토지를 취득하기 위하여 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당하지 않으므로, 토지 등 공매가액 중 순수 기계기구 해당 가액은 취득세 등 부과대상이 아니라고 한 각 처분은 부당하고, 각 세목별 정당한세액을 초과하는 부분과 변제금 중 일부를 과세표준인 취득가격으로 삼고있어 위법하므로 전부 취소하여야 한다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1, 2, 4, 5, 7, 8, 9호증, 갑 제10호증의 1 내지 4, 갑 제11, 13호증의 각 1, 2, 갑 제14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 부산 강서구

송정동 소재 녹산산업단지 내 페기물매립을 위한 부동산개발과 매립관련 영업 등을 목적으로 설립된 법인으로서 2009. 7. 20.

대한토지신탁 주식회사로부터 부산 강서구

송정동 1774 잡종지 204,581㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다), 위 지상 건물(등기부상 내역 : 단층 분뇨 및 쓰레기처리시설 269.36㎡), 미등기건물(제시외 건물 924.83㎡), 기계기구 5종(이하 통틀어 ‘이 사건 토지 등’이라 한다)을 공매절차에서 낙찰받고, 그 무렵 낙찰가액 646억 원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 등 합계 2,971,600,000원을 피고에게 신고·납부하였다.

나. 위 취득 당시 이 사건 토지는 총 5개 공구의 페기물매립시설로 구획되어 제1-1공구와 제1-2공구만이 그 지하에 폐기물매립시설이 설치되어 매립을 개시한 상태였고, 제2공구에 대한 공사 진행 도중 부도가 나서 공사가 중단되고 위와 같은 공매절차에 들어간 것이었는데, 위와 같은 지하 폐기물매립시설의 조성공사, 즉 토지 굴착공사, 쓰레기매립시 발생하는 침출수 유출방지를 위한 바닥 콘크리트공사 및 사면의 시트파일공사와 관련하여 발생한 공사대금 채권자들이 이 사건 토지 등을 점유하며 유치권을 주장하고 있었다.

다. 피고는 이 사건 토지 등 공매가액 646억 원 중 순수 기계기구 해당 가액은 취득세 등 부과대상이 아니라는 이유로 그 환급대상 과세표준을 4,464,848,690원으로 하여 산출한 취득세 89,296,930원, 농어촌특별세 8,929,690원, 등록세 89,296,930원, 지방교육세 17,859,380원 합계 205,382,948원을 원고에게 환급하기로 결정하였고, 위 환급은 2010. 1.경 이루어질 예정이었다.

라. 원고는 2009. 10. 16. 공사대금 채권자 82명에게 합계 5,208,455,409원을 대위지급한 후 2009. 12. 11. 합계 5,745,555,820원(= 공사대금 지급액 5,208,455,409원 + 국민주택채권 등 비용 537,100,000원)을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 114,911,110원, 농어촌특별세 11,491,100원, 등록세 114,911,110원, 지방교육세 22,982,210원 합계 264,295,530원을 피고에게 수정신고하였는데, 피고는 위 환급예정금과 상계처리하기 위해 1차분(과세표준 : 1,280,709,130원, 국민주택채권 등 비용 537,100,000원 포함), 2차분(과세표준 : 4,464,846,690원)으로 나누어 수정신고하라고 권유하였다.

마. 이에 원고는 2009. 12. 11. 취득세 25,614,180원, 농어촌특별세 2,561,410원, 등록세 25,614,180원, 지방교육세 5,122,830원을 수정신고ㆍ납부하였고, 2009. 12. 14. 위 환급예정금과 대등액 상당인 취득세 89,296,930원, 농어촌특별세 8,929,690원, 등록세 89,296,930원, 지방교육세 17,859,380원을 수정신고ㆍ납부하였다.

바. 한편, 원고는 2009. 12. 4. 나머지 공사대금 채권자 23명에게 합계 214,929,678원을 대위지급한 후 2010. 1. 29. 위 금액을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 4,298,590원, 농어촌특별세 429,850원, 등록세 4,298,590원, 지방교육세 859,710원 합계 9,886,740원을 피고에게 수정신고ㆍ납부하였다[이하에서는 위 2009. 12. 11.자 처분의 과세표준에서 국민주택채권 등 비용을 공제한 나머지 취득가액 합계 743,609,130원(= 1,280,709,130원 - 537,100,000원)을 과세표준으로 한 처분과 2009. 12. 14.자 처분 및 2010. 1. 29.자 처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다].

사. 피고는 2010. 1. 13. 이 사건 토지 등 공매가액 중 기계기구 5종의 취득가액 해당 부분에 대한 취득세 등 합계 약 2억 원을 원고에게 환급해 주었다.

아. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2010. 3. 5.

부산광역시장에게 이의신청을 하였으나 2010. 4. 22. 기각되었고, 2010. 7. 26. 이 사건 각 처분에 대한 조세심판을 청구하였으나 2011. 8. 8. 기각되었다.

2. 처분의 적법 여부

가. 쌍방의 주장

1) 원고의 주장

가) 이 사건 지하 폐기물매립시설(이하 ‘이 사건 매립시설’이라 한다)은

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제4호 소정의 건축물,

구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조의2 소정의 시설물에 해당하지 않아 취득세 등의 부과대상이 아니고, 원고가 위 매립시설 공사대금 채권자들에게 대위지급한 54억여 원(이하 ‘이 사건 변제금‘이라 한다)은 과세대상이 아닌 이 사건 매립시설의 취득가액 일부에 해당할 뿐이므로, 이를 이 사건 토지 취득의 부대비용임을 전제로 한 피고의 이 사건 각 처분은 위법하다.

나) 설령, 이 사건 변제금이 이 사건 토지 등을 취득하기 위한 부대비용에 해당한다고 하더라도 위 금원을 전 소유자의 법인장부 기재 가액을 토대로 각 대상별(토지, 건물, 기계기구, 지하 폐기물매립시설) 가액 비율로 안분하여 과세대상이 아닌 기계기구, 폐기물매립시설에 해당하는 금원인 3,732,217,018원은 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 하고, 과세대상인 토지, 건물에 해당하는 안분액인 1,691,168,069원을 과세표준으로 하여 산출된 취득세 등 합계 77,793,730(= 토지 75,692,747원 + 건물 2,100,983원)이 정당한 세액임에도 불구하고, 이와 달리 기계기구, 폐기물매립시설 해당 안분액도 과세표준에 포함하여 산출한 피고의 이 사건 각 처분은 위 정당한 세액 77,793,730원을 초과하는 범위에서 위법하여 그 해당액 171,681,982원(= 기계장치 178,687원 + 페기물매립시설 171,503,295원) 부분은 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장

이 사건 토지 등을 매수한 원고는 유치권자들에게 그 유치권으로 담보되는 채권을 변제할 책임이 있는 점, 원고가 매도인인

대한토지신탁 주식회사와 사이에 작성한 매매계약서에 매수인이 유치권을 인수한다는 조건이 명시되어 있는 점, 이 사건 공매절차에서 이루어진 감정평가에서 이 사건 매립시설을 토지의 종물 또는 부합물로 보아 토지의 가격평가에 포함한 점을 종합해 보면, 원고가 유치권자들로부터 이 사건 토지를 인도받기 위하여 지급한 변제금은 이 사건 토지를 취득하기 위하여 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당하고, 유치권자는 채권 전부를 변제받을 때까지 유치물인 이 사건 토지 전부에 대하여 유치권을 행사할 수 있어 이 사건 토지 중 폐기물매립시설에 대한 변제금을 별도로 분리할 수도 없으므로, 이 사건 각 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 먼저, 이 사건 변제금이 이 사건 토지를 취득하기 위한 부대비용에 해당하는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 든 각 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 매립시설이 건축법상의 건축물(이와 유사한 형태의 건축물 포함)과 토지에 정착하거나 지하 또는 다른 구조물에 설치하는 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급ㆍ배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설 포함)로서 대통령령이 정하는 것에 해당하지 않고,

구 지방세법 시행령 제75조의2 소정의 시설물에도 해당하지 아니하므로, 이 사건 매립시설 자체는 취득세 부과대상이 아니라고 보이는 점, ② 원고와 매도인인

대한토지신탁 주식회사 사이에 작성된 매매계약서에 이 사건 유치권과 관련하여 피고 주장과 같이 “유치권을 인수한다”고 기재되어 있는 것이 아니라, ‘유치권 주장을 포함한 매매목적물에 관한 하자를 매수인이 부담한다’는 취지로 기재되어 있고, 이 사건 공매절차에서 이루어진 감정평가에서 이 사건 매립시설을 토지의 가액에 포함하여 평가한 점을 감안하면, 원고가 유치권을 소멸시키기 위하여 지급한 금원을 이 사건 토지 자체의 취득대금이라고 단정할 수 없는 점, ③ 취득세 부과대상인 토지, 건물의 소유권 취득은 소유권이전등기를 마침으로써 완성되는 것이라고 할 것인데, 매매대금을 완납한 원고가 유치권자들에게 유치권에 의하여 담보되는 채권을 변제하지 않는다고 하여도 이 사건 토지 및 건물에 관한 소유권이전등기를 마침에는 아무런 지장이 없고, 단지 매립시설에 관한 사용ㆍ수익에 지장을 받을 뿐이므로, 이 사건 변제금은 토지 취득을 위한 비용이 아니라 이 사건 매립시설의 취득비용으로 보이는 점, ④ 앞서 본 바와 같은 이 사건 매립시설의 구조와 형태, 조성경위 등에 비추어 보면, 이 사건 매립시설이 이 사건 토지 소유자가 토지 자체의 경제적 효용에 직접 이바지하기 위하여 부속시킨 종물에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이 사건 토지로부터 분리할 경우 과다한 비용이 소요될 것으로 보일 뿐만 아니라 거래상 독립한 권리의 객체성을 상실하고 이 사건 토지에 부착ㆍ합체되어 그와 일체로서 효용가치를 이루고 있어 이 사건 토지에 부합되었다고 할 것인데, 이 사건 매립시설이 토지에 부합되었는지 여부는 위 매립시설의 소유권이 누구에게 귀속되는지 여부를 결정하는 데 필요한 것이지 취득세 부과대상을 확정짓는 요소라고 할 수 없을 뿐 아니라, 부합으로 인하여 애초 취득세 부과대상이 아닌 것이 취득세 부과대상이 된다고 하면 조세법률주의에 반한다고 보이는 점, ⑤

법인세법 제13조,

제15조 [별표5]에 의하면, 감가상각자산에 해당하지 않는 토지나 건설 중인 자산과 달리 구축물은 기준내용연수 및 내용연수 범위표상 감가상각 대상자산으로서 토지와는 별개로 규정하고 있는 점, ⑥ 지하 페기물매립시설의 원시취득 내지 증개축으로 인한 가액증가(간주취득)의 경우 취득세를 부과하지 않고 있는데, 승계취득의 경우 이와 달리 취급하여야 할 합리적인 근거나 이유를 찾아볼 수 없는 점에 비추어 보면, 원고가 유치권자들로부터 이 사건 토지를 인도받기 위하여 지급한 변제금은 이 사건 토지를 취득하기 위하여 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용에 해당한다고 할 수 없으므로, 원고의 예비적 주장에 대하여 판단할 필요도 없이 이 사건 각 처분은 위법하다고 할 것이다.

2) 나아가 정당한 과세표준에 근거한 세액에 관하여 살피건대, ① 피고가 2009. 12. 11. 원고에게 한 과세표준을 1,280,709,130원으로 하여 산출한 취득세 25,614,180원, 농어촌특별세 2,561,410원, 등록세 25,614,180원, 지방교육세 5,122,830원의 부과처분은 그 과세표준 중 이 사건 토지의 취득 부대비용에 해당하지 않는 이 사건 변제금 중 일부인 743,609,130원을 제외한 국민주택채권 등 비용 537,100,000원(= 1,280,709,130원 - 743,609,130원) 부분만 정당하므로, 이를 기초로 원고가 납부하여야 할 정당한 세액을 산정하면, 취득세는 10,742,000원(= 과표 537,100,000원 × 세율 20/1,000), 농어촌특별세는 1,074,200원(= 과표 537,100,000원× 세율 2/1,000), 등록세는 10,742,000원(= 과표 537,100,000원 × 세율 20/1,000), 지방교육세는 2,148,400원(= 과표 537,100,000원 × 세율 4/1,000)이 되므로, 위 처분 중 위와 같은 각 세목별 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 하고, ② 피고가 2009. 12. 14. 원고에게 한 취득세 89,296,930원, 농어촌특별세 8,929,690원, 등록세 89,296,930원, 지방교육세 17,859,380원의 부과처분은 위와 같이 과세대상 내지 이 사건 토지의 취득 부대비용에 해당하지 않는 이 사건 변제금 중 일부인 4,464,846,690원을 그 과세표준인 취득가격으로 삼고 있어 위법하므로 전부 취소되어야 하며, ③ 피고가 2010. 1. 29. 원고에게 한 취득세 4,298,590원, 농어촌특별세 429,850원, 등록세 4,298,590원, 지방교육세 859,710원의 부과처분 또한 이 사건 변제금 중 일부인 214,929,678원을 그 과세표준인 취득가격으로 삼고 있어 위법하므로 전부 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.