1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 7. 4. 한국산업단지공단으로부터 00국가산업단지 내에 있는 00 00군 00면 복운리 1667-1 잡종지 9,934.4㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 분양받아 2006. 6. 1. 매매대금을 모두 지급한 후 2006. 7. 31. 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2003. 7. 4. 한국산업단지공단으로부터 이 사건 토지 위에 공장설립 승인을 받았고, 2006. 6. 25. 피고로부터 공장 건축허가를 받았으며, 2006. 7. 12. 착공신고를 하였다.

다. 피고는 이 사건 토지가 구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제276조 제1항[이후 2010. 3. 31. 법률 제10220호로 지방세특례제한법이 제정되면서 같은 내용의 규정이 구 지방세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10417호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항으로 이동하였다]에서 규정하고 있는 취득세, 등록세, 재산세 면세대상 토지라고 판단하여 이를 모두 면제하여 왔다.

라. 그러던 중 피고는 2010. 3. 4. 이 사건 토지의 현황을 조사한 결과 원고가 건축허가에 따른 건물을 신축하지 않은 채 유휴지 상태로 방치 중인 사실을 확인하였고, 이에 피고는 2010. 9. 7. 원고에 대하여 이 사건 토지에 관하여 취득세 40,132,530원, 등록세 43,266,040원, 재산세 127,791,950원 합계 211,190,520원을 추징하는 처분을 하였고, 2011. 9. 7. 재산세 30,730,490원의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6호증, 을 제1호증의 1 내지 4의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 2003. 8.경 취득세 감면신청을 하였으나, 피고는 그 이후 2004년 및 2005년에도 재산세를 부과하였는바, 그와 같이 재산세를 매년 부과하였으면 원고가 이를 납부하였을 것인데, 피고가 스스로 이를 감면해 주었다가 오랜 시간이 지난 후 다시 이를 부과하는 것은 위법하다.

2) 이 사건 토지에 대한 세금의 감면은 구 지방세법 제276조 제1항이 아니라 「지방세특례제한법」제78조 제2항, 제71조 제2항에 근거하여 이루어져야 하는 것이므로, 구 지방세법 제276조 제1항 단서에 따라 면제된 취득세, 등록세, 재산세를 추징하는 것은 위법하다.

3) 원고는 이 사건 토지 위에 물류산업 영위를 위한 공장을 신축하려고 하였는데, 물류운송업 인ㆍ허가가 나오지 않았고, 자금이 충분하지 않아 건물을 신축하지 못하고 있는 것뿐인바, 이러한 사정을 고려하지 않고 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

■ 구 지방세법 (2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것)

제276조(산업단지 등에 대한 감면) ① 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물ㆍ연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(「수도권정비계획법」 제2조 제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업용 건축물등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관ㆍ산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관ㆍ산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다.

■ 지방세특례제한법 (2010. 12. 27. 법률 제10417호로 개정되기 전의 것)

제71조(물류단지 등에 대한 감면) ① 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다.

제78조 (산업단지 등에 대한 감면) ② 제1항에 따른 사업시행자가 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제41조에 따른 환수권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 한국산업단지공단의 경우에는 같은 법 제45조의7제1항 제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 2012년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업단지 또는 산업기술단지를 개발ㆍ조성하지 아니하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

④ 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 따라 조성된 산업기술단지에서 산업용 건축물등을 신축하거나 증축하려는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하려는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 2012년 12월 31일까지 취득세를 면제하고, 그 부동산에 대한 해당 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 재산세의 100분의 50을 경감(수도권 외의 지역에 있는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(해당 산업단지관리기관 또는 산업기술단지관리기관이 환매하는 경우는 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세 및 재산세를 추징한다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 관하여 보건대, 갑 제7호증의 1, 2, 제11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 원고가 2003. 8.경 피고에게 구 지방세법 제276조에 따라 이 사건 토지에 관한 취득세의 감면신청을 하였던 사실, 이에 따라 피고가 2003년 귀속 취득세 3,491,970원을 면제해준 사실, 면제되지 않고 부과된 2004년 및 2005년 재산세는 한국토지공사를 상대로 부과된 부분인 사실을 인정할 수 있는바, 이러한 사실에 비추어 보면, 피고는 2003. 8.경부터 구 지방세법 제276조에 근거한 원고의 신청에 따라 이 사건 토지 중 원고가 매매대금 분납으로 인하여 취득한 것으로 평가되는 부분에 대한 취득세 등을 면제해 주었던 것으로 보이고, 원고의 신청 없이 피고가 임의로 이를 면제해 주었던 것으로 보이지는 않으며, 설사 그렇다고 하더라도, 피고가 법령에 따라 이 사건 토지에 대한 취득세, 등록세, 재산세를 면제해 준 것은 원고에게 유리한 조치로 이를 위법하다고 보기도 어려우므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 관하여 보건대, 이 사건 토지에 대한 세금의 감면이 구 지방세법 제276조 제1항에 따라 이루어진 것은 앞서 본 바와 같으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 관하여 보건대, 구 지방세법 제276조 제1항은 일정한 조건을 갖춘 산업단지 등 안에서 산업용 건축물 등을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대한 취득세, 등록세, 재산세의 감면을 규정하면서 그 단서에서 ‘다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세ㆍ등록세 및 재산세를 추징한다’고 규정하고 있는데, 여기에서 ‘정당한 사유’라 함은 그 취득 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용 금지ㆍ제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 토지를 산업용 건축물 등의 용도에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 위 용도에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지의 취득자가 그 자체의 자금사정이나 수익상의 문제 등으로 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니하는바(대법원 2003. 12. 12. 선고, 2003두9978 판결 참조), 앞서 본 바와 같이 원고가 2006. 6. 25. 피고로부터 이미 이 사건 토지 지상에 공장 건축허가를 받았고 2006. 7. 12. 착공신고까지 하였던 사정에 비추어 보면, 원고가 물류운송업 인ㆍ허가를 받지 못하였다는 사정이나 자금이 충분하지 못하였다는 사정만으로는 위 규정에서 말하는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.