상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 상고이유 제1점에 대하여

구 지방세법(2000. 12. 29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구법’이라 한다) 제105조 제6항 본문, 제111조 제4항, 제120조 제1항은 ‘법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 자는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 보고, 그 부동산, 차량 등의 총가액을 그 법인의 주식총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 하여 이에 대한 취득세를 신고납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 구 지방세법(2003. 12. 30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것) 제111조 제1항, 제120조 제1항은 ‘취득세 과세물건을 취득한 자는 취득 당시의 가액을 과세표준으로 하여 취득세를 신고납부하여야 한다’고 규정하고 있다.

원심은, 그 채용증거를 종합하여 피고는 원고가 2000. 9. 18. 00 주식회사(이하 ‘00’이라 한다)의 총발행주식 중 56.79%를 취득함으로써 00의 자산을 취득한 것으로 보아 간주취득세 585,500,550원(가산세 포함)을 부과고지하였고, 원고는 2001. 7. 30. 이를 납부한 사실, 그 후 원고는 지분을 그대로 보유한 상태에서 2003. 9.경 00로부터 그 자산 전부를 영업양수도 방식으로 취득하고 2003. 11. 27. 피고에게 취득세 861,119,650원을 신고납부한 사실 등을 인정한 다음, 원고에 대한 간주취득세는 실제 00의 자산을 취득하지는 아니하였지만 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과한 것이므로(대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조), 이후 원고가 영업양수도 방식으로 00의 자산 전부를 실제 취득하고 취득세를 납부하였다면, 그 중 원고가 이미 납부한 간주취득세 상당액 부분은 동일한 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당한다고 판단하였는바, 앞서 본 각 규정의 내용 및 구법 제105조 제6항 본문의 입법취지 등에 비추어 볼 때 위와 같은 원심 판단은 정당하고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 취득세에 관한 법리오해 등의 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 상고이유 제2점에 대하여

취득세는 신고납부방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 한다(대법원 1995. 12. 5. 선고 94다60363 판결, 대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결 등 참조).

원심은, 앞서 인정한 사실관계에 비추어 원고가 동일 물건의 취득에 대하여 이중으로 취득세를 부담하는 것은 그 하자가 중대하고, 이와 같은 이중과세의 부당한 결과를 시정할 필요성이 크다고 보이는 반면 이를 시정하더라도 제3자에게 어떠한 영향을 미치거나 공공의 신뢰를 해한다고 보이지 않으므로, 원고의 이 사건 취득세 신고행위 중 이중과세에 해당하는 부분에는 조세채무의 확정력을 인정하기 어려운 중대하고 명백한 하자가 있다고 보아, 피고는 그 이중납부된 세액을 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 판단하였다.

그러나 원심이 확정한 사실에 의하더라도 원고가 이 사건 취득세를 신고납부하는 과정에서 과세관청이 관여하거나 개입한 적이 없고, 가산세 등의 제재를 피하기 위하여 불가피하게 신고납부하였다는 등의 사정이 없이 스스로 자진하여 신고납부하였다는 것이고, 나아가 이 사건 취득세 중 이미 납부한 간주취득세 상당액이 동일 물건의 취득에 대한 이중과세에 해당하는지 여부는 법 해석상 논란의 여지가 있을 뿐 아니라 그 사실관계를 정확히 조사하여야 밝혀지는데다가 원고도 이의신청 등 불복청구를 하지 않고 있다가 제소기간을 1년 이상 경과한 후에야 비로소 그 신고납부행위가 당연무효라고 주장하고 있는 점 등까지 함께 고려하여 보면, 이 사건 취득세 자진 신고납부행위는 법 해석상 논란이 있는 부분에 대하여 원고가 납세의무가 있는 것으로 오인하여 납부한 것에 불과하여 그 하자가 객관적으로 명백하다고 볼 수는 없으므로 당연무효라고 할 수 없다.

그럼에도 불구하고, 원심은 그 판시와 같은 이유만으로 이 사건 취득세 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 판단하였으니, 원심판결에는 신고납부방식의 조세인 지방세에 있어서 그 신고행위의 당연무효에 관한 법리 등을 오해한 나머지 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 결론

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-대전고등법원 2006. 11. 1. 선고 2006나539 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

【이유】

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 그것과 같으므로 이를 인용한다.

따라서 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

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【하급심-대전지방법원 2005. 12. 7. 선고 2005가합5250 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고는 원고에게 463,867,698원 및 이에 대하여 2005. 7. 12.부터 2005. 12. 7.까지 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다.

【이유】

1. 기초사실

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 2000. 9. 18. 00 주식회사(이하 00이라 한다)의 총 발행 주식 24,760,000주 중 14,060,000주(소유비율 56.79%)를 취득하였다.

나. 이에 피고는 2001. 5.경 「지방세법」제105조 제6항, 제22조 제2호, 「지방세법 시행령」제78조 제1항에 근거하여, 원고가 위와 같이 00의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 당시에 00의 자산을 취득한 것으로 보고, 그 취득세 과세대상물건의 장부가액 42,958,015,028원에 원고의 주식 소유비율인 56.79%를 곱하여 과세표준을 24,395,856,731원으로 산출한 다음 이를 토대로 원고에게 취득세 487,917,130원(세율 2%) 및 가산세 97,583,420원 등 합계 585,500,550원을 부과하였고, 원고는 2001. 7. 30. 피고에게 이를 납부하였다.

다. 원고는 2003. 9.경 00로부터 00의 자산 전부를 영업양수도 방식으로 취득한 다음, 같은 해 11. 27. 「지방세법」제120조에 의하여 피고에게 취득세 861,119,650원을 신고·납부하였다.

라. 한편, 원고가 과점주주의 지위를 취득한 2000. 9. 18. 이후 00의 취득세 과세대상물건 중 2001. 1. 폭설로 천막창고가 붕괴되어 가액 40,788,800원이 감소되었고, 2001. 12. 노후 업무차량 및 지게차를 매각하여 가액 11,267,784원이 감소되었으며, 2002. 7. 지게차를 매각하여 가액 55,915,179원이 감소되었고, 또한 원고가 과점주주의 지위를 취득한 2000. 9. 18.부터 영업양수도 방식으로 00의 자산을 전부 취득한 2003. 9.경까지 00의 취득세 과세대상물건 중 건물, 구축물, 차량운반구 등의 자산에 대한 감각상각액은 2,009,428,855원이다.

2. 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

(1) 원고는, 원고가 2001. 7. 30. 납부한 간주취득에 의한 취득세와 2003. 11. 27. 납부한 영업양수도에 의한 취득세는 동일 물건에 대한 이중 과세에 해당하므로, 피고는 이중 과세에 해당하는 취득세 상당액을 원고에게 부당이득으로 반환할 의무가 있다고 주장한다.

(2) 이에 대하여 피고는, 취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체에 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 세금을 부과하는 유통세의 일종으로 취득행위가 이루어질 때마다 과세하는 것으로, 과점주주에 의한 간주취득과 영업양수도에 의한 자산취득은 취득의 시기, 취득의 성립요건이 달라 서로 별개의 취득행위로 보아야 하므로, 과세물건이 동일하다고 하더라도 각각의 납세의무가 성립하므로 이를 이중 과세로 볼 수는 없고, 설령 이를 이중 과세에 해당한다고 보더라도, 원고 스스로 양수 재산 전체에 대하여 취득세 납부의무가 있다고 판단하여 취득세를 신고·납부한 이상 원고의 신고행위의 하자가 중대하거나 명백한 것으로 볼 수 없다고 주장한다.

나. 관련법령

O 지방세법

제22조 (출자자의 제2차 납세의무) 법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

2. 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식금액 또는 출자액의 합계액이 당해 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자(이하 ‘과점주주’라 한다) 중 다음 각목의 1에 해당하는 자

(1) 주식을 가장 많이 소유하거나 출자를 가장 많이 한 자

(2) 법인의 경영을 사실상 지배하는 자

(3) (1) 및 (2)에 규정하는 자와 생계를 함께 하는 자

제105조 (납세의무자 등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주(법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우를 제외한다)가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

제111조 (과세표준)

④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량기계장비·입목·항공기·선박· 광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량기계장비·입목·항공기·선박·광업권 ·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로서 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세과세대상 자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

제120조 (신고납부)

① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일[상속으로 인한 경우는 상속개시일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일부터 각각 6월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9월)]이내에 이를 신고함과 동시에 당해신고과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액(이하 "신고세액"이라 한다)을 신고납부하여야 한다.<2003. 12. 30. 법률 제7023호로 개정되기 전의 것>

O 지방세법 시행령

제78조 (과점주주의 취득 등) ① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 사원이 다른 주주 또는 사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. ② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 "주식 또는 지분의 비율"이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

다. 판단

(1) 이중 과세 여부

살피건대, 「지방세법」제105조 제6항 본문, 제22조 제2호는 비상장법인의 과점주주에 대하여 당해 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상물건을 과점주주의 소유주식비율만큼 취득한 것으로 간주하여 그 취득세 납세의무를 부과하고 있는데, 이는 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보고 취득세를 부과하는 것이고(대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조), 또한 주식 또는 지분의 독과점을 억제하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하는 데 목적이 있는 것으로서 주주나 출자자의 개인적인 입장에서 볼 때에는 당해 법인 자산의 사실상·법률상 취득이 전혀 이루어지지 아니하였으나 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 당해 법인의 자산을 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 취득세를 부과하는 것이다.

위와 같은 「지방세법」제105조 제6항 본문, 제22조 제2호의 규정 취지에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실관계에 의하면, 원고가 2001. 7. 30. 납부한 취득세는 원고가 2000. 9. 18. 00의 발행 주식 중 56.79% 상당의 주식을 취득하여 과점주주의 지위를 취득함으로써 실제로는 00의 자산을 취득하지 아니하였다고 하더라도 그 자산을 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위를 취득한 것으로 보고 그 자산 자체를 취득한 것으로 의제하여 부과된 것이므로, 이후 원고가 영업양수도 방식으로 00의 자산 전부를 실제 취득하게 되었다면, 이러한 경우 원고는 앞서 간주취득한 부분을 초과하는 자산만을 새로이 취득한 것으로 보고 이에 대한 취득세를 납부함으로써 충분하다고 할 것이고, 따라서 원고가 영업양수도 방식으로 00의 자산 전부를 실제 취득한 다음, 00의 자산 전부를 과세대상물건으로 하여 취득세를 납부하였다면, 일응 그 중 원고가 2001. 7. 30. 납부한 간주취득세 상당액은 동일한 물건의 취득에 대한 이중 과세에 해당한다고 할 것이다.

(2) 신고행위의 하자가 중대명백한지의 여부

살피건대, 취득세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 하는바(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결 등 참조), 이러한 하자의 중대명백성에 관한 이익형량은 결국 하자의 성격, 처분 상대방의 권익 구제와 위법한 결과를 시정할 필요성, 당해 처분의 제3자에 대한 영향, 행정처분의 법적 안정성 확보 등을 모두 고려하여 그 하자가 중대하고 명백한지 여부를 구체적 타당성에 따라 조정하여 판단함이 타당하다고 할 것이다.

그러므로 위와 같은 관점에서 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 인정한 사실관계에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정, 즉 ① 동일한 물건의 취득에 대하여 이중으로 취득세를 부담하는 것은 이중과세금지의 원칙과 조세법상의 신의칙에 비추어 보더라도 그 하자가 중대하고 명백하다고 볼 수 있는 점, ② 이중 과세의 부당한 결과를 시정하여야 할 필요성이 크다고 보이는 반면 이를 시정하더라도 제3자에게 어떠한 영향을 미치거나 공공의 신뢰를 해한다고 보이지는 않는 점, ③ 원고로서는 부당이득반환청구 이외에 취득세 신고행위의 효력을 다투어 이중 과세된 세액을 반환받을 수 있는 별다른 법적 구제 수단이 없는 점 등 이 사건 변론에 나타난 제반 사정에 비추어 보면, 원고의 위 취득세 신고행위 중 이중 과세에 해당하는 부분은 조세 채무의 확정력을 인정하기 어려운 중대하고 명백한 하자가 있다고 봄이 상당하므로, 이는 결국 당연무효에 해당한다고 할 것이다.

(3) 부당이득의 수액

나아가, 피고가 원고에게 반환하여야 할 부당이득의 수액에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고가 영업양수도 방식으로 00의 자산 전부를 실제 취득한 다음, 00의 자산 전부를 과세물건으로 하여 취득세를 납부하였다면, 일응 그 중 원고가 2001. 7. 30. 납부한 간주취득세 상당액은 동일 물건의 취득에 대한 이중 과세에 해당한다고 할 것이나, 다만 원고가 과점주주의 지위를 취득한 2000. 9. 18. 이후의 자산 감소액 및 그 때부터 실제 자산 취득일까지의 자산에 대한 감가상각액은 이중 과세액을 산정함에 있어 제외되어야 할 것이므로, 결국 피고가 부당이득한 이중 과세된 취득세 상당액은 앞서 인정한 바와 같은 위 간주취득세 산정의 기준이 된 00의 과세대상물건의 장부가액 42,958,015,028원에서 자산감소액 합계 107,971,763원(40,788,800 + 11,267,784 + 55,915,179)과 감각상각액 2,009,428,855원을 공제한 40,840,614,410{42,958,015,028 · (107,971,763 + 2,009,428,855)}에 원고의 주식 소유비율 56.79%를 곱하여 산출한 23,193,384,923원(40,840,614,410 × 0.5679)을 과세표준으로 하고, 여기에 세율을 곱한 463,867,698원(23,193,384,923 × 세율 0.02)이라 할 것이다.

따라서, 피고는 원고에게 위 부당이득금 463,867,698원 및 이에 대하여 원고가 구하는 소장 송달 다음날임이 기록상 명백한 2005. 7. 12.부터 피고가 이행의무의 존부와 범위에 관하여 항쟁함이 상당하다고 인정되는 이 사건 판결 선고일인 2005. 12. 7.까지 민법이 정한 연 5%, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.