부동산 전체를 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 첨단업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종인 임대업에 사용하였다고 할 것이므로, 부동산등기는 등록세 중과의 대상이 된다.

1. 처분의 경위

1. 처분의 경위

가. 원고(종전 상호는 ‘

주식회사 한국통신미디어’이었으나 2006. 1. 10. 현재의 상호로 변경되었다)는 2003. 1. 10. 서울 서대문구

신촌동 134연세공학원 케이티벤처센터를 본점소재지로 하여 설립된 종합영상물제작업 등을 영위하는 법인으로서, 2006. 3. 8. 서울 강남구

삼성동 37-10, 37-11 토지와 그 지상의 지하 1층, 지상 6층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 45억 원에 취득하는 매매계약을 체결하였다.

나. 원고는 대도시인 서울특별시 내에서 설립된 법인이었기 때문에 설립 이후 5년 이내에 취득하는 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 함에 있어서는

구 지방세법(2006. 12. 30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 같다) 제138조 제1항 제3호 후단,

구 지방세법 시행령(2007. 3. 27. 대통령령 제19963호로 개정되기 전의 것, 이하 이 항에서 같다) 제102조 제2항 본문 후단에 따라 300/100의 중과세율에 의한 등록세와 이를 기초로 산출한 지방교육세1)1) 지방교육세는 등록세 납세의무를 지는 자에 대하여 등록세액의 100분의 20에 해당하는 금액을 세액으로 부과하는 조세로서 등록세부과처분의 당부와 그 결론을 같이 하므로, 이하에서 지방교육세에 관하여는 별도로 언급하지 아니한다.

를 납부하여야 했는데, 이 사건 부동산을

구 지방세법 시행령 제101조 제1항 제7호에서 정한 첨단기술산업업종 내지 첨단업종(이하 ‘첨단업종’이라고만 한다)에 사용할 예정이라는 이유로

구 지방세법 제138조 제1항 단서에 의하여 2006. 4. 24. 이 사건 부동산의 취득가액을 과세표준으로 하여

구 지방세법 제131조 제1항 제3호 ⑵목의 일반세율에 의한 등록세와 이를 기초로 산출한 지방교육세를 신고납부하고, 같은 날 이 사건 부동산에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다.

다. 피고는 2010. 2. 10. 원고가 이 사건 부동산을 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 첨단업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종(임대업)에 사용함으로써 이 사건 부동산에 관한 위 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 부동산등기’라 한다)는

구 지방세법 시행령(2010. 1. 1. 대통령령 제21975호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제2항에 의하여

구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 본문의 규정에 따른 등록세 중과대상이 되었다는 이유로 원고에게 중과세율과 일반세율의 차이에 따른 등록세 290,952,000원(가산세 포함) 및 지방교육세 54,590,400원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 위 각 부과처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2011. 2. 10. 원고의 심사청구를 기각하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 6, 11호증, 을 1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 피고는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득한 사업용 재산에 관한 등기에 대하여 면제된 등록세를 일정한 사유가 발생하면 추징하는

구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호를 적용하여 이 사건 처분을 하였으나, 원고는 위 규정에 따라 이 사건 부동산등기의 등록세가 면제된 것이 아니므로, 이 사건 처분은 관계 법령을 잘못 적용하여 이루어진 위법한 처분이다.

2) 피고가 이 사건 처분의 근거법령으로 들고 있는 구 지방세법 시행령 제101조 제2항은, 모법인 구 지방세법이 첨단업종에 대한 등록세 중과의 적용 배제와 관련된 추징요건 또는 감면배제 요건을 시행령에 위임하는 규정을 두고 있지 않음에도 아무런 근거 없이 과세요건을 창설함으로써 위임입법의 범위와 한계를 일탈한 위헌위법한 조항이므로, 이에 근거한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 피고는

구 지방세법 시행령 제101조 제2항에 따른 등록세 중과 요건인 원고가 이 사건 부동산을 등록세 중과제외 업종인 첨단업종에 직접 사용하지 아니한 사실을 증명하지 못하고 있고, 오히려 원고는 이 사건 부동산등기일로부터 1년 내에 이 사건 부동산의 지하층 및 1층의 일부(101호를 제외한 나머지 부분)를 첨단업종과 관련된 방송제작본부 및 이에 부수되는 창고로 직접 사용하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하였으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제150조의2 제2항은 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이

제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에

제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다고 규정하고 있고,

같은 법 제151조는 등록세 납세의무자가

제150조의2 제2항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는

제138조의 규정에 의하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 다음 각 호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다고 규정하고 있으며,

구 지방세법 시행령 제104조의2 제2항 제3호는

제101조 제1항 각 호에 규정한 업종(원고가 주장하는 첨단업종을 포함함)에 사용하기 위하여 취득한 부동산이

구 지방세법 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 부동산을 취득한 후

제101조 제2항의 규정에 의한 기간 내에 당해 업종에 사용하지 아니하는 경우에는 그 기간이 경과한 날(

제3호 가목) 또는 부동산을 취득한 후 다른 업종에 겸용하는 경우에는 겸용을 개시한 날(

제3호 나목)을

구 지방세법 제150조의2 제2항에서의 ‘대통령령이 정하는 날’이라 한다고 규정하고 있다.

이 사건에서 보건대, 을 2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 처분청인 피고는 2009. 11. 19. 원고가 등록세 중과제외 업종인 첨단업종에 사용하기 위하여 취득하였음을 전제로 일반세율로 그 등록세를 신고납부한 이 사건 부동산이

구 지방세법 시행령 제101조 제2항에 따라

구 지방세법 제138조 제1항 제3호 후단 및

구 지방세법 시행령 제102조 제2항 본문 후단에 의한 등록세 중과의 적용대상이 되었음을 이유로 원고에게 중과세율과 일반세율의 차이에 따른 등록세 및 지방교육세를 징수하는 이 사건 처분을 하기에 앞서 근거조문(

구 지방세법 제138조,

제151조,

구 지방세법 시행령 제104조의2) 및 과세예고세액을 명시한 과세예고 통지를 한 사실이 인정되는바, 피고가

구 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호에 근거하여 이 사건 처분을 하였음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다[원고가 지적하고 있는 과세전적부심사결정(을 3호증의 1, 2)이나 감사원심사결정(갑 3호증)은 피고가 적용한 근거법령을 오인하여 이루어진 것으로 보이나, 이 사건 처분의 위법성 여부에 영향을 미치지 않는다 할 것이다].

2) 두 번째 주장에 대한 판단

구 지방세법 제138조 제1항은 본문에서 대도시 내에서의 법인의 설립 이후 부동산등기를 하는 때에는 그 세율을

제131조에 규정한 일반세율의 100분의 300으로 중과하도록 규정하고 있고(

제3호), 단서에서

수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 관한 등기에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은

구 지방세법 시행령 제101조 제1항은

구 지방세법 제138조 제1항 단서에서 ‘대통령령이 정하는 업종’이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하면서, 그 제7호에서 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 첨단업종을 규정하고 있고,

제101조 제2항에서

같은 조 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 한편,

구 지방세법 시행령 제102조 제2항은

구 지방세법 제138조 제3호에서 ‘그 설립설치전입 이후의 부동산등기’라 함은 당해 법인이 설립된 이후 5년 이내에 취득하는 업무용비업무용 또는 사업용비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면, 대도시 내에서 법인의 설립 이후 5년 이내에 취득하는 부동산에 관한 등기는 원칙적으로 등록세 중과대상이고, 다만 산업발전법에 의하여 산업자원부장관이 고시하는 첨단기술산업과 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 첨단업종을 위하여 취득하는 부동산에 관한 등기는 등록세 중과대상에서 제외되는 것이지만,

구 지방세법 시행령 제101조 제2항 소정의 사유가 발생한 때에는 다시

구 지방세법 제138조 제1항 본문에 따라 그 등기는 등록세 중과의 대상이 된다 할 것이다.

따라서

구 지방세법 시행령 제101조 제2항은

같은 조 제1항과 더불어

구 지방세법 제138조 제1항 단서의 위임을 받아

구 지방세법 제138조 제1항 본문의 예외로서 등록세 중과대상에서 제외되는 업종에 관한 부동산등기의 기준 내지 범위를 구체화한 것이라 할 것이므로,

구 지방세법 시행령 제101조 제2항이 위임입법의 범위와 한계를 일탈한 위헌위법한 조항이라는 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다(한편, 원고는 구 지방세법이 등록세 중과의 적용 배제와 관련된 추징요건에 관하여 시행령에 위임하는 규정을 두고 있지 않다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이

구 지방세법 제150조의2 제2항,

제151조는 등기한 과세물건이

제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 중과세율과 일반세율에 차이에 따른 등록세액을 징수할 수 있는 규정을 두고 있고, 그 요건은

구 지방세법 제138조 제1항 단서의 위임을 받은

구 지방세법 시행령 제101조 제2항에서 규정하고 있다 할 것이다).

3) 세 번째 주장에 대한 판단

가) 원고는 이 사건 부동산 중 지하층 및 1층의 일부(101호를 제외한 나머지 부분)를 제외한 나머지 부분을 이 사건 부동산등기일로부터 1년이 경과할 때까지 첨단업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하지 아니하고 임대업에 사용한 사실에 대하여는 다투지 않는 것으로 보이므로, 이하에서는 원고가 이 사건 부동산의 지하층 및 1층의 일부(101호를 제외한 나머지 부분)를 위와 같이 직접 사용하지 않았는지 여부에 대하여만 본다.

나) 을 1 내지 3, 5 내지 10호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인

김용하의 일부 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, 서울특별시장(서울특별시 세무과)은 2009. 10. 14.부터 같은 해 11. 3.까지 서울특별시 강남구청에 대한 세무조사 지도점검을 실시하여 원고가 일반세율을 적용하여 등록세를 신고납부한 이 사건 부동산을 원고의 목적사업에 직접 사용하지 않고 임대업에 사용함으로써 중과세율과 일반세율의 차이에 따른 등록세를 추징할 사유가 발생하였다는 사실을 피고에게 알린 사실, 이에 피고는 이 사건 부동산에 관한 재산할 사업소세2)2) 구 지방세법상 환경개선 및 정비에 필요한 비용에 충당하기 위하여 시군 내에 사업소를 둔 자로서 매년 7월 1일 현재 사업소 과세대장에 등재된 사업주에게 사업소 연면적을 과세표준으로 하여 부과하는 세금을 말한다.

의 과세자료인 2006년부터 2009년까지의 각 건물사용명세서(원고가 이 사건 부동산을 취득한 이후 매년 7월 1일을 기준으로 스스로 작성하여 피고에게 제출한 서류들로서, 건물에 입주한 모든 입주자의 인적사항, 상호, 사업자등록번호, 사용면적, 최초 입주일 등을 기재하고, 건물주가 직접 사용하는 경우에는 그 사용자를 건물주로 기재하며, 주거용으로 사용하는 부분은 비고란에 주거용으로 기재하고, 7월 1일 현재 공실인 경우에는 해당 층 또는 호수에 대해 공실로 기재하도록 되어 있다)와 위 건물사용명세서상 임차인들의 주민세 신고납부 내역 등을 확인한 후 2009. 11. 19. 원고에게 앞서 본 과세예고 통지를 하였고, 원고의 과세전적부심사 절차를 거쳐 2010. 2. 10. 이 사건 처분을 한 사실, 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 이 사건 부동산의 지하층에 있는 원룸 12개는 모두 임대 중이었고 그에 따라 위 2006년 건물사용명세서에는 지하층이 주거용이라고 기재되어 있으며, 위 2007년 및 2008년 건물사용명세서에는 지하층에 대하여 아무런 기재가 없다가 위 2009년 건물사용명세서에 주식회사 유컴스엔터테인먼트가 2009. 4. 29. 유비쿼터스 스크린골프장이라는 사업장을 운영하기 위하여 위 지하층 전부를 임차한 것으로 기재되어 있는 사실, 위 각 건물사용명세서상 2006. 7. 1. 현재 이 사건 부동산의 1층 전부는 공실이었다가 2007. 1. 23. 101호가 임대되었고, 2008. 5. 1. 이후에는 1층 전부가 임대된 사실을 각 인정할 수 있다.

위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 부동산 전체를 그 등기일(2006. 4. 24.)로부터 정당한 사유 없이 1년이 경과할 때까지 첨단업종에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하지 아니하고 다른 업종인 임대업에 사용하였다고 할 것이므로, 달리 반증이 없는 한, 이 사건 부동산등기는

구 지방세법 시행령 제101조 제2항에 의하여

구 지방세법 제138조 제1항 본문의 규정에 따른 등록세 중과의 대상이 된다 할 것이다.

다) 원고는 이 사건 부동산등기일로부터 1년 내에 이 사건 부동산의 지하층 및 1층의 일부(101호를 제외한 나머지 면적)를 첨단업종과 관련된 방송제작본부 및 이에 부수되는 창고로 직접 사용하거나 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하였다고 주장하나, 앞서 든 증거들 및 이 법원의 서울 강남구 삼성2동

주민센터장에 대한 사실조회결과에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 2006. 6. 이후 방송제작본부로 사용하였다고 주장하는 이 사건 부동산의 1층 102호는 2006. 7. 1. 기준으로 공실이었다가(위 2006년 건물사용명세서 참조) 2008. 5. 1.경 주식회사

빅스타가 임차인으로 입주하였는바(위 2008년 건물사용명세서 참조), 원고의 주장에 의하더라도 원고가 위 102호를 첨단업종에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 점, ② 원고는 이 사건 부동산의 지하층의 임차인들의 임대차기간이 만료(2007. 1. ~ 2007. 10.)된 이후 지하층을 위 방송제작본부의 창고로 사용하였다고 주장하나, 이를 인정할 만한 객관적인 증거가 없을 뿐더러, 지하층의 임차인들 중 A-102호 입주자

홍지승은 2009. 2. 26., B-107호 입주자

이명수는 2009. 6. 24.에서야 위 각 주소지에서 전출하였고, 앞서 본 바와 같이 위 102호를 방송제작본부로 직접 사용한 기간이 2년 미만이라 할 것이므로 지하층을 방송제작본부의 창고로 사용한 기간도 2년 미만이라고 봄이 상당한 점, ③ 원고는 위 102호 외에 이 사건 부동산의 1층 중 101호를 제외한 나머지 부분도 2년 이상 첨단업종에 직접 사용하였다고 주장하나, 원고는 위 해당 부분을 어떠한 용도로 첨단업종에 사용하였는지조차 밝히지 못하고 있고, 건물사용명세서의 작성요령을 숙지하고 있었을 것으로 보이는 이 사건 부동산의 관리인인

김용하가 위 해당 부분을 원고가 직접 사용하고 있었음에도 위 2006년 건물사용명세서에 공실이라고 기재하였을 것으로 보이지 않으며, 원고는 위 해당 부분을 사업소 연면적에 포함시켜 재산세할 사업소세를 신고납부한 적도 없는 점, ④ 위 각 건물사용명세서상 해당 층이나 호수에 대하여 아무런 표시가 없는 것은 전년도와 동일한 용도로 사용되기 때문에 별도로 기재할 필요가 없었기 때문인 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 위 주장사실에 부합하는 듯한 증인

김용하의 일부 증언은 이를 그대로 믿기 어렵고, 갑 7호증의 1 내지 6, 갑 8호증, 갑 9호증의 1 내지 10호증의 각 기재만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.