다.

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2013. 1. 11. 선고 2012누16567 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

이 부분에 설시할 이유는 제1심 판결문 제2면 4행부터 제3면 12행까지의 "1. 처분의 경위" 부분 기재와 같으므로「행정소송법」제8조 제2항,「민사소송법」제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 원고의 주장

이 부분에 설시할 이유는 제1심 판결문 제3면 14행부터 제5면 8행까지의 "가. 원고의 주장" 부분 기재와 같으므로「행정소송법」제8조 제2항,「민사소송법」제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 판단

가. 조세감면요건

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2006두8969 판결).

그러나, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결).

나. 이 사건 감면조항

(1) 이 사건 감면조항은 아파트형 공장 설립을 위하여 토지를 취득하는 경우 취득세를 면제하고 정상적으로 등기하는 경우 등록세까지 면제함으로써 토지매입비용 등 아파트형 공장 설립을 위한 비용을 낮추어 공장설립을 활성화하기 위하여 마련된 것인데, 원고는 공장건설·주택건설 등을 목적으로 설립된 법인으로서 아파트형 공장인 00테크노파크의 대지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하여, 원고의 이 사건 토지 취득은 이 사건 감면조항이 등록세를 면제하도록 한 취지에 부합한다.

(2) 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하여 아파트형 공장을 설립하는 경우 사업지구의 준공 후 지적공부가 확정되어야만 소유권이전등기가 가능하기 때문에 취득일로부터 등기까지 상당한 기간이 소요된다. 행정안전부에서는 이러한 사정을 고려하여 이 사건 감면조항과 관련된「지방세 감면 표준조례」를 각 시·도에 시달하면서 등록세 면제 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하였고, 00도를 제외한 모든 광역지방자치단체에서는 등록세 면제 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하였는데, 00도는 특별한 이유 없이 이전에 ‘2년 이내’로 규정하고 있던 이 사건 감면조항의 등기기한을 ‘2월 이내’로 개정하였다. 이로 인하여 다른 시·도 및 택지개발사업지구가 아닌 지역의 토지를 동일한 목적으로 취득하는 경우와 형평에 맞지 않는 결과가 초래되고, 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우 취득세만 면제되고 등록세는 면제되지 않는 불균일한 결과가 초래된다.

(3) 행정안전부가 마련한「지방세 감면 표준조례」에서 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하여 아파트형 공장을 설립하는 경우 등기까지 상당한 기간이 소요되는 사정을 고려하여 등기기한을 ‘2년 이내’로 규정하고 있는 것에 비추어 볼 때, 이 사건 감면조항에서 아파트형 공장을 설립하기 위하여 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우를 특별히 감면대상에서 제외하려고 한 것으로 보이지 않고, 동일한 목적으로 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우와 그렇지 않은 경우를 차별하여야 할 합리적인 이유도 없다고 할 것이다.

(4) 이 사건 감면조항이 등기기한을 정한 것은 아파트형 공장을 설립하기 위하여 취득한 부동산이 소유권이전등기가 되지 않은 채 장기간 방치되는 것을 방지하려는 취지라고 할 것인데, 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우 구획정리가 완료되기 전까지는 등기가 불가능하므로, 토지를 취득한 시점부터 구획정리가 완료되어 등기가 가능하게 되는 시점까지에 있어서는 등기가 되지 않은 채 장기간 방치되는 것을 방지하려는 이 사건 감면조항의 취지에 반하는 상황이 발생하지 않는다고 할 것이다.

(5) 이 사건 감면조항이 포함된「00도 도세 감면조례」는 제14조에서, 공동주택을 최초로 분양받아 1가구 1주택이 되는 경우 취득세와 등록세를 감면한다고 규정하면서, 부동산의 취득일부터 2월(보존등기가 되지 아니한 주택을 취득한 자는 건축주가 보존등기한 날부터 2월, 주택을 분양하는 자가 법령의 규정이나 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월) 이내에 이전등기를 하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하였다. 이러한 규정은 결국 등기가 가능한 시점을 기준으로 등기기한을 정한 것으로서, 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우에도 이와 동일하게 해석하는 것이「00도 도세 감면조례」규정 상호 간의 균형과 이 사건 감면조항의 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석이라고 할 것이고, 이와 같은 해석이 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치는 것은 아니라고 할 것이다.

(6) 등록세는 등기가 가능한 것을 전제로 하는 것이고, 택지개발사업지구 내의 토지를 취득하는 경우에는 구획정리가 완료되기 전까지는 등기가 불가능하므로, 이 사건 감면조항에서 규정한 ‘취득일로부터 2월 이내’라는 규정을 세법상 부동산의 취득일을 의미하는 잔금지급일로부터 2월 이내라고 해석하는 것은 등록세의 본질에도 맞지 않는다고 할 것이다.

(7) 이상과 같은 점을 종합해 보면, 이 사건 감면조항이 등록세 면제와 관련하여 ‘취득일부터 2월 이내에 등기하는 경우’라고 규정한 것은 ‘등기가 가능한 때로부터 2월 이내에 등기하는 경우’라고 해석하는 것이, 등록세의 본질과 이 사건 감면조항의 취지 및 목적,「00도 도세 감면조례」규정 상호간의 균형 등에 부합하는 합목적적 해석이라고 할 것이다.

다. 이 사건 처분

이상에서 본 바에 의하면, 아파트형 공장을 설립하기 위하여 택지개발사업지구 내의 이 사건 토지를 취득한 원고는 소유권이전등기가 가능한 때로부터 2월 이내에 등기를 하면 등록세가 감면된다고 할 것인데, 이 사건 토지는 2010. 10. 8. 한국토지주택공사 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌다가 그로부터 2월 이내인 2010. 10. 13. 원고 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌고, 또한 앞서 살펴본 사정들을 종합해 보면 원고로서는 그 책임질 수 없는 사유로 인하여 부동산을 취득한 날로부터 2월 이내에 등기하지 못한 것으로 정당한 사유도 있다고 할 것이므로, 결국 이 사건 토지에 관한 등록세는 면제된다고 할 것이다.

따라서 이 사건 토지에 관하여 원고에게 등록세와 지방교육세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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[별지]

구 00도 도세 감면조례

(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 전부 개정되기 전의 것)

제14조 (주택에 대한 감면)

①주택건설사업자(「부가가치세법」제5조의 규정에 의하여 건설업 또는 부동산매매업으로 사업자등록증을 당해 건축물의 사용승인서교부일 이전에 교부받거나 동법시행령 제8조의 규정에 의한 고유번호를 부여받은 자를 말한다. 이하 이 장에서 같다) 또는 「주택법」제9조제1항제6호의 규정에 의한 고용자가 분양할 목적으로 건축한 5세대이상의 공동주택(아파트·연립주택·다세대주택을 말하며, 당해 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되 분양 또는 임대하는 복리시설을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 당해 공동주택을 건축후 미분양 등의 사유로 제16조의 규정에 의한 임대용으로 전환하는 경우에 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 당해 공동주택의 사용승인서 교부일부터 2월이내에 보존등기를 하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 삭제

2. 삭제

②연면적 또는 전용면적 40제곱미터 이하의 주택 중 취득가액이 1억원 미만인 주택을 취득하여 1가구1주택〔당해 주택을 취득한 날부터 30일 이내에 종전 주택을 처분(증여를 제외한다)하여 1가구1주택이 되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다〕이 되는 경우에는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 부동산의 취득일부터 2월(보존등기가 되지 아니한 주택을 취득한 자는 건축주가 보존등기한 날부터 2월, 주택을 분양하는 자가 법령의 규정이나 천재·지변·사변·화재 그 밖에 이와 유사한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월)이내에 이전등기를 하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

제16조 (임대주택에 대한 감면)

①「임대주택법」 제2조제4호의 규정에 의한 임대사업자(임대용부동산 취득일부터 30일이내에 임대사업자로 등록한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다) 및 「공무원연금법 시행령」제74조제1항제4호의 규정에 의한 임대사업을 하는 공무원연금관리공단이 임대할 목적으로 공동주택(아파트·연립주택 및 다세대주택을 말하며, 당해 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 당해 공동주택(그 부속토지를 포함하되, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유없이 2년내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우를 제외한다)에 대하여는 각 호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하고, 당해 공동주택을 과세기준일 현재 「임대주택법」제12조제1항제1호와 제2호의 규정에 의한 임대주택용 및 「공무원연금법 시행령」제74조제1항제4호의 규정에 의한 공무원임대주택용으로 사용하는 경우에는 공동시설세를 면제한다.

2.「임대주택법」제12조제1항제1호 내지 제3호의 규정에 의한 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 149제곱미터 이하의 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호 이상 취득하거나 20호 이상 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가 취득 결과로 20호 이상을 보유하게 된 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세와 등록세의 100분의 25를 경감한다.

②임대사업자 및 「공무원연금법」에 의한 공무원연금관리공단이 임대할 목적으로 공동주택을 건축주(「임대주택법」에 의한 임대의무기간을 경과한 후 분양하는 건설임대사업자를 포함한다)로부터 최초로 분양받은 경우 당해 공동주택(「주택법」 제80조의2제1항의 규정에 의한 주택거래신고지역내 공동주택은 제외한다)에 대하여는 다음 각 호의 1에서 정하는 바에 의하여 지방세를 감면한다.

1. 전용면적 60제곱미터 이하의 공동주택을 취득하는 경우에는 취득세와 등록세를 면제하고, 당해 공동주택을 과세기준일 현재 「임대주택법」제12조제1항제1호와 제2호의 규정에 의한 임대주택용 및「공무원연금법 시행령」제74조제1항제4호의 규정에 의한 공무원임대주택용으로 사용하는 경우에는 공동시설세를 면제한다.

2. 전용면적 60제곱미터 초과 149제곱미터 이하의 장기임대주택을 20호 이상 취득하거나 20호 이상 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가 취득 결과로 20호 이상을 보유하게 된 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세와 등록세의 100분의 25를 경감한다.

③제1항 및 제2항에서 규정한 공동주택을 취득한 날(건축한 경우에는 사용승인서 교부일)부터 2월(보존등기가 되지 아니한 공동주택을 취득한 경우에는 건축주가 보존등기한 날부터 2월, 법령의 규정이나 천재·지변·사변·화재 그밖에 이와 유사한 사유로 소유권이전등기를 할 수 없는 경우에는 이전등기가 가능한 날부터 2월)이내에 보존등기 또는 이전등기를 하지 아니하거나, 「임대주택법」제12조제1항 및 동법 시행령 제9조제1항의 규정에 의한 임대의무기간 내에 「임대주택법」제12조제3항 및 같은 법 시행령 제9조제2항의 규정에서 정한 경우가 아닌 사유로 임대이외의 용도로 사용하거나 매각하는 경우에는 감면된 취득세와 등록세를 추징한다.

제21조 (농어촌특산품생산단지등에 대한 감면)

①다음 각호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2월이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호 내지 제2호의 경우에 수도권정비계획법 제6조의 규정에 의한 과밀억제권역안에서는 그러하지 아니하다.

3. 산업집적활성화및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의하여 아파트형공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 및 동법 제28조의5제1항제1호 및 제2호의 규정에 의하여 아파트형공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업자

②제1항의 규정에 의한 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우와 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 그 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일부터 5년이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당 부분에 대하여는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

1. 공장을 가동하거나 사업을 개시하기 전에 타인에게 양도하는 경우

2. 공장 또는 사업에 필요한 시설의 사용승인서교부일이후 정당한 사유없이 6월이내에 지정된 제품의 생산 또는 사업을 하지 아니하는 경우

3. 부동산을 취득한 후에 정당한 사유없이 취득한 날부터 1년이내에 지정한 공장 또는 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 5년이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우 끝.

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【하급심-수원지방법원 2012. 5. 11. 선고 2011구합13218 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2010. 10. 8. 원고에 대하여 한 등록세 1,662,511,970원, 지방교육세 332,502,390원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 31. 대한주택공사(이후 한국토지주택공사가 대한주택공사의 모든 권리의무를 포괄적으로 승계하였다)와 사이에 00시 소재 0000지구 내 도시지원시설용지 36,875㎡를 75,593,750,000원에 분양받으면서, ① 계약금 7,559,375,000원은 계약체결 당일, 중도금 30,237,500,000원은 2008. 6. 30., 잔금 37,796,875,000원은 2008. 9. 30. 지급하고, ② 소유권이전등기는 분양대금이 완납되고 지적공부정리가 완료된 후 이행하며, ③ 소유권이전등기하는 면적이 계약서에 표시된 면적과 차이가 나는 경우에는 소유권이전등기시에 서로 정산하는 것(분양계약서 제6조)을 내용으로 하는 분양계약(이하 ‘이 사건 분양계약’이라 한다)을 체결하였고, 2008. 10. 16. 한국토지주택공사에게 위 분양계약상 잔금 지급을 완료하였다.

나. 한국토지주택공사는 2010. 10. 6. 0000지구 사업부지에 대한 구획정리를 완료하였고, 원고는 2010. 10. 12. 한국토지주택공사와 사이에 대금정산 없이 이 사건 분양계약상 도시지원시설용지의 면적만을 36,443㎡로 감축하는 내용의 수정계약을 체결한 후(이하 ‘이 사건 수정계약’이라 하고, 위 수정계약에서 위 도시지원시설용지는 ‘소재지번 : 00시 00동 1345, 필지번호 : 도시지원 1’로 표시되었다), 2010. 10. 13. 위 수정계약에 따라 표시된 00시 00동 1345 대 36,443㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 2008. 3. 31. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 원고는 2008. 10. 31. 피고에게 구 00도 도세 감면조례(2008. 12. 30. 조례 제3827호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제3호(이하 ‘이 사건 감면조항’라 한다)의 규정에 따른 등록세 감면신청을 하였고, 피고는 2008. 11. 4. 원고에게 위 도시지원시설용지에 해당하는 00시 00동 471-2 외 일원 36,875㎡에 관하여 ‘이 사건 감면조항에 따른 아파트형 공장에 대한 감면’을 이유로 등록세 및 지방교육세를 면제하였다.

라. 그런데 피고는 2010. 6. 8. 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 2월 이내에 등기를 하지 않았다는 이유로 등록세 1,662,511,970원, 지방교육세 332,502,390원을 납부·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 1. 5. 감사원에 심사청구를 하였으나 2011. 8. 18. 심사청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증, 을 제4호증의 1 내지 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 감면조항의 적용을 부인하고 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다

(1) 이 사건 감면조항에 의하면 ‘부동산을 취득한 날로부터 2월 이내에 등기하는 경우에 등록세를 면제한다’고 규정하고 있고, 피고는 원고가 한국토지주택공사에게 이 사건 분양계약에 따른 잔금을 지급한 2008. 10. 16.경에 이 사건 토지를 취득한 것으로 보고 이때로부터 2월 이내에 등기가 마쳐지지 않았다는 이유로 이 사건 감면조항의 적용을 부인하고 등록세 등을 부과하였다.

그러나 지방세법상 취득이 있었다고 인정되기 위해서는 그 전제로 취득세의 대상인 과세물건이 특정되어 있어야 하는데, 이 사건 토지는 지번이 부여되고 면적이 확정되는 등 2010. 10. 6. 구획정리가 완료되고 토지대장이 작성되고 나서야 비로소 특정되었다고 할 것이다. 또한 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제73조 제1항 제1호는 ‘유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일’에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 원고와 한국토지주택공사가 2010. 10. 12. 이 사건 수정계약을 체결하고 면적증감에 대한 정산을 완료하여 이 사건 토지에 대한 분양대금을 확정한 것이므로 이때 사실상 잔금지급이 완료되었다고 보아야 한다.

따라서 원고는 이 사건 토지가 특정되거나 사실상의 잔금지급이 완료된 무렵 이 사건 토지를 취득하였고, 그로부터 2월 이내에 소유권이전등기를 마친 이상 이 사건 감면규정의 적용대상이 된다.

(2) 이 사건 감면조항이 아파트형 공장의 설립을 지원함으로써 산업의 집적을 활성화하고 공장의 원활한 설립을 지원하는 것을 목적으로 등록세를 면제하면서도 취득한 날로부터 일정 기간 내에 등기할 것을 요구하는 취지는, 아파트형 공장을 설립하기 위하여 취득한 부동산이 소유권이전등기가 경료되지 않은 채 장기간 방치되는 것을 방지하기 위한 것이다.

그런데 이 사건과 같이 택지조성을 위하여 구획정리가 진행 중인 토지를 분양받는 경우 구획정리가 완료되어 지번이 부여되기 전까지는 상당한 기간이 소유되고 그 기간 동안은 소유권이전등기 자체가 불가능하다. 또한 이 사건 감면조항은 2000. 12. 30. 개정되면서 개정사유에 관한 별다른 검토나 심의도 없이 종전의 ‘취득일로부터 2년’을 ‘취득일로부터 2월’로 변경한 것이므로 착오에 의한 입법의 오류 가능성도 다분하다. 따라서 이 사건 감면조항의 입법목적이나 취지 및 개정경위에 비추어 볼 때 이 사건 감면조항의 ‘취득한 날로부터 2월 내’의 기간은 ‘등기가 가능한 때로부터 2월 내’라고 해석하여야 한다.

(3) 피고는 2008. 11. 4. 원고에게 이 사건 토지에 관하여 이 사건 감면조항이 적용됨을 이유로 등록세를 면제한다는 납세고지를 한 이상 착오를 이유로 이를 취00이고 다시 등록세 등을 부과할 수 없고, 나아가 원고는 피고로부터 등록세가 면제된다고 믿고 이 사건 토지를 취득하고 아파트형 공장건물을 신축하는 등 사업을 진행한 것이므로 원고의 신뢰에 반하여 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

지방자치단체가 조성하여 공급하는 토지 중 위치 및 경계가 특정된 일정 토지를 일정한 금액을 매매대금으로 정하되 추후에 측량결과에 따라 면적의 증감이 있는 경우에는 대금을 정산하기로 하는 약정 하에 매수한 후 당초의 매매대금을 모두 지급하였다면, 당초의 매매대금이 모두 지급된 때가 사실상의 잔금지급일이라고 봄이 상당하므로 그 때가 위 토지의 취득시기가 된다고 할 것이고, 매매대금의 지급 후 면적증가가 밝혀져 청산금을 지급하였다고 하여 청산금이 지급된 때가 취득시기가 된다고 할 수는 없다(대법원 1998. 1. 23. 선고 97누7097 판결 참조).

앞에서 본 바와 같이 원고는 2008. 3. 31. 한국토지주택공사와 사이에 0000지구 내 도시지원시설용지로 00시 00동 471-2 외 일원 36,875㎡를 대금 75,593,750,000원에 매수하는 내용의 이 사건 분양계약을 체결하면서 지적 등이 정리된 후 그 결과에 따라 매매대금을 정산하기로 한 것이고, 달리 위 분양계약상 토지가 그 위치나 경계가 특정되지 않아 변경의 여지를 두고 있다는 등의 사정을 찾아 볼 수 없는 이상, 원고가 이 사건 분양계약에 따른 잔금을 모두 지급한 2008. 10. 16.이 사실상의 잔금지급일로서 이 사건 토지의 취득일이 된다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

㈎ 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다고 할 것이므로(대법원 2007. 10. 26. 선고 2007두9884 판결 참조), 이 사건 감면조항을 취득시점에 관계없이 등기가 가능한 때로부터 2월 내에 등기하는 경우 등록세를 감면하는 것으로 해석할 수는 없다.

㈏ 그러나 ① 00도를 제외한 대부분의 광역지방자치단체가 제정한 지방세 감면조례는 "취득일로부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다"는 취지로 규정되어 있는 점, ② 이 사건 감면조항은 아파트형 공장 설립을 위하여 토지를 취득하는 경우 취득세를 면제하고 정상적으로 등기하는 경우 등록세까지 면제함으로써 토지매입비용 등 아파트형 공장 설립을 위한 비용을 낮추어 공장설립을 활성화하기 위하여 마련된 것인 점, ③ 그런데 이 사건 감면조항은 "취득일로부터 2월 이내에 등기하는 경우에 등록세를 면제한다"고 규정함으로써 택지개발지구 내의 토지를 취득하는 경우에는 구획정리사업에 2월 이상의 기간이 소요되어 수분양자가 분양대금 잔금 납부일로부터 2월 이내에 소유권이전등기를 마치는 것이 사실상 불가능하여 이러한 입법목적을 달성하기 어려운 점 등에 비추어, 택지개발지구 내의 토지를 취득하는 자로서 이 사건 감면조항에 따라 등록세를 면제받을 수 있는 납세의무자가 그에게 책임질 수 없는 사유로 인하여 부동산을 취득한 날로부터 2월 이내에 등기하지 못하는 예외적인 경우에는 이 사건 감면조항이 적용되어 등록세가 면제되어야 한다고 봄이 상당하다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두4842 판결, 대법원 2000. 10. 6. 선고 98두922판결 등의 취지 참조).

위와 같은 법리 및 앞서 인정된 사실에 비추어 보면 원고가 이 사건 감면규정에서 요구하는 ‘취득 후 2월’의 기간 내에 등기를 하지 못한 원인은 구획정리가 마쳐져 지번이 부여되어야 하는 등 원고로서는 어쩔 수 없는 법률상 또는 사실상 장애에서 비롯된 것이 분명하여 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 사정에 기인한 것이 명백하다.

따라서 원고가 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 위 토지의 취득시로부터 2월이 경과한 후에 경료하였다고 하더라도 등록세를 부과할 수 없다 할 것이다. 그러므로 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 나아가 판단할 필요 없이 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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[별지]

【관계법령】

1.1. [구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것)]

2. 제73조(취득의 시기등)

3. ① 유상승계취득의 경우에는 다음 각호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.<개정 2000.12.29, 2005.10.7, 2006.12.30>

4. 1. 법 제111조제5항제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

4.1. [구 00도 도세감면 조례 (2008. 12. 30. 조례 제3827호로 전부 개정되기 전의 것)]

4.2. 제21조 (농어촌특산품생산단지등에 대한 감면)

5. ① 다음 각 호의 1에 해당하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우를 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2월 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다. (단서 생략)

6. 3. 산업집적 활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제6호의 규정에 의하여 아파트형 공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 및 동법 제28조의5 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 아파트형 공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업자 <끝>