1. 기초사실

가. 원고들의 주식보유 및 간주취득세 등의 납부

1) 원고 백종헌은 1988. 8. 18. 프라임개발 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)의 설립 당시 주금 전액을 납입하면서 자신의 명의로 소외 회사의 발행주식 중 47.5%의 주식만을 인수하고, 자신과 특수관계가 없는 명근철, 한창수, 조용두, 김학우, 전성일, 김규철의 명의로 소외 회사의 나머지 주식 52.5%를 인수하였다.

2) 원고 백종헌은 이후 명근철 등 명의의 주식 중 72,000주를 원고 임명효(원고 백종헌의 처) 명의로, 54,000주를 원고 백종진(원고 백종헌의 형제) 명의로 이전하였고, 원고 백종헌과 특수관계에 있는 원고 주식회사 아바타엔터프라이즈(원고 백종헌, 임명효 및 원고 백종헌의 자녀인 백권우, 백아영이 100% 주식을 소유하고 있는 회사이다. 이하 ‘원고 아바타’라고 한다)가 2005. 6. 30. 제3자 배정방식으로 소외 회사의 보통주 382,000주, 상환우선주 660,000주를 인수함으로써 원고 백종헌 및 원고 백종헌과 특수관계에 있는 원고 아바타, 임명효, 백종진 명의로 된 소외 회사 발행주식 보유비율은 57.36%(=위 원고들 보유주식 1,138,000주/소외 회사의 발행주식 총수 1,984,000주, 우선주 제외)가 되었다.

3) 위 원고들은 원고 아바타의 신주인수로 소외 회사에 대한 보유주식비율이 과반수를 넘게 되자 2005. 8. 1. 지방세법 제105조 제6항, 지방세법시행령 제78조 제1항에 따라 위 원고들의 주식보유비율에 해당하는 간주취득세 및 농어촌특별세 합계 2,480,757,540원을 신고, 납부하였다.

나. 서울지방국세청의 상속세, 증여세 부과

1) 서울지방국세청은 2007. 1. 23.부터 2007. 7. 4.까지 소외 회사에 대한 세무조사를 실시하였고, 원고 백종헌이 소외 회사의 주식을 명의신탁한 정한, 임종범, 배경윤, 임병욱, 백종안(이하 ‘정한 외 4인’이라 한다)에게 1996. 5. 11.자 및 1997. 4. 25.자 유상증자로 인한 신주인수분에 대하여, 기성섭에게 1996. 5. 11.자 및 1997. 4. 25.자 유상증자로 인한 신주인수분, 2002. 4. 11.자 주식양수분에 대하여, 최진호에게 2003. 10. 17.자 주식양수분에 대하여 각 상속세 및 증여세 과세예고통지를 하였다. 원고 백종헌은 정한 외 4인에 대하여 부과된 증여세 2,870,000,000원을 대신 납부하였고, 기성섭, 최진호에 대하여는 아직 관할 세무서로부터 증여세 등 부과고지는 이루어지지 않았다.

다. 증여세 부과처분에 대한 취소소송

원고 백종헌과 임병욱, 백종안, 정한은 2009. 2. 17. 양천세무서장 등을 상대로 서울행정법원 2009구합6155호로 증여세 부과처분 취소소송을 제기하였으나, 원고 백종헌이 정한 외 4인에게 명의신탁을 할 당시 조세를 회피할 목적이 없었거나 위 명의신탁 당시 또는 장래에 회피될 조세가 없었음을 인정할 수 없다는 이유로 2009. 6. 18. 원고 백종헌 등의 청구를 기각하는 판결이 선고되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 8, 12 내지 20, 31호증, 을1 내지 10호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 선택적 청구 1에 대한 판단

가. 본안전 항변에 대한 판단

피고 서울특별시 강남구, 서울특별시 구로구, 서울특별시 중구, 서울특별시 광진구, 경기도 가평군, 경기도 광명시, 경기도 김포시, 경기도 남양주시, 경기도 안성시, 강원도 원주시, 강원도 속초시, 강원도 평창군, 제주특별자치도 제주시(이하 ‘선택적 피고들’이라 한다)는 원고들이 신고납부한 간주취득세의 경우 피고 서울특별시, 경기도, 강원도, 제주특별자치도가, 농어촌특별세의 경우 피고 대한민국이 귀속주체이므로 위 피고들에게 그 반환을 구하는 소는 부적법하다고 본안전 항변을 하므로 살피건대, 이행의 소에서는 원고에 의하여 이행의무자로 주장된 자가 피고적격을 가지는 것이므로, 선택적 피고들의 본안전 항변은 이유 없다.

나. 원고들의 피고 제주특별자치도 제주시에 대한 소의 적법 여부

직권으로 원고들의 피고 제주특별자치도 제주시에 대한 소의 적법 여부에 관하여 살펴보면, 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제15조에 의하면, 제주특별자치도 내에는 지방자치법 제2조 제1항 및 제3조 제2항의 규정에 불구하고 지방자치단체인 시, 군을 두지 않기로 하고, 지방자치단체가 아닌 시(행정시)만을 설치하기로 규정하였고, 위 법률에 따라 제주특별자치도 내에 설치된 피고 제주특별자치도 제주시는 지방자치단체가 아닌 행정시에 불과하여 피고 제주특별자치도만이 당사자능력을 가질 뿐 피고 제주특별자치도 제주시가 독자적으로 당사자 능력을 가진다고 볼 수 없으므로, 원고들의 피고 제주특별자치도 제주시에 대한 각 소를 각하한다.

다. 본안에 대한 판단

원고들은 선택적 피고들(이하 피고 제주특별자치도 제주시는 제외)에 대하여 원고들의 간주취득세 및 농어촌특별세 신고납부 행위가 당연무효이므로 부당이득으로서 원고들이 납부한 간주취득세 및 농어촌특별세의 반환을 구하고 있으나, 구 지방세법(2005. 8. 4. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것) 제6조 제1항 제1호 가목, 제2항 제1호 가목, 제105조 제1항에 의하면, 취득세는 특별시세, 도세에 해당하고, 선택적 피고들이 원고들로부터 취득세를 신고납부 받았더라도 이는 특별시 또는 도의 사무의 처리에 불과하여 그 이익의 귀속주체는 피고 서울특별시, 경기도, 강원도, 제주특별자치도이고, 국세기본법 제2조 제1호 거목에 의하면, 농어촌특별세의 귀속주체는 피고 대한민국이라고 할 것이므로, 취득세, 농어촌특별세의 이득을 취득한 주체가 아닌 선택적 피고들을 상대로 한 원고들의 청구는 이유 없다.

3. 선택적 청구 2에 대한 판단

가. 원고들의 주장

원고 아바타가 소외 회사의 주식을 제3자 배정방식으로 배정받으면서 원고들이 소외 회사의 과점주주가 되었음을 이유로 신고를 하여 간주취득세 및 농어촌특별세를 납부하였으나, 실제로는 소외 회사의 설립 당시 원고 백종헌이 자본금의 전액을 출자하여 명의신탁의 형식으로 실질적으로 소외 회사의 발행주식 100%를 소유하고 있었으므로 지방세법 제105조 제6항 단서에 따라 간주취득세 및 농어촌특별세를 납부할 의무가 없음에도 불구하고 원고 백종헌이 소외 회사의 주식을 명의신탁하지 않은 것으로 보아 원고들이 간주취득세 및 농어촌특별세를 신고납부한 행위에는 실제로 납부의무가 없는 간주취득세를 신고납부한 하자가 있고, 원고 백종헌이 명의신탁을 하였음을 전제로 정한 외 4인에게 부과된 증여세는 원고 백종헌이 정한 외 4인에게 소외 회사의 주식을 명의신탁을 하였음을 전제로 부과된 점 등에 비추어 보면, 이러한 원고들의 간주취득세 신고납부행위의 하자는 중대ㆍ명백하여 당연무효이므로, 원고들에게, 피고 서울특별시, 경기도, 강원도, 제주특별자치도는 원고들이 신고납부한 간주취득세 및 이에 대한 청구취지 기재와 같은 환부이자를, 피고 대한민국은 원고들이 신고납부한 농어촌특별세 및 이에 대한 청구취지 기재와 같은 환부이자를 부당이득으로서 반환할 의무가 있다.

나. 관계법령

○ 구 지방세법(2005. 8. 4. 법률 제7678호로 개정되기 전의 것)

제105조 (납세의무자 등)

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

제111조 (과세표준)

④ 제105조 제6항의 규정에 의하여 과점주주가 취득한 것으로 보는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권에 대한 과세표준은 그 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 총가액을 그 법인의 주식 또는 출자의 총수로써 나눈 가액에 과점주주가 취득한 주식 또는 출자의 수를 곱한 금액을 과세표준액으로 한다. 이 경우 과점주주는 조례가 정하는 바에 의하여 과세표준액 및 기타 필요한 사항을 신고하여야 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 과세표준액에 미달하는 때에는 시장·군수가 당해 법인의 결산서 기타 장부 등에 의한 취득세 과세대상자산총액을 기초로 전단의 계산방법에 의하여 산출한 금액을 과세표준액으로 한다.

○ 구 지방세법시행령(2005. 12. 31. 제19254호로 개정되기 전의 것)

제78조 (과점주주의 취득 등)

① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

○ 구 상속세 및 증여세법(1996. 12. 30. 법률 제5193호로 개정되기 전의 것)

제32조의2(제3자 명의로 등기 등을 한 재산에 대한 증여의제)

① 권리의 이전이나 그 행사에 등기·등록·명의개서 등(이하 "등기 등"이라 한다)을 요하는 재산에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 타인의 명의를 빌려 소유권이전등기를 한 것 중 부동산등기특별조치법 제7조 제2항의 규정에 의한 명의신탁에 해당하는 경우 및 조세회피 목적없이 타인의 명의를 빌려 등기 등을 한 경우로서 대통령령이 정하는 때에는 그러하지 아니하다.

○ 구 상속세 및 증여세법(1998. 12. 28. 법률 제5582호로 개정되기 전의 것)

제43조(명의신탁재산의 증여추정)

① 권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다)에 있어서 실질소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 실질소유자가 그 명의자에게 증여한 것으로 추정한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조세회피목적없이 타인의 명의로 등기 등을 한 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식 등"이라 한다)중 이 법 시행일 전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식 등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)중 실질소유자명의로 전환하는 경우. 다만, 당해 주식 등을 발행한 법인의 주주(출자자를 포함한다)와 특수관계에 있는 자 및 이 법 시행일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항 제2호에 규정된 유예기간중에 실질소유자명의로 전환하지 아니하거나 이 법 시행일 이후 실질소유자가 아닌 자의 명의로 등기 등을 하는 경우에는 제1항 제1호의 규정을 제외하고 조세회피목적이 있는 것으로 추정한다.

③ 제1항 제2호의 규정은 주식 등을 유예기간 중에 실질소유자명의로 전환하는 자가 당해 주식을 발행한 법인 또는 그 출자가 되어 있는 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환되는 내역을 대통령령이 정하는 바에 의하여 제출하는 경우에 한하여 적용한다.

다. 판단

1) 원고들의 간주취득세 및 농어촌특별세 신고납부행위의 하자 여부

살피건대, 지방세법 제105조 제6항 본문은 비상장법인의 과점주주에 대하여 당해 법인이 소유하고 있는 취득세 과세대상물건을 과점주주의 소유주식비율만큼 취득한 것으로 간주하여 그 취득세 납세의무를 부과하고 있는데, 이는 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운용할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를 바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보고 취득세를 부과하는 것이고(대법원 1994. 5. 24. 선고 92누11138 판결 참조), 같은 항 단서에서 법인설립시에 발행하는 주식을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 과점주주에 대하여 취득세를 부과하지 않도록 규정하고 있는 것은 법인 설립시에는 법인에 대하여 그 자산에 대한 취득세를 부과하므로 따로 과점주주에 대하여 간주취득세를 부과하지 않고, 이후 주식비율의 변동 등이 있어 과점주주가 되는 경우에 한하여 그때 법인의 자산을 과점주주가 실질적으로 취득하는 것으로 보아 간주취득세를 부과하도록 하는 것이다.

이 사건으로 돌아와 보면, 위 기초사실에 의하면, 원고 백종헌이 소외 회사의 설립 당시에 이미 명의신탁의 형식으로 소외 회사의 주식 100%를 소유하고 있었으므로 지방세법 제105조 제6항 단서에 해당하여 간주취득세를 납부할 의무가 없고, 그럼에도 불구하고 원고들이 원고 아바타가 제3자 배정방식으로 소외 회사의 주식을 취득할 때 과점주주가 된 것으로 보아 간주취득세를 신고납부한 행위는 납세의무가 없음에도 간주취득세가 있는 것으로 신고한 하자가 있다고 할 것이다.

2) 신고행위의 하자가 중대ㆍ명백한지 여부

다음으로 원고들이 소외 회사의 과점주주가 되었다고 신고납부한 행위의 하자가 중대ㆍ명백한지에 관하여 살피건대, 취득세는 신고납세방식의 조세로서 이러한 유형의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로 판단하여야 하는바(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003다43346 판결 등 참조), 이 사건으로 돌아와 살펴보면, 위 기초사실에 나타난 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고들이 간주취득세를 신고납부할 당시 관할 세무관청으로서는 원고 백종헌의 신고가 없는 한 원고 백종헌이 소외 회사의 발행주식을 설립 당시부터 명의신탁하여 이미 과점주주에 해당하였는지 알기 어려웠던 점, ② 원고들은 소외 회사를 설립할 당시 발기인 수 제한이 있어서 원고 백종헌이 100% 출자하여 소외 회사를 설립하였음에도 일부 주식을 명의신탁할 수 밖에 없는 사정이 있었다고 주장하나, 유예기간 내에 실소유자인 원고 백종헌 명의로 전환하였다면 명의신탁한 주식에 대한 증여세가 부과되지 않을 수 있었고, 이 사건에서 부과된 증여세는 설립 이후 정한 외 4인에게 유상증자 또는 양도한 주식에 대하여 부과된 것으로 원고 백종헌이 자신 소유의 소외 회사 주식을 명의신탁할 수 밖에 없는 사정이 있었다고 보기 어려운 점, ③ 원고 백종헌이 소외 회사 발행주식을 명의신탁함으로서 소외 회사로부터 지급받은 배당금에 대한 소득세 분산효과, 소외 회사에 대한 과점주주가 되는 시기를 늦추는 등의 이득을 취득한 것으로 보이는 점, ④ 간주취득세는 과점주주가 법인의 자산에 대하여 처분 등의 권한을 갖게 되어 실질적으로 그 자산을 소유하는 것으로 보아 부과하는 것이고, 반면 명의신탁 재산에 대하여 명의자에게 증여한 것으로 의제하여 증여세를 부과하는 취지는 명의신탁제도를 이용한 조세회피 행위를 효과적으로 방지하여 조세정의를 실현하기 위하여 실질과세원칙에 대한 예외를 인정한 것으로 간주취득세 및 명의신탁재산에 대하여 증여세를 부과하게 된 취지가 서로 다르고, 또한 간주취득세의 경우 소외 회사의 자산을 취득한 것으로 보아 소외 회사의 자산에 대하여 납부한 것이나, 명의신탁재산에 대한 증여세의 경우 정한 외 4인에게 명의신탁한 소외 회사의 주식에 대하여 부과된 것으로 과세의 대상이 서로 다른 점 등에 비추어 볼 때, 원고 백종헌의 명의신탁사실이 밝혀져 명의신탁한 주식에 대하여 증여세가 부과되었다고 하여 신고납부한 간주취득세와 명의신탁주식에 대한 증여세의 부과가 서로 모순된 판단을 전제로 한 것으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고들의 간주취득세 신고납부행위에 조세 채무의 확정력을 인정하기 어려운 중대하고 명백한 하자가 있다고 볼 수 없으므로, 원고들의 피고 서울특별시, 경기도, 강원도, 제주특별자치도, 대한민국에 대한 각 청구 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 피고 제주특별자치도 제주시에 대한 각 소는 부적법하여 각하하고, 원고들의 나머지 피고들에 대한 각 청구는 이유 없어 기각하여 주문과 같이 판결한다.