원심판결 및 상고이유서와 이 사건 기록을 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은 상고심절차에 관한 특례법 제4조 제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

【하급심-부산고등법원 2013. 4. 19. 선고 2012누3897 판결요약】

1. 이 사건의 쟁점 및 제1심 법원의 판단가. 이 사건의 주된 쟁점은, ① 원고가 이 사건 부동산의 취득과 관련하여 등록세 및 취득세의 면제요건을 충족하고 있는지 여부, ② 이 사건 신고행위 중 등록세, 지방교육세, 취득세 본세 부분이 당연 무효인지 여부(주위적 청구 부분), ③ 이 사건 소송이 제소기간 내에 적법하게 제기된 것인지 여부(예비적 청구 중 취득세 가산세에 관한 부분을 제외한 부분)이다.나. 첫 번째 쟁점에 관하여 제1심 법원은, 원고가 2010. 4. 15. 0000 대표 000와 0000의 사업용 자산 및 부채 일체를 포괄적으로 양도양수하기로 하는 계약을 체결한 점, 0000가 주식회사 0000로부터 이 사건 기계기구를 매입한 때인 2010. 3. 5. 당시 위 회사의 주식 중 약 20%만 보유하고 있었을 뿐이므로 000와의 관계에서 위 회사는 특수관계인에 해당한다고 할 수 없는 점, 위 계약으로 000가 취득하는 원고 지분의 가액 120,000,000원은 소멸하는 사업장인 0000의 순자산가액 81,167,447원 이상인 점 등을 근거로, 구 조세특례제한법(2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만 한다) 제119조 제4항, 제120조 제5항에 따라 이 사건 부동산에 대한 취득세와 등록세(지방교육세 포함)는 면제될 여지가 있다는 취지로 판단하였다.다. 두 번째 쟁점에 관하여 제1심 법원은 아래 각 사정을 근거로 이 사건 신고행위는 그 하자가 중대할지는 몰라도 명백하다고는 할 수 없고 또 그 하자가 명백하지 않더라도 예외적으로 당연무효라고 볼 수 있는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없어 결국 당연무효라고 볼 수 없다는 취지로 판단하였다.1) 원고는 2010. 5.경 피고에게 구 조세특례제한법 제119조, 제120조에 따른 사업양도·양수(법인전환)를 감면신청사유로 하여 이 사건 부동산에 대한 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 전부에 대한 조세감면신청을 하기는 하였지만, 이에 대한 피고의 결정이 있기 전인 같은 달 10. 이 사건 신고행위를 하고 그 다음날 그 중 등록세와 지방교육세를 자진 납부하였고, 그 과정에서 미리 피고에게 취득세, 등록세 등의 면제대상인지 여부를 문의하지 않았으며, 달리 피고 직원들의 관여나 개입이 없었고, 원고의 주장에 의하더라도 거래은행과의 사정에서 비롯된 것일 뿐 피고로부터 가산세 등의 제재를 피하기 위하여 불가피하게 이 사건 신고행위 등을 한 것도 아니다.2) 이 사건은 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 과세를 한 경우가 아니라 일단 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 있는 상태에서 조세특례제한법상의 면제요건에 해당하는지 여부가 문제되는 경우이다.3) 원고 스스로 2010. 5. 11. 이 사건 부동산에 관한 그 명의의 소유권이전등기를 하면서 등기원인을 사업양수도가 아닌 매매로 하였고, 원고가 이 사건 신고행위 후 그 중 취득세와 농어촌특별세를 자진납부하지 아니하여 피고가 이에 가산세를 더해 납부고지를 한 후인 같은 해 8. 13.에야 그 등기원인을 포괄양수도로 경정등기를 하였으므로, 사실관계를 정확히 조사하지 않으면 위 소유권이전등기가 단순 매매에 따른 것인지 사업양수도에 따른 것인지 명확히 알 수 없었다.4) 0000 대표 000가 이 사건 기계기구를 주식회사 0000로부터 매수한 2010. 3. 5.부터 불과 보름 남짓 전인 2010. 2. 12.에야 자신이 보유하고 있던 위 회사의 주식 41% 중 약 21%를 처분하였고, 그 전까지는 000가 위 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 보유하고 있는 상태였기 때문에, 위 기계기구의 매매 당시 000와의 관계에서 위 회사가 특수관계인에 해당하는지, 이에 따라 그 매매계약서상의 매매대금 50,000,000원을 시가로 볼 수 있는지, 그 결과 이 사건 포괄양수도계약으로 000가 취득하는 원고 주식의 가액이 소멸하는 사업장인 0000의 순자산액 이상에 해당하는지는 사실관계를 정확히 조사하지 않으면 이를 밝힐 수 없었고, 원고는 조세심판원의 심판절차에서도 이 점을 적극적으로 다투지 않은 것으로 보이고 이 사건 소송에서도 초기에는 이를 자인하기까지 한 점 등을 근거로, 이 사건 신고행위는 그 하자가 중대할지는 몰라도 명백하다고는 할 수 없다.라. 세 번째 쟁점에 관하여 제1심 법원은, 아래와 같은 요지로 설시하면서 이 사건 소 중 등록세, 지방교육세, 및 취득세 본세의 부과처분의 취소청구부분은 이 사건 신고행위일로부터 90일이 지난 2012. 1. 17. 제기되어 제소기간을 도과한 것이어서 역시 부적법하다는 취지로 판단하였다.1) 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법’이라고만 한다) 제72조 제1항 중 괄호 부분의 신고납부에 납부가 수반되지 아니하는 신고도 포함되는 것으로 보아야 하고, 신고납부방식의 조세의 경우 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고만 하고 세액을 납부하지 아니하여 과세관청이 신고한 사항에 대하여 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 고지한 것은 확정된 조세의 징수를 위한 징수처분일 뿐 취소소송의 대상이 되는 과세처분으로 볼 수는 없으므로, 신고납부방식의 조세의 경우 그 신고를 한 때를 심사청구의 기산일로 보아야 한다.2) 원고는 이 사건 신고행위일인 2010. 5. 10.부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 했는데, 90일이 지난 같은 해 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으므로, 그 심판청구 중 등록세, 지방교육세 및 취득세 본세에 관한 부분은 청구기간을 도과한 것이어서 부적법하다.3) 따라서 이 사건 등록세, 지방교육세 및 취득세 본세에 관한 취소청구 부분은 조세심판원의 재결서의 정본을 송달받은 날이 아니라 위 각 조세에 관한 처분이 있음을 안 날로부터 기산해야 하므로, 이 사건 소는 위 신고행위일로부터 90일이 지난 2012. 1. 17. 제기되어 제소기간을 도과한 것으로서 부적법하다.2. 이 법원의 판단 및 제1심 판결의 인용원고는 당심에서, 이 사건 등록세, 지방교육세 및 취득세 본세에 대한 심판청구의 기산일은 이 사건 신고행위일이 아니라 피고가 원고의 1차 감면신청을 거부한 2010. 7. 10. 또는 등기원인을 경정한 후 이루어진 원고의 2차 감면신청을 거부한 같은 해 8. 18.로 보아야 한다는 점을 강조하면서 제1심에서의 주장을 보완하고 있다.그러나 신고납부방식의 지방세를 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 보고(구 「지방세법」제72조 제1항 참조), 위 신고납부에 납부가 수반되지 아니하는 신고도 포함되는 것으로 보아야 한다(대법원 2001. 2. 9. 선고 99두5955 판결 참조).또한 과세관청이 납세자가 한 취득세 및 등록세 등의 감면신청을 거부하는 취지의 행위를 하더라도 취득세 및 등록세 등이 모두 신고납부방식의 조세인 이상 그 행위를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없고, 취득세 및 등록세의 감면에 관하여는 구 조세특례제한법 시행령 제116조 제4항이 지방세의 감면을 받으려는 자의 감면신청을 요구하는 규정을 두고 있을 뿐이지, 이에 대한 과세관청의 통지 또는 회신에 관한 절차규정이 없으므로 그 감면요건을 충족하는 경우 취득세 및 등록세는 법률상 당연히 면제되는 것이지 과세관청의 조세면제처분에 의하여 비로소 면제되는 것은 아니라 할 것이고, 따라서 면제신청을 거부하는 취지의 행위를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없고(대법원 1990. 3. 27. 선고 88누4591 판결 참조), 같은 취지에서 감면신청을 거부하는 취지의 행위를 한 날을 구 「지방세법」제74조 제3항이 정한 ‘처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 날)’이라고 볼 수도 없다.따라서 심판청구의 기산일을 이 사건 신고행위일로 본 제1심 법원의 판단은 정당하고, 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 위에서 추가한 것 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.